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note
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A hairpin is defined here using the classification by Thornton and colleagues (refs 58, 59). The ratio is assigned, depending on whether the end residues of the β-turn are linked by a single or double hydrogen bond. If both hydrogen bonds are formed, then X = Y forming 2:2, 3:3, etc. loops, where X is the number of residues in the loop. If just one hydrogen bond is formed, then Y = X + 2. In the case of Peptide 1, X = 3 and Y = 3 + 2 ) 5, i.e., a single hydrogen bond is formed.
-
-
-
-
19
-
-
72449151895
-
-
note
-
A β-bulge is defined as a region between two consecutive β-type hydrogen bonds which includes two residues on one strand and a single residue on the other strand. The G1 Type β-bulge is a common type of β-bulge (ref 60).
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