Exploring the potential energy surface of retinal, a comparison of the performance of different methods

Journal of Computational Chemistry

Volumn 26, Issue 7, 2005, Pages 738-742

  Blomgren, Fredrik ^a   Larsson, Sven ^a  

^a CHALMERS UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

Potential energy surface; Retinal

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BIOLOGICAL MEMBRANES; CHEMICAL BONDS; GROUND STATE; MOLECULAR DYNAMICS; NITROGEN;

MOLECULAR MECHANICS; POTENTIAL ENERGY SURFACE; RETINAL; SCHIFF BASE;

QUANTUM THEORY;

PROTEIN; RETINAL;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; ENERGY TRANSFER; THERMODYNAMICS;

ENERGY TRANSFER; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; RETINALDEHYDE; THERMODYNAMICS;

EID: 17844362442     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20210     Document Type: Article

References (32)

1. Shoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Schank, C. V. Science 1991, 254, 412.
2. Okada, T.; Ernst, O. E.; Palczewski, K.; Hofmann, K. P. Trends Biochem Sci 2001, 26, 318.
3. Sakmar, T. P.; Menon, S. T.; Marin, E. P.; Awad, E. S. Annu Rev Biophys Biomol Struct 2002, 31, 443.
4. Dartnall, H. Vision Res 1968, 8, 339.
5. Kandori, K.; Katsuta, Y.; Ito, M.; Sasabe, H. J Am Chem Soc 1995, 117, 2669.
6. Kandori, H.; Sasabe, H.; Nakanishi, K.; Yoshizawa, T.; Mizukami, T.; Shichida, Y. J Am Chem Soc 1996, 118, 1002.
7. Borhan, B.; Souto, M. L.; Imai, H.; Shichida, Y.; Nakanishi, K. Science 2000, 288, 2209.
8. Palings, I.; van den Berg E. M. M.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. Biochemistry 1989, 28, 1498.
9. De Vico, L.; Page, C. S.; Garavelli, M.; Bernardi, F.; Basosi, R.; Olivucci, M. J Am Chem Soc 2002, 124, 4124.
10. Ben-Nun, M.; Molnar, F.; Schulten, K.; Martinez, T. J. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 1769.
11. Warshel, A.; Chu, Z. T. J Phys Chem B 2001, 105, 9857.
12. Warshel, A.; Levitt, M. J Mol Biol 1976, 103, 227.
13. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Tamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739.
14. Li, J.; Edwards, P. C.; Burghammer, M.; Villa, C.; Schertler, G. F. X. J Mol Biol 2004, 343, 1409.
15. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A.-N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J Mol Biol 2004, 342, 571.
16. Page, C. S.; Olivucci, M. J Comp Chem 2003, 24, 298.
17. Roos, B. O. In Advances in Chemical Physics: Ab Initio Methods in Quantum Chemistry - II; John Wiley & Sons: Chichester, UK, 1987.
18. Roos, B. O.; Andersson, K.; Fülscher, M. P.; Malmqvist, P.-Å.; Serrano-Andrés, L.; Pierloot, K.; Merchán, M. In Advances in Chemical Physics: New Methods in Computational Quantum Mechanics; John Wiley & Sons: New York, 1996.
19. Becke, A. D. Phys Rev A 1998, 38, 3098.
20. Perdew, J. P. Phys Rev B 1986, 33, 8822.
21. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
22. Vosko, S. H.; Wil, L.; Nusair, M. Can J Phys 1980, 58, 1200.
23. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; Gaussian 03, Revision B.05; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
24. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J Phys Chem 1996, 100, 19357.
25. Dapprich, S.; Komàromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J Mol Struct (Theochem) 1999, 1, 461.
26. Cornell, W. D.; Cierplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
27. Geskin, V. M.; Bredas, J. L. Int J Quantum Chem 2003, 91, 303.
28. Vreven, T.; Morokuma, K. Theor Chem Acc 2003, 109, 125.
29. Ferre, N.; Olivucci, M. J Am Chem Soc 2003, 125, 6868.
30. Sugihara, M.; Buss, V.; Entel, P.; Elstner, M.; Frauenheim, T. Biochemistry 2002, 41, 15259.
31. Gascon, J. A.; Batista, V. S. Biophys J 2004, 87, 2931.
32. Blomgren, F.; Larsson, S. Chem Phys Lett 2003, 376, 704.