PICquant: A quantitative platform to measure differential peptide abundance using dual-isotopic labeling with 12C6-and 13C6-phenyl isocyanate

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 3, 2011, Pages 856-865

  Lyons, Charles E ^a   Victor, Ken G ^a   Moshnikov, Sergey A ^a   Bachmann, Lorin M ^b   Baras, Alexander S ^a   Dettmann, Kathleen M ^a   Cross, Janet V ^a   Templeton, Dennis J ^a  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

^b VIRGINIA COMMONWEALTH UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACQUISITION STRATEGIES; AMINO TERMINUS; BIO-MARKER DISCOVERY; CHARGE STATE; CLINICAL SAMPLES; COMPLETE SYSTEM; ELUTION PROFILES; ISOTOPE IDENTIFICATION; ISOTOPIC LABELING; MASS LOSS; PHENYL ISOCYANATES; PROTEIN SEQUENCES; RAPID IDENTIFICATION; SEQUENCE IDENTIFICATION; SPECTRUM ANALYSIS SOFTWARE;

BIOMARKERS; ISOTOPES; SPECTRUM ANALYSIS;

PEPTIDES;

CARBON; ISOCYANIC ACID DERIVATIVE; PEPTIDE; PHENYL ISOCYANATE;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY;

ALGORITHMS; CARBON ISOTOPES; CARBON RADIOISOTOPES; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; ISOCYANATES; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDES;

EID: 79952143091     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac102461e     Document Type: Article

References (45)

1. Goshe, M. B.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 101-109.
2. Tao, W. A.; Aebersold, R Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 110-118.
3. Cox, J.; Mann, M. Cell 2007, 130, 395-398.
4. Matthiesen, R.; Carvalho, A. S. In Bioinformatics Methods in Clinical Research; Matthiesen, R., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 2010; Vol. 593; pp 187-204.
5. Smolka, M. B.; Zhou, H. L.; Purkayastha, S.; Aebersold, R. Anal. Biochem. 2001, 297, 25-31.
6. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
7. Ranish, J. A.; Yi, E. C.; Leslie, D. M.; Purvine, S. O.; Goodlett, D. R.; Eng, J.; Aebersold, R. Nat. Genet. 2003, 33, 349-355.
8. Goodlett, D. R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K.; von Haller, P.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1214-1221.
9. Hood, B. L.; Lucas, D. A.; Kim, G.; Chan, K. C.; Blonder, J.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Conrads, T. P.; Pollet, I.; Karsan, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1221-1230.
10. Sakai, J.; Kojima, S.; Yanagi, K.; Kanaoka, M. Proteomics 2005, 5, 16-23.
11. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
12. Koehler, C. J.; Strozynski, M.; Kozielski, F.; Treumann, A.; Thiede, B. J. Proteome Res. 2009, 8, 4333-4341.
13. Ong S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
14. Hinsby, A. M.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46438-46447.
15. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Protocols 2006, 1, 2650-2660.
16. Hanke, S.; Besir, H.; Oesterhelt, D.; Mann, M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1118-1130.
17. Elias, J. E.; Haas, W.; Faherty, B. K.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2005, 2, 667-675.
18. Wong, J. W.; Sullivan, M. J.; Cartwright, H. M.; Cagney, G. BMC Bioinformatics 2007, 8, 51.
19. Hubner, N. C.; Ren, S.; Mann, M. Proteomics 2008, 8, 4862-4872.
20. Mueller, L. N.; Brusniak, M. Y.; Mani, D. R.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2008, 7, 51-61.
21. Wong, J. W.; Cagney, G. In Proteome Bioinformatics; Hubbard, S. J., Jones, A. R., Eds.; Humana Press: Totowa, NJ, 2010; Vol. 604, pp 273-283.
22. Listgarten, J.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 419-434.
23. Theodorescu, D.; Wittke, S.; Ross, M. M.; Walden, M.; Conaway, M.; Just, I.; Mischak, H.; Frierson, H. F. Lancet Oncol. 2006, 7, 230-240.
24. Letarte, S.; Brusniak, M. Y.; Campbell, D.; Eddes, J. S.; Kemp, C. J.; Lau, H.; Mueller, L. N.; Schmidt, A.; Shannon, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Vitek, O.; Zhang, H.; Aebersold, R.; Watts, J. D. Clin. Proteomics 2008, 4, 105-116.
25. Finney, G. L.; Blackler, A. R.; Hoopmann, M. R.; Canterbury, J. D.; Wu, C. C.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2008, 80, 961-971.
26. Liu, H. B.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
27. Zybailov, B.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. Anal. Chem. 2005, 77, 6218-6224.
28. Hendrickson, E. L.; Xia, Q. W.; Wang, T. S.; Leigh, J. A.; Hackett, M. Analyst 2006, 131, 1335-1341.
29. Whiteaker, J. R.; Zhang, H.; Zhao, L.; Wang, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Ivey, R. G.; Piening, B. D.; Feng, L. C.; Kasarda, E.; Gurley, K. E.; Eng, J. K.; Chodosh, L. A.; Kemp, C. J.; McIntosh, M. W.; Paulovich, A. G. J. Proteome Res. 2007, 6, 3962-3975.
30. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487-1502.
31. Usaite, R.; Wohlschlegel, J.; Venable, J. D.; Park, S. K.; Nielsen, J.; Olsson, L.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2008, 7, 266-275.
32. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-858.
33. Victor, K. G.; Murgai, M.; Lyons, C. E.; Templeton, T. A.; Moshnikov, S. A.; Templeton, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 80-87.
34. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X. Y.; Shi, W. Y.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964.
35. Regnier, F. E.; Julka, S. Proteomics 2006, 6, 3968-3979.
36. Stark, G. R. Biochemistry 1965, 4, 1030-1036.
37. Mason, D. E.; Liebler, D. C. J. Proteome Res. 2003, 2, 265-272.
38. Zhang, R. J.; Sioma, C. S.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2002, 74, 3662-3669.
39. Zarling, A. L.; Ficarro, S. B.; White, F. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Engelhard, V. H. J. Exp. Med. 2000, 192, 1755-1762.
40. Li, X. J.; Zhang, H.; Ranish, J. A.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 6648-6657.
41. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2003, 75, 6912-6921.
42. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 39-45.
43. Mortensen, P.; Gouw, J. W.; Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Rigbolt, K. T.; Bunkenborg, J.; Cox, J.; Foster, L. J.; Heck, A. J.; Blagoev, B.; Andersen, J. S.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9, 393-403.
44. Kall, L.; Storey, J. D.; MacCoss, M. J.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2008, 7, 29-34.
45. Bakalarski, C. E.; Elias, J. E.; Villen, J.; Haas, W.; Gerber, S. A.; Everley, P. A.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2008, 7, 4756-4765.