Structural classification of the amide i sites of a β-hairpin with isotope label 2DIR spectroscopy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 32, 2010, Pages 9347-9357

  Roy, Santanu ^a   Jansen, Thomas L C ^a   Knoester, Jasper ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; ISOTOPE LABELING; MOLECULAR DYNAMICS; PH; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

AMIDES; HYDROGEN BONDING; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; ISOTOPE LABELING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 77955383498     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b925645h     Document Type: Article

References (65)

1. D. J. Selkoe Nat. Cell Biol. 2004 6 1054
2. E. T. A. S. Jaikaran A. Clark Biochimica et Biophysica Acta 2001 1537 179
3. C. M. Dobson Nature 2003 426 884
4. M. Shirts V. S. Pande Science 2000 290 1903
5. M. Pfuhl P. C. Driscoll Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2000 358 513 545
6. J. Balbach J. Am. Chem. Soc. 2000 122 5887
7. D. J. Segel A. Bachmann J. Hofrichter K. O. Hodgson S. Doniach T. Kiefhaber J. Mol. Biol. 1999 288 489
8. S. Arai M. Hirai Biophys. J. 1999 76 2192 2197
9. C. A. Royer Biophys. J. 1995 68 1191
10. N. J. Greenfield Nat. Protoc. 2007 1 2876
11. P. Hamm M. H. Lim R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 1998 102 6123
12. S. Mukamel Annu. Rev. Phys. Chem. 2000 51 691
13. M. Cho Chem. Rev. 2008 108 1331
14. H. J. Dyson P. E. Wright Methods Enzymol. 2005 394 299
15. A. G. Palmer III C. D. Kroenke J. P. Loria Methods Enzymol. 2001 339 204
16. K. Hauser C. Krejtschi R. Huang L. Wu T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2984
17. J. Manor P. Mukherjee Y.-S. Lin H. Leonov J. L. Skinner M. T. Zanni I. T. Arkin Structure 2009 17 247
18. P. Mukherjee I. Kass I. T. Arkin M. T. Zanni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 3528
19. S. H. Shim R. Gupta Y. L. Ling D. B. Strasfeld D. P. Releigh M. T. Zanni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 6614
20. A. G. Cochran N. J. Skelton M. A. Starovasnik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5578
21. Y. Xiao C. Chen Y. He Int. J. Mol. Sci. 2009 10 2838
22. D. Du Y. Zhu F. Gai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15915
23. W. Y. Yang J. W. Pitera W. C. Swope M. Gruebele J. Mol. Biol. 2004 336 241
24. W. Y. Yang M. Gruebele J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7758
25. C. D. Snow L. Qiu D. Du S. J. Hagen V. S. Pande Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4077
26. H. Nymeyer J. Phys. Chem. B 2009 113 8288
27. V. Munoz E. R. Henry J. Hofrichter W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5872
28. V. Munoz P. A. Thompson J. Hofrichter W. A. Eaton Nature 1997 390 196
29. A. R. Dinner T. Lazaridis M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9068
30. V. S. Pande D. S. Rokhsar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9062
31. G. Wei N. Mousseau P. Derreumaux Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 56 464
32. J. Tsai M. Levitt Biophys. Chem. 2002 101 187
33. J. Wang J. Chen R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2006 110 7545
34. A. W. Smith A. Tokmakoff J. Chem. Phys. 2007 126 045109
35. T. L. C. Jansen J. Knoester Biophys. J. 2008 94 1818
36. J. Wang W. Zhuang S. Mukamel R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2008 112 5930
37. Z. Ganim A. Tokmakoff Biophys. J. 2006 91 2636
38. N. Demirdöven C. M. Cheatum H. S. Chung M. Khalil J. Knoester A. Tokmakoff J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7981 7990
39. A. G. Dijkstra J. Knoester J. Phys. Chem. B 2005 109 9787
40. A. W. Smith H. S. Chung Z. Ganim A. Tokmakoff J. Phys. Chem. B 2005 109 17025
41. C. Krejtschi R. Huang T. A. Keiderling K. Hauser Vib. Spectrosc. 2008 48 1
42. X. Daura K. Gademann B. Jaun D. Seeback W. F. van Gunsteren A. E. Mark Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 236
43. D. v. d. Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701
44. W. L. Jorgensen J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657
45. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren and J. Hermans, Intermolecular Forces, ed., B. Pullman, Reidel, Dordrecht, 1981, p. 331
46. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463
47. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. v. Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
48. T. L. C. Jansen J. Knoester J. Chem. Phys. 2006 124 044502
49. T. L. C. Jansen A. G. Dijkstra T. M. Watson J. D. Hirst J. Knoester J. Chem. Phys. 2006 125 044312
50. C. J. Fecko J. D. Eaves J. J. Loparo A. Tokmakoff P. L. Geissler Science 2003 301 1698
51. J. H. Choi S. Y. Ham M. Cho J. Phys. Chem. B 2003 107 9132 9138
52. T. Hayashi T. L. C. Jansen W. Zhuang S. Mukamel J. Phys. Chem. A 2005 109 64
53. P. Hamm S. Woutersen Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002 75 985
54. Y.-S. Lin J. M. Shorb P. Mukherjee M. T. Zanni J. L. Skinner J. Phys. Chem. B 2009 113 592
55. N. Sengupta H. Maekawa W. Zhuang C. Toniolo S. Mukamel D. J. Tobias N. H. Ge J. Phys. Chem. B 2009 113 12037
56. T. L. C. Jansen J. Knoester J. Phys. Chem. B 2006 110 22910
57. K. Kwac H. Lee M. Cho J. Chem. Phys. 2004 120 1477
58. M. Kobus R. D. Gorbunov P. H. Nguyen G. Stock Chem. Phys. 2008 347 208
59. J. D. Chodera N. Singhal V. S. Pande K. A. Dill W. C. Swope J. Chem. Phys. 2007 126 155101
60. H. Maekawa N. H. Ge J. Phys. Chem. B 2010 114 1434
61. E. G. Hutchinson J. M. Thornton Protein Sci. 1994 3 2207
62. A. W. Smith, PhD Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2008
63. Y. Mu D. S. Kosov G. Stock J. Phys. Chem. B 2003 107 5064
64. Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 1999 314 141
65. D. J. Earl M. W. Deem Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3910