Occurrence of copper proteins through the three domains of life: A bioinformatic approach

Journal of Proteome Research

Volumn 7, Issue 1, 2008, Pages 209-216

  Andreini, Claudia ^a   Banci, Lucia ^a   Bertini, Ivano ^a   Rosato, Antonio ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

Copper; Electron transfer; Evolution; Homeostasis; Metalloprotein; Metalloproteome

Indexed keywords

COPPER PROTEIN; HEME; IRON PROTEIN SUCCINYLATE; METAL; ZINC BINDING PROTEIN;

ARTICLE; BIOAVAILABILITY; BIOINFORMATICS; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; CONTROLLED STUDY; EUKARYOTE; NONHUMAN; ORGANISM; PRIORITY JOURNAL; PROKARYOTE; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEOMICS; TRANSPORT KINETICS;

BIOLOGICAL TRANSPORT; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COPPER; EVOLUTION, MOLECULAR; IRON; METALLOPROTEINS; PROTEOMICS; RESPIRATION; SYSTEMS BIOLOGY; ZINC;

EUKARYOTA; PROKARYOTA;

EID: 38649097521     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr070480u     Document Type: Article

References (55)

1. Linder, M. C. Biochemistry of Copper, Plenum Press: NY, 1991; pp 1-13.
2. Vulpe, C. D.; Packman, S. Ann. Rev. Nutrition 1995, 15, 293-322.
3. O'Halloran, T. V.; Culotta, V. C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25057-25060.
4. Harrison, M. D.; Jones, C. E.; Solioz, M.; Dameron, C. T. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 29-32.
5. Puig, S.; Thiele, D. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 171-180.
6. Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. J. Biol. Chem. 2000, 275, 18611-18614.
7. Rae, T.; Schmidt, P. J.; Pufahl, R. A.; Culotta, V. C.; O'Halloran, T. V. Science 1999, 284, 805-808.
8. Klomp, L. W.; Lin, S. J.; Yuan, D.; Klausner, R. D.; Culotta, V. C.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9221-9226.
9. Pufahl, R. A.; Singer, C. P.; Peariso, K. L.; Lin, S.-J.; Schmidt, P. J.; Fahrni, C. J.; Cizewski Culotta, V.; Penner-Hahn, J. E.; O'Halloran, T. V. Science 1997, 278, 853-856.
10. Petris, M. J.; Mercer, J. F.; Culvenor, J. G.; Lockhart, P.; Camakaris, J. EMBO J. 1996, 15, 6084-6095.
11. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Ciofi-Baffoni, S.; Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. J. Biol. Chem. 2001, 276, 41365-41376.
12. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Chasapis, C.; Hadjiliadis, N.; Rosato, A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 38259-38263.
13. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
14. Andreini, C.; Bertini, I.; Rosato, A. Bioinformatics 2004, 20, 1373-1380.
15. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F., Jr.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
16. Zhang, Z.; Schaffer, A. A.; Miller, W.; Madden, T. L.; Lipman, D. J.; Koonin, E. V.; Altschul, S. F. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3986-3990.
17. Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 196-201.
18. Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Elmi, S.; Rosato, A. Proteins 2007, 67, 317-324.
19. Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 3173-3178.
20. Passerini, A.; Andreini, C.; Menchetti, S.; Rosato, A.; Frasconi, P. BMC Bioinf. 2007, 8, 39.
21. Lin, H. H.; Han, L. Y.; Zhang, H. L.; Zheng, C. J.; Xie, B.; Cao, Z. W.; Chen, Y. Z. BMC Bioinf. 2006, 7 (5), S13.
22. Al-Karadaghi, S.; Cedergren-Zeppezauer, E. S.; Dauter, Z.; Wilson, K. S. Acta Crystallogr, Sect. D.: Biol. Crystallogr. 2007, 51, 805-813.
23. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. Nucleic Acids Res. 2004, 32 Database issue, D138-D141.
24. Rigby, K.; Zhang, L.; Cobine, P. A.; George, G. N.; Winge, D. R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 10233-10242.
25. Mothes, E.; Faller, P. Biochemistry 2007, 46, 2267-2274.
26. Keil, H. L.; Nelson, V. E. J. Biol. Chem. 1931, 93, 49-57.
27. Bonaventura, C.; Godette, G.; Tesh, S.; Holm, D. E.; Bonaventura, J.; Crumbliss, A. L.; Pearce, L. L.; Peterson, J. J. Biol. Chem. 1999, 274, 5499-5507.
28. Eddy, S. R. Bioinformatics 1998, 14, 755-763.
29. McGinnis, S.; Madden, T. L. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W20-W25.
30. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29.
31. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science 1997, 278, 631-637.
32. Snel, B.; Lehmann, G.; Bork, P.; Huynen, M. A. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3442-3444.
33. von Mering, C.; Huynen, M.; Jaeggi, D.; Schmidt, S.; Bork, P.; Snel, B. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 258-261.
34. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. Bioinformatics. 2005, 21, 617-623.
35. Rey, S.; Acab, M.; Gardy, J. L.; Laird, M. R.; deFays, K.; Lambert, C.; Brinkman, F. S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D164-D168.
36. Horton, P.; Park, K. J.; Obayashi, T.; Fujita, N.; Harada, H.; Adams-Collier, C. J.; Nakai, K. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 585-587.
37. Fink, J. L.; Aturaliya, R. N.; Davis, M. J.; Zhang, F.; Hanson, K.; Teasdale, M. S.; Kai, C.; Kawai, J.; Carninci, P.; Hayashizaki, Y.; Teasdale, R. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 213-217.
38. Handbook of Metalloproteins; Wiley: Chichester (UK), 2001; pp 1-1248.
39. Banci, L.; Bertini, I.; Calderone, V.; Ciofi-Baffoni, S.; Mangani, S.; Martinelli, M.; Palumaa, P.; Wang, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103 (31), 8595-8600.
40. Imriskova-Sosova, I.; Andrews, D.; Yam, K.; Davidson, D.; Yachnin, Y.; Hill, B. C. Biochemistry 2006, 44, 16949-16956.
41. (a) Horng, Y. C.; Leary, S. C.; Cobine, P. A.; Young, F. B.; George, G. N.; Shoubridge, E. A.; Winge, D. R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 34113-34122.
42. (b) Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Felli, I. C.; Gonnelli, L.; Hadjiliadis, N.; Pierattelli, R.; Rosato, A.; Voulgaris, P. Nat. Chem. Biol. 2006, 2 (7), 367-368.
43. Guo, Y.; Pischon, N.; Palamakumbura, A. H.; Trackman, P. C. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2007, 292, C2095-C2102.
44. Bailey, A. J.; Wotton, S. F.; Sims, T. J.; Thompson, P. W. Connect. Tissue Res. 1993, 29, 119-132.
45. Oxlund, H.; Mosekilde, L.; Ortoft, G. Bone 1996, 19, 479-484.
46. Maltais, D.; Desroches, D.; Aouffen, M.; Mateescu, M. A.; Wang, R.; Paquin, J. Neuroscience 2003, 121, 73-82.
47. Beswick, P. H.; Hall, G. H.; Hook, A. J.; Little, K.; McBrien, D. C.; Lott, K. A. Chem. Biol. Interact. 1976, 14, 347-356.
48. Cavet, J. S.; Borrelly, G. P.; Robinson, N. J. FEMS Microbiol. Rev. 2003, 27, 165-181.
49. Tottey, S.; Harvie, D. R.; Robinson, N. J. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 775-783.
50. Lamb, A. L.; Torres, A. S.; O'Halloran, T. V.; Rosenzweig, A. C. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 751-755.
51. Doolittle, W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 355-358.
52. Rosenzweig, A. C.; O'Halloran, T. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 140-147.
53. Luk, E.; Jensen, L. T.; Culotta, V. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 803-809.
54. Banci, L.; Bertini, I.; Cavallaro, G.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2007, 6, 1568-1579.
55. Bertini, I.; Rosato, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 3601-3604.