Molecular dynamics simulation of liquid water: Hybrid density functional

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 8, 2006, Pages 3685-3691

  Todorova, Teodora ^a   Seitsonen, Ari P ^a   Hutter, Jürg ^a   Kuo, I Feng W ^b   Mundy, Christopher J ^b  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^b LAWRENCE LIVERMORE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APPROXIMATION THEORY; COMPUTER SIMULATION; DIMERS; MOLECULAR DYNAMICS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

HYBRID DENSITY FUNCTIONALS; LIQUID WATER; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

WATER;

EID: 33644930847     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055127v     Document Type: Article

References (62)

1. Stillinger, F. H. Science 1980, 209, 451.
2. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219.
3. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140 (4A), A1133-A1139.
4. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38 (6), 3098-3100.
5. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37 (2), 785-789.
6. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77 (18), 3865-3868.
7. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J. Science 2004, 303, 658-660.
8. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108 (34), 12990-12998.
9. Grossman, J. C.; Schwegler, E.; Draeger, E. W.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 300-311.
10. Schwegler, E.; Grossman, J. C.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5400-5409.
11. Fernandez-Serra, M. V.; Artacho, E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11136-11144.
12. Mantz, Y. A.; Chen, B.; Martyna, G. J. Chem. Phys. Lett. 2005, 405, 294-299.
13. Sit, P. H. L.; Marzari, N. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204510.
14. VandeVondele, J.; Mohamed, F.; Krack, M.; Hutter, J.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014515.
15. Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M.; Car, R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9080-9089.
16. Sprik, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1142-1152.
17. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2005, 169 (1-3), 289-294.
18. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; VandeVondele, J.; Hutter, J.; Mohamed, F.; Krack, M. ChemPhysChem 2005, 6, 1894.
19. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; VandeVondele, J.; Hutter, J.; Mohamed, F.; Krack, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 640-646. 2005 ASAP, http://dx.doi.org/10.1021/jp0535947.
20. Chen, B.; Ivanov, I.; Klein, M. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 215503.
21. Wernet, P.; Nordlund, D.; Bergmann, U.; Cavalleri, M.; Odelius, M.; Ogasawara, H.; Näslund, L. Å.; Hirsch, T. K.; Ojamäe, L.; Glatzel, P.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. Science 2004, 304, 995-999.
22. Smith, J. D.; Cappa, C. D.; Wilson, K. R.; Messer, B. M.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. Science 2004, 306, 851-853.
23. Näslund, L. Å.; Luning, J.; Ufuktepe, Y.; Ogasawara, H.; Wernet, P.; Bergmann, U.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13835-13839.
24. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D. Phys. Rev. E 2003, 68, 041505.
25. Gygi, F.; Baldereschi, A. Phys. Rev. B 1986, 34, 4405-4408.
26. Chawla, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4697-4700.
27. Marx, D.; Hutter, J. In Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry; Grotendorst, J., Ed.; NIC Series 1; FZ Jülich: Jülich, Germany, 2000; pp 329-477.
28. Paier, J.; Hirschl, R.; Marsman, M.; Kresse, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 234102.
29. Bernasconi, L.; Sprik, M.; Hutter, J. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 141-146.
30. Heyd, J.; Scuseria, G. E.; Ernzerhof, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8207-8215.
31. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43 (3), 1993-2006.
32. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425-1428.
33. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
34. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
35. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
36. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643.
37. CPMD, version 3.9; IBM Corp., MPI für Festkörperforschung: Stuttgart, Germany, 1990-2004, 1997-2001. http://www.cpmd.org/.
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
39. Koch, W.; Holthausen, M. C. A Chemist's Guide to Density Functional Theory, 2nd ed.; Wiley-VCH: New York, 2002.
40. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19 (4), 553-566.
41. Klopper, W.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Duijneveldt, F. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2 (10), 2227-2234.
42. Nielsen, I. M. B.; Seidl, E. T.; Janssen, C. L. J. Chem. Phys. 1999, 110 (19), 9435-9442.
43. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79 (2), 926-935.
44. Hura, G.; Russo, D.; Glaeser, R. M.; Head-Gordon, T.; Krack, M.; Parrinello, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 1981-1991.
45. Xenides, D.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174506.
46. Mills, R. J. Phys. Chem. 1973, 77, 685-688.
47. Soper, A. K.; Bruni, F.; Ricci, M. A. J. Chem. Phys. 1997, 106, 247.
48. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572-3580.
49. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847-12865.
50. Berghold, G.; Mundy, C. J.; Romero, A. H.; Hutter, J.; Parrinello, M. Phys. Rev. B 2000, 61, 10040-10048.
51. Kirchner, B.; Hutter, J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5133-5142.
52. Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E.; Tao, J. M.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys. 2003, 119 (23), 12129-12137.
53. Xu, X.; Goddard III, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101 (9), 2673-2677.
54. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
55. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158-6170.
56. Goedecker, S.; Teter, M.; Hutter, J. Phys. Rev. B 1996, 54 (3), 1703-1710.
57. Wang, Y.; Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1991, 44, 13298-13307.
58. Zhang, Y.; Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 890.
59. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys. Rev. B 1981, 23, 5048.
60. Tao, J. M.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 91 (212), 146401-1.
61. Xu, X.; Goddard III, W. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108 (12), 2305-2313.
62. Su, J. T.; Xu, X.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10518-10526.