Metalloproteomics, metalloproteomes, and the annotation of metalloproteins

Metallomics

Volumn 2, Issue 2, 2010, Pages 117-125

  Maret, Wolfgang ^a  

^a University of Texas Medical Branch School of Medicine   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COPPER; IRON; MANGANESE; METAL ION; METALLOPROTEIN; PROTEOME; TRANSITION ELEMENT; ZINC;

BIOINFORMATICS; CATALYSIS; CONFERENCE PAPER; ENVIRONMENTAL FACTOR; HOMEOSTASIS; HUMAN; LIFE; METALLOPROTEOMIC; NONHUMAN; ORGANISM; PHYLUM; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS;

ANIMALS; HUMANS; METALLOPROTEINS; METALS, HEAVY; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 77952561593     PISSN: 17565901     EISSN: 1756591X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b915804a     Document Type: Conference Paper

References (123)

1. H. Irving R. J. P. Williams Nature 1948 162 746 747
2. K. A. McCall C. A. Fierke Biochemistry 2004 43 3979 3986
3. F. H. Nielsen, in Trace Elements in Human and Animal Nutrition, ed., W. Mertz, Academic, San Diego, 5th edn, 1987, vol. 1, ch. 8, pp. 245-273
4. M. Kobayashi S. Shimizu Eur. J. Biochem. 1999 261 1 9
5. S. W. Ragsdale J. Biol. Chem. 2009 284 18571 18575
6. T. Dudev C. Lim Chem. Rev. 2003 103 773 787
7. Y. Li W. Maret Exp. Cell Res. 2009 315 2463 2470
8. L. A. Finney T. V. O'Halloran Science 2003 300 931 936
9. G. V. Iyengar, W. E. Kollmer and H. J. M. Bowen, The Elemental Composition of Human Tissues and Body Fluids, Verlag Chemie, Weinheim, 1978
10. B. L. Vallee D. S. Auld Biochemistry 1990 29 5647 5659
11. J. C. Ebert R. B. Altman Protein Sci. 2008 17 54 65
12. K. Goyal S. C. Mande Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 1206 1218
13. R. Levy M. Edelman V. Sobolev Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 76 365 374
14. C. Andreini L. Banci I. Bertini A. Rosato J. Proteome Res. 2006 5 3173 3178
15. C. Andreini L. Banci I. Bertini S. Elmi A. Rosato Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 67 317 324
16. C. Andreini L. Banci I. Bertini A. Rosato J. Proteome Res. 2008 7 209 216
17. W. Maret J. Anal. At. Spectrom. 2004 19 15 19
18. W. Maret J. Trace Elem. Med. Biol. 2005 19 7 12
19. W. Maret Pure Appl. Chem. 2008 80 2679 2687
20. B. L. Vallee and W. E. C. Wacker, The Proteins, Academic Press, New York, 2nd edn, 1970, vol. 5
21. A. Krezel W. Lesniak M. Jezowska-Bojczuk P. Mlynarz J. Brasun H. Kozlowski W. Bal J. Inorg. Biochem. 2001 84 77 88
22. M. Babor S. Gerzon B. Raveh V. Sobolev M. Edelman Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 208 217
23. H. Zheng M. Chruszcz P. Lasota L. Lebioda W. Minor J. Inorg. Biochem. 2008 102 1765 1776
24. A. Krezel W. Maret JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2008 13 401 409
25. A. Curdel M. Iwatsubo FEBS Lett. 1968 1 133 136
26. M. Zief and J. W. Mitchell, Contamination Control in Trace Element Analysis, Wiley, New York, 1976
27. B. L. Vallee J. A. Rupley T. L. Coombs H. Neurath J. Am. Chem. Soc. 1958 80 4750 4751
28. W. Maret, in Zinc Enzymes, ed., I. Bertini, C. Luchinat, W. Maret, and, M. Zeppezauer, Birkhäuser, Basel, 1986, ch. 2, pp. 17-26
29. W. Maret M. Zeppezauer Methods Enzymol. 1988 158 79 94
30. J. M. Prescott F. W. Wagner B. Holmquist B. L. Vallee Biochemistry 1985 24 5350 5356
31. W. Maret B. L. Vallee Methods Enzymol. 1993 226 52 71
32. H. Nar R. Huber A. Messerschmidt A. C. Fillipou M. Barth M. Jacquinod M. van de Kamp G. W. Canters Eur. J. Biochem. 1992 205 1123 1129
33. P. M. Li J. Reichert G. Freyd H. R. Horvitz C. T. Walsh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 9210 9213
34. D. Keilin T. Mann Nature 1939 144 442 443
35. Y. Xu L. Feng P. D. Jeffrey Y. Shi F. M. M. Morel Nature 2008 452 56 62
36. S. R. MacAuley S. A. Zimmermann E. E. Apolinario C. Evilia Y.-M. Hou J. G. Ferry K. R. Sowers Biochemistry 2009 48 817 819
37. B. C. Tripp C. B. Bell F. Cruz C. Krebs J. G. Ferry J. Biol. Chem. 2003 279 6683 6687
38. S. S. Picaud J. R. C. Muniz A. Kramm E. W. Pilka G. Kochan U. Oppermann W. W. Yue Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 76 507 511
39. R. K. Scopes FEBS Lett. 1983 156 303 306
40. H. Eklund B. Nordström E. Zeppezauer G. Söderlund I. Ohlsson R. Boiwe B.-O. Söderberg O. Tapia C.-I. Brändén J. Mol. Biol. 1976 102 27 59
41. K. Ishikawa N. Higashi T. Nakamura T. Matsuura A. Nakagawa J. Mol. Biol. 2007 366 857 867
42. D. P. Barondeau C. J. Kassmann C. K. Bruns J. A. Tainer E. D. Getzoff Biochemistry 2004 43 8038 8047
43. A. Naranuntarat L. T. Jensen S. Pazicni J. E. Penner-Hahn V. C. Culotta J. Biol. Chem. 2009 284 22633 22640
44. A. D. Cameron B. Olin M. Ridderstrom B. Mannervik T. A. Jones EMBO J. 1997 16 3386 3395
45. M. M. He S. L. Clugston J. F. Honek B. W. Matthews Biochemistry 2000 39 8719 8727
46. A. D. Cameron M. Ridderstrom B. Olin B. Mannervik Structure 1999 7 1067 1078
47. P. Limphong R. M. McKinney N. E. Adams B. Bennett C. A. Makaroff T. Gunasekera M. W. Crowder Biochemistry 2009 48 5426 5434
48. S. Tottey K. J. Waldron S. J. Firbank B. Reale C. Bessant K. Sato T. R. Cheek J. Gray M. J. Banfield C. Dennison N. J. Robinson Nature 2008 455 1138 1142
49. V. N. Daithankar S. R. Farrell C. Thorpe Biochemistry 2009 48 4828 4837
50. S. E. Wiley A. N. Murphy S. A. Ross P. van der Geer J. E. Dixon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 5318 5323
51. A. R. Conlan H. L. Axelrod A. E. Cohen E. C. Abresch J. Zuris D. Yee R. Nechushtai P. A. Jennings M. L. Paddock J. Mol. Biol. 2009 392 143 153
52. C. H. Lillig C. Berndt O. Vergnolle M. E. Lönn C. Hudemann E. Bill A. Holmgren Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 8168 8163
53. C. Johansson K. L. Kavanagh O. Gileadi U. Oppermann J. Biol. Chem. 2007 282 3077 3082
54. S. Mitra S. J. Elliott Biochemistry 2009 48 3813 3815
55. W. Maret, in Handbook of Metalloproteins, ed., A. Messerschmidt, W. Bode, and, M. Cygler, Wiley, Chichester, 2004, vol. 3, pp. 432-441
56. F. Dardel S. Ragusa C. Lazennec S. Blanquet T. Meinnel J. Mol. Biol. 1998 280 501 513
57. A. Becker I. Schlichting W. Kabsch D. Groche W. Schultz A. F. Wagner Nat. Struct. Biol. 1998 5 1053 1058
58. K. T. Nguyen J. C. Wu J. A. Boylan F. C. Gherardini D. Pei Arch. Biochem. Biophys. 2007 468 217 225
59. K. W. Walker R. A. Bradshaw Protein Sci. 1998 7 2684 2687
60. V. M. D'Souza R. C. Holz Biochemistry 1999 38 11079 11085
61. S. C. Chai W. L. Wang Q. Z. Ye J. Biol. Chem. 2008 283 26879 26885
62. A. Serero C. Giglione A. Sardini J. Martinez-Sanz T. Meinnel J. Biol. Chem. 2003 278 52953 52963
63. S. Escobar-Alvarez Y. Goldgur G. Yang O. Ouerfelli Y. Li D. A. Scheinberg J. Mol. Biol. 2009 387 1211 1228
64. S. Fieulaine C. Juillan-Binnard A. Serero F. Dardel C. Giglione T. Meinnel J. L. Ferrer J. Biol. Chem. 2005 280 42315 42324
65. X. V. Hu X. Chen K. C. Han A. S. Mildvan J. O. Liu Biochemistry 2007 46 12833 12843
66. J. P. Liuzzi F. Aydemir H. Nam M. D. Knutson R. J. Cousins Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 13612 13617
67. T. P. Dalton L. He B. Wang M. L. Miller L. Jin K. F. Stringer X. Chang C. S. Baxter D. W. Nebert Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 3401 3406
68. L. He K. Girijashanker T. P. Dalton J. Reed H. Li H. Soleimani D. W. Nebert Mol. Pharmacol. 2006 70 171 180
69. K. J. Waldron J. C. Rutherford D. Ford N. J. Robinson Nature 2009 460 823 830
70. J.-W. Lee J. D. Helmann BioMetals 2007 20 485 499
71. E. W. Althaus C. E. Outten K. E. Olson H. Cao T. V. O'Halloran Biochemistry 1999 38 6559 6569
72. E. Pohl J. C. Haller A. Mijovilovich W. Meyer-Klaucke E. Garman M. L. Vasil Mol. Microbiol. 2003 47 903 915
73. M. A. Sheikh G. L. Taylor Mol. Microbiol. 2009 72 1208 1220
74. D. Lucarelli S. Russo E. Garman A. Milano W. Meyer-Klaucke E. Pohl J. Biol. Chem. 2007 282 9914 9922
75. D. A. K. Traore A. El Ghazouani S. Ilango J. Dupuy L. Jacquamet J.-L. Ferrer C. Caux-Thang V. Duarte J. M. Latour Mol. Microbiol. 2006 61 1211 1219
76. W. Maret Y. Li Chem. Rev. 2009 109 4682 4707
77. Y. Li W. Maret J. Anal. At. Spectrom. 2008 23 1055 1062
78. W. Maret J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009 877 3378 3383
79. Q. Hao S.-H. Hong W. Maret J. Cell. Physiol. 2007 210 428 435
80. A. Krezel W. Maret J. Am. Chem. Soc. 2007 129 10911 10921
81. A. Krezel Q. Hao W. Maret Arch. Biochem. Biophys. 2007 463 188 200
82. H. Haase W. Maret Electrophoresis 2008 29 4169 4176
83. G. Meloni V. Sonois T. Delaine L. Guilloreau A. Gillet J. Teissié P. Faller M. Vasak Nat. Chem. Biol. 2008 4 366 372
84. G. Roesijadi R. Bogumil M. Vasak J. H. R. Kagi J. Biol. Chem. 1998 273 17425 17432
85. U. Heinz L. Hemmingsen M. Kiefer H. W. Adolph Chem.-Eur. J. 2009 15 7350 7358
86. W. Maret Biochemistry 2004 43 3301 3309
87. W. Maret Antioxid. Redox Signaling 2006 8 1419 1441
88. W. Maret Methods Enzymol. 2002 348 230 237
89. S. W. Fan R. A. George N. L. Haworth L. L. Feng J. Y. Liu M. A. Wouters Protein Sci. 2009 18 1745 1765
90. W. Maret Methods Enzymol. 1993 226 594 618
91. Z. F. Kanyo L. R. Scolnick D. E. Ash D. W. Christianson Nature 1996 383 554 557
92. M. Moche J. Shanklin A. Ghoshal Y. Lindquist J. Biol. Chem. 2003 278 25072 25080
93. E. Jabri M. B. Carr R. P. Hausinger P. A. Karplus Science 1995 268 998 1004
94. A. Volbeda W. G. J. Hol J. Mol. Biol. 1989 209 249 279
95. S. K. Burley P. R. David R. M. Sweet A. Taylor W. N. Lipscomb J. Mol. Biol. 1992 224 113 140
96. E. Garcin X. Vernede E. C. Hatchikian A. Volbeda M. Frey J. C. Fontecilla-Camps Structure 1999 7 557 566
97. C. R. Kissinger H. E. Parge D. R. Knighton C. T. Lewis L. A. Pelletier A. Tempczyk V. J. Kalish K. D. Tucker R. E. Showalter E. W. Moomaw L. N. Gastinel N. Habuka X. Chen F. Maldonado J. E. Barker R. Bacquet J. E. Villafranca Nature 1995 378 641 644
98. J. A. Tainer E. D. Getzoff K. M. Beem J. S. Richardson D. C. Richardson J. Mol. Biol. 1982 160 181 217
99. R. C. Holz K. P. Bzymek S. I. Swierczek Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 197 206
100. W. T. Lowther B. W. Matthews Chem. Rev. 2002 102 4581 4608
101. B. L. Vallee D. S. Auld Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 2715 2718
102. Z. Hu T. S. Gunasekera L. Spadafora B. Bennett M. W. Crowder Biochemistry 2008 47 7947 7953
103. T. Sugiura Y. Noguchi BioMetals 2009 22 469 477
104. K. S. Larsen D. S. Auld Biochemistry 1989 28 9620 9625
105. K. S. Larsen D. S. Auld Biochemistry 1991 30 2613 2618
106. M. Gomez-Ortiz F. X. Gomis-Ruth R. Huber F. X. Aviles FEBS Lett. 1997 400 336 340
107. J. T. Bukrinsky M. J. Bjerrum A. Kadziola Biochemistry 1998 37 16555 16564
108. D. S. Auld, in Encyclopedia of Inorganic Chemistry, ed., R. B. King, Wiley, Chichester, 2005, vol. 9, pp. 5885-5927
109. F. Rusnak L. Yu P. Mertz JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 1996 1 388 396
110. T. A. Reiter R. T. Abraham M. Choi F. Rusnak JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 1999 4 632 644
111. H. Ke H. Wang Curr. Top. Med. Chem. 2007 7 391 403
112. J. A. Cowan JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 1997 2 168 176
113. J. S. Cavet G. P. Borrelly N. J. Robinson FEMS Microbiol. Rev. 2003 27 165 181
114. R. J. P. Williams Coord. Chem. Rev. 2001 216-217 583 595
115. C. E. Outten T. V. O'Halloran Science 2001 292 2488 2492
116. R. A. Bozym R. B. Thompson A. K. Stoddard C. A. Fierke ACS Chem. Biol. 2006 1 103 111
117. A. Krezel W. Maret JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2006 11 1049 1062
118. R. A. Colvin A. I. Bush I. Volitakis C. P. Fontaine D. Thomas K. Kikuchi W. R. Holmes Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2008 294 C726 C742
119. U. Heinz M. Kiefer A. Tholey H. W. Adolph J. Biol. Chem. 2004 280 3197 3207
120. C. A. Fierke R. B. Thompson BioMetals 2001 14 205 222
121. R. Lill U. Muhlenhoff Annu. Rev. Biochem. 2008 77 669 700
122. H. Shi K. Z. Bencze T. L. Stemmler C. C. Philpott Science 2008 320 1207 1210
123. R. J. P. Williams J. Inorg. Biochem. 2002 88 241 250