SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 10, 2010, Pages 3079-3091

Mixed quantum mechanics/molecular mechanics scoring function to predict protein-ligand binding affinity

(3) Hayik, Seth A a,b Dunbrack, Roland a Merz, Kenneth M b

a FOX CHASE CANCER CENTER (United States)

b University of Florida (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77957954013 PISSN: 15499618 EISSN: 15499626 Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct100315g Document Type: Article

Times cited : (69)

References (66)

1
- 0037107887
- Lyne, P. D. Drug Discovery Today 2002, 7, 1047-1055
- (2002) Drug Discovery Today , vol.7 , pp. 1047-1055
- Lyne, P.D.¹

2
- 1642357706
- Jorgensen, W. L. Science 2004, 303, 1813-1818
- (2004) Science , vol.303 , pp. 1813-1818
- Jorgensen, W.L.¹

3
- 0036136868
- Clark, R. D.; Strizhev, A.; Leonard, J. M.; Blake, J. F.; Matthew, J. B. J. Mol. Graphics Modell. 2002, 20, 281-295
- (2002) J. Mol. Graphics Modell. , vol.20 , pp. 281-295
- Clark, R.D.¹ Strizhev, A.² Leonard, J.M.³ Blake, J.F.⁴ Matthew, J.B.⁵

4
- 0032112137
- Bohm, H. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 309-323
- (1998) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.12 , pp. 309-323
- Bohm, H.J.¹

5
- 0037763817
- Wang, R.; Lu, Y.; Wang, S. J. Med. Chem. 2003, 46, 2287-2303
- (2003) J. Med. Chem. , vol.46 , pp. 2287-2303
- Wang, R.¹ Lu, Y.² Wang, S.³

6
- 0041919542
- Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Taylor, R. D. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 52, 609-623
- (2003) Proteins: Struct., Funct., Genet. , vol.52 , pp. 609-623
- Verdonk, M.L.¹ Cole, J.C.² Hartshorn, M.J.³ Murray, C.W.⁴ Taylor, R.D.⁵

7
- 76149120388
- Trott, O.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 2009, 31, 455-461
- (2009) J. Comput. Chem. , vol.31 , pp. 455-461
- Trott, O.¹ Olson, A.J.²

8
- 0028454828
- Bohm, H. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 243-256
- (1994) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.8 , pp. 243-256
- Bohm, H.J.¹

9
- 0031226772
- Eldridge, M. D.; Murray, C. W.; Auton, T. R.; Paolini, G. V.; Mee, R. P. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1997, 11, 425-445
- (1997) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.11 , pp. 425-445
- Eldridge, M.D.¹ Murray, C.W.² Auton, T.R.³ Paolini, G.V.⁴ Mee, R.P.⁵

10
- 0034645763
- Gohlke, H.; Hendlich, M.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 2000, 295, 337-356
- (2000) J. Mol. Biol. , vol.295 , pp. 337-356
- Gohlke, H.¹ Hendlich, M.² Klebe, G.³

11
- 1942471391
- Ferrara, P.; Gohlke, H.; Price, D. J.; Klebe, G.; Brooks, C. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 3032-3047
- (2004) J. Med. Chem. , vol.47 , pp. 3032-3047
- Ferrara, P.¹ Gohlke, H.² Price, D.J.³ Klebe, G.⁴ Brooks, C.L.⁵

12
- 20444377245
- Kuhn, B.; Gerber, P.; Schulz-Gasch, T.; Stahl, M. J. Med. Chem. 2005, 48, 4040-4048
- (2005) J. Med. Chem. , vol.48 , pp. 4040-4048
- Kuhn, B.¹ Gerber, P.² Schulz-Gasch, T.³ Stahl, M.⁴

13
- 33645400172
- Steinbrecher, T.; Case, D. A.; Labahn, A. J. Med. Chem. 2006, 49, 1837-1844
- (2006) J. Med. Chem. , vol.49 , pp. 1837-1844
- Steinbrecher, T.¹ Case, D.A.² Labahn, A.³

14
- 0034521981
- Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
- (2000) Acc. Chem. Res. , vol.33 , pp. 889-897
- Kollman, P.A.¹ Massova, I.² Reyes, C.³ Kuhn, B.⁴ Huo, S.⁵ Chong, L.⁶ Lee, M.⁷ Lee, T.⁸ Duan, Y.⁹ Wang, W.¹⁰ Donini, O.¹¹ Cieplak, P.¹² Srinivasan, J.¹³ Case, D.A.¹⁴ Cheatham III, T.E.¹⁵

15
- 84961980685
- Kuhn, B.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 3786-3791
- (2000) J. Med. Chem. , vol.43 , pp. 3786-3791
- Kuhn, B.¹ Kollman, P.A.²

16
- 18744372751
- Woo, H. J.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6825-6830
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 6825-6830
- Woo, H.J.¹ Roux, B.²

17
- 0037142298
- Ishchenko, A. V.; Shakhnovich, E. I. J. Med. Chem. 2002, 45, 2770-2780
- (2002) J. Med. Chem. , vol.45 , pp. 2770-2780
- Ishchenko, A.V.¹ Shakhnovich, E.I.²

18
- 33645060728
- Brenk, R.; Vetter, S. W.; Boyce, S. E.; Goodin, D. B.; Shoichet, B. K. J. Mol. Biol. 2006, 357, 1449-1470
- (2006) J. Mol. Biol. , vol.357 , pp. 1449-1470
- Brenk, R.¹ Vetter, S.W.² Boyce, S.E.³ Goodin, D.B.⁴ Shoichet, B.K.⁵

19
- 24944529911
- Irwin, J. J.; Raushel, F. M.; Shoichet, B. K. Biochemistry 2005, 44, 12316-12328
- (2005) Biochemistry , vol.44 , pp. 12316-12328
- Irwin, J.J.¹ Raushel, F.M.² Shoichet, B.K.³

20
- 28044438176
- Nemoto, T.; Fedorov, D. G.; Uebayasi, M.; Kanazawa, K.; Kitaura, K.; Komeiji, Y. Comput. Biol. Chem. 2005, 29, 434-439
- (2005) Comput. Biol. Chem. , vol.29 , pp. 434-439
- Nemoto, T.¹ Fedorov, D.G.² Uebayasi, M.³ Kanazawa, K.⁴ Kitaura, K.⁵ Komeiji, Y.⁶

21
- 0000721543
- Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701-706
- (1999) Chem. Phys. Lett. , vol.313 , pp. 701-706
- Kitaura, K.¹ Ikeo, E.² Asada, T.³ Nakano, T.⁴

22
- 4143104515
- Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643-6649
- (1996) J. Chem. Phys. , vol.104 , pp. 6643-6649
- Dixon, S.L.¹ Merz Jr., K.M.²

23
- 0346506503
- Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879-893
- (1997) J. Chem. Phys. , vol.107 , pp. 879-893
- Dixon, S.L.¹ Merz Jr., K.M.²

24
- 1142279661
- Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145-1148
- (2004) J. Chem. Phys. , vol.120 , pp. 1145-1148
- Zhang, D.W.¹ Xiang, Y.² Gao, A.M.³ Zhang, J.Z.⁴

25
- 0942276314
- Raha, K.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1020-1021
- (2004) J. Am. Chem. Soc. , vol.126 , pp. 1020-1021
- Raha, K.¹ Merz Jr., K.M.²

26
- 22244451417
- Raha, K.; Merz, K. M., Jr. J. Med. Chem. 2005, 48, 4558-4575
- (2005) J. Med. Chem. , vol.48 , pp. 4558-4575
- Raha, K.¹ Merz Jr., K.M.²

27
- 34548430376
- Raha, K.; Peters, M. B.; Wang, B.; Yu, N.; WollaCott, A. M.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M., Jr. Drug Discovery Today 2007, 12, 725-731
- (2007) Drug Discovery Today , vol.12 , pp. 725-731
- Raha, K.¹ Peters, M.B.² Wang, B.³ Yu, N.⁴ Wollacott, A.M.⁵ Westerhoff, L.M.⁶ Merz Jr., K.M.⁷

28
- 0017100947
- Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249
- (1976) J. Mol. Biol. , vol.103 , pp. 227-249
- Warshel, A.¹ Levitt, M.²

29
- 84986513644
- Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733
- (1990) J. Comput. Chem. , vol.11 , pp. 700-733
- Field, M.J.¹ Bash, P.A.² Karplus, M.³

30
- 0032711930
- Monard, G.; Merz, K. M., Jr. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 904-911
- (1999) Acc. Chem. Res. , vol.32 , pp. 904-911
- Monard, G.¹ Merz Jr., K.M.²

31
- 33645845675
- Friesner, R. A. Adv. Protein Chem. 2005, 72, 79-104
- (2005) Adv. Protein Chem. , vol.72 , pp. 79-104
- Friesner, R.A.¹

32
- 34547507515
- Senn, H. M.; Thiel, W. Top. Curr. Chem. 2007, 268, 173-290
- (2007) Top. Curr. Chem. , vol.268 , pp. 173-290
- Senn, H.M.¹ Thiel, W.²

33
- 60349127442
- Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198-1229
- (2009) Angew. Chem., Int. Ed. , vol.48 , pp. 1198-1229
- Senn, H.M.¹ Thiel, W.²

34
- 33646875701
- Peters, M. B.; Raha, K.; Merz, K. M., Jr. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2006, 9, 370-379
- (2006) Curr. Opin. Drug Discovery Dev. , vol.9 , pp. 370-379
- Peters, M.B.¹ Raha, K.² Merz Jr., K.M.³

35
- 47749108669
- Zhou, T.; Huang, D.; Caflisch, A. J. Med. Chem. 2008, 51, 4280-4288
- (2008) J. Med. Chem. , vol.51 , pp. 4280-4288
- Zhou, T.¹ Huang, D.² Caflisch, A.³

36
- 70349934530
- Cho, A. E.; Rinaldo, D. J. Comput. Chem. 2009, 2609-2616
- (2009) J. Comput. Chem. , pp. 2609-2616
- Cho, A.E.¹ Rinaldo, D.²

37
- 20344362412
- Grater, F.; Schwarzl, S. M.; Dejaegere, A.; Fischer, S.; Smith, J. C. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10474-10483
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 10474-10483
- Grater, F.¹ Schwarzl, S.M.² Dejaegere, A.³ Fischer, S.⁴ Smith, J.C.⁵

38
- 0036722785
- Schwarzl, S. M.; Tschopp, T. B.; Smith, J. C.; Fischer, S. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1143-1149
- (2002) J. Comput. Chem. , vol.23 , pp. 1143-1149
- Schwarzl, S.M.¹ Tschopp, T.B.² Smith, J.C.³ Fischer, S.⁴

39
- 65349110014
- Gleeson, M. P.; Gleeson, D. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 670-677
- (2009) J. Chem. Inf. Model. , vol.49 , pp. 670-677
- Gleeson, M.P.¹ Gleeson, D.²

40
- 66149144253
- Fong, P.; McNamara, J. P.; Hillier, I. H.; Bryce, R. A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 913-924
- (2009) J. Chem. Inf. Model. , vol.49 , pp. 913-924
- Fong, P.¹ McNamara, J.P.² Hillier, I.H.³ Bryce, R.A.⁴

41
- 64549162370
- Anisimov, V. M.; Bugaenko, V. L. J. Comput. Chem. 2008, 784-798
- (2008) J. Comput. Chem. , pp. 784-798
- Anisimov, V.M.¹ Bugaenko, V.L.²

42
- 57449089629
- Illingworth, C. J. R.; Morris, G. M.; Parkes, K. E. B.; Snell, C. R.; Reynolds, C. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 12157-12163
- (2008) J. Phys. Chem. A , vol.112 , pp. 12157-12163
- Illingworth, C.J.R.¹ Morris, G.M.² Parkes, K.E.B.³ Snell, C.R.⁴ Reynolds, C.A.⁵

43
- 20344403522
- Cho, A. E.; Guallar, V.; Berne, B. J.; Friesner, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 915-931
- (2005) J. Comput. Chem. , vol.26 , pp. 915-931
- Cho, A.E.¹ Guallar, V.² Berne, B.J.³ Friesner, R.⁴

44
- 0037459224
- Garcia-Viloca, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Mol. Biol. 2003, 327, 549-560
- (2003) J. Mol. Biol. , vol.327 , pp. 549-560
- Garcia-Viloca, M.¹ Truhlar, D.G.² Gao, J.³

45
- 58049209744
- Ji, C. G.; Zhang, J. Z. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17129-17133
- (2008) J. Am. Chem. Soc. , vol.130 , pp. 17129-17133
- Ji, C.G.¹ Zhang, J.Z.²

46
- 52149095458
- Illingworth, C. J. R.; Parkes, K. E.; Snell, C. R.; Marti, S.; Moliner, V.; Reynolds, C. A. Mol. Phys. 2008, 106, 1511-1515
- (2008) Mol. Phys. , vol.106 , pp. 1511-1515
- Illingworth, C.J.R.¹ Parkes, K.E.² Snell, C.R.³ Marti, S.⁴ Moliner, V.⁵ Reynolds, C.A.⁶

47
- 33748518255
- Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
- (2006) Proteins , vol.65 , pp. 712-725
- Hornak, V.¹ Abel, R.² Okur, A.³ Strockbine, B.⁴ Roitberg, A.⁵ Simmerling, C.⁶

48
- 0000831054
- Field, M. J.; Albe, M.; Bret, C.; Proust-De Martin, F.; Thomas, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1088-1100
- (2000) J. Comput. Chem. , vol.21 , pp. 1088-1100
- Field, M.J.¹ Albe, M.² Bret, C.³ Proust-De Martin, F.⁴ Thomas, A.⁵

49
- 42149100111
- Walker, R. C.; Crowley, M. F.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1019-1031
- (2008) J. Comput. Chem. , vol.29 , pp. 1019-1031
- Walker, R.C.¹ Crowley, M.F.² Case, D.A.³

50
- 0017411710
- Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J.; Meyer, E. F., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542
- (1977) J. Mol. Biol. , vol.112 , pp. 535-542
- Bernstein, F.C.¹ Koetzle, T.F.² Williams, G.J.³ Meyer Jr., E.F.⁴ Brice, M.D.⁵ Rodgers, J.R.⁶ Kennard, O.⁷ Shimanouchi, T.⁸ Tasumi, M.⁹

51
- 23444454552
- Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
- (2005) J. Comput. Chem. , vol.26 , pp. 1668-1688
- Case, D.A.¹ Cheatham, T.E.² Darden, T.³ Gohlke, H.⁴ Luo, R.⁵ Merz, K.M.⁶ Onufriev, A.⁷ Simmerling, C.⁸ Wang, B.⁹ Woods, R.J.¹⁰

52
- 0842341771
- Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909
- (1985) J. Am. Chem. Soc. , vol.107 , pp. 3902-3909
- Dewar, M.J.S.¹ Zoebisch, E.G.² Healy, E.F.³ Stewart, J.P.⁴

53
- 0035940247
- Fischer, S.; Smith, J. C.; Verma, C. S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8050-8055
- (2001) J. Phys. Chem. B , vol.105 , pp. 8050-8055
- Fischer, S.¹ Smith, J.C.² Verma, C.S.³

54
- 33846822002
- Chang, C. E. A.; Chen, W.; Gilson, M. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1534-1539
- (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.104 , pp. 1534-1539
- Chang, C.E.A.¹ Chen, W.² Gilson, M.K.³

55
- 0036821028
- Murray, C. W.; Verdonk, M. L. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002, 16, 741-753
- (2002) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.16 , pp. 741-753
- Murray, C.W.¹ Verdonk, M.L.²

56
- 0029755204
- Calvin, M. D.; Head, J. D.; Jin, S. Q. Surf. Sci. 1996, 345, 161-172
- (1996) Surf. Sci. , vol.345 , pp. 161-172
- Calvin, M.D.¹ Head, J.D.² Jin, S.Q.³

57
- 0033536456
- Zou, X. Q.; Sun, Y. X.; Kuntz, I. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8033-8043
- (1999) J. Am. Chem. Soc. , vol.121 , pp. 8033-8043
- Zou, X.Q.¹ Sun, Y.X.² Kuntz, I.D.³

58
- 58149166709
- Hayik, S. A.; Liao, N.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1200-1207
- (2008) J. Chem. Theory Comput. , vol.4 , pp. 1200-1207
- Hayik, S.A.¹ Liao, N.² Merz Jr., K.M.³

59
- 0035895423
- Archontis, G.; Simonson, T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 306, 307-327
- (2001) J. Mol. Biol. , vol.306 , pp. 307-327
- Archontis, G.¹ Simonson, T.² Karplus, M.³

60
- 0029248338
- Storer, J. W.; Giesen, D. J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1995, 9, 87-110
- (1995) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.9 , pp. 87-110
- Storer, J.W.¹ Giesen, D.J.² Cramer, C.J.³ Truhlar, D.G.⁴

61
- 0028102849
- Vajda, S.; Weng, Z. P.; Rosenfeld, R.; Delisi, C. Biochemistry 1994, 33, 13977-13988
- (1994) Biochemistry , vol.33 , pp. 13977-13988
- Vajda, S.¹ Weng, Z.P.² Rosenfeld, R.³ Delisi, C.⁴

62
- 0030905238
- Bardi, J. S.; Luque, I.; Freire, E. Biochemistry 1997, 36, 6588-6596
- (1997) Biochemistry , vol.36 , pp. 6588-6596
- Bardi, J.S.¹ Luque, I.² Freire, E.³

63
- 26444588137
- Velec, H. F.; Gohlke, H.; Klebe, G. J. Med. Chem. 2005, 48, 6296-6303
- (2005) J. Med. Chem. , vol.48 , pp. 6296-6303
- Velec, H.F.¹ Gohlke, H.² Klebe, G.³

64
- 84912079256
- Legrand, S. M.; Merz, K. M., Jr. J. Comput. Chem. 1993, 14, 349-352
- (1993) J. Comput. Chem. , vol.14 , pp. 349-352
- Legrand, S.M.¹ Merz Jr., K.M.²

65
- 11644261806
- Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662
- (1998) J. Comput. Chem. , vol.19 , pp. 1639-1662
- Morris, G.M.¹ Goodsell, D.S.² Halliday, R.S.³ Huey, R.⁴ Hart, W.E.⁵ Belew, R.K.⁶ Olson, A.J.⁷

66
- 84986432941
- Meng, E. C.; Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J. Comput. Chem. 1992, 13, 505-524
- (1992) J. Comput. Chem. , vol.13 , pp. 505-524
- Meng, E.C.¹ Shoichet, B.K.² Kuntz, I.D.³

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.