Assessing the quality of the OPEP coarse-grained force field

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 6, 2011, Pages 1928-1934

  Barducci, Alessandro ^a   Bonomi, Massimiliano ^a   Derreumaux, Philippe ^b  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79959204416     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100646f     Document Type: Article

References (66)

1. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding Molecular Simulation; Academic Press: New York, 2002; pp 1-617.
2. Voth, G. A. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; CRC Press: Boca Raton, FL, 2009.
3. Tozzini, V. Q. Rev. Biophys. 2010, 43, 333-371
4. Best, R. B.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9004-9015
5. Barducci, A.; Bonomi, M.; Parrinello, M. Biophys. J. 2010, 98, L44-L46
6. Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2301-2310
7. Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394-408
8. Maupetit, J.; Derreumaux, P.; Tuffery, P. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W498-W503
9. Santini, A.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11509-11516
10. Chen, W.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084911
11. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562-12566
12. Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140-150
13. Bussi, G.; Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13435-13441
14. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
15. Kaminsky, G. A.; T.-R., J.; Friesner, R. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
16. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, P. D.; Marrink, S. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
17. DeVane, R.; Shinoda, W.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2115-2124
18. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
19. Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Chem. Phys. 2007, 126, 025101
20. Chebaro, Y.; Dong, X.; Laghaei, R.; Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 267-274
21. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
22. Bonomi, M.; Barducci, A.; Parrinello, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1615-1621
23. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
24. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
25. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972
26. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196-199
27. Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 584-590
28. Honda, S.; Kobayashi, N.; Munekata, E. J. Mol. Biol. 2000, 295, 269-278
29. Du, D.; Zhu, Y.; Huang, C.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15915-15920
30. Muñoz, V.; Ghirlando, R.; Blanco, F. J.; Jas, G. S.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Biochemistry 2006, 45, 7023-7035
31. Muñoz, V.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, E. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5872-5879
32. Kolinski, A.; Ilkowski, B.; Skolnick, J. Biophys. J. 1999, 77, 2942-2952
33. Dinner, A. R.; Lazaridis, T.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9068-9073
34. Wang, H.; Sung, S. S. Biopolymers 1999, 50, 763-776
35. Pande, V. S.; Rokhsar, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9062-9067
36. Roccatano, D.; Amadei, A.; Nola, A. D.; Berendsen, H. J. C. Protein Sci. 1999, 8, 2130-2143
37. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2544-2549
38. Ma, B. Y.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2000, 296, 1091-1104
39. Lee, J.; Shin, S. Biophys. J. 2001, 81, 2507-2516
40. García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 42, 345-354
41. Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936
42. Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12129-12134
43. Ma, B.; Nussinov, R. Protein Sci. 2003, 12, 1882-1893
44. Colombo, G.; DeMori, G. M. S.; Roccatano, D. Protein Sci. 2003, 12, 538-550
45. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766-14770
46. Evans, D. A.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1080-1090
47. Wei, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Proteins 2004, 56, 464-474
48. Andrec, M.; Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6801-6806
49. Nguyen, P.; Stock, G.; Mittag, E.; Hu, C.; Li, M. S. Proteins 2005, 61, 795-808
50. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 66, 846-859
51. Thukral, L.; Smith, J. C.; Daidone, I. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18147-18152
52. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16184-16196
53. Best, R. B.; Mittal, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8790-8798
54. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13938-13944
55. Yang, S.; Onuchic, J. N.; Garcia, A. E.; Levine, H. J. Mol. Biol. 2007, 372, 756-763
56. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236-240
57. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563-567
58. Osterhout, J. J.; Baldwin, R. L.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Biochemistry 1989, 28, 7059-7064
59. Caballero-Herrera, A.; Nordstrand, K.; Berndt, K. D.; Nilsson, L. Biophys. J. 2005, 89, 842-857
60. Frishman, D.; Argos, P. Proteins 1995, 23, 566-579
61. Lwin, T. Z.; Luo, R. Protein Sci. 2006, 15, 2642-2655
62. Hoang, T. X.; Trovato, A.; Seno, F.; Banavar, J. R.; Maritan, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.A. 2004, 101, 7960-7964
63. Yap, E. H.; Fawzi, N. L.; Head-Gordon, T. Proteins 2008, 70, 626-638
64. Alemani, D.; Collu, F.; Cascella, M.; Peraro, M. D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 315-324
65. Tran, H. T.; Mao, A.; Pappu, R. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7380-7392
66. Earl, D. J.; Deem, M. W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3910-3916