Computational photobiology and beyond

Australian Journal of Chemistry

Volumn 63, Issue 3, 2010, Pages 413-429

  Schapiro, Igor ^a   Ryazantsev, Mikhail N ^a   Ding, Wan Jian ^a   Huntress, Mark M ^a   Melaccio, Federico ^b   Andruniow, Tadeusz ^c   Olivucci, Massimo ^a,b  

^a BOWLING GREEN STATE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF SIENA   (Italy)

^c WROCLAW UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AB INITIO; BIOLOGICAL CHROMOPHORES; COMPUTATIONAL INVESTIGATION; COMPUTATIONAL STUDIES; MOLECULAR DEVICE; ORGANIC MOLECULES; PHOTOBIOLOGY; QUANTUM CHEMICAL TREATMENT;

CHROMOPHORES;

LIGHT;

EID: 77950225543     PISSN: 00049425     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1071/CH09563     Document Type: Review

References (114)

1. F. Bernardi, M. Olivucci, M. A. Robb, Chem. Soc. Rev. 1996, 25, 321. doi:10.1039/CS9962500321
2. K.Andersson, F.Aquilante,M.Barysz, E. Bednarz,A. Bernhardsson, M. R. A. Blomberg, Y. Carissan, D. L. Cooper, M. Cossi, A. Devarajan, L. De Vico, N. Ferré, M. P. Fülscher, A. Gaenko, L. Gagliardi, G. Ghigo, C. de Graaf, B. A. Hess, D. Hagberg, A. Holt, G. Karlström, J. W. Krogh, R. Lindh, P.-Å. Malmqvist, T. Nakajima, P. Neogrády, J. Olsen, T. B. Pedersen, J. Raab, M. Reiher, B. O. Roos,U. Ryde,B. Schimmelpfennig,M. Schütz, L. Seijo, L. Serrano- Andrés, P. E. M. Siegbahn, J. Stålring,T. Thorsteinsson,V.Veryazov, P.-O.Widmark, A.Wolf, MOLCAS 2009 (University of Lund: Lund, Sweden).
3. F. Aquilante, L. De Vico, N. Ferré, G. Ghigo, P. A. Malmqvist, P. Neogrády, T. B. Pedersen, M. Pitonák, M. Reiher, B. O. Roos, L. Serrano-Andrés, M. Urban, V. Veryazov, R. Lindh, J. Comput. Chem. 2010, 31, 224. doi:10.1002/JCC.21318
4. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr,T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J.Tomasi,V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K.Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C.Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al- Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 09 2009 (Gaussian Inc.:Wallingford, CT).
5. M. W. Schmidt, K. K. Baldridge, J. A. Boatz, S. T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. Su, T. L.Windus, J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347. doi:10.1002/ JCC.540141112
6. M. S. Gordon, M. W. Schmidt, G. Frenking, K. S. Kim, G. E. Scuseria, in Theory and Applications of Computational Chemistry: the First FortyYears (Eds C. Dykstra, G. Frenking, K. S. Kim, G. E. Scuseria) 2005, pp. 1167-1189 (Elsevier: Amsterdam).
7. H. Lischka, R. Shepard, I. Shavitt, R. M. Pitzer, M. Dallos, T. Müller, P. G. Szalay, F. B. Brown, R. Ahlrichs, H. J. Böhm, A. Chang, D. C. Comeau, R. Gdanitz, H. Dachsel, C. Ehrhardt, M. Ernzerhof, P. Höchtl, S. Irle, G. Kedziora, T. Kovar, V. Parasuk, M. J. M. Pepper, P. Scharf, H. Schiffer, M. Schindler, M. Schüler, M. Seth, E. A. Stahlberg, J.-G. Zhao, S. Yabushita, Z. Zhang, M. Barbatti, S. Matsika, M. Schuurmann, D. R. Yarkony, S. R. Brozell, E. V. Beck, J.-P. Blaudeau, COLUMBUS, an Ab Initio Electronic Structure Program 2006.
8. H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, M. Schuetz, P. Celani, T. Korona, A. Mitrushenkov, G. Rauhut, T. B. Adler, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, D. L. Cooper,M. J. O. Deegan A. J. Dobbyn, F. Eckert, E. Goll, C. Hampel, G. Hetzer, T. Hrenar, G. Knizia, C. Koeppl, Y. Liu, A. W. Lloyd, R. A. Mata, A. J. May, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, K. Pflueger, R. Pitzer,M. Reiher, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R.Tarroni,T.Thorsteinsson, M.Wang,A.Wolf,MOLPRO, aPackage of Ab Initio Programs 2008 (Unversity of Cardiff: Cardiff, UK).
9. Y. Shao, L. F. Molnar, Y. Jung, J. Kussmann, C. Ochsenfeld, S. T. Brown, A. T. B. Gilbert, L. V. Slipchenko, S. V. Levchenko, D. P. O'Neill, R. A. DiStasio, R. C. Lochan, T. Wang, G. J. O. Beran, N. A. Besley, J. M. Herbert, C. Y. Lin, T. Van Voorhis, S. H. Chien, A. Sodt, R. P. Steele, V. A. Rassolov, P. E. Maslen, P. P. Korambath, R. D. Adamson, B. Austin, J. Baker, E. F. C. Byrd, H. Dachsel, R. J. Doerksen, A. Dreuw, B. D. Dunietz, A. D. Dutoi, T. R. Furlani, S. R. Gwaltney, A. Heyden, S. Hirata, C.-P. Hsu, G. Kedziora, R. Z. Khalliulin, P. Klunzinger, A. M. Lee, M. S. Lee, W. Z. Liang, I. Lotan, N. Nair, B. Peters, E. I. Proynov, P. A. Pieniazek,Y. M. Rhee, J. Ritchie, E. Rosta, C. D. Sherrill, A. C. Simmonett, J. E. Subotnik, H. L. Woodcock, W. Zhang, A. T. Bell, A. K. Chakraborty, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172. doi:10.1039/B517914A
10. T. R. Adams, R. D. Adamson, B. Austin, J. Baker, A. T. Bell, G. J. O. Beran, R. Baer, N. A. Besley, B. Brooks, S. T. Brown, E. C. Byrd, D. Casanova, M. Challacombe, J. Chai, A. K. Chakraborty, C. Cheng, S. Chien, D. M. Chipman, C. Cramer, D. Crittenden, H. Dachsel, R. A. DiStasio Jr, R. J. Doerksen, J. P. Dombroski, A. Dreuw, B. D. Dunietz, A. D. Dutoi, J. Florian, T. R. Furlani, E. Epifanovsky, Z. Gan, A. Ghysels, A. T. B. Gilbert, P. M. W. Gill, M. Head-Gordon, S. R. Gwaltney, G. Hawkins, W. J. Hehre, J. M. Herbert, A. Heyden, E. G. Hohenstein, S. Hirata, C. (Cherri) Hsu, N. Ishikawa, B. G. Johnson, Y. Jung, G. Kedziora, F. J. Keil, C.Kelly, R. Z. Khaliullin, P. Klunzinger, P. P.Korambath,A. I. Krylov, W. Kurlancheek, J. Kong, J. Kussmann, A. M. Lee, M. Lee, S. V. Levchenko,W. Liang, C.Y. (Leaf) Lin, D. Liotard, E. Livshits, R. C. Lochan, I. Lotan, P. Manohar,A.Marenich, P. E. Maslen, D. R. Maurice, L. Fusti-Molnar, N. Nair,M. Oana, D. P. O'Neill, D. Neuhauser, C. Ochsenfeld, R. Olson, M. Oumi, B. Peters, P. A. Pieniazek, E. I. Proynov, V. A. Rassolov, Y. Rhee, J. P. Ritchie, M. A. Rohrdanz, E. Rosta, H. F. Schaefer III,Y. Shao, C. David Sherrill, N. E. Schultz, A. C. Simmonett, L. V. Slipchenko, A. Sodt, R. P. Steele, J. E. Subotnik, K. Thanthiriwatte, A. J.W. Thom, D. G. Truhlar,V.Vanovschi, T.VanVoorhis,T.Wang,A.Warshel, C. White, C. F.Williams, H. Lee Woodcock, Q.Wu, Z.You,W. Zhang,Y. Zhao, Q-Chem 2009.
11. A. G. Kutateladze, Computational Methods in Photochemistry 2005 (Taylor & Francis: Boca Raton, FL).
12. M. Olivucci, Computational Photochemistry 2005 (Elsevier: Amsterdam).
13. R. Y. Tsien, Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509. doi:10.1146/ ANNUREV.BIOCHEM.67.1.509 (Pubitemid 28411137)
14. M. C. Moncrieffe, N. Juranic, M. D. Kemple, J. D. Potter, S. Macura, F. G. Prendergast, J. Mol. Biol. 2000, 297, 147. doi:10.1006/JMBI. 2000.3549
15. H. Kandori,Y. Shichida,T.Yoshizawa, Biochemistry 2001, 66, 1197. doi:10.1023/A:1013123016803 (Pubitemid 34048178)
16. R. A. Mathies, J. Lugtenburg, in Handbook of Biological Physics (Eds D. G. de Stavenga, W. J. Grip, E. N. Pugh) 2000 (Elsevier: Amsterdam).
17. J. Simons, Energetic Principles of Chemical Reactions 1983 (Jones and Bartlett: Boston).
18. N. J. Turro, V. Ramamurthy, J. C. Scaiano, Principles of Molecular Photochemistry: An Introduction 2009 (University Science Books: Sausalito, CA).
19. M. A. Robb, F. Bernardi, M. Olivucci, Pure Appl. Chem. 1995, 67, 783. doi:10.1351/PAC199567050783
20. F. Bernardi, M. Olivucci, J. Michl, M.A. Robb, Spectrum 1996, 9, 1.
21. A. Migani, M. Olivucci, in Conical Intersections: Electronic Structure, Dynamics, and Spectroscopy (EdsW. Domcke, D. R.Yarkony, H. Köppel) 2004, pp. 271-320 (World Scientific: Singapore).
22. S. E. Braslavsky, Pure Appl. Chem. 2007, 79, 293. doi:10.1351/ PAC200779030293
23. H. B. Schlegel, M. A. Robb, Chem. Phys. Lett. 1982, 93, 43. doi:10.1016/0009-2614(82)85052-5
24. F. Bernardi, S. De, M. Olivucci, M.A. Robb, J.Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1737. doi:10.1021/JA00161A013
25. F. Bernardi, M. Olivucci, H. B. Schegel, Mol. Phys. 2006, 104, 655. doi:10.1080/00268970600595129
26. M. Zimmer, Chem. Rev. 2002, 102, 759. doi:10.1021/CR010142R (Pubitemid 35377613)
27. K. Palczewski, T. Kumasaka, T. Hori, C. A. Behnke, H. Motoshima, B. A. Fox, I. L. Trong, D. C. Teller, T. Okada, R. E. Stenkamp, M. Yamamoto, M. Miyano, Science 2000, 289, 739. doi:10.1126/ SCIENCE.289.5480.739
28. D. C.Teller,T. Okada, C. A. Behnke, K. Palczewski, R. E. Stenkamp, Biochemistry 2001, 40, 7761. doi:10.1021/BI0155091 (Pubitemid 32622966)
29. A.Warshel,M.Levitt, J. Mol. Biol. 1976, 103, 227. doi:10.1016/0022- 2836(76)90311-90319
30. H. M. Senn, W. Thiel, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 1198. doi:10.1002/ANIE.200802019
31. B. O. Roos, in Advances in Chemical Physics; Ab Initio Methods in Quantum Chemistry II (Ed. K. P. Lawley) 1987, pp. 399-445 (Wiley & Sons: Chichester).
32. B. O. Roos, P. R. Taylor, P. E. M. Siegbahn, Chem. Phys. 1980, 48, 157. doi:10.1016/0301-0104(80)80045-0
33. P. E. M. Siegbahn, J. Almlof, A. Heiberg, B. O. Roos, J. Chem. Phys. 1981, 74, 2384. doi:10.1063/1.441359
34. M. W. Schmidt, M. S. Gordon, Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 233. doi:10.1146/ANNUREV.PHYSCHEM.49.1.233
35. K. Andersson, P.-Å. Malmqvist, B. O. Roos, A. J. Sadlej, K. J. Wolinski, J. Phys. Chem. 1990, 94, 5483. doi:10.1021/J100377A012
36. I. B. Nielsen, L. Lammich, L. H. Andersen, Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 018304. doi:10.1103/PHYSREVLETT.96.018304 (Pubitemid 43248417)
37. T. Andruniow, M. Olivucci, unpublished results.
38. T. Andruniow, M. Pawlikowski, Acta Physiol. Pol. 1998, 93, 707.
39. A. Sinicropi, C. S. Page, W. Adam, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10947. doi:10.1021/JA0263137 (Pubitemid 37087554)
40. M. E. Martin, F. Negri, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5452. doi:10.1021/JA037278M (Pubitemid 38596357)
41. C. S. Page, M. Olivucci, J. Comput. Chem. 2003, 24, 298. doi:10.1002/ JCC.10145
42. F. Blomgren, S. Larsson, J. Comput. Chem. 2005, 26, 738. doi:10.1002/ JCC.20210
43. K. Bravaya, A. Bochenkova, A. Granovsky, A. Nemukhin, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13035. doi:10.1021/JA0732126 (Pubitemid 350058344)
44. A. Cembran, F. Bernardi, M. Olivucci, M. Garavelli, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 6255. doi:10.1073/PNAS.0408723102 (Pubitemid 40626790)
45. M. Wanko, M. Hoffmann, P. Strodel, A. Koslowski, W. Thiel, F. Neese, T. Frauenheim, M. Elstner, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606. doi:10.1021/JP0463060
46. A. Dreuw, M. Head-Gordon, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4007. doi:10.1021/JA039556N (Pubitemid 38391893)
47. S. Fantacci, A. Migani, M. Olivucci, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1208. doi:10.1021/JP0362335
48. S. Sekharan, O. Weingart, V. Buss, Biophys. J. 2006, 91, L07. doi:10.1529/BIOPHYSJ.106.087122 (Pubitemid 44018053)
49. M.Wanko, M. Garavelli, F. Bernardi, T. A. Niehaus, T. Frauenheim, M. Elstner, J. Chem. Phys. 2004, 120, 1674. doi:10.1063/ 1.1635798
50. B. G. Levine, C. Ko, J. Quenneville, T. J. Martinez, Mol. Phys. 2006, 104, 1039. doi:10.1080/00268970500417762
51. J. W. Ponder, D. A. Case, Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27. doi:10.1016/S0065-3233(03)66002-X (Pubitemid 37392314)
52. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. K. Singh, P. K.Weiner, P. A. Kollman, AMBER 2002 (University of California: San Francisco).
53. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187. doi:10.1002/JCC.540040211
54. W. L. Jorgensen, J.Tirado-Rives, J.Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657. doi:10.1021/JA00214A001
55. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H.Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235. doi:10.1093/NAR/28.1.235
56. N. Ferré, M. Olivucci, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2003, 632, 71. doi:10.1016/S0166-1280(03)00289-6
57. N. Ferré, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6868. doi:10.1021/JA035087D (Pubitemid 36682776)
58. N. Ferré, A. Cembran, M. Garavelli, M. Olivucci, Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 335.
59. M. Hoffmann, M. Wanko, P. Strodel, P. H. Konig, T. Frauenheim, K. Schulten,W. Thiel, E. Tajkhorshid,M. Elstner, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10808. doi:10.1021/JA062082I (Pubitemid 44277770)
60. M. Parac, M. Doerr, C. M. Marian,W. Thiel, J. Comput. Chem. 2009, 31, 90. doi:10.1002/JCC.21233.
61. S. Pistolesi, A. Sinicropi, R. Pogni, R. Basosi, N. Ferré, M. Olivucci, J. Phys. Chem. B 2009.
62. Y. Chen, M. D. Barkley, Biochemistry 1998, 37, 9976. doi:10.1021/ BI980274N
63. M. R. Eftink, in Methods of Biochemical Analysis (Ed. C. H. Suelter) 2006, pp. 127-205 (JohnWiley & Sons: NewYork, NY).
64. Y. Engelborghs, J. Fluor. 2003, 13, 9. doi:10.1023/A:1022398329107
65. W. Qiu, Y.-T. Kao, L. Zhang, Y. Yang, L. Wang, W. E. Stites, D. Zhong,A. H. Zewail, Proc. Natl.Acad. Sci.USA2006, 103, 13979. doi:10.1073/PNAS.0606235103 (Pubitemid 44452967)
66. W. Qiu, T. Li, L. Zhang,Y.Yang,Y. Kao, L.Wang, D. Zhong, Chem. Phys. 2008, 350, 154. doi:10.1016/J.CHEMPHYS.2008.01.061
67. A. Sinicropi, T. Andruniow, N. Ferre, R. Basosi, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11534. doi:10.1021/JA045269N (Pubitemid 41208705)
68. T. M. Creemers, A. J. Lock,V. Subramaniam, T. M. Jovin, S. Völker, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 706. doi:10.1038/10763
69. K.Winkler, J. R. Lindner,V. Subramaniam,T. M. Jovin, P.Vohringer, Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1072. doi:10.1039/B108843B
70. K. Brejc, T. K. Sixma, P. A. Kitts, S. R. Kain, R.Y. Tsien, M. Ormö, S. J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 2306. doi:10.1073/PNAS.94.6.2306 (Pubitemid 27136870)
71. M. Chattoraj, B. A. King, G. U. Bublitz, S. G. Boxer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 8362. doi:10.1073/PNAS.93.16.8362 (Pubitemid 26269563)
72. P. Altoe, M. Stenta, M. Garavelli, AIP Conf. Proc. 2007, 963, 689.
73. A. Strambi, P. B. Coto, N. Ferré, M. Olivucci, Theor. Chim. Acta 2007, 118, 185. doi:10.1007/S00214-007-0273-Y
74. M. L. Quillin, D. A. Anstrom, X. K. Shu, S. O'Leary, K. Kallio, D. A. Chudakov, S. J. Remington, Biochemistry 2005, 44, 5774. doi:10.1021/BI047644U (Pubitemid 40525114)
75. B. Grigorenko, A. Savitsky, I. Topol, S. Burt, A. Nemukhin, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18635. doi:10.1021/JP060124J (Pubitemid 44547373)
76. L. V. Schäfer, G. Groenhof, A. R. Klingen, G. M. Ullmann, M. Boggio-Pasqua, M. A. Robb, H. Grubmueller, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 530. doi:10.1002/ANIE.200602315 (Pubitemid 46159191)
77. L.V. Schäfer,G. Groenhof, M. Boggio-Pasqua, M.A. Robb, H. Grubmuller, PLOS Comput. Biol. 2008, 4, e1000034. doi:10.1371/ JOURNAL.PCBI.1000034
78. L. M. Frutos, T. Andruniów, F. Santoro, N. Ferré, M. Olivucci, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 7764. doi:10.1073/PNAS. 0701732104 (Pubitemid 47185825)
79. A.Warshel, Nature 1976, 260, 679. doi:10.1038/260679A0
80. A. Warshel, N. Barboy, J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 1469. doi:10.1021/JA00370A003
81. A. Warshel, Z. T. Chu, J.-K. Hwang, Chem. Phys. 1991, 158, 303. doi:10.1016/0301-0104(91)87074-6
82. A. Warshel, Z. T. Chu, J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857. doi:10.1021/JP010704A (Pubitemid 35338655)
83. N. Ferré, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6868. doi:10.1021/JA035087D (Pubitemid 36682776)
84. P. Kukura, D. W. McCamant, S. Yoon, D. B. Wandschneider, R. A. Mathies, Science 2005, 310, 1006. doi:10.1126/SCIENCE.1118379 (Pubitemid 41611910)
85. T. Okada, M. Sughihara, A.-N. Bondar, M. Elstner, P. Entel, V. Buss, J. Mol. Biol. 2004, 342, 571. doi:10.1016/J.JMB.2004. 07.044 (Pubitemid 39149759)
86. T. Vreven, F. Bernardi, M. Garavelli, M. Olivucci, M. A. Robb, H. B. Schlegel, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12687. doi:10.1021/ JA9725763
87. O.Weingart, A. Migani, M. Olivucci, M. A. Robb, V. Buss, P. Hunt, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4685. doi:10.1021/JP049140B
88. O. Weingart, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10618. doi:10.1021/ JA071793T
89. I. Schapiro, O.Weingart, V. Buss, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16. doi:10.1021/JA805586Z
90. S. Hayashi, E. Taikhorshid, K. Schulten, Biophys. J. 2009, 96, 403. doi:10.1016/J.BPJ.2008.09.049
91. D. Oesterhelt,W. Stoeckenius, Nat. New Biol. 1971, 233, 149.
92. D. Oesterhelt, S. W. Stoeckenius, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1973, 70, 2853. doi:10.1073/PNAS.70.10.2853
93. N. Grigorieff, T. A. Ceska, K. H. Downing, J. M. Baldwin, R. Henderson, J. Mol. Biol. 1996, 259, 393. doi:10.1006/JMBI. 1996.0328 (Pubitemid 26179019)
94. H. Luecke, B. Schobert, H. T. Richter, J. P. Cartailler, J. K. Lanyi, J. Mol. Biol. 1999, 291, 899. doi:10.1006/JMBI.1999.3027 (Pubitemid 29403619)
95. J. K. Lanyi, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11441. doi:10.1021/ JP0023718
96. S. P. Balashov, T. G. Ebrey, Photochem. Photobiol. 2001, 73, 453. doi:10.1562/0031-8655(2001)0732.0.CO;2
97. S. Hayashi, I. Ohmine, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10678. doi:10.1021/JP001508R
98. H. Luecke, B. Schobert, H. T. Richter, J. P. Cartailler, J. K. Lanyi, Science 1999, 286, 255. doi:10.1126/SCIENCE.286.5438.255 (Pubitemid 29484682)
99. H. Belrhali, P. Nollert, A. Royant, C. Menzel, J. P. Rosenbusch, E. M. Landau, E. Pebay-Peyroula, Structure 1999, 7, 909. doi:10.1016/ S0969-2126(99)80118-X
100. S. Hayashi, E. Tajkhorshid, E. Pebay-Peyroula, A. Royant, E. M. Landau, J. Navarro, K. Schulten, J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10124. doi:10.1021/ JP011362B (Pubitemid 35338628)
101. A. Royant, P. Nollert, K. Edman, R. Neutze, E. M. Landau, E. Pebay- Peyroula, J. Navarro, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 10131. doi:10.1073/PNAS.181203898 (Pubitemid 32802986)
102. S. Hayashi, E. Tajkhorshid, K. Schulten, Biophys. J. 2002, 83, 1281. doi:10.1016/S0006-3495(02)73900-3
103. S. Hayashi, E. Tajkhorshid, K. Schulten, Biophys. J. 2003, 85, 1440. doi:10.1016/S0006-3495(03)74576-7
104. K.-E. Drexler, Nanosystems: Molecular Machinery, Manufacturing and Computation 1992 (JohnWiley & Sons: NewYork, NY).
105. J.-P. Sauvage, Molecular Machines and Motors 2001 (Springer: Heidelberg).
106. V. Balzani, A. Credi, M. Venturi, Molecular Devices and Machines. A Journey into the Nanoworld 2003 (Wiley-VCH:Weinheim).
107. L. Ulysse, J. Cubillos, J. Chmielewski, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8466. doi:10.1021/JA00137A023
108. C. Renner, R. Behrendt, S. Spörlein, J. Wachtveitl, L. Moroder, Biopolymers 2000, 54, 489. doi:10.1002/1097-0282(200012)54:7 3.0.CO;2-F
109. S. Spörlein, H. Carstens, H. Satzger, C. Renner, R. Behrendt, L. Moroder, P. Tavan,W. Zinth, J.Wachtveitl, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 7998. doi:10.1073/PNAS.122238799 (Pubitemid 34650994)
110. A. Sinicropi, E. Martin, M. Ryazantsev, J. Helbing, J. Briand, D. Sharma, J. Léonard, S. Haackee, A. Cannizzof, M. Cherguif, V. Zaniratog, S. Fusia, F. Santoroh, R. Basosia, N. Ferréi, M. Olivuccia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 17642. doi:10.1073/ PNAS.0802376105
111. V. Zanirato, G. P. Pollini, C. De Risi, F. Valente, A. Melloni, S. Fusi, J. Barbetti, M. Olivuccia, Tetrahedron 2007, 63, 4975. doi:10.1016/J.TET.2007. 03.141 (Pubitemid 46669634)
112. A. Muñoz-Losa, I. Fdez Galván, M. A. Aguilar, M. E. Martín, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8815. doi:10.1021/JP800244H
113. N. Koumura, R. W. J. Zijlstra, R. W. van Delden, N. Harada, B. L. Feringa, Nature 1999, 401, 152. doi:10.1038/43646 (Pubitemid 29436315)
114. B. L. Feringa, J. Org. Chem. 2007, 72, 6635. doi:10.1021/JO070394D (Pubitemid 47434879)