Structure of the [M + H - H2O]+ ion from tetraglycine: A revisit by means of density functional theory and isotope labeling

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 24, 2011, Pages 6683-6687

  Verkerk, Udo H ^a   Zhao, Junfang ^a   Van Stipdonk, Michael J ^b   Bythell, Benjamin J ^c   Oomens, Jos ^d,e   Hopkinson, Alan C ^a   Siu, K W Michael ^a  

^a YORK UNIVERSITY   (Canada)

^b WICHITA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

^d FOM INSTITUTE FOR PLASMA PHYSICS RIJNHUIZEN   (Netherlands)

^e UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE BOND; COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; IR SPECTRUM; ISOTOPE LABELING; LOW ENERGIES; N-TERMINALS; OXAZOLES; PROTONATED; WATER LOSS;

AMIDES; IONS; ISOTOPES; PROTONATION;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

GLYCYL GLYCYL GLYCYL GLYCINE; GLYCYL-GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE; ION; OLIGOPEPTIDE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ISOTOPE LABELING; METHODOLOGY; QUANTUM THEORY;

IONS; ISOTOPE LABELING; MOLECULAR STRUCTURE; OLIGOPEPTIDES; QUANTUM THEORY; WATER;

EID: 79959203998     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp202820h     Document Type: Article

References (37)

1. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437-473
2. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295
3. Savitske, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Garbuzynskiy, S. O.; Galzitskaya, O. V.; Surin, A. K.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1481-1484
4. Cheng, C.; Gross, M. L. Mass Spectrom. Rev. 2000, 19, 398-420
5. Johnson, R. S.; Martin, S. A.; Biemann, K.; Stults, J. T.; Watson, J. T. Anal. Chem. 1987, 59, 2621-2625
6. Johnson, R. S.; Martin, S. A.; Biemann, K. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1988, 86, 137-154
7. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406
8. Wysocki, V. H.; Cheng, G.; Zhang, Q.; Hermann, K. A.; Beardsley, R. L.; Hilderbrand, A. E. In Principles of Mass Spectrometry Applied to Biomolecules; Laskin, J.; Lifshitz, C., Eds.; John Wiley and Sons: Hoboken, NJ, 2006; Chapter VIII, pp 279-300.
9. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508-548
10. Harrison, A. G.; Young, A. B.; Bleiholder, C.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10364-10365
11. Garcia, I.; Giles, K.; Bateman, R. H.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 609-613
12. Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1776-1780
13. Kapp, E. A.; Schultz, F.; Reid, G. E.; Eddes, J. S.; Moritz, R. L.; OHair, R. A. J.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6251-6254
14. Huang, Y.; Triscari, J. M.; Tseng, G. C.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2005, 77, 5800-5813
15. Somogyi, Á.; Wysocki, V. H.; Mayer, I. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 704-717
16. Rodriquez, C. F.; Cunje, A.; Shoeib, T.; Chu, I. K.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3006-3012
17. El Aribi, H.; Rodriquez, C. F.; Almeida, D. R. P.; Ling, Y.; Mak, W. W. N.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9229-9236
18. El Aribi, H.; Orlova, G.; Rodriquez, C. F.; Almeida, D. R. P.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18743-18749
19. Bleiholder, C.; Osburn, S.; Williams, T. D.; Suhai, S.; Van Stipdonk, M.; Harrison, A. G.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17774-17789
20. Vachet, R. W.; Bishop, B. M.; Erickson, B. W.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5481-5488
21. Mouls, L.; Aubagnac, J. L.; Martinez, J.; Enjalbal, C. J. Proteome Res. 2007, 6, 1378-1391
22. Yague, J.; Paradela, A.; Ramos, M.; Ogueta, S.; Marina, A.; Barabona, F.; de Castro, J. A.; Vazquez, J. Anal. Chem. 2003, 75, 1524-1535
23. Bythell, B. J.; Molesworth, S.; Osburn, S.; Cooper, T.; Paizs, B.; Van Stipdonk, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1788-1798
24. Yoon, S. H.; Chamot-Rooke, J.; Perkins, B. R.; Hilderbrand, A. E.; Poutsma, J. C.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17644-17645
25. Oomens, J.; Young, S.; Molesworth, S.; Van Stipdonk, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 334-339
26. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17154-17155
27. Perkins, B. R.; Chamot-Rooke, J.; Yoon, S. H.; Gucinski, A. C.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17528-17529
28. Erlekam, U.; Bythell, B. J.; Scuderi, D.; Van Stipdonk, M.; Paizs, B.; Maitre, P. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11503-11508
29. Verkerk, U. H.; Siu, C.-K.; Steill, J. D.; EI Aribi, H.; Zhao, J.; Rodriquez, C. F.; Oomens, J.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 868-872
30. Bythell, B. J.; Maitre, P.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14766-14779
31. Bythell, B. J.; Dain, R. P.; Curtice, S. S.; Oomens, J.; Steill, J. D.; Groenewold, G. S.; Paizs, B.; Van Stipdonk, M. J. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 5076-5082
32. Ballard, K.D.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 477-481
33. OHair, R. A. J.; Styles, M. L.; Reid, G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1275-1284
34. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; OHair, R. A. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 190/191, 209-230
35. Chan, W. C.; White, P. D. Fmoc Solid phase peptide synthesis: a practical approach; Oxford: New York, 2000.
36. Marecek, J.; Song, B.; Brewer, S.; Belyea, J.; Dyer, R. B.; Raleigh, D. P. Org. Lett. 2007, 24, 4935-4937
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.