Intrinsic Z-DNA is stabilized by the conformational selection mechanism of Z-DNA-binding proteins

Journal of the American Chemical Society

Volumn 133, Issue 4, 2011, Pages 668-671

  Bae, Sangsu ^a   Kim, Doyoun ^b   Kim, Kyeong Kyu ^b   Kim, Yang Gyun ^b   Hohng, Sungchul ^a  

^a Seoul National University   (South Korea)

^b Sungkyunkwan University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL SELECTION; CONVERSION MECHANISM; DNA-BINDING PROTEIN; FLUORESCENCE ASSAY; HIGH SALT CONCENTRATION; INTRIGUING QUESTIONS; ISOFORMS; NEGATIVE SUPERCOILING; PHYSIOLOGICAL SALT; SINGLE MOLECULE LEVEL; SINGLE-MOLECULE; SPECIFIC INTERACTION; SPECIFIC SEQUENCES; STRUCTURAL REARRANGEMENT; TRANSITION DYNAMICS;

CONFORMATIONS; DNA; DNA SEQUENCES; NUCLEIC ACIDS;

PROTEINS;

DNA BINDING PROTEIN; DNA Z;

ARTICLE; FLUORESCENCE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DNA BINDING; STRUCTURE ANALYSIS;

BASE SEQUENCE; DNA; DNA, Z-FORM; DNA-BINDING PROTEINS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 79851474946     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja107498y     Document Type: Article

References (32)

1. Fisher, E. Dtsch. Chem. Ges. 1894, 27, 2984-2993.
2. Klimasauskas, S.; Kumar, S.; Roberts, R. J.; Cheng, X. Cell 1994, 76, 357-369.
3. Kim, Y.; Geiger, J. H.; Hahn, S.; Sigler, P. B. Nature 1993, 365, 512-520.
4. Winkler, F. K.; Banner, D. W.; Oefner, C.; Tsernoglou, D.; Brown, R. S.; Heathman, S. P.; Bryan, R. K.; Martin, P. D.; Petratos, K.; Wilson, K. S. EMBO J. 1993, 12, 1781-1795.
5. Koshland, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1958, 44, 98-104.
6. Bosshard, H. R. News Physiol. Sci. 2001, 16, 171-173.
7. Bui, J. M.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 15451-15456.
8. Arora, K.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 18496-18501.
9. Okazaki, K.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 11182-11187.
10. Sullivan, S. M.; Holyoak, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 13829-13834.
11. Hammes, G. G.; Chang, Y.-C.; Oas, T. G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009, 106, 13737-13741.
12. Wlodarski, T.; Zagrovic, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19346-19351.
13. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737-738.
14. Wang, A. H.-J.; Quigley, G. J.; Kolpak, F. J.; Crawford, J. L.; van Boom, J. H.; van der Marel, G.; Rich, A. Nature 1979, 282, 680-686.
15. Rich, A.; Zhang, S. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 566-572.
16. Pohl, F. M.; Jovin, J. M. J. Mol. Biol. 1972, 67, 375-396.
17. Singleton, C. K.; Klysik, J.; Stirdivant, S. M.; Wells, R. D. Nature 1982, 299, 312-316.
18. Herbert, A.; Alfken, J.; Kim, Y. G.; Mian, I. S.; Nishikura, K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 8421-8426.
19. Schwartz, T.; Behlke, J.; Lowenhaupt, K.; Heinemann, U.; Rich, A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 761-765.
20. Rothenburg, S.; Deigendesch, N.; Dittmar, K.; Koch-Nolte, F.; Haag, F.; Lowenhaupt, K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 1602-1607.
21. Ha, S. C.; Kim, D.; Hwang, H.-Y.; Rich, A.; Kim, Y.-G.; Kim, K. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 20671-20676.
22. Kang, Y.-M.; Bang, J.; Lee, E.-H.; Ahn, H.-C.; Seo, Y.-J.; Kim, K. K.; Kim, Y.-G.; Choi, B.-S.; Lee, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11485-11491.
23. Ha, T.; Enderle, Th.; Ogletree, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 6264-6268.
24. Roy, R.; Hohng, S.; Ha, T. Nat. Methods 2008, 5, 507-516.
25. Lee, M.; Kim, S. H.; Hong, S.-C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 4985-4990.
26. Ha, S. C.; Lowenhaupt, K.; Rich, A.; Kim, Y.-G.; Kim, K. K. Nature 2005, 437, 1183-1186.
27. Myong, S.; Cui, S.; Cornish, P. V.; Kirchhofer, A.; Gack, M. U.; Jung, J. U.; Hopfner, K. P.; Ha, T. Science 2009, 323, 1070-1074.
28. Behe, M.; Zimmerman, S.; Felsenfeld, G. Nature 1981, 293, 233-235.
29. Adam, S.; Bourtayre, P.; Liquier, J.; Taillandier, E. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 3501-3513.
30. Ha, S. C.; Lokanath, N. K.; Van Quyen, D.; Wu, C. A.; Lowenhaupt, K.; Rich, A.; Kim, Y. G.; Kim, K. K. Proc. Natl. Acad Sci U. SA 2004, 101, 14367-14372.
31. Schwartz, T.; Rould, M. A.; Lowenhaupt, K.; Herbert, A.; Rich, A. Science 1999, 284, 1841-1845.
32. Parker, J. B.; Bianchet, M. A.; Krosky, D. J.; Friedman, J. I.; Amzel, L. M.; Stivers, J. T. Nature 2007, 449, 433-437.