Raman and surface-enhanced Raman spectroscopic studies of the 15-mer DNA thrombin-binding aptamer

Journal of Raman Spectroscopy

Volumn 41, Issue 3, 2010, Pages 241-247

  Pagba, Cynthia V ^a   Lane, Stephen M ^a,b   Wachsmann Hogiu, Sebastian ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Aptamer; Biosensors; Quadruplex; Raman spectra; SERS spectra

Indexed keywords

ENZYMES; METAL NANOPARTICLES; MOLECULES; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; TEMPERATURE;

APTAMERS; METAL SURFACES; QUADRUPLEX STRUCTURES; QUADRUPLEXES; RAMAN SPECTROSCOPIC STUDY; SECONDARY STRUCTURES; SERS SPECTRUM; SURFACE ENHANCED RAMAN; TARGET MOLECULE; THROMBIN BINDING;

OLIGONUCLEOTIDES;

EID: 77949643003     PISSN: 03770486     EISSN: 10974555     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jrs.2428     Document Type: Article

References (60)

1. A. D. Ellington, J. W. Szostak, Nature 1990, 346, 818.
2. C. Tuerk, L. Gold, Science 1990, 249, 505.
3. J. X. N. S. Y. Y. Jijun Tang, Electrophoresis 2006, 27, 1303.
4. J. Tang,T. Yu,L. Guo, J. Xie, N. Shao, Z. He, Biosens.Bioelectron.2007, 22,2456.
5. J. G. Bruno, J. L. Kiel, Biosens. Bioelectron. 1999, 14, 457.
6. B. J. Hicke, C. Marion, Y.-F. Chang, T. Gould, C. K. Lynott, D. Parma, P. G. Schmidt, S. Warren, J. Biol. Chem. 2001, 276, 48644.
7. C. Wang, M. Zhang, G. Yang, D. Zhang, H. Ding, H. Wang, M. Fan, B. Shen, N. Shao, J. Biotechnol. 2003, 102, 15.
8. J. Ruckman, L. S. Green, J. Beeson, S. Waugh, W. L. Gillette, D. D. Henninger, L. Claesson-Welsh, N. Janjic, J. Biol. Chem. 1998, 273,20556.
9. C.-h. B. Chen, G. A. Chernis, V. Q. Hoang, R. Landgraf, Proc.Natl.Acad. Sci. U S A 2003, 100, 9226.
10. S. Tombelli, M. Minunni, M. Mascini, Biomol. Eng. 2007, 24, 191.
11. M. Minunni, S. Tombelli, A. Gullotto, E. Luzi, M. Mascini, Biosens. Bioelectron. 2004, 20, 1149.
12. S. Tombelli, M. Minunni, E. Luzi, M. Mascini, Bioelectrochemistry 2005,67,135.
13. J. W. Guthrie, C. L. A. Hamula, H. Zhang, X. C. Le, Methods 2006, 38, 324.
14. T. Wiegand, P. Williams, S. Dreskin, M. Jouvin, J. Kinet, D. Tasset, J. Immunol. 1996, 157, 221.
15. M. Liss, B. Petersen, H. Wolf, E. Prohaska, Anal. Chem. 2002, 74, 4488.
16. L. C. Bock, L. C. Griffin, J. A. Latham, E. H. Vermaas, J. J. Toole, Nature 1992,355,564.
17. T. Hermann, D. J. Patel, Science 2000, 287, 820.
18. N. de-los-Santos-Álvarez, Ma. J. Lobo-Castañón, A. J. Miranda-Ordieres, P. Tuñón-Blanco, Trends Analyt. Chem. TrAC 2008, 27, 437.
19. K. Y. Wang, S. H. Krawczyk, N. Bischofberger, S. Swaminathan, P. H. Bolton, Biochemistry 1993, 32, 11285.
20. K. Y. Wang, S. McCurdy, R. G. Shea, S. Swaminathan, P. H. Bolton, Biochemistry 1993, 32, 1899.
21. R. F. Macaya, P. Schultze, F. W. Smith, J. A. Roe, J. Feigon, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1993, 90, 3745.
22. P. Schultze, R. F. Macaya, J. Feigon, J. Mol. Biol. 1994, 235, 1532.
23. K. Padmanabhan, K. P. Padmanabhan, J. D. Ferrara, J. E. Sadler, A. Tulinsky, J. Biol. Chem. 1993, 268, 17651.
24. B. I. Kankia, L. A. Marky, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10799.
25. S. Nagatoishi, Y. Tanaka, K. Tsumoto, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 352, 812.
26. M. Vairamani, M. L. Gross, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 42.
27. J. A. Mondragon-Sanchez, J. Liquier, R. H. Shafer, E. Taillandier, J. Biomol. Struct. Dyn. 2004, 22, 365.
28. J. M. Benevides, G. J. Thomas Jr., Nucleic Acids Res. 1983, 11, 5747.
29. W. S. G. J. T. B. Prescott Jr., Biopolymers 1984, 23, 235.
30. Y. Nishimura, M. Tsuboi, T. Sato, K. Aoki, J. Mol. Struct. 1986, 146, 123.
31. J. M. Benevides, A. H. J. Wang, A. Rich, Y. Kyogoku, G. A. Van der Marel, J. H. Van Boom, G. J. Thomas, Biochemistry 1986, 25, 41.
32. J. M. Benevides, A. H. J. Wang, G. A. Van der Marel, J. H. Van Boom, G. J. Thomas, Biochemistry 1988, 27, 931.
33. [33] W. L. Peticolas, E. Evertsz, M. J. L. David, E. D. James, Methods in Enzymology, Vol. 211, Academic Press: 1992, p 335.
34. T. Miura, G. J. Thomas, Biochemistry 1994, 33, 7848.
35. T. Miura, G. J. Thomas, Biochemistry 1995, 34, 9645.
36. C. Krafft, J. M. Benevides, G. J. Thomas Jr. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3981.
37. S. Song, L. Wang, J. Li, C. Fan, J. Zhao, Trends Analyt. Chem. TrAC 2008,27,108.
38. T. Mairal, V. Cengiz Özalp, P. Lozano Sánchez, M. Mir, I. Katakis, C. O'Sullivan, Anal. Bioanal. Chem. 2008, 390, 989.
39. M. Famulok, J. S. Hartig, G. Mayer, Chem. Rev. 2007, 107, 3715.
40. P. Alberti, J.-L. Mergny, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 2003, 100, 1569.
41. F. He, Y. Tang, S. Wang, Y. Li, D. Zhu, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12343.
42. K. Hering, D. Cialla, K. Ackermann, T. Dörfer, R. Möller, H. Schneidewind, R. Mattheis, W. Fritzsche, P. Rösch, J. Popp, Anal. Bioanal. Chem. 2008, 390, 113.
43. H. Cho, B. R. Baker, S. Wachsmann-Hogiu, C. V. Pagba, T. A. Laurence, S. M. Lane, L. P. Lee, J. B. H. Tok, Nano Lett. 2008,8,4386.
44. M. D. Porter, R. J. Lipert, L. M. Siperko, G. Wang, R. Narayanana, Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 1001.
45. R. Narayanan, R. J. Lipert, M. D. Porter, Anal. Chem. 2008, 80, 2265.
46. J. D. Driskell, K. M. Kwarta, R. J. Lipert, M. D. Porter, J. D. Neill, J. F. Ridpath, Anal. Chem. 2005, 77, 6147.
47. D. S. Grubisha, R. J. Lipert, H.-Y. Park, J. Driskell, M. D. Porter, Anal. Chem. 2003, 75, 5936.
48. P. C. Lee, D. Meisel, J. Phys. Chem. 1982, 86, 3391.
49. D. Zhang, Y. Xie, M. F. Mrozek, C. Ortiz, V. J. Davisson, D. Ben-Amotz, Anal. Chem. 2003, 75, 5703.
50. C. Ortiz, D. Zhang, Y. Xie, A. E. Ribbe, D. Ben-Amotz, Anal. Biochem. 2006,353,157.
51. A. Barhoumi, D. Zhang, F. Tam, N. J. Halas, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130,5523.
52. J. J. Li, X. Fang, W. Tan, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002, 292, 31.
53. I. Smirnov, R. H. Shafer, J. Mol. Biol. 2000, 296, 1.
54. V. M. Marathias, P. H. Bolton, Biochemistry 1999, 38, 4355.
55. J. M. Benevides, M. A. Weiss, G. J. Thomas, Biochemistry 1991, 30, 5955.
56. E. Baldrich, A. Restrepo, C. K. O'Sullivan, Anal.Chem. 2004, 76, 7053.
57. K. Kneipp, J. Fleming, J. Mol. Struct. 1986, 145, 173.
58. T. J. Jvd. T. C. Otto, F. F. M. deMul, J. Greve, J.Raman Spectrosc.1986, 17,289.
59. A. Barhoumi, D. Zhang, N. J. Halas, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14040.
60. C. Boozer, J. Ladd, S. Chen, Q. Yu, J. Homola, S. Jiang, Anal. Chem. 2004,76,6967.