Microarray-based target identification using drug hypersensitive fission yeast expressing ORFeome

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 5, 2011, Pages 1463-1472

  Arita, Yuko ^a,b   Nishimura, Shinichi ^a,e   Matsuyama, Akihisa ^a   Yashiroda, Yoko ^a   Usui, Takeo ^c   Boone, Charles ^a,d   Yoshida, Minoru ^a,b  

^a RIKEN   (Japan)

^b SAITAMA UNIVERSITY   (Japan)

^c UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

^d UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^e KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIFUNGAL AGENT; ANTINEOPLASTIC AGENT; BREFELDIN A; ETOPOSIDE; FLUCONAZOLE; FUNGAL PROTEIN; MICONAZOLE; XENOBIOTIC AGENT;

ANTIFUNGAL RESISTANCE; ARTICLE; DNA MICROARRAY; DOSE RESPONSE; DRUG EFFECT; FUNGAL GENOME; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; GROWTH, DEVELOPMENT AND AGING; METHODOLOGY; MICROBIOLOGICAL EXAMINATION; OPEN READING FRAME; SCHIZOSACCHAROMYCES;

ANTIFUNGAL AGENTS; ANTINEOPLASTIC AGENTS, PHYTOGENIC; BREFELDIN A; DOSE-RESPONSE RELATIONSHIP, DRUG; DRUG RESISTANCE, FUNGAL; ETOPOSIDE; FLUCONAZOLE; FUNGAL PROTEINS; GENE EXPRESSION REGULATION, FUNGAL; GENOME, FUNGAL; MICONAZOLE; MICROBIAL SENSITIVITY TESTS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; OPEN READING FRAMES; SCHIZOSACCHAROMYCES; XENOBIOTICS;

SCHIZOSACCHAROMYCETACEAE;

EID: 79954533611     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00326c     Document Type: Article

References (50)

1. S. Nishimura, Y. Yashiroda and M. Yoshida, in Protein targeting with small molecules: chemical biology techniques and applications, ed., H. Osada,, John Wiley and Sons, Hoboken, 2009, pp. 223-237
2. G. Giaever D. D. Shoemaker T. W. Jones H. Liang E. A. Winzeler A. Astromoff R. W. Davis Nat. Genet. 1999 21 278 283
3. P. Y. Lum C. D. Armour S. B. Stepaniants G. Cavet M. K. Wolf J. Butler J. C. Hinshaw P. Garnier G. D. Prestwich A. Leonardson P. Garrett-Engele C. M. Rush M. Bard G. Schimmack J. W. Phillips C. J. Roberts D. D. Shoemaker Cell (Cambridge, Mass.) 2004 116 121 137
4. G. Giaever P. Flaherty J. Kumm M. Proctor C. Nislow D. F. Jaramillo A. M. Chu M. I. Jordan A. P. Arkin R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 793 798
5. K. Baetz L. McHardy K. Gable T. Tarling D. Rebérioux J. Bryan R. J. Andersen T. Dunn P. Hieter M. Roberge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4525 4530
6. S. Hoon A. M Smith I. M. Wallace S. Suresh M. Miranda E. Fung M. Proctor K. M. Shokat C. Zhang R. W. Davis G. Giaever R. P. StOnge C. Nislow Nat. Chem. Biol. 2008 4 498 506
7. A. B. Parsons R. L. Brost H. Ding Z. Li C. Zhang B. Sheikh G. W. Brown P. M. Kane T. R. Hughes C. Boone Nat. Biotechnol. 2003 22 62 69
8. A. B. Parsons A. Lopez I. E. Givoni D. E. Williams C. A. Gray J. Porter G. Chua R. Sopko R. L. Brost C. Ho J. Wang T. Ketela C. Brenner J. A. Brill G. E. Fernandez T. C. Lorenz G. S. Payne S. Ishihara Y. Ohya B. Andrews T. R. Hughes B. J. Frey T. R. Graham R. J. Andersen C. Boone Cell (Cambridge, Mass.) 2006 126 611 625
9. J. Rine W. Hansen E. Hardeman R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983 80 6750 6754
10. H. Launhardt A. Hinnen T. Munder Yeast 1998 14 935 942
11. H. F. Vahlensieck L. Pridzun H. Reichenbach A. Hinnen Curr. Genet. 1994 25 95 100
12. Y. Miyamoto K. Machida M. Mizunuma Y. Emoto N. Sato K. Miyahara D. Hirata T. Usui H. Takahashi H. Osada T. Miyakawa J. Biol. Chem. 2002 277 28810 28814
13. K. Nishi M. Yoshida D. Fujiwara M. Nishikawa S. Horinouchi T. Beppu J. Biol. Chem. 1994 269 6320 6324
14. H. Luesch T. Y. Wu P. Ren N. S. Gray P. G. Schultz F. Supek Chem. Biol. 2005 12 55 63
15. R. A. Butcher B. S. Bhullar E. O. Perlstein G. Marsischky J. LaBaer S. L. Schreiber Nat. Chem. Biol. 2006 2 103 109
16. V. Wood R. Gwilliam M. Rajandream M. Lyne R. Lyne A. Stewart J. Sgouros N. Peat J. Hayles S. Baker D. Basham S. Bowman K. Brooks D. Brown S. Brown T. Chillingworth C. Churcher M. Collins R. Connor A. Cronin P. Davis T. Feltwell A. Fraser S. Gentles A. Goble N. Hamlin D. Harris J. Hidalgo G. Hodgson S. Holroyd T. Hornsby S. Howarth E. J. Huckle S. Hunt K. Jagels K. James L. Jones M. Jones S. Leather S. McDonald J. McLean P. Mooney S. Moule K. Mungall L. Murphy D. Niblett C. Odell K. Oliver S. O'Neil D. Pearson M. A. Quail E. Rabbinowitsch K. Rutherford S. Rutter D. Saunders K. Seeger S. Sharp J. Skelton M. Simmonds R. Squares S. Squares K. Stevens K. Taylor R. G. Taylor A. Tivey S. Walsh T. Warren S. Whitehead J. Woodward G. Volckaert R. Aert J. Robben B. Grymonprez I. Weltjens E. Vanstreels M. Rieger M. Schafer S. Muller-Auer C. Gabel M. Fuchs C. Fritzc E. Holzer D. Moestl H. Hilbert K. Borzym I. Langer A. Beck H. Lehrach R. Reinhardt T. M. Pohl P. Eger W. Zimmermann H. Wedler R. Wambutt B. Purnelle A. Goffeau E. Cadieu S. Dreano S. Gloux V. Lelaure S. Mottier F. Galibert S. J. Aves Z. Xiang C. Hunt K. Moore S. M. Hurst M. Lucas M. Rochet C. Gaillardin V. A. Tallada A. Garzon G. Thode R. R. Daga L. Cruzado J. Jimenez M. Sanchez F. del Rey J. Benito A. Dominguez J. L. Revuelta S. Moreno J. Armstrong S. L. Forsburg L. Cerrutti T. Lowe W. R. McCombie I. Paulsen J. Potashkin G. V. Shpakovski D. Ussery B. G. Barrell P. Nurse Nature 2002 415 871 880
17. A. Matsuyama R. Arai Y. Yashiroda A. Shirai A. Kamata S. Sekido Y. Kobayashi A. Hashimoto M. Hamamoto Y. Hiraoka S. Horinouchi M. Yoshida Nat. Biotechnol. 2006 24 841 847
18. A. Shirai A. Matsuyama Y. Yashiroda A. Hashimoto Y. Kawamura R. Arai Y. Komatsu S. Horinouchi M. Yoshida J. Biol. Chem. 2008 283 10745 10752
19. S. Nishimura Y. Arita M. Honda K. Iwamoto A. Matsuyama A. Shirai H. Kawasaki H. Kakeya T. Kobayashi S. Matsunaga M. Yoshida Nat. Chem. Biol. 2010 6 519 526
20. A. K. Larsen A. Skladanowski Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1998 1400 257 274
21. E. L. Baldwin N. Osheroff Curr. Med. Chem.: Anti-Cancer Agents 2005 5 363 372
22. J. L. Nitiss Nat. Rev. Cancer 2009 9 327 337
23. M. Malik J. L. Nitiss Eukaryotic Cell 2004 3 82 90
24. H. Lage Int. J. Antimicrob. Agents 2003 22 188 199
25. T. Iwaki Y. Giga-Hama K. Takegawa Microbiology 2006 152 2309 2321
26. C. Lo D. Kaida S. Nishimura A. Matsuyama Y. Yashiroda H. Taoka K. Ishigami H. Watanabe H. Nakajima T. Tani S. Horinouchi M. Yoshida Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007 364 573 577
27. K. Nagao Y. Taguchi M. Arioka H. Kadokura A. Takatsuki K. Yoda M. Yamasaki J. Bacteriol. 1995 177 1536 1543
28. K. Nishi M. Yoshida M. Nishimura M. Nishikawa M. Nishiyama S. Horinouchi T. Beppu Mol. Microbiol. 1992 6 761 769
29. C. A. Hitchcock K. Dickinson S. B. Brown E. G. Evans D. J. Adams Biochem. J. 1990 266 475 480
30. E. Hartsuiker M. Neale A. Carr Mol. Cell 2009 33 117 123
31. A. Ghavidel T. Kislinger O. Pogoutse R. Sopko I. Jurisica A. Emili Cell (Cambridge, Mass.) 2007 131 915 926
32. A. Roguev S. Bandyopadhyay M. Zofall K. Zhang T. Fischer S. R. Collins H. Qu M. Shales H. Park J. Hayles K. Hoe D. Kim T. Ideker S. I. Grewal J. S. Weissman N. J. Krogan Science 2008 322 405 410
33. H. Luesch S. K. Chanda R. M. Raya P. D. DeJesus A. P. Orth J. R. Walker J. C. Izpisúa Belmonte P. G. Schultz Nat. Chem. Biol. 2006 2 158 167
34. J. L. Nitiss Y. X. Liu P. Harbury M. Jannatipour R. Wasserman J. C. Wang Cancer Res. 1992 52 4467 4472
35. Y. K. Jang Y. H. Jin Y. S. Shim M. J. Kim E. J. Yoo R. H. Seong S. H. Hong S. D. Park Biochem. Mol. Biol. Int. 1995 37 329 337
36. M. Sabourin J. L. Nitiss K. C. Nitiss K. Tatebayashi H. Ikeda N. Osheroff Nucleic Acids Res. 2003 31 4373 4384
37. E. Raderschall A. Bazarov J. Cao R. Lurz A. Smith W. Mann H. Ropers J. M. Sedivy E. I. Golub E. Fritz T. Haaf J. Cell Sci. 2002 115 153 164
38. P. M. Kim C. Allen B. M. Wagener Z. Shen J. A. Nickoloff Nucleic Acids Res. 2001 29 4352 4360
39. C. Lundin N. Schultz C. Arnaudeau A. Mohindra L. T. Hansen T. Helleday J. Mol. Biol. 2003 328 521 535
40. L. T. Hansen C. Lundin M. Spang-Thomsen L. N. Petersen T. Helleday Int. J. Cancer 2003 105 472 479
41. B. H. Long L. Wang A. Lorico R. C. C. Wang M. G. Brattain A. M. Casazza Cancer Res. 1991 51 5275 5283
42. C. A. Spiridonidis S. Chatterjee S. J. Petzold N. A. Berger Cancer Res. 1989 49 644 650
43. E. H. Cheng T. V. Sheiko J. K. Fisher W. J. Craigen S. J. Korsmeyer Science 2003 301 513 517
44. W. E. Wright J. W. Shay Nat. Genet. 2005 37 116 118
45. H. Ning T. Li L. Zhao T. Li J. Li J. Liu Z. Liu D. Fan Cancer Biol. Ther. 2006 5 950 956
46. A. Matsuyama A. Shirai Y. Yashiroda A. Kamata S. Horinouchi M. Yoshida Yeast 2004 21 1289 1305
47. F. Sherman, G. Fink and J. Hick, Methods in Yeast Genetics: A Laboratory Course Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, 1986
48. S. Moreno A. Klar P. Nurse Methods Enzymol. 1991 194 795 823
49. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
50. R. Sealfon M. Hibbs C. Huttenhower C. Myers O. Troyanskaya BMC Bioinformatics 2006 7 443