Calculation of couplings and energy-transfer pathways between the pigments of LH2 by the ab initio transition density cube method

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 27, 1998, Pages 5378-5386

  Krueger, Brent P ^a   Scholes, Gregory D ^a   Fleming, Graham R ^a  

^a LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 4243606918     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9811171     Document Type: Article

References (63)

1. van Grondelle, R.; Dekker, J. P.; Gillbro, T.; Sundström, V. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1187, 1-65.
2. Pullerits, T.; Sundström, V. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 381-389.
3. Frank, H. A.; Cogdell, R. J. Photochem. Photobiol. 1996, 63, 257-264.
4. Kühlbrandt, W. Structure 1995, 3, 521-525.
5. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517-521.
6. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581-597.
7. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; van Mourik, F.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179-16191.
8. Jimenez, R.; Dikshit, S. N.; Bradforth, S. E.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6825-6834.
9. Förster, T. Delocalized Excitation and Excitation Transfer. In Modern Quantum Chemistry; Sinanoglu, O., Ed.; Academic Press: New York, 1965; Vol. III, pp 93-137.
10. Agranovich, V. M.; Galanin, M. D. In Electronic Excitation Energy Transfer in Condensed Matter, Agranovich, V. M., Maradudin, A., Eds.; North-Holland: Amsterdam, 1982.
11. Speiser, S. Chem. Rev. 1996, 96, 1953.
12. Scholes, G. D.; Harcourt, R. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5054-5061.
13. Scholes, G. D.; Ghiggino, K. P. In Advances in Multiphoton Processes and Spectroscopy; Lin, S. H., Villaeys, A. A., Fujimura, Y., Eds.; World Scientific: Singapore, 1996; Vol. 10, pp 95-331.
14. Scholes, G. D.; Harcourt, R. D.; Ghiggino, K. P. J. Chem. Phys. 1995, 102, 9574-9581.
15. Harcourt, R. D.; Scholes, G. D.; Ghiggino, K. P. J. Chem. Phys. 1994, 101, 10521-10525.
16. Andrews, D. L. Chem. Phys. 1989, 135, 195.
17. Chang, J. C. J. Chem. Phys. 1977, 67, 3901-3909.
18. Philipson, K. D.; Tsai, S. C.; Sauer, K. J. Phys. Chem. 1971, 75, 1440-1445.
19. Hirschfelder, J. O.; Curtis, C. F.; Bird, R. B. Molecular Theory of Gases and Liquids; John Wiley and Sons: New York, 1954.
20. Buehler, R. J.; Hirschfelder, J. O. Phys. Rev. 1951, 83, 628.
21. Buehler, R. J.; Hirschfelder, J. O. Phys. Rev. 1952, 85, 149.
22. Scholes, G. D.; Andrews, D. L. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5374-5384.
23. Craig, D. P.; Thirunamachandran, T. Molecular Quantum Electrodynamics; Academic Press: New York, 1984.
24. Struve, W. S. Fundamentals of Molecular Spectroscopy; Wiley: New York, 1989.
25. McWeeny, R. Methods of Molecular Quantum Mechanics, 2nd ed.; Academic Press: London, 1992.
26. Buckingham, A. D. In Intermolecular Forces - from Diatomics to Biopolymers; Pullman, B., Ed.; Wiley: New York, 1978.
27. Stone, A. J. In Theoretical Models of Chemical Bonding; Maksic, Z. B., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 1991; Vol., Part 4.
28. Gaussian 94, Revision D.4: Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; Gaussian Inc.; Pittsburgh, PA, 1995.
29. Foresman, J. B.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 135.
30. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
31. Matos, J. M. O.; Roos, B. O.; Malmqvist, P.-A. J. Chem. Phys. 1987, 86, 1458.
32. Matos, J. M. O.; Roos, B. O. Theor. Chim. Acta 1988, 74, 363.
33. Sauer, K.; Lindsay Smith, J. R.; Schultz, A. J. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 2681-2688.
34. Andersson, P. O.; Gillbro, T.; Ferguson, L.; Cogdell, R. J. Photochem. Photobiol. 1991, 54, 353-360.
35. Prince, S. M.; Papiz, M. Z.; Freer, A. A.; McDermott, G.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. J. Mol. Biol. 1997, 268, 412-423.
36. Freer, A.; Prince, S.; Sauer, K.; Papiz, M.; Hawthornthwaite-Lawless, A.; McDermott, G.; Cogdell, R.; Isaacs, N. Structure 1996, 4, 449-462.
37. Pullerits, T.; Chachisvillis, M.; Sundström, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10787-10792.
38. Kuehn, O.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1996, 105, 8586.
39. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 8759-8780.
40. Ganago, A. O.; Parker, E. P.; Laible, P. D.; Albrecht, A. C.; Owens, T. G. Laser Phys. 1995, 5, 693-698.
41. Du, M.; Rosenthal, S. J.; Xie, X.; DiMagno, T. J.; Schmidt, M.; Hanson, D. K.; Schiffer, M.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 8517-8521.
42. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Jimenez, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2284-2292.
43. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560-10567.
44. Koyama, Y.; Kuki, M.; Andersson, P. O.; Gillbro, T. Photochem. Photobiol. 1996, 63, 243-256.
45. Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Fleming, G. R. Unpublished results.
46. Ricci, M.; Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; Fleming, G. R. Chem. Phys. Lett. 1996, 259, 381-390.
47. Andersson, P. O.; Cogdell, R. J.; Gillbro, T. Chem. Phys. 1996, 210, 195-217.
48. Yu, J. Y.; Nagasawa, Y.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. Chem. Phys. Lett. 1997, 280, 404-410.
49. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241-7248.
50. Alden, R. G.; Johnson, E.; Nagarajan, V.; Parson, W. W.; Law, C. J.; Cogdell, R. G. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4667-4680.
51. Chachivilis, M.; Kühn, O.; Pullerits, T.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7275-7283.
52. Sauer, K.; Cogdell, R. J.; Prince, S. M.; Freer, A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564-576.
53. Shreve, A. P.; Trautman, J. K.; Frank, H. A.; Owens, T. G.; Albrecht, A. C. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 280-288.
54. Scholes, G. D.; Ghiggino, K. P.; Oliver, A. M.; Paddon-Row, M. N. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11871.
55. Newton, M. D. Chem. Rev. 1991, 91, 767-792.
56. Bixon, M.; Jortner, J.; Michelbeyerle, M. Chem. Phys. 1995, 197, 389-404.
57. Clayton, A. H. A.; Scholes, G. D.; Ghiggino, K. P.; Paddon-Row, M. N. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10912-10918.
58. Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Krueger, B. P.; Fleming, G. R. Unpublished results.
59. Monshouwer, R.; Ortiz de Zarate, I.; van Mounk, F.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 341-346.
60. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Jonas, D. M.; Flemmg, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2399-2409.
61. Kramer, H. J. M.; van Grondelle, R.; Hunter, C. N.; Westerhuis, W. H. J.; Amesz, J. Biochim. Biophys. Acta 1984, 765, 156-165.
62. De Caro, C.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R.; Volker, S. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10584-10590.
63. Hess, S.; Åkesson, E.; Cogdell, R. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biophys. J. 1995, 69, 2211-2225.