Nonadiabatic effects in the two-dimensional infrared spectra of peptides: Application to alanine dipeptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 45, 2006, Pages 22910-22916

  Jansen, Thomas La Cour ^a   Knoester, Jasper ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; EXTRACTION; HAMILTONIANS; INFRARED SPECTROSCOPY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS;

ALANINE DIPEPTIDE; NONADIABATIC EFFECTS; POPULATION TRANSFER;

AMINO ACIDS;

EID: 33751216142     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp064795t     Document Type: Article

References (44)

1. Hamm, P.; Lim, M. H.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
2. Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2001, 86 (10), 2154-2157.
3. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 691.
4. Hahn, E. L. Phys. Rev. 1950, 80, 580.
5. Stryer, L.; Tymoczko, J. L.; Berg, J. M. Biochemistry, 5th ed.; Freeman: New York, 2002.
6. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (25), 7981-7990.
7. Abramavicius, D.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108 (108), 18034.
8. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7737.
9. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T.-K.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
10. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5835.
11. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Kwac, K.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12431.
12. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Payer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2003, 374 (3-4), 362-371.
13. Zanni, M. T.; Asplund, M. C.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2001, 114 (10), 4579-4590.
14. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107 (35), 9165-9169.
15. Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Fecko, C. J.; Roberts, G. M.; Tokmakoff, A.; Geiger, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13019.
16. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13379.
17. Volkov, V.; Chelli, R.; Righini, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1499.
18. DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016.
19. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature (London) 2005, 434, 199.
20. Mukamel, S.; Abramavicius, D. Chem. Rev. 2004, 104, 2073.
21. Cheatum, C. M.; Tokmakoff, A.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8201.
22. Mukamel, S. Phys. Rev. A 1983, 28, 3480.
23. Hahn, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789.
24. Jansen, T. I. C.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10577.
25. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
26. Jansen, T. I. C.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 044502.
27. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4822.
28. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
29. Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064.
30. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904.
31. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12555.
32. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
33. Jansen, T. J. C.; Dijkstra, A. G.; Watson, T. M.; Hirst, J. D.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044312.
34. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
35. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266 (2-3), 273-284.
36. Fleming, G. R. Chemical Applications of Ultrafast Spectroscopy, Oxford University Press: Oxford, U.K., 1985.
37. Jonas, D. M.; Lang, M. J.; Nagasawa, Y.; Joo, T.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12660.
38. Woutersen, S.; Bakker, H. J. Nature (London) 1999, 402, 507.
39. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2006 110, 9469.
40. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 97, 43.
41. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 97, 6269.
42. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
43. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 78, 1463.
44. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137.