Molecular dynamics simulation of HIV-1 integrase dimer complexed with viral DNA

Chinese Journal of Chemistry

Volumn 28, Issue 1, 2010, Pages 33-40

  Hu, Jianping ^a   Wang, Cunxin ^b  

^a LESHAN NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b BEIJING UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

Dynamical cross correlation map; HIV 1 integrase; Molecular dynamics simulation; Principal component analysis; Viral DNA

Indexed keywords

EID: 77952515445     PISSN: 1001604X     EISSN: 16147065     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cjoc.201090032     Document Type: Article

References (47)

1. Van Gunsteren, W. F. Prot. Eng. 1988, 2, 5.
2. Karplus, M.; Petsko, G. A. Nature 1990, 347, 631.
3. Duan, Y.; Wilkosz, P.; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 553.
4. Cheatham, T. E.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 265.
5. Reyes, C. M.; Kolhnan, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1145.
6. Engelman, A.; Mizuuchi, K.; Craigie, R. Cell 1991, 64, 1211.
7. Guiot, E.; Carayon, K.; Delelis, O.; Simon, F.; Tauc, P.; Zubin, E.; Gottikh, M.; Mouscadet, J. F.; Brochon, J. C.; Deprez, E. J. Biol. Chem. 2006, 281, 22707.
8. Hayouka, Z.; Rosenbluh, J.; Levin, A.; Loya, S.; Lebendiker, M.; Veprintsev, D.; Kotler, M.; Hizi, A.; Loyter, A.; Friedler, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 8316.
9. Richard, L.; Ana, L.; Ghory, H. Z.; Engelman, A. J. Virol. 2005, 79, 2493.
10. Gao, K.; Wong, S.; Bushman, F. J. Virol. 2004, 78, 6715.
11. Alexander, L.; McCammon, J. J. Med. Chem. 2002, 45, 5624.
12. Zhu, H. M.; Chen, W. Z.; Wang, C. X. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 475.
13. Luca, L. D.; Pedretti, A.; Vistoli, G.; Barreca, M. L.; Villa, L.; Monforte, P.; Chimirria, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 310, 1083.
14. Luca, L. D.; Vistoli, G.; Pedretti, A.; Barreca, M. L.; Chimirri, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 336, 1010.
15. Lee, S. P.; Kim, H. G.; Censullo, M. L.; Han, M. K. Biochemistry 1995, 34, 10205.
16. Vink, C.; van Gent, D. C.; Elgersma, Y.; Plasterk, R. H. J. Virol 1991, 65, 4636.
17. Chow, A. Methods 1997, 12, 306.
18. Hu, J. P.; Ke, G. T.; Chan, S.; Chen, W. Z.; Wang, C. X. Chem. J. Chin. Univ. 2008, 29, 1432 (in Chinese).
19. Petrey, D.; Xiang, Z.; Tang, L. C.; Xie, L.; Gimpelev, M.; Mitros, T.; Soto, C. S.; Fischman, S. G.; Kernytsky, A.; Schlessinger, A.; Koh, I. Y. Y.; Alexov, E.; Honig, B. Proteins 2003, 53, 430.
20. Goldgur, Y.; Craigie, R.; Cohen, G. H.; Fujiwara, T.; Yoshinaga, T.; Fujishita, T.; Sugimoto, H.; Endo, T.; Murai, H.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 13040.
21. Goldgur, Y.; Dyda, F.; Hickman, A. B.; Jenkins, T. M.; Craigie, R.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 9150.
22. Bujacz, G.; Jaskolski, M.; Alexandratos, J.; Wlodawer, A.; Merkel, G.; Katz, R. A.; Skalka, A. M. Structure 1996, 4, 89.
23. Chen, J. C.; Krucinski, J.; Miercke, L. J.; Finer, M. J. S.; Tang, A. H.; Leavitt, A. D.; Stroud, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 8233.
24. Wang, J. Y.; Ling, H.; Yang, W.; Craigie, R. EMBO J. 2001, 20, 7333.
25. Cai, M.; Zheng, R.; Caffrey, M.; Craigie, R.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 567.
26. SYBYL 6.5 Manual, Tripos Inc., USA, 1999.
27. Espeseth, A. S.; Felock, P.; Wolfe, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 11244.
28. Mandell, J. G.; Roberts, V. A.; Pique, M. E.; Kotlovyi, V.; Mitchell, J. C.; Nelson, E.; Tsigelny, I.; Eyck, L. F. T. Prot. Eng. 2001, 14, 105.
29. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 21, 1049.
30. Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
31. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
32. Weiner, S.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
33. Homans, S. W. Biochemistry 1990, 29, 9110.
34. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
35. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
36. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
37. Kormos, B. L.; Baranger, A. M.; Beveridge, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8992.
38. Crowder, S.; Holton, J.; Alber, T. J. Mol. Biol. 2001, 310, 793.
39. Harrte, W. E.; Swaminathan, S.; Mansuri, M. M.; Martin, J. C.; Rosenberg, I. E.; Beveridge, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990, 87, 8864.
40. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412.
41. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; De Groot, B. L.; Van Aalten, D. M. F.; Berendsen, H. J. C. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 615.
42. De Groot, B. L.; Amadei, A.; Scheek, R. M.; Van Nuland, N. A. J.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1996, 26, 314.
43. Abseher, R.; Nilges, M. Proteins 2000, 39, 82.
44. Berendsen, H. J. C.; vanderSpoel, D.; vanDrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
45. Hu, J. P.; Ke, G. T.; Chang, S.; Chen, W. Z.; Wang, C. X. Acta Phys. Chim. Sin. 2008, 24, 1803.
46. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434.
47. Wang, C. X.; Shi, Y. Y.; Zhou, F.; Wang, L. Proteins 1993, 15, 5.