Simulation of liquid imidazole using a high-rank quantum topological electrostatic potential

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 45, 2010, Pages 15040-15055

  Shaik, Majeed S ^a   Liem, Steven Y ^a   Yuan, Yongna ^a   Popelier, Paul L A ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IMIDAZOLE; IMIDAZOLE DERIVATIVE;

ARTICLE; CHEMISTRY; DIMERIZATION; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; STATIC ELECTRICITY; TEMPERATURE; THERMODYNAMICS;

DIMERIZATION; HYDROGEN BONDING; IMIDAZOLES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; QUANTUM THEORY; STATIC ELECTRICITY; TEMPERATURE; THERMODYNAMICS;

EID: 78649749305     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp00417k     Document Type: Article

References (82)

1. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926
2. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225
3. W. L. Jorgensen J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657
4. S. Y. Liem P. L. A. Popelier M. Leslie Int. J. Quantum Chem. 2004 99 685
5. C. Sagui L. G. Pedersen T. A. Darden J. Chem. Phys. 2004 120 73
6. S. L. Price S. Hamad A. Torrisi P. G. Karamertzanis M. Leslie C. R. Catlow Mol. Simul. 2006 32 985
7. J. Pranata S. G. Wierschke W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1991 113 2810
8. P. Ren J. W. Ponder J. Phys. Chem. B 2003 107 5933
9. P. J. Winn G. G. Ferenczy C. A. Reynolds J. Phys. Chem. A 1997 101 5437
10. S. W. Brodersen F. J. J. Leusen G. Engel Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 4923
11. G. G. Ferenczy P. J. Winn C. A. Reynolds J. Phys. Chem. A 1997 101 5446
12. U. Koch E. Egert J. Comput. Chem. 1995 16 937
13. T. A. Halgren W. Damm Curr. Opin. Struct. Biol. 2001 11 236
14. D. E. Williams J. Comput. Chem. 2001 22 1154
15. S. L. Price CrystEngComm 2004 6 344
16. V. Marcon G. Raos J. Phys. Chem. B 2004 108 18053
17. P. A. Hunt T. Welton Chem.-Eur. J. 2006 12 6762
18. P. Karamertzanis A. V. Kazantsev G. A. Welch C. S. Adjiman C. C. Pantelides S. L. Price J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1432
19. P. Karamertzanis P. Raiteri A. Galindo J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1590
20. P. Karamertzanis P. Raiteri M. Parrinello M. Leslie S. L. Price J. Phys. Chem. B 2008 112 4928
21. H. Chen T. Yan G. A. Voth J. Phys. Chem. A 2009 113 4507
22. A. J. Stone S. L. Price J. Phys. Chem. 1988 92 3325
23. L. Gontrani R. Caminiti L. Bencivenni C. Sadun Chem. Phys. Lett. 1999 301 131
24. A. A. El-Azhary Spectrochim. Acta, Part A 2003 59 2009
25. J. Ghosh, A Textbook of Pharmaceutical Chemistry, S. Chand & Co Ltd, New Delhi, India, 2003
26. P. Edwards Drug Discovery Today 2001 6 1072
27. H. Kim J. Jang Polymer 2000 41 6553
28. E. S. Selezneva Z. P. Belousova L. A. Gusak E. A. Zvyagina P. P. Purygin Pharm. Chem. J. 1992 26 259
29. A. R. Porter S. Y. Liem P. L. A. Popelier Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 4240
30. T. Welton Chem. Rev. 1999 99 2071
31. P. A. Hunt Mol. Simul. 2006 32 1
32. P. Karamertzanis C. C. Pantelides Mol. Simul. 2004 30 413
33. S. L. Price Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 1996 2009
34. J.-P. Piquemal R. Chelli P. Procacci N. Gresh J. Phys. Chem. 2007 111 8170
35. C. Sagui L. G. Pedersen T. A. Darden J. Chem. Phys. 2004 120 73
36. P. Ren J. W. Ponder J. Phys. Chem. B 2003 107 5933
37. M. G. Darley C. M. Handley P. L. A. Popelier J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1435
38. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules. A Quantum Theory, Oxford University Press, Oxford, Great Britain, 1990
39. P. L. A. Popelier, Atoms in Molecules. An Introduction, Pearson Education, London, Great Britain, 2000
40. C. F. Matta and R. J. Boyd, The Quantum Theory of Atoms in Molecules. From Solid State to DNA and Drug Design, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2007
41. P. L. A. Popelier, F. M. Aicken and S. E. O'Brien, in Chemical Modelling: Applications and Theory, ed., A. Hinchliffe,, Royal Society of Chemistry, Specialist Periodical Report, 2000, vol. 1, ch.3, pp. 143-198
42. C. F. Matta, Quantum Biochemistry: Electronic Structure and Biological Activity, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2010
43. P. Popelier M. Rafat M. Devereux S. Y. Liem M. Leslie Lect. Ser. Comput. Comput. Sci. 2005 4 1251
44. P. L. A. Popelier E. A. G. Bremond Int. J. Quantum Chem. 2009 109 2542
45. P. L. A. Popelier Mol. Phys. 1996 87 1169
46. A. J. Stone, The Theory of Intermolecular Forces, Clarendon, Oxford, Great Britain, 1996
47. P. L. A. Popelier A. J. Stone D. J. Wales Faraday Discuss. 1994 97 243
48. D. S. Kosov P. L. A. Popelier J. Chem. Phys. 2000 113 3969
49. D. S. Kosov P. L. A. Popelier J. Phys. Chem. A 2000 104 7339
50. P. L. A. Popelier L. Joubert D. S. Kosov J. Phys. Chem. A 2001 105 8254
51. L. Joubert P. L. A. Popelier Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 4353
52. P. L. A. Popelier A. J. Stone Mol. Phys. 1994 82 411
53. M. in het Panhuis P. L. A. Popelier R. W. Munn J. G. Angyan J. Chem. Phys. 2001 114 7951
54. S. Y. Liem P. L. A. Popelier J. Chem. Theory Comput. 2008 4 353
55. S. Liem P. L. A. Popelier J. Chem. Phys. 2003 119 4560
56. M. S. Shaik M. Devereux P. L. A. Popelier Mol. Phys. 2008 106 1495 1510
57. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004
58. J. H. Griffiths A. Wardley V. E. Williams N. L. Owen J. Sheridan Nature 1967 216 1301
59. D. Christen J. H. Griffiths J. Sheridan Z. Naturforsch., A: Phys. Phys. Chem. Kosmophys. 1982 37 1378
60. M. A. Spackman Chem. Rev. 1992 92 1769
61. P. L. A. Popelier Comput. Phys. Commun. 1996 93 212
62. P. L. A. Popelier Comput. Phys. Commun. 1998 108 180
63. M. Leslie Mol. Phys. 2008 106 1567
64. W. Smith T. R. Forester J. Mol. Graphics 1996 14 136
65. W. Smith, M. Leslie and T. R. Forester, DLPOLY, CCLRC: Daresbury Lab, Daresbury, Warrington WA4 4AD, England, 2003
66. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. Van Gunsteren A. Dinola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
67. H. J. C. Berendsen and W. F. Van Gunsteren, in MD simulations: techniques and approaches in molecular liquids, dynamics and interactions, ed., W. J. Orville-Thomas,,, A. J. Barnes, and, J. Yarwood,, Reidel, New York, USA, 1984, pp. 475-500
68. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz, Jr. D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
69. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon, Oxford, Great Britain, 1987
70. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712
71. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
72. I. INCHEM, Imidazole, http://www.inchem.org/pages/about.html, 2008
73. N. A. McDonald W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 1998 102 8049
74. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulations of Liquids, Oxford University Press, Oxford, Great Britain, 1993
75. I. M. Svishchev P. G. Kusalik J. Chem. Phys. 1993 99 3049
76. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 491
77. M. O. Sinnokrot C. D. Sherrill J. Phys. Chem. A 2006 110 10656
78. T. van Mourik R. J. Gdanitz J. Chem. Phys. 2002 116 9620
79. M. S. Shaik S. Y. Liem P. L. A. Popelier J. Chem. Phys. 2010 132 174504
80. D. R. Lide and H. P. R. Frederiskse, CRC Handbook of Chemistry and Physics, CRC press, Boca Raton, FL, USA, 78th edn, 1997
81. H. G. M. de Wit C. G. de Kruif J. C. van Miltenburg J. Chem. Thermodyn. 1983 15 891
82. N. A. McDonald W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 1998 102 8049