Optical mapping of DNA: Single-molecule-based methods for mapping genomes

Biopolymers

Volumn 95, Issue 5, 2011, Pages 298-311

  Neely, Robert K ^a   Deen, Jochem ^a   Hofkens, Johan ^a  

^a UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

Author keywords

DNA; Fluorocode; Nanochannel; Optical map; Single molecule

Indexed keywords

COVALENT MODIFICATIONS; DNA SEQUENCING; FLUORESCENT LABELING; FLUOROCODE; GENOMIC DNA; METHYLTRANSFERASES; NANOCHANNEL; NANOFLUIDIC TECHNOLOGIES; NEW HIGH; OPTICAL MAP; OPTICAL MAPPING; RESTRICTION ENZYMES; SHORT SEQUENCES; SINGLE MOLECULE; SUB-DIFFRACTION; ULTRAHIGH DENSITY;

CATALYSTS; DNA; ENZYMES; GENE ENCODING; MAPPING; MOLECULES; NUCLEIC ACIDS; SCAFFOLDS;

DNA SEQUENCES;

DNA; DNA FRAGMENT;

DNA METHYLATION; DNA SEQUENCE; GENE MAPPING; NANOFLUIDICS; NICK END LABELING; REVIEW;

BASE SEQUENCE; CHROMOSOME MAPPING; DNA; DNA RESTRICTION ENZYMES; FLUORESCENT DYES; GENOMICS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NANOTECHNOLOGY; OPTICAL PHENOMENA;

EID: 79952222522     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21579     Document Type: Review

References (73)

1. Eid, J.; Fehr, A.; Gray, J.; Luong, K.; Lyle, J.; Otto, G.; Peluso, P.; Rank, D.; Baybayan, P.; Bettman, B.; Bibillo, A.; Bjornson, K.; Chaudhuri, B.; Christians, F.; Cicero, R.; Clark, S.; Dalal, R.; deWinter, A.; Dixon, J.; Foquet, M.; Gaertner, A.; Hardenbol, P.; Heiner, C.; Hester, K.; Holden, D.; Kearns, G.; Kong, X.; Kuse, R.; Lacroix, Y.; Lin, S.; Lundquist, P.; Ma, C.; Marks, P.; Maxham, M.; Murphy, D.; Park, I.; Pham, T.; Phillips, M.; Roy, J.; Sebra, R.; Shen, G.; Sorenson, J.; Tomaney, A.; Travers, K.; Trulson, M.; Vieceli, J.; Wegener, J.; Wu, D.; Yang, A.; Zaccarin, D.; Zhao, P.; Zhong, F.; Korlach, J.; Turner, S. Science 2009, 323, 133-138.
2. Harris, T. D.; Buzby, P. R.; Babcock, H.; Beer, E.; Bowers, J.; Braslavsky, I.; Causey, M.; Colonell, J.; DiMeo, J.; Efcavitch, J. W.; Giladi, E.; Gill, J.; Healy, J.; Jarosz, M.; Lapen, D.; Moulton, K.; Quake, S. R.; Steinmann, K.; Thayer, E.; Tyurina, A.; Ward, R.; Weiss, H.; Xie, Z. Science 2008, 320, 106-109.
3. Gupta, P. K. Trends Biotechnol 2008, 26, 602-611.
4. Xu, M.; Fujita, D.; Hanagata, N. Small 2009, 5, 2638-2649.
5. Pushkarev, D.; Neff, N. F.; Quake, S. R. Nat Biotechnol 2009, 27, 847-852.
6. Metzker, M. L. Nat Rev Genet 2010, 11, 31-46.
7. Scheibye-Alsing, K.; Hoffmann, S.; Frankel, A.; Jensen, P.; Stadler, P. F.; Mang, Y.; Tommerup, N.; Gilchrist, M. J.; Nygård, A.; Cirera, S.; Jørgensen, C. B.; Fredholm, M.; Gorodkin, J. Comput Biol Chem 2009, 33, 121-136.
8. Pop, M. Brief Bioinform 2009, 10, 354-366.
9. Schatz, M. C.; Delcher, A. L.; Salzberg, S. L. Genome Res 2010, 20, 1165-1173.
10. Li, R.; Fan, W.; Tian, G.; Zhu, H.; He, L.; Cai, J.; Huang, Q.; Cai, Q.; Li, B.; Bai, Y.; Zhang, Z.; Zhang, Y.; Wang, W.; Li, J.; Wei, F.; Li, H.; Jian, M.; Li, J.; Zhang, Z.; Nielsen, R.; Li, D.; Gu, W.; Yang, Z.; Xuan, Z.; Ryder, O. A.; Leung, F. C.; Zhou, Y.; Cao, J.; Sun, X.; Fu, Y.; Fang, X.; Guo, X.; Wang, B.; Hou, R.; Shen, F.; Mu, B.; Ni, P.; Lin, R.; Qian, W.; Wang, G.; Yu, C.; Nie, W.; Wang, J.; Wu, Z.; Liang, H.; Min, J.; Wu, Q.; Cheng, S.; Ruan, J.; Wang, M.; Shi, Z.; Wen, M.; Liu, B.; Ren, X.; Zheng, H.; Dong, D.; Cook, K.; Shan, G.; Zhang, H.; Kosiol, C.; Xie, X.; Lu, Z.; Zheng, H.; Li, Y.; Steiner, C. C.; Lam, T. T.; Lin, S.; Zhang, Q.; Li, G.; Tian, J.; Gong, T.; Liu, H.; Zhang, D.; Fang, L.; Ye, C.; Zhang, J.; Hu, W.; Xu, A.; Ren, Y.; Zhang, G.; Bruford, M. W.; Li, Q.; Ma, L.; Guo, Y.; An, N.; Hu, Y.; Zheng, Y.; Shi, Y.; Li, Z.; Liu, Q.; Chen, Y.; Zhao, J.; Qu, N.; Zhao, S.; Tian, F.; Wang, X.; Wang, H.; Xu, L.; Liu, X.; Vinar, T.; Wang, Y.; Lam, T.; Yiu, S.; Liu, S.; Zhang, H.; Li, D.; Huang, Y.; Wang, X.; Yang, G.; Jiang, Z.; Wang, J.; Qin, N.; Li, L.; Li, J.; Bolund, L.; Kristiansen, K.; Wong, G. K.; Olson, M.; Zhang, X.; Li, S.; Yang, H.; Wang, J.; Wang, J. Nature 2010, 463, 311-317.
11. Lindblad-Toh, K.; Wade, C. M.; Mikkelsen, T. S.; Karlsson, E. K.; Jaffe, D. B.; Kamal, M.; Clamp, M.; Chang, J. L.; Kulbokas, E. J.; Zody, M. C.; Mauceli, E.; Xie, X.; Breen, M.; Wayne, R. K.; Ostrander, E. A.; Ponting, C. P.; Galibert, F.; Smith, D. R.; DeJong, P. J.; Kirkness, E.; Alvarez, P.; Biagi, T.; Brockman, W.; Butler, J.; Chin, C.; Cook, A.; Cuff, J.; Daly, M. J.; DeCaprio, D.; Gnerre, S.; Grabherr, M.; Kellis, M.; Kleber, M.; Bardeleben, C.; Goodstadt, L.; Heger, A.; Hitte, C.; Kim, L.; Koepfli, K.; Parker, H. G.; Pollinger, J. P.; Searle, S. M. J.; Sutter, N. B.; Thomas, R.; Webber, C.; Baldwin, J.; Abebe, A.; Abouelleil, A.; Aftuck, L.; Ait- Zahra, M.; Aldredge, T.; Allen, N.; An, P.; Anderson, S.; Antoine, C.; Arachchi, H.; Aslam, A.; Ayotte, L.; Bachantsang, P.; Barry, A.; Bayul, T.; Benamara, M.; Berlin, A.; Bessette, D.; Blitshteyn, B.; Bloom, T.; Blye, J.; Boguslavskiy, L.; Bonnet, C.; Boukhgalter, B.; Brown, A.; Cahill, P.; Calixte, N.; Camarata, J.; Cheshatsang, Y.; Chu, J.; Citroen, M.; Collymore, A.; Cooke, P.; Dawoe, T.; Daza, R.; Decktor, K.; DeGray, S.; Dhargay, N.; Dooley, K.; Dooley, K.; Dorje, P.; Dorjee, K.; Dorris, L.; Duffey, N.; Dupes, A.; Egbiremolen, O.; Elong, R.; Falk, J.; Farina, A.; Faro, S.; Ferguson, D.; Ferreira, P.; Fisher, S.; Fitzgerald, M.; Foley, K.; Foley, C.; Franke, A.; Friedrich, D.; Gage, D.; Garber, M.; Gearin, G.; Giannoukos, G.; Goode, T.; Goyette, A.; Graham, J.; Grandbois, E.; Gyaltsen, K.; Hafez, N.; Hagopian, D.; Hagos, B.; Hall, J.; Healy, C.; Hegarty, R.; Honan, T.; Horn, A.; Houde, N.; Hughes, L.; Hunnicutt, L.; Husby, M.; Jester, B.; Jones, C.; Kamat, A.; Kanga, B.; Kells, C.; Khazanovich, D.; Kieu, A. C.; Kisner, P.; Kumar, M.; Lance, K.; Landers, T.; Lara, M.; Lee, W.; Leger, J.; Lennon, N.; Leuper, L.; LeVine, S.; Liu, J.; Liu, X.; Lokyitsang, Y.; Lokyitsang, T.; Lui, A.; Macdonald, J.; Major, J.; Marabella, R.; Maru, K.; Matthews, C.; McDonough, S.; Mehta, T.; Meldrim, J.; Melnikov, A.; Meneus, L.; Mihalev, A.; Mihova, T.; Miller, K.; Mittelman, R.; Mlenga, V.; Mulrain, L.; Munson, G.; Navidi, A.; Naylor, J.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nguyen, C.; Nguyen, T.; Nicol, R.; Norbu, N.; Norbu, C.; Novod, N.; Nyima, T.; Olandt, P.; O'Neill, B.; O'Neill, K.; Osman, S.; Oyono, L.; Patti, C.; Perrin, D.; Phunkhang, P.; Pierre, F.; Priest, M.; Rachupka, A.; Raghuraman, S.; Rameau, R.; Ray, V.; Raymond, C.; Rege, F.; Rise, C.; Rogers, J.; Rogov, P.; Sahalie, J.; Settipalli, S.; Sharpe, T.; Shea, T.; Sheehan, M.; Sherpa, N.; Shi, J.; Shih, D.; Sloan, J.; Smith, C.; Sparrow, T.; Stalker, J.; Stange-Thomann, N.; Stavropoulos, S.; Stone, C.; Stone, S.; Sykes, S.; Tchuinga, P.; Tenzing, P.; Tesfaye, S.; Thoulutsang, D.; Thoulutsang, Y.; Topham, K.; Topping, I.; Tsamla, T.; Vassiliev, H.; Venkataraman, V.; Vo, A.; Wangchuk, T.; Wangdi, T.; Weiand, M.; Wilkinson, J.; Wilson, A.; Yadav, S.; Yang, S.; Yang, X.; Young, G.; Yu, Q.; Zainoun, J.; Zembek, L.; Zimmer, A.; Lander, E. S. Nature 2005, 438, 803-819.
12. Conrad, D. F.; Pinto, D.; Redon, R.; Feuk, L.; Gokcumen, O.; Zhang, Y.; Aerts, J.; Andrews, T. D.; Barnes, C.; Campbell, P.; Fitzgerald, T.; Hu, M.; Ihm, C. H.; Kristiansson, K.; MacArthur, D. G.; MacDonald, J. R.; Onyiah, I.; Pang, A. W. C.; Robson, S.; Stirrups, K.; Valsesia, A.; Walter, K.; Wei, J.; Tyler-Smith, C.; Carter, N. P.; Lee, C.; Scherer, S. W.; Hurles, M. E. Nature 2010, 464, 704-712.
13. Redon, R.; Ishikawa, S.; Fitch, K. R.; Feuk, L.; Perry, G. H.; Andrews, T. D.; Fiegler, H.; Shapero, M. H.; Carson, A. R.; Chen, W.; Cho, E. K.; Dallaire, S.; Freeman, J. L.; Gonzalez, J. R.; Gratacos, M.; Huang, J.; Kalaitzopoulos, D.; Komura, D.; Mac- Donald, J. R.; Marshall, C. R.; Mei, R.; Montgomery, L.; Nishimura, K.; Okamura, K.; Shen, F.; Somerville, M. J.; Tchinda, J.; Valsesia, A.; Woodwark, C.; Yang, F.; Zhang, J.; Zerjal, T.; Zhang, J.; Armengol, L.; Conrad, D. F.; Estivill, X.; Tyler-Smith, C.; Carter, N. P.; Aburatani, H.; Lee, C.; Jones, K. W.; Scherer, S. W.; Hurles, M. E. Nature 2006, 444, 444-454.
14. Wong, K.; Deleeuw, R.; Dosanjh, N.; Kimm, L.; Cheng, Z.; Horsman, D.; Macaulay, C.; Ng, R.; Brown, C.; Eichler, E. Am J Hum Genet 2007, 80, 91-104.
15. Urban, A. E.; Korbel, J. O.; Selzer, R.; Richmond, T.; Hacker, A.; Popescu, G. V.; Cubells, J. F.; Green, R.; Emanuel, B. S.; Gerstein, M. B.; Weissman, S. M.; Snyder, M. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 4534-4539.
16. Kidd, J. M.; Cooper, G. M.; Donahue, W. F.; Hayden, H. S.; Sampas, N.; Graves, T.; Hansen, N.; Teague, B.; Alkan, C.; Antonacci, F.; Haugen, E.; Zerr, T.; Yamada, N. A.; Tsang, P.; Newman, T. L.; Tüzün, E.; Cheng, Z.; Ebling, H. M.; Tusneem, N.; David, R. Nature 2008, 453, 56-64.
17. Aston, C.; Mishra, B.; Schwartz, D. C. Trends Biotechnol 1999, 17, 297-302.
18. Samad, A.; Huff, E. F.; Cai, W.; Schwartz, D. C. Genome Res 1995, 5, 1-4.
19. Zhou, S.; Wei, F.; Nguyen, J.; Bechner, M.; Potamousis, K.; Goldstein, S.; Pape, L.; Mehan, M. R.; Churas, C.; Pasternak, S.; Forrest, D. K.; Wise, R.; Ware, D.; Wing, R. A.; Waterman, M. S.; Livny, M.; Schwartz, D. C. PLoS Genet 2009, 5, e1000711.
20. Coleman, J. J.; Rounsley, S. D.; Rodriguez-Carres, M.; Kuo, A.; Wasmann, C. C.; Grimwood, J.; Schmutz, J.; Taga, M.; White, G. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Freitag, M.; Ma, L.; Danchin, E. G. J.; Henrissat, B.; Coutinho, P. M.; Nelson, D. R.; Straney, D.; Napoli, C. A.; Barker, B. M.; Gribskov, M.; Rep, M.; Kroken, S.; Molnár, I.; Rensing, C.; Kennell, J. C.; Zamora, J.; Farman, M. L.; Selker, E. U.; Salamov, A.; Shapiro, H.; Pangilinan, J.; Lindquist, E.; Lamers, C.; Grigoriev, I. V.; Geiser, D. M.; Covert, S. F.; Temporini, E.; Vanetten, H. D. PLoS Genet 2009, 5, e1000618.
21. Armbrust, E. V.; Berges, J. A.; Bowler, C.; Green, B. R.; Martinez, D.; Putnam, N. H.; Zhou, S.; Allen, A. E.; Apt, K. E.; Bechner, M.; Brzezinski, M. A.; Chaal, B. K.; Chiovitti, A.; Davis, A. K.; Demarest, M. S.; Detter, J. C.; Glavina, T.; Goodstein, D.; Hadi, M. Z.; Hellsten, U.; Hildebrand, M.; Jenkins, B. D.; Jurka, J.; Kapitonov, V. V.; Kröger, N.; Lau, W. W. Y.; Lane, T. W.; Larimer, F. W.; Lippmeier, J. C.; Lucas, S.; Medina, M.; Montsant, A.; Obornik, M.; Parker, M. S.; Palenik, B.; Pazour, G. J.; Richardson, P. M.; Rynearson, T. A.; Saito, M. A.; Schwartz, D. C.; Thamatrakoln, K.; Valentin, K.; Vardi, A.; Wilkerson, F. P.; Rokhsar, D. S. Science 2004, 306, 79-86.
22. Zhou, S.; Kile, A.; Kvikstad, E.; Bechner, M.; Severin, J.; Forrest, D.; Runnheim, R.; Churas, C.; Anantharaman, T. S.; Myler, P.; Vogt, C.; Ivens, A.; Stuart, K.; Schwartz, D. C. Mol Biochem Parasitol 2004, 138, 97-106.
23. Zhou, S.; Kvikstad, E.; Kile, A.; Severin, J.; Forrest, D.; Runnheim, R.; Churas, C.; Hickman, J. W.; Mackenzie, C.; Choudhary, M.; Donohue, T.; Kaplan, S.; Schwartz, D. C. Genome Res 2003, 13, 2142-2151.
24. Reslewic, S.; Zhou, S.; Place, M.; Zhang, Y.; Briska, A.; Goldstein, S.; Churas, C.; Runnheim, R.; Forrest, D.; Lim, A.; Lapidus, A.; Han, C. S.; Roberts, G. P.; Schwartz, D. C. Appl Environ Microbiol 2005, 71, 5511-5522.
25. Zhou, S.; Bechner, M. C.; Place, M.; Churas, C. P.; Pape, L.; Leong, S. A.; Runnheim, R.; Forrest, D. K.; Goldstein, S.; Livny, M.; Schwartz, D. C. BMC Genomics 2007, 8, 278.
26. Wei, J.; Goldberg, M. B.; Burland, V.; Venkatesan, M. M.; Deng, W.; Fournier, G.; Mayhew, G. F.; Plunkett, G.; Rose, D. J.; Darling, A.; Mau, B.; Perna, N. T.; Payne, S. M.; Runyen-Janecky, L. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Blattner, F. R. Infect Immun 2003, 71, 2775-2786.
27. Shukla, S. K.; Kislow, J.; Briska, A.; Henkhaus, J.; Dykes, C. J Bacteriol 2009, 191, 5717-5723.
28. Teague, B.; Waterman, M. S.; Goldstein, S.; Potamousis, K.; Zhou, S.; Reslewic, S.; Sarkar, D.; Valouev, A.; Churas, C.; Kidd, J. M.; Kohn, S.; Runnheim, R.; Lamers, C.; Forrest, D.; Newton, M. A.; Eichler, E. E.; Kent-First, M.; Surti, U.; Livny, M.; Schwartz, D. C. Proc Natl Acad Sci USA 2010, 107, 10848-10853.
29. Latreille, P.; Norton, S.; Goldman, B. S.; Henkhaus, J.; Miller, N.; Barbazuk, B.; Bode, H. B.; Darby, C.; Du, Z.; Forst, S.; Gaudriault, S.; Goodner, B.; Goodrich-Blair, H.; Slater, S. BMC Genomics 8, 321-321.
30. Ma, L.; van der Does, H. C.; Borkovich, K. A.; Coleman, J. J.; Daboussi, M.; Di Pietro, A.; Dufresne, M.; Freitag, M.; Grabherr, M.; Henrissat, B.; Houterman, P. M.; Kang, S.; Shim, W.; Woloshuk, C.; Xie, X.; Xu, J.; Antoniw, J.; Baker, S. E.; Bluhm, B. H.; Breakspear, A.; Brown, D. W.; Butchko, R. A. E.; Chapman, S.; Coulson, R.; Coutinho, P. M.; Danchin, E. G. J.; Diener, A.; Gale, L. R.; Gardiner, D. M.; Goff, S.; Hammond-Kosack, K. E.; Hilburn, K.; Hua-Van, A.; Jonkers, W.; Kazan, K.; Kodira, C. D.; Koehrsen, M.; Kumar, L.; Lee, Y.; Li, L.; Manners, J. M.; Miranda-Saavedra, D.; Mukherjee, M.; Park, G.; Park, J.; Park, S.; Proctor, R. H.; Regev, A.; Ruiz-Roldan, M. C.; Sain, D.; Sakthikumar, S.; Sykes, S.; Schwartz, D. C.; Turgeon, B. G.; Wapinski, I.; Yoder, O.; Young, S.; Zeng, Q.; Zhou, S.; Galagan, J.; Cuomo, C. A.; Kistler, H. C.; Rep, M. Nature 2010, 464, 367-373.
31. Deng, W.; Burland, V.; Plunkett, G., III; Boutin, A.; Mayhew, G. F.; Liss, P.; Perna, N. T.; Rose, D. J.; Mau, B.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Fetherston, J. D.; Lindler, L. E.; Brubaker, R. R.; Plano, G. V.; Straley, S. C.; McDonough, K. A.; Nilles, M. L.; Matson, J. S.; Blattner, F. R.; Perry, R. D. J Bacteriol 2002, 184, 4601-4611.
32. Deng, W.; Liou, S.; Plunkett, G., III; Mayhew, G. F.; Rose, D. J.; Burland, V.; Kodoyianni, V.; Schwartz, D. C.; Blattner, F. R. J Bacteriol 2003, 185, 2330-2337.
33. Kotewicz, M. L.; Jackson, S. A.; LeClerc, J. E.; Cebula, T. A. Microbiology 2007, 153, 1720-1733.
34. Zhou, S.; Kile, A.; Bechner, M.; Place, M.; Kvikstad, E.; Deng, W.; Wei, J.; Severin, J.; Runnheim, R.; Churas, C.; Forrest, D.; Dimalanta, E. T.; Lamers, C.; Burland, V.; Blattner, F. R.; Schwartz, D. C. J Bacteriol 2004, 186, 7773-7782.
35. Zhou, S.; Deng, W.; Anantharaman, T. S.; Lim, A.; Dimalanta, E. T.; Wang, J.; Wu, T.; Chunhong, T.; Creighton, R.; Kile, A.; Kvikstad, E.; Bechner, M.; Yen, G.; Garic-Stankovic, A.; Severin, J.; Forrest, D.; Runnheim, R.; Churas, C.; Lamers, C.; Perna, N. T.; Burland, V.; Blattner, F. R.; Mishra, B.; Schwartz, D. C. Appl Environ Microbiol 2002, 68, 6321-6331.
36. Welch, R. A.; Burland, V.; Plunkett, G.; Redford, P.; Roesch, P.; Rasko, D.; Buckles, E. L.; Liou, S.; Boutin, A.; Hackett, J.; Stroud, D.; Mayhew, G. F.; Rose, D. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Perna, N. T.; Mobley, H. L. T.; Donnenberg, M. S.; Blattner, F. R. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 17020-17024.
37. Das, S. K.; Austin, M. D.; Akana, M. C.; Deshpande, P.; Cao, H.; Xiao, M. Nucleic Acids Res 2010, 38, e177.
38. Neely, R. K.; Dedecker, P.; Hotta, J.; Urbanavičiūtė, G.; Klimašauskas, S.; Hofkens, J. Chem Sci 2010, 1, 453.
39. Chan, E. Y.; Goncalves, N. M.; Haeusler, R. A.; Hatch, A. J.; Larson, J. W.; Maletta, A. M.; Yantz, G. R.; Carstea, E. D.; Fuchs, M.; Wong, G. G.; Gullans, S. R.; Gilmanshin, R. Genome Res 2004, 14, 1137-1146.
40. Schwartz, D. C.; Li, X.; Hernandez, L. I.; Ramnarain, S. P.; Huff, E. J.; Wang, Y. K. Science 1993, 262, 110-114.
41. Meng, X.; Benson, K.; Chada, K.; Huff, E. J.; Schwartz, D. C. Nat Genet 1995, 9, 432-438.
42. Cai, W.; Aburatani, H.; Stanton, V. P.; Housman, D. E.; Wang, Y. K.; Schwartz, D. C. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 5164-5168.
43. Michalet, X.; Ekong, R.; Fougerousse, F.; Rousseaux, S.; Schurra, C.; Hornigold, N.; Slegtenhorst, M. V.; Wolfe, J.; Povey, S.; Beckmann, J. S.; Bensimon, A. Science 1997, 277, 1518-1523.
44. Bensimon, A.; Simon, A.; Chiffaudel, A.; Croquette, V.; Heslot, F.; Bensimon, D. Science 1994, 265, 2096-2098.
45. Valouev, A.; Schwartz, D. C.; Zhou, S.; Waterman, M. S. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 15770-15775.
46. Valouev, A.; Zhang, Y.; Schwartz, D. C.; Waterman, M. S. Bioinformatics 2006, 22, 1217-1224.
47. Ananiev, G.; Goldstein, S.; Runnheim, R.; Forrest, D.; Zhou, S.; Potamousis, K.; Churas, C.; Bergendahl, V.; Thomson, J.; Schwartz, D. BMC Mol Biol 2008, 9, 68.
48. Rigby, P. W. J.; Dieckmann, M.; Rhodes, C.; Berg, P. J Mol Biol 1977, 113, 237-251.
49. Xiao, M.; Phong, A.; Ha, C.; Chan, T.; Cai, D.; Leung, L.; Wan, E.; Kistler, A. L.; DeRisi, J. L.; Selvin, P. R.; Kwok, P. Nucleic Acids Res 2007, 35, e16.
50. Heiter, D. F.; Lunnen, K. D.; Wilson, G. G. J Mol Biol 2005, 348, 631-640.
51. Jo, K.; Dhingra, D. M.; Odijk, T.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D.; Runnheim, R.; Forrest, D.; Schwartz, D. C. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104, 2673-2678.
52. Persson, F.; Tegenfeldt, J. O. Chem Soc Rev 2010, 39, 985.
53. Levy, S. L.; Craighead, H. G. Chem Soc Rev 2010, 39, 1133.
54. Tegenfeldt, J. O.; Prinz, C.; Cao, H.; Chou, S.; Reisner, W. W.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Cox, E. C.; Sturm, J. C.; Silberzan, P.; Austin, R. H. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 10979-10983.
55. Reisner, W.; Beech, J. P.; Larsen, N. B.; Flyvbjerg, H.; Kristensen, A.; Tegenfeldt, J. O. Phys Rev Lett 2007, 99, 058302.
56. Reisner, W.; Morton, K. J.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Yu, Z.; Rosen, M.; Sturm, J. C.; Chou, S. Y.; Frey, E.; Austin, R. H. Phys Rev Lett 2005, 94, 196101.
57. Mannion, J. T.; Craighead, H. G. Biopolymers 2007, 85, 131-143.
58. Riehn, R.; Lu, M.; Wang, Y.; Lim, S. F.; Cox, E. C.; Austin, R. H. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 10012-10016.
59. Pingoud, A.; Jeltsch, A. Nucleic Acids Res 2001, 29, 3705-3727.
60. Reisner, W.; Larsen, N. B.; Silahtaroglu, A.; Kristensen, A.; Tommerup, N.; Tegenfeldt, J. O.; Flyvbjerg, H. Proc Natl Acad Sci USA 2010, 107, 13294-13299.
61. Klimasauskas, S.; Weinhold, E. Trends Biotechnol 2007, 25, 99-104.
62. Lukinavičius, G.; Lapienė, V.; Stasevskij, Z.; Dalhoff, C.; Weinhold, E.; Klimasauskas, S. J Am Chem Soc 2007, 129, 2758-2759.
63. Schlenk, F.; Dainko, J. Biochim Biophys Acta 1975, 385, 312-323.
64. Liutkeviciute, Z.; Lukinavicius, G.; Masevicius, V.; Daujotyte, D.; Klimasauskas, S. Nat Chem Biol 2009, 5, 400-402.
65. Lee, B. W.; Sun, H. G.; Zang, T.; Kim, B. J.; Alfaro, J. F.; Zhou, Z. S. J Am Chem Soc 2010, 132, 3642-3643.
66. Schmidt, F. H.; Hüben, M.; Gider, B.; Renault, F.; Teulade-Fichou, M.; Weinhold, E. Bioorg Med Chem 2008, 16, 40-48.
67. Comstock, L. R.; Rajski, S. R. Nucleic Acids Res 2005, 33, 1644-1652.
68. Weller, R. L.; Rajski, S. R. Chem Biochem 2006, 7, 243-245.
69. Dalhoff, C.; Lukinavicius, G.; Klimasauskas, S.; Weinhold, E. Nat Protocols 2006, 1, 1879-1886.
70. Roberts, R. J.; Vincze, T.; Posfai, J.; Macelis, D. Nucleic Acids Res 2010, 38, D234-D236.
71. Dalhoff, C.; Lukinavicius, G.; Klimasauskas, S.; Weinhold, E. Nat Chem Biol 2006, 2, 31-32.
72. Thompson, R. E.; Larson, D. R.; Webb, W. W. Biophys J 2002, 82, 2775-2783.
73. Qu, X.; Wu, D.; Mets, L.; Scherer, N. F. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 11298-11303.