Pharmacophore identification for peroxisome proliferator-activated receptor gamma agonists

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 32, Issue 1, 2011, Pages 201-207

  Sohn, Young Sik ^a   Lee, Yuno ^a   Park, Chanin ^a   Hwang, Swan ^a   Kim, Songmi ^a   Baek, Ayoung ^a   Son, Mnky ^a   Suh, Jung Keun ^b   Kim, Hyong Ha ^c   Lee, Keun Woo ^a  

^a Gyeongsang National University   (South Korea)

^b Seoul Media Institute of Technology   (South Korea)

^c Korea Research Institute of Standards and Science   (South Korea)

Author keywords

Computer aided drug design; Molecular docking; Peroxisome proliferator activated receptor (PPAR ); Pharmacophore model; Virtual screening

Indexed keywords

COMPUTER-AIDED DRUG DESIGN; MOLECULAR DOCKING; PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR; PHARMACOPHORE MODELS; VIRTUAL SCREENING;

BINDING ENERGY; CHEMICAL COMPOUNDS; CYTOLOGY; DOCKING; FATTY ACIDS; GLUCOSE; LEAD COMPOUNDS; MOLECULAR MODELING; TRANSCRIPTION FACTORS;

PHARMACODYNAMICS;

EID: 78951469747     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2011.32.1.201     Document Type: Article

References (39)

1. Gearing, K. L.; Göttlicher, M.; Teboul, M.; Widmark, E.; Gustafsson, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 1440.
2. Issemann, I.; Prince, R. A.; Tugwood, J. D.; Green, S. J. Mol. Endocrinol. 1993, 11, 37.
3. Desvergne, B.; Wahli, W. Endocr. Rev. 1999, 20, 649.
4. Bardot, O.; Aldridge, T. C.; Latruffe, N.; Green, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 192, 37.
5. Feige, J. N.; Gelman, L.; Michalik, L.; Desvergne, B.; Wahli, W. Prog. Lipid. Res. 2006, 45, 120.
6. Gurnell, M. Clin. Endocrinol. 2003, 59, 267.
7. Renaud, J. P.; Moras, D. Cell. Mol. Life. Sci. 2000, 57, 1748.
8. Voutsadakis, I. A. J. Cancer. Res. Clin. Oncol. 2007, 133, 917.
9. Fajas, L.; Auboeuf, D.; Raspé, E.; Schoonjans, K.; Lefebvre, A. M.; Saladin, R.; Najib, J.; Laville, M.; Fruchart, J. C.; Deeb, S.; Vidal-Puig, A.; Flier, J.; Briggs, M. R.; Staels, B.; Vidal, H.; Auwerx, J. J. Biol. Chem. 1997, 272, 18779.
10. Chen, Y.; Jimenez, A. R.; Medh, J. D. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1759, 32.
11. Elbrecht, A.; Chen, Y.; Cullinan, C. A.; Hayes, N.; Leibowitz, M.; Moller, D. E.; Berger, J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 224, 431.
12. Hara, K.; Okada, T.; Tobe, K.; Yasuda, K.; Mori, Y.; Kadowaki, H.; Hagura, R.; Akanuma, Y.; Kimura, S.; Ito, C.; Kadowaki, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 271, 212.
13. Nomura, M.; Tanase, T.; Ide, T.; Tsunoda, M.; Suzuki, M.; Uchiki, H.; Murakami, K.; Miyachi, H. J. Med. Chem. 2003, 46, 3581.
14. Koyama, H.; Boueres, J. K.; Han, W.; Metzger, E. J.; Bergman, J. P.; Gratale, D. F.; Miller, D. J.; Tolman, R. L.; MacNaul, K. L.; Berger, J. P.; Doebber, T. W.; Leung, K.; Moller, D. E.; Heck, J. V.; Sahoo, S. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 1801.
15. Koyama, H.; Boueres, J. K.; Miller, D. J.; Berger, J. P.; MacNaul, K. L.; Wang, P. R.; Ippolito, M. C.; Wright, S. D.; Agrawal, A. K.; Moller, D. E.; Sahoo, S. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 3347.
16. Kim, N. J.; Lee, K. O.; Koo, B. W.; Li, F.; Yoo, J. K.; Park, H. J.; Min, K. H.; Lim, J. I.; Kim, M. K.; Kim, J. K.; Suh, Y. G. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 3595.
17. Sauerberg, P.; Bury, P. S.; Mogensen, J. P.; Deussen, H. J.; Pettersson, I.; Fleckner, J.; Nehlin, J.; Frederiksen, K. S.; Albrektsen, T.; Din, N.; Svensson, L. A.; Ynddal, L.; Wulff, E. M.; Jeppesen, L. J. Med. Chem. 2003, 46, 4883.
18. Casimiro-Garcia, A.; Bigge, C. F.; Davis, J. A.; Padalino, T.; Pulaski, J.; Ohren, J. F.; McConnell, P.; Kane, C. D.; Royer, L. J.; Stevens, K. A.; Auerbach, B. J.; Collard, W. T.; McGregor, C.; Fakhoury, S. A.; Schaum, R. P.; Zhou, H. Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 4883.
19. Mahindroo, N.; Wang, C. C.; Liao, C. C.; Huang, C. F.; Lu, I. L.; Lien, T. W.; Peng, Y. H.; Huang, W. J.; Lin, Y. T.; Hsu, M. C.; Lin, C. H.; Tsai, C. H.; Hsu, J. T.; Chen, X.; Lyu, P. C.; Chao, Y. S.; Wu, S. Y.; Hsieh, H. P. J. Med. Chem. 2006, 49, 1212.
20. Mahindroo, N.; Huang, C. F.; Peng, Y. H.; Wang, C. C.; Liao, C. C.; Lien, T. W.; Chittimalla, S. K.; Huang, W. J.; Chai, C. H.; Prakash, E.; Chen, C. P.; Hsu, T. A.; Peng, C. H.; Lu, I. L.; Lee, L. H.; Chang, Y. W.; Chen, W. C.; Chou, Y. C.; Chen, C. T.; Goparaju, C. M.; Chen, Y. S.; Lan, S. J.; Yu, M. C.; Chen, X.; Chao, Y. S.; Wu, S. Y.; Hsieh, H. P. J. Med. Chem. 2005, 48, 8194.
21. Koyama, H.; Miller, D. J.; Boueres, J. K.; Desai, R. C.; Jones, A. B.; Berger, J. P.; MacNaul, K. L.; Kelly, L. J.; Doebber, T. W.; Wu, M. S.; Zhou, G.; Wang, P. R.; Ippolito, M. C.; Chao, Y. S.; Agrawal, A. K.; Franklin, R.; Heck, J. V.; Wright, S. D.; Moller, D. E.; Sahoo, S. P. J. Med. Chem. 2004, 47, 3255.
22. Liu, K.; Xu, L.; Berger, J. P.; Macnaul, K. L.; Zhou, G.; Doebber, T. W.; Forrest, M. J.; Moller, D. E.; Jones, A. B. J. Med. Chem. 2005, 48, 2262.
23. Willson, T. M.; Brown, P. J.; Sternbach, D. D.; Henke, B. R. J. Med. Chem. 2000, 43, 527.
24. Li, Z.; Liao, C.; Ko, B. C.; Shan, S.; Tong, E. H.; Yin, Z.; Pan, D.; Wong, V. K.; Shi, L.; Ning, Z. Q.; Hu, W.; Zhou, J.; Chung, S. S.; Lu, X. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 3507.
25. Mogensen, J. P.; Jeppesen, L.; Bury, P. S.; Pettersson, I.; Fleckner, J.; Nehlin, J.; Frederiksen, K. S.; Albrektsen, T.; Din, N.; Mortensen, S. B.; Svensson, L. A.; Wassermann, K.; Wulff, E. M.; Ynddal, L.; Sauerberg, P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 257.
26. Thor, M.; Beierlein, K.; Dykes, G.; Gustavsson, A. L.; Heidrich, J.; Jendeberg, L.; Lindqvist, B.; Pegurier, C.; Roussel, P.; Slater, M.; Svensson, S.; Sydow-Bäckman, M.; Thornström, U.; Uppenberg, J. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002, 12, 3565.
27. Sauerberg, P.; Mogensen, J. P.; Jeppesen, L.; Bury, P. S.; Fleckner, J.; Olsen, G. S.; Jeppesen, C. B.; Wulff, E. M.; Pihera, P.; Havranek, M.; Polivka, Z.; Pettersson, I. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 3198.
28. Desai, R. C.; Gratale, D. F.; Han, W.; Koyama, H.; Metzger, E.; Lombardo, V. K.; MacNaul, K. L.; Doebber, T. W.; Berger, J. P.; Leung, K.; Franklin, R.; Moller, D. E.; Heck, J. V.; Sahoo, S. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 3541.
29. Caijo, F.; Mosset, P.; Grée, R.; Audinot-Bouchez, V.; Boutin, J.; Renard, P.; Caignard, D. H.; Dacquet, C. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 4421.
30. Han, H. O.; Kim, S. H.; Kim, K. H.; Hur, G. C.; Yim, H. J.; Chung, H. K.; Woo, S. H.; Koo, K. D.; Lee, C. S.; Koh, J. S.; Kim, G. T. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 937.
31. Bharatham, K.; Bharatham, N.; Lee, K. W. Arch. Pharm. Res. 2007, 30, 533.
32. Lee, Y.; Bharatham, N.; Bharatham, K.; Lee, K. W. Bull. Korean. Chem. Soc. 2007, 28, 561.
33. CATALYST 4.10; Accelrys, Inc., San Diego, CA, 2005, http://www.accelrys. com.
34. Du, L. P.; Li, M. Y.; Tsai, K. C.; You, Q. D.; Xia, L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 322, 677.
35. Bharatham, N.; Bharatham, K.; Lee, K. W. J. Mol. Graph. Model. 2007, 25, 813.
36. Bharatham, N.; Bharatham, K.; Lee, K. W. Bull. Korean. Chem. Soc. 2007, 28, 200.
37. Tetko, I. V. Mini. Rev. Med. Chem. 2003, 3, 809.
38. Lipinski, C. A.; Lombardo, F.; Dominy, B. W.; Feeney, P. J. Adv. Drug. Deliv. Rev. 2001, 46, 3.
39. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 727.