The activity and expression of microRNAs in prostate cancers

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 12, 2010, Pages 2561-2572

  Fu, Xuping ^a   Xue, Chenyi ^a   Huang, Yan ^a   Xie, Yi ^a   Li, Yao ^a  

^a FUDAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MESSENGER RNA; MICRORNA;

ALGORITHM; ARTICLE; BINDING SITE; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC DATABASE; GENETICS; HUMAN; MALE; META ANALYSIS (TOPIC); METABOLISM; PROSTATE TUMOR; REPRODUCIBILITY; SIGNAL TRANSDUCTION; TUMOR GENE;

ALGORITHMS; BINDING SITES; DATABASES, GENETIC; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENES, NEOPLASM; HUMANS; MALE; META-ANALYSIS AS TOPIC; MICRORNAS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROSTATIC NEOPLASMS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; RNA, MESSENGER; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 78149416948     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00100g     Document Type: Article

References (68)

1. J. Krutzfeldt N. Rajewsky R. Braich K. G. Rajeev T. Tuschl M. Manoharan M. Stoffel Nature 2005 438 685 689
2. L. P. Lim N. C. Lau P. Garrett-Engele A. Grimson J. M. Schelter J. Castle D. P. Bartel P. S. Linsley J. M. Johnson Nature 2005 433 769 773
3. A. Arora D. A. Simpson GenomeBiology 2008 9 R82
4. P. Sood A. Krek M. Zavolan G. Macino N. Rajewsky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2746 2751
5. X. Wang Nucleic Acids Res. 2006 34 1646 1652
6. C. Cheng L. M. Li PLoS One 2008 3 e1989
7. C. Cheng X. Fu P. Alves M. Gerstein GenomeBiology 2009 10 R90
8. A. Israel R. Sharan E. Ruppin E. Galun PLoS One 2009 4 e6045
9. S. Volinia R. Visone M. Galasso E. Rossi C. M. Croce Bioinformatics 2010 26 91 97
10. S. F. Madden S. B. Carpenter I. B. Jeffery H. Bjorkbacka K. A. Fitzgerald L. A. O'Neill D. G. Higgins BMC Bioinformatics 2010 11 257
11. S. Ambs R. L. Prueitt M. Yi R. S. Hudson T. M. Howe F. Petrocca T. A. Wallace C. G. Liu S. Volinia G. A. Calin H. G. Yfantis R. M. Stephens C. M. Croce Cancer Res. 2008 68 6162 6170
12. J. Lu G. Getz E. A. Miska E. Alvarez-Saavedra J. Lamb D. Peck A. Sweet-Cordero B. L. Ebert R. H. Mak A. A. Ferrando J. R. Downing T. Jacks H. R. Horvitz T. R. Golub Nature 2005 435 834 838
13. K. P. Porkka M. J. Pfeiffer K. K. Waltering R. L. Vessella T. L. Tammela T. Visakorpi Cancer Res. 2007 67 6130 6135
14. A. Schaefer M. Jung H. J. Mollenkopf I. Wagner C. Stephan F. Jentzmik K. Miller M. Lein G. Kristiansen K. Jung Int. J. Cancer 126 1166 1176
15. S. Volinia G. A. Calin C. G. Liu S. Ambs A. Cimmino F. Petrocca R. Visone M. Iorio C. Roldo M. Ferracin R. L. Prueitt N. Yanaihara G. Lanza A. Scarpa A. Vecchione M. Negrini C. C. Harris C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2257 2261
16. M. J. Lodes M. Caraballo D. Suciu S. Munro A. Kumar B. Anderson PLoS One 2009 4 e6229
17. A. W. Tong P. Fulgham C. Jay P. Chen I. Khalil S. Liu N. Senzer A. C. Eklund J. Han J. Nemunaitis Cancer Gene Ther 2009 16 206 216
18. R. Sun X. Fu Y. Li Y. Xie Y. Mao BMC Genomics 2009 10 93
19. N. B. Grover Computer Programs in Biomedicine 1977 7 247 250
20. Y. P. Yu D. Landsittel L. Jing J. Nelson B. Ren L. Liu C. McDonald R. Thomas R. Dhir S. Finkelstein G. Michalopoulos M. Becich J. H. Luo J. Clin. Oncol. 2004 22 2790 2799
21. J. Lapointe C. Li J. P. Higgins M. van de Rijn E. Bair K. Montgomery M. Ferrari L. Egevad W. Rayford U. Bergerheim P. Ekman A. M. DeMarzo R. Tibshirani D. Botstein P. O. Brown J. D. Brooks J. R. Pollack Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 811 816
22. R. O. Stuart W. Wachsman C. C. Berry J. Wang-Rodriguez L. Wasserman I. Klacansky D. Masys K. Arden S. Goodison M. McClelland Y. Wang A. Sawyers I. Kalcheva D. Tarin D. Mercola Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 615 620
23. D. Singh P. G. Febbo K. Ross D. G. Jackson J. Manola C. Ladd P. Tamayo A. A. Renshaw A. V. D'Amico J. P. Richie E. S. Lander M. Loda P. W. Kantoff T. R. Golub W. R. Sellers Cancer Cell 2002 1 203 209
24. S. A. Tomlins R. Mehra D. R. Rhodes X. Cao L. Wang S. M. Dhanasekaran S. Kalyana-Sundaram J. T. Wei M. A. Rubin K. J. Pienta R. B. Shah A. M. Chinnaiyan Nat. Genet. 2007 39 41 51
25. J. B. Welsh L. M. Sapinoso A. I. Su S. G. Kern J. Wang-Rodriguez C. A. Moskaluk H. F. Frierson, Jr. G. M. Hampton Cancer Res. 2001 61 5974 5978
26. S. M. Dhanasekaran T. R. Barrette D. Ghosh R. Shah S. Varambally K. Kurachi K. J. Pienta M. A. Rubin A. M. Chinnaiyan Nature 2001 412 822 826
27. B. John A. J. Enright A. Aravin T. Tuschl C. Sander D. S. Marks PLoS Biol. 2004 2 e363
28. M. Kertesz N. Iovino U. Unnerstall U. Gaul E. Segal Nat. Genet. 2007 39 1278 1284
29. B. P. Lewis C. B. Burge D. P. Bartel Cell 2005 120 15 20
30. S. Varambally J. Yu B. Laxman D. R. Rhodes R. Mehra S. A. Tomlins R. B. Shah U. Chandran F. A. Monzon M. J. Becich J. T. Wei K. J. Pienta D. Ghosh M. A. Rubin A. M. Chinnaiyan Cancer Cell 2005 8 393 406
31. B. L. Hood M. M. Darfler T. G. Guiel B. Furusato D. A. Lucas B. R. Ringeisen I. A. Sesterhenn T. P. Conrads T. D. Veenstra D. B. Krizman Mol. Cell. Proteomics 2005 4 1741 1753
32. M. Ozen C. J. Creighton M. Ozdemir M. Ittmann Oncogene 2008 27 1788 1793
33. P. Gandellini M. Folini N. Zaffaroni Trends Mol. Med. 2009 15 381 390
34. K. D. Sorensen T. F. Orntoft Expert Rev. Mol. Diagn. 2010 10 49 64
35. M. L. Yeung J. Yasunaga Y. Bennasser N. Dusetti D. Harris N. Ahmad M. Matsuoka K. T. Jeang Cancer Res. 2008 68 8976 8985
36. L. Du J. J. Schageman M. C. Subauste B. Saber S. M. Hammond L. Prudkin Wistuba, II L. Ji J. A. Roth J. D. Minna A. Pertsemlidis Mol. Cancer Res. 2009 7 1234 1243
37. M. F. Segura D. Hanniford S. Menendez L. Reavie X. Zou S. Alvarez-Diaz J. Zakrzewski E. Blochin A. Rose D. Bogunovic D. Polsky J. Wei P. Lee I. Belitskaya-Levy N. Bhardwaj I. Osman E. Hernando Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 1814 1819
38. I. K. Guttilla B. A. White J. Biol. Chem. 2009 284 23204 23216
39. C. Clape V. Fritz C. Henriquet F. Apparailly P. L. Fernandez F. Iborra C. Avances M. Villalba S. Culine L. Fajas PLoS One 2009 4 e7542
40. I. G. Cannell Y. W. Kong M. Bushell Biochem. Soc. Trans. 2008 36 1224 1231
41. W. Filipowicz S. N. Bhattacharyya N. Sonenberg Nat. Rev. Genet. 2008 9 102 114
42. J. Liu Curr. Opin. Cell Biol. 2008 20 214 221
43. D. P. Bartel Cell 2009 136 215 233
44. T. P. Chendrimada R. I. Gregory E. Kumaraswamy J. Norman N. Cooch K. Nishikura R. Shiekhattar Nature 2005 436 740 744
45. G. Meister M. Landthaler A. Patkaniowska Y. Dorsett G. Teng T. Tuschl Mol. Cell 2004 15 185 197
46. S. Nottrott M. J. Simard J. D. Richter Nat. Struct. Mol. Biol. 2006 13 1108 1114
47. J. Hock L. Weinmann C. Ender S. Rudel E. Kremmer M. Raabe H. Urlaub G. Meister EMBO Rep. 2007 8 1052 1060
48. D. Lazzaretti I. Tournier E. Izaurralde RNA 2009 15 1059 1066
49. C. B. Nielsen N. Shomron R. Sandberg E. Hornstein J. Kitzman C. B. Burge RNA 2007 13 1894 1910
50. A. Grimson K. K. Farh W. K. Johnston P. Garrett-Engele L. P. Lim D. P. Bartel Mol. Cell 2007 27 91 105
51. S. Draghici P. Khatri A. C. Eklund Z. Szallasi Trends Genet. 2006 22 101 109
52. J. P. Ioannidis D. B. Allison C. A. Ball I. Coulibaly X. Cui A. C. Culhane M. Falchi C. Furlanello L. Game G. Jurman J. Mangion T. Mehta M. Nitzberg G. P. Page E. Petretto V. van Noort Nat. Genet. 2009 41 149 155
53. N. Rosenfeld R. Aharonov E. Meiri S. Rosenwald Y. Spector M. Zepeniuk H. Benjamin N. Shabes S. Tabak A. Levy D. Lebanony Y. Goren E. Silberschein N. Targan A. Ben-Ari S. Gilad N. Sion-Vardy A. Tobar M. Feinmesser O. Kharenko O. Nativ D. Nass M. Perelman A. Yosepovich B. Shalmon S. Polak-Charcon E. Fridman A. Avniel I. Bentwich Z. Bentwich D. Cohen A. Chajut I. Barshack Nat. Biotechnol. 2008 26 462 469
54. L. Ein-Dor I. Kela G. Getz D. Givol E. Domany Bioinformatics 2005 21 171 178
55. M. B. Eisen P. T. Spellman P. O. Brown D. Botstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 14863 14868
56. C. L. Yauk A. Rowan-Carroll J. D. Stead A. Williams BMC Genomics 2010 11 330
57. R. Bargaje M. Hariharan V. Scaria B. Pillai RNA 2010 16 16 25
58. F. Sato S. Tsuchiya K. Terasawa G. Tsujimoto PLoS One 2009 4 e5540
59. V. Coppola R. De Maria D. Bonci Endocr. Relat. Cancer 2010 17 F1 17
60. W. M. Merritt Y. G. Lin L. Y. Han A. A. Kamat W. A. Spannuth R. Schmandt D. Urbauer L. A. Pennacchio J. F. Cheng A. M. Nick M. T. Deavers A. Mourad-Zeidan H. Wang P. Mueller M. E. Lenburg J. W. Gray S. Mok M. J. Birrer G. Lopez-Berestein R. L. Coleman M. Bar-Eli A. K. Sood N. Engl. J. Med. 2008 359 2641 2650
61. B. Khraiwesh M. A. Arif G. I. Seumel S. Ossowski D. Weigel R. Reski W. Frank Cell 2010 140 111 122
62. E. F. Petricoin, 3rd V. E. Bichsel V. S. Calvert V. Espina M. Winters L. Young C. Belluco B. J. Trock M. Lippman D. A. Fishman D. C. Sgroi P. J. Munson L. J. Esserman L. A. Liotta J. Clin. Oncol. 2005 23 3614 3621
63. F. Rapaport A. Zinovyev M. Dutreix E. Barillot J. P. Vert BMC Bioinformatics 2007 8 35
64. H. H. Chang M. F. Ramoni BMC Bioinformatics 2009 10 suppl 9 S1
65. H. Y. Chuang E. Lee Y. T. Liu D. Lee T. Ideker Mol. Syst. Biol. 2007 3 140
66. O. Troyanskaya M. Cantor G. Sherlock P. Brown T. Hastie R. Tibshirani D. Botstein R. B. Altman Bioinformatics 2001 17 520 525
67. R. B. Darlington A. F. Hayes Psychol. Methods 2000 5 496 515
68. A. Reiner D. Yekutieli Y. Benjamini Bioinformatics 2003 19 368 375