Performance of a linear ion trap-orbitrap hybrid for peptide analysis

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 2, 2006, Pages 493-500

  Yates, John R ^a   Cociorva, Daniel ^a   Liao, Lujian ^a   Zabrouskov, Vlad ^b  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b Thermo Fisher Scientific   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ION ABUNDANCE RATIOS; ION TRAP-ORBITRAP HYBRID; SUBLINGUAL SALIVA SAMPLE; TANDEM MASS SPECTRA;

CHEMICAL BONDS; IONS; LINEAR SYSTEMS; MASS SPECTROMETERS; PROTEINS;

POLYPEPTIDES;

PEPTIDE;

ARTICLE; AUTOMATION; DRUG MIXTURE; LABORATORY DIAGNOSIS; LINEAR ION TRAP ORBITRAP HYBRID METHOD; MASS SPECTROMETER; OPTICAL RESOLUTION; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEIN ANALYSIS; STRUCTURAL PROTEOMICS; SUBLINGUAL GLAND; SUBMANDIBULAR GLAND; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

HUMANS; METALLOENDOPEPTIDASES; PROTEOMICS; SALIVA; SALIVARY PROTEINS; SALIVARY PROTEINS AND PEPTIDES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 30744476222     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0514624     Document Type: Article

References (36)

1. Kelleher, N. L.; Taylor, S. V.; Grannis, D.; Kinsland, C.; Chiu, H. J.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. Protein Sci. 1998, 7, 1796-1801.
2. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573.
3. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784.
4. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678.
5. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
6. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
7. Johnson, L.; Mollah, S.; Garcia, B. A.; Muratore, T. L.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Jacobsen, S. E. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6511-6518.
8. Syka, J. E.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621-626.
9. Eng, J.; McCormack, A.; Yates, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
10. Conaway, J. W.; Florens, L.; Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Parmely, T. J.; Yao, T.; Swansori, S. K.; Banks, C. A.; Washburn, M. P.; Conaway, R. C. FEBS Lett. 2005, 579, 904-908.
11. Sickmann, A.; Reinders, J.; Wagner, Y.; Joppich, C.; Zahedi, R.; Meyer, H. E.; Schonfisch, B.; Perschil, I.; Chacinska, A.; Guiard, B.; Rehling, P.; Pfanner, N.; Meisinger, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13207-13212.
12. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135.
13. Yates, J. R., 3rd; Gilchrist, A.; Howell, K. E.; Bergeron, J. J. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 702-714.
14. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776.
15. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Mardones, G.; Finnigan, C.; Mogelsvang, S.; Yates, J. R., 3rd; Howell, K. E. Mol. Biol. Cell 2004, 15, 2907-2919.
16. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
17. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
18. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900-7905.
19. Cheeseman, I. M.; Anderson, S.; Jwa, M.; Green, E. M.; Kang, J.; Yates, J. R., 3rd; Chan, C. S.; Drubin, D. G.; Barnes, G. Cell 2002, 111, 163-172.
20. Makarov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156-1162.
21. Hardman, M.; Makarov, A. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1699-1705.
22. Horning, S.; Makarov, A.; Denisov, E.; Wieghaus, A.; Malek, R.; Lange, O.; Senko, M. San Antonio, TX, June 5-9, 2005.
23. Gillece-Castro, B. L.; Prakobphol, A.; Burlingame, A. L; Leffler, H.; Fisher, S. J. J. Biol. Chem. 1991, 266, 17358-17368.
24. Schwartz, J. C.; Senko, M. W.; Syka, J. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 659-669.
25. Schwartz, J. C.; Zhou, X. G.; Bier, M. E. U.S. Patent 5, 572, 022, 1996.
26. Hu, Q.; Noll, R. J.; Li, H.; Makarov, A.; Hardman, M.; Graham Cooks, R. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430-443.
27. Bern, M.; Goldberg, D.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. Bioinformatics 2004, 20 (Suppl 1), 149-154.
28. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
29. Tabb, D. L.; McDonald, H. W.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-36.
30. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
31. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 608-614.
32. Kennedy, S.; Davis, C.; Abrams, W. R.; Billings, P. C.; Nagashunmugam, T.; Friedman, H.; Malamud, D. J. Dent. Res. 1998, 77, 1515-1519.
33. Puente, X. S.; Sanchez, L. M.; Overall, C. M.; Lopez-Otin, C. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 544-558.
34. Inagani, T.; Sturtevant, J. M. J. Biol. Chem. 1960, 235, 1019-1023.
35. Yates, J. R., 3rd; Morgan, S. F.; Gatlin, C. L.; Griffin, P. R.; Eng, J. K. Anal. Chem. 1998, 70, 3557-3565.
36. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran. A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.