Structure of [M + H - H2O]+ from protonated tetraglycine revealed by tandem mass spectrometry and IRMPD spectroscopy

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 114, Issue 15, 2010, Pages 5076-5082

  Bythell, Benjamin J ^a   Dain, Ryan P ^b   Curtice, Stephanie S ^b   Oomens, Jos ^c   Steill, Jeffrey D ^c   Groenewold, Gary S ^d   Paizs, Béla ^a   Van Stipdonk, Michael J ^b  

^a GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

^b WICHITA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c FOM INSTITUTE FOR PLASMA PHYSICS RIJNHUIZEN   (Netherlands)

^d IDAHO NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO TERMINUS; COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; EXPERIMENTAL SPECTRA; FIVE-MEMBERED RINGS; FREE ACIDS; INFRARED MULTIPLE PHOTON DISSOCIATIONS; INFRARED SPECTRUM; IRMPD SPECTROSCOPY; METHYL ESTERS; PEPTIDE BACKBONES; PROTONATED; SIMPSON; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRANSITION STRUCTURES;

CARBON MONOXIDE; DISSOCIATION; ESTERS; IONS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTONATION;

INFRARED SPECTROSCOPY;

GLYCYL GLYCYL GLYCYL GLYCINE; GLYCYL-GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE; OLIGOPEPTIDE; PROTON; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; QUANTUM THEORY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; OLIGOPEPTIDES; PROTONS; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; TANDEM MASS SPECTROMETRY; WATER;

EID: 77951098781     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9113046     Document Type: Article

References (63)

1. Hunt, D. F.; Yates, J. R., III; Shabanonowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. 1986, 83, 6233
2. Biemann, K. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 16, 99
3. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508
4. Tsang, C. W.; Harrison, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 1301-1308
5. Burlet, O.; Yang, C. Y.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 337-344
6. Tang, X.; Boyd, R. K. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 651-657
7. Tang, X.; Thibault, P.; Boyd, R. K. Anal. Chem. 1993, 65, 2824-2834
8. Jones, J. L.; Dongré, A. R.; Somogyi, Á.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8368-8369
9. Cox, K. A.; Gaskell, S. J.; Morris, M.; Whiting, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 522-531
10. Dongré, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, Á.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365-8374
11. Harrison, A. G.; Yalcin, T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165, 339-347
12. Summerfield, S. G.; Whiting, A.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 162, 149-161
13. Summerfield, S. G.; Cox, K. A.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 25-31
14. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, Á.; Wysocki, V. H.; Zhong, W.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142-5154
15. Csonka, I. P.; Paizs, B.; Lendavy, G.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 417-427
16. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406
17. Paizs, B.; Csonka, I. P.; Lendvay, G.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 637-647
18. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5887
19. Jorgensen, T. J. D.; Gardsvoll, H.; Ploug, M.; Roepstorff, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2785
20. Paizs, B.; Lendvay, G.; Vékey, K.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrum. 1999, 13, 525-533
21. Polce, M. J.; Ren, D.; Wesdemiotis, C. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1391
22. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 190-191, 209
23. Cordero, M. M.; Houser, J. J.; Wesdemiotis, C. Anal. Chem. 1993, 65, 1594
24. Yalcin, T.; Khouw, C.; Csizmadia, I. G.; Peterson, M. R.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1165
25. Yalcin, T.; Csizmadia, I. G.; Peterson, M. B.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 233
26. Harrison, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 640
27. Nold, M. J.; Wesdemiotis, C.; Yalcin, T.; Harrison, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 164, 137
28. Polce, M. J.; Ren, D.; Wesdemiotis, C. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1391
29. Farrugia, J. M.; O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Int. J. Mass Spectrom., 2001, 210-211, 71
30. Rodriquez, C. F.; Cunje, A.; Shoeib, T.; Chu, I. K.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3006
31. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17154
32. Bythell, B. J.; Erlekam, U.; Paizs, B.; Maître, P. J. ChemPhysChem 2009, 10, 883
33. Yoon, S. H.; Chamot-Rooke, J.; Perkins, B. R.; Hilderbrand, A. E.; Poutsma, J. C.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17644
34. Oomens, J.; Young, S.; Molesworth, S.; van Stipdonk, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 334
35. Bythell, B.; Somogyi, A.; Paizs, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 618
36. Somogyi, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1771
37. Chen, X.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1941
38. Paizs, B.; Lendvay, G.; Vékey, K.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 525
39. Paizs, B.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 375
40. Paizs, B.; Suhai, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 103
41. Bythell, B. J.; Barofsky, D. F.; Pingitore, F.; Polce, M. J.; Wang, P.; Wesdemiotis, C.; Paizs, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1291
42. Perkins, B. R.; Chamot-Rooke, J.; Yoon, S. H.; Gucinski, A. C.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; J. Am. Chem. Soc., DOI: 10.1021/ja9054542.
43. Harrison, A. G.; Young, A. B.; Bleiholder, B.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10364
44. Riba-Garcia, I.; Giles, K.; Bateman, R. H.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 609
45. Bleiholder, C.; Osburn, S.; Williams, T. D.; Suhai, S.; Van Stipdonk, M.; Harrison, A. G.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17774
46. Harrison, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1776
47. Erlekam, U.; Bythell, B. J.; Scuderi, D.; Van Stipdonk, M.; Paizs, B.; Maître, P. (2009, 131 (32), 11503 - 11508.
48. Fattahi, A.; Zekavat, B.; Solouki, T. J. Am. Soc. Mass Spectrom., doi: 10.1016/j.jasms.2009.10.017.
49. Paizs, B.; Lendvay, G.; Vékey, K.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 525
50. Paizs, B.; Suhai, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 375
51. Paizs, B.; Suhai, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 103
52. Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 477-481
53. O'Hair, R. A. J.; Styles, M. L.; Reid, G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1275
54. Oepts, D.; van der Meer, A. F. G.; van Amersfoort, P. W. Infrared Phys. Technol. 1995, 36, 297
55. Polfer, N. C.; Oomens, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3804-3817
56. Valle, J. J.; Eyler, J. R.; Oomens, J.; Moore, D. T.; van der Meer, A. F. G.; von Helden, G.; Meijer, G.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G.; Blakney, G. T. Rev. Sci. Instrum. 2005, 76 023103
57. Mize, T. H.; Taban, I.; Duursma, M.; Seynen, M.; Konijnenburg, M.; Vijftigschild, A.; Doornik, C. V.; Rooij, G. V.; Heeren, R. M. A. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 235, 243-253
58. Wyttenbach, T.; Paizs, B.; Barran, P.; Breci, L.; Liu, D.; Suhai, S.; Wysocki, V. H.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13768
59. Paizs, B.; Suhai, S.; Hargittai, B.; Hruby, V. J.; Somogyi, A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 203
60. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I. G.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollmann, P. A. In AMBER 99; University of California: San Francisco, 1999.
61. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.;; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. R., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. B.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, A. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, K. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, P.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2004.
62. Molesworth, S.; Leavitt, C. M.; Groenewold, G. S.; Oomens, J.; Steill, J. D.; van Stipdonk, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom., doi: 10.1016/j.jasms.2009.06. 007.
63. El Aribi, H.; Orlova, G.; Rodriquez, C. F.; Almeida, D. R. P.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18743-18749