Structural, energetic and dynamical properties of sodiated oligoglycines: Relevance of a polarizable force field

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 14, 2010, Pages 3450-3462

  Semrouni, David ^a   Ohanessian, Gilles ^a   Clavaguéra, Carine ^a  

^a LABORATOIRE HÉTÉROÉLÉMENTS ET COORDINATION   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCINE; SODIUM;

ARTICLE; CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; QUANTUM THEORY;

GLYCINE; MASS SPECTROMETRY; QUANTUM THEORY; SODIUM;

EID: 77950290157     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b924317h     Document Type: Article

References (51)

1. J. C. Ma D. A. Dougherty Chem. Rev. 1997 97 1303 1324
2. S. Hoyau K. Norrman T. B. McMahon G. Ohanessian J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8864 8875
3. P. B. Armentrout M. T. Rodgers J. Phys. Chem. A 2000 104 2238 2247
4. T. B. McMahon G. Ohanessian Chem.-Eur. J. 2000 6 2931 2941
5. M. M. Kish G. Ohanessian C. Wesdemiotis Int. J. Mass Spectrom. 2003 227 509 524
6. P. Wang G. Ohanessian C. Wesdemiotis Int. J. Mass Spectrom. 2008 269 34 45
7. P. Armentrout A. Gabriel R. Moision Int. J. Mass Spectrom. 2009 283 56 68
8. A. S. Lemoff M. F. Bush E. R. Williams J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13576 13584
9. T. Wyttenbach J. E. Bushnell M. T. Bowers J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5098 5103
10. M. Kohtani B. S. Kinnear M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12377 12378
11. H. A. Cox R. R. Julian S.-W. Lee J. L. Beauchamp J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6485 6490
12. M. M. Kish C. Wesdemiotis G. Ohanessian J. Phys. Chem. B 2004 108 3086 3091
13. C. Kapota G. Ohanessian Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3744 3755
14. P. Wang C. Wesdemiotis C. Kapota G. Ohanessian J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 541 552
15. O. P. Balaj C. Kapota J. Lemaire G. Ohanessian Int. J. Mass Spectrom. 2008 269 196 209
16. N. C. Polfer J. Oomens R. C. Dunbar ChemPhysChem 2008 9 579 589
17. S. J. Ye P. B. Armentrout J. Phys. Chem. A 2008 112 3587 3596
18. J. S. Prell M. Demireva J. Oomens E. R. Williams J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1232 1242
19. M. P. Gaigeot R. Vuilleumier M. Sprik D. Borgis J. Chem. Theory Comput. 2005 1 772 789
20. H. Valdes K. Pluhackova M. Pitonak J. Rezac P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2747 2757
21. M. P. Gaigeot J. Phys. Chem. B 2009 113 10059 10062
22. T. D. Rasmussen P. Ren J. W. Ponder F. Jensen Int. J. Quantum Chem. 2007 107 1390 1395
23. P. Cieplak F.-Y. Dupradeau Y. Duan J. Wang J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 333102
24. J. W. Ponder and D. A. Case, Advances in Protein Chemistry, Academic Press, London, UK, 2003, vol. 66, pp. 27-85
25. N. Gresh G. A. Cisneros T. A. Darden J.-P. Piquemal J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1960 1986
26. G. A. Cisneros S. N.-I. Tholander O. Parisel T. A. Darden D. Elking L. Perera J. P. Piquemal Int. J. Quantum Chem. 2008 108 1905 1912
27. G. A. Cisneros, T. A. Darden, N. Gresh, P. Reinhardt, O. Parisel, J. Pilmé and J. P. Piquemal, in Design of next generation polarizable force fields from ab initio computations: beyond point charges, ed., D. M. York, and, T.-S. Lee, Springer Verlag, Dordrecht, the Netherlands, 2009
28. J. Kaminsky F. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1774 1788
29. P. Y. Ren J. W. Ponder J. Comput. Chem. 2002 23 1497 1506
30. A. Grossfield P. Y. Ren J. W. Ponder J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15671 15682
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, Revision C.02, Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2004
32. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165 169
33. C. Hattig F. Weigend J. Chem. Phys. 2000 113 5154 5161
34. O. Christiansen H. Koch P. Jorgensen Chem. Phys. Lett. 1995 243 409 418
35. C. Hattig A. Hellweg A. Kohn Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1159 1169
36. T. Fleig S. Knecht C. Haettig J. Phys. Chem. A 2007 111 5482 5491
37. F. M. Bickelhaupt and E. J. Baerends, in Rev. Comput. Chem., ed., K. B. Lipkowitz, and, D. B. Boyd, Wiley-VCH, New York, 2000, vol. 15, pp. 1-86
38. F. M. Bickelhaupt Rev. Comput. Chem. 2000 15 1
39. ADF®: Amsterdam Density Functional software, version 2007.01, SCM, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com
40. C. F. Guerra J. W. Handgraaf E. J. Baerends F. M. Bickelhaupt J. Comput. Chem. 2004 25 189 210
41. J.-P. Piquemal L. Perera G. A. Cisneros P. Ren L. G. Pedersen T. A. Darden J. Chem. Phys. 2006 125 054511
42. D. Jiao J. Zhang R. E. Duke G. Li M. J. Schnieders P. Ren J. Comput. Chem. 2009 30 1701 1711
43. J. E. Norton J.-L. Brédas J. Am. Chem. Soc. 2008 130 12377 12384
44. N. L. Allinger Y. H. Yuh J. H. Lii J. Am. Chem. Soc. 1989 111 8551 8566
45. J. A. Morrone R. Car Phys. Rev. Lett. 2008 101 017801
46. F. Paesani G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2009 113 5702 5719
47. K. E. Garbow, B. S. Hillstrom and J. J. More, Documentation for Minpack Subroutine LMDIF Double Precision Version., Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1980
48. D. W. Marquardt SIAM J. Appl. Math. 1963 11 431 441
49. B. A. Cerda S. Hoyau G. Ohanessian C. Wesdemiotis J. Am. Chem. Soc. 1998 120 2437 2448
50. C. Kapota, PhD Thesis, Ecole Polytechnique, Palaiseau, France, 2005
51. J. W. Ponder, TINKER, Software Tools for Molecular Design, Version 4.2, Washington University School of Medicine, Saint Louis, MO, 2004, http://dasher.wustl.edu/tinker