Nucleosome positioning-what do we really know?

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1582-1592

  Travers, Andrew ^a,b   Caserta, Micaela ^c   Churcher, Mark ^b   Hiriart, Edwige ^b   Di Mauro, Ernesto ^c  

^a UNIVERSITÉ PARIS SACLAY   (France)

^b MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY   (United Kingdom)

^c SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; COMPUTER SIMULATION; GENETICS; NUCLEOSOME; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYSIOLOGY; REVIEW; SACCHAROMYCETALES;

ANIMALS; BASE SEQUENCE; COMPUTER SIMULATION; MODELS, GENETIC; NUCLEOSOMES; SACCHAROMYCETALES;

EUKARYOTA; SACCHAROMYCETALES;

EID: 72949112232     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907227f     Document Type: Review

References (82)

1. K. Luger A. W. Mäder R. K. Richmond D. F. Sargent T. J. Richmond Nature 1997 389 6648 251 260
2. T. J. Richmond C. A. Davey Nature 2003 423 6936 145 150
3. M. Han M. Grunstein Cell 1988 55 6 1137 1145
4. M. S. Schlissel D. D. Brown Cell 1984 37 3 903 913
5. A. Almer W. Hörz EMBO J. 1986 5 10 2689 2696
6. H. Richard-Foy G. L. Hager EMBO J. 1987 6 8 2321 2328
7. C. Jiang B. F. Pugh Nat. Rev. Genet. 2009 10 3 161 172
8. O. J. Rando H. Y. Chang Annu. Rev. Biochem. 2009 78 245 271
9. E. Segal J. Widom Nat. Rev. Genet. 2009 10 7 443 456
10. M. Radman-Livaja O. J. Rando Dev. Biol. 2009 10.1016/ydbio.2009.06.012
11. E. Segal J. Widom Trends Genet. 2009 25 8 335 343
12. J. T. Finch L. C. Lutter D. Rhodes R. S. Brown B. Rushton M. Levitt A. Klug Nature 1977 269 5623 29 36
13. F. H. C. Crick A. Klug Nature 1975 255 5509 530 533
14. V. B. Zhurkin Y. P. Lysov V. Ivanov Nucleic Acids Res. 1979 6 3 1081 1096
15. E. N. Trifonov Nucleic Acids Res. 1980 8 17 4041 4053
16. V. B. Zhurkin FEBS Lett. 1983 158 2 293 297
17. A. Travers H. Drew Biopolymers 1997 44 4 423 433
18. J. Widom Q. Rev. Biophys. 2000 34 3 269 324
19. J. Virstedt T. Berge R. M. Henderson M. J. Waring A. A. Travers J. Struct. Biol. 2004 148 1 66 85
20. M. A. El Hassan C. R. Calladine Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 1997 355 1722 43 100
21. W. K. Olson A. A. Gorin X. J. Lu L. M. Hock V. B. Zhurkin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 19 11163 11168
22. M. Gencheva S. Boa R. Fraser M. W. Simmen C. B. A. Whitelaw J. Allan J. Mol. Biol. 2006 361 2 216 230
23. F. Schaeffer S. Rimsky A. Spassky J. Mol. Biol. 1996 260 4 523 539
24. A. B. Fleming S. Pennings EMBO J. 2001 20 18 5219 5231
25. B. Guillemette A. R. Bataille N. Gévry M. Adam M. Blanchette F. Robert L. Gaudreau PLoS Biol. 2005 3 12 e384
26. G. C. Yuan J. S. Liu M. F. Dion M. D. Slack L. F. Wu S. J. Altschuler O. J. Rando Science 2005 309 5734 626 630
27. W. Lee D. Tillo N. Bray R. H. Morse R. W. Davis T. R. Hughes C. Nislow Nat. Genet. 2007 39 10 1235 1244
28. I. Albert T. N. Mavrich L. P. Tomsho J. Qi S. J. Zanton S. C. Schuster B. F. Pugh Nature 2007 446 7135 572 576
29. T. N. Mavrich I. P. Ioshikhes B. J. Venters C. Jiang L. P. Tomsho J. Qi S. C. Schuster I. Albert B. F. Pugh Genome Res. 2008 18 7 1073 1083
30. T. N. Mavrich C. Jiang I. P. Ioshikhes X. Li B. J. Venters S. J. Zanton L. P. Tomsho J. Qi R. L. Glaser S. C. Schuster D. S. Gilmour I. Albert B. F. Pugh Nature 2008 453 7193 358 362
31. Y. Field N. Kaplan Y. Fondufe-Mittendorf I. K. Moore E. Sharon Y. Lubling J. Widom E. Segal PLoS Comput. Biol. 2008 4 11 e1000216
32. N. Kaplan I. K. Moore Y. Fondufe-Mittendorf A. J. Gossett D. Tillo Y. Field E. M. LeProust T. R. Hughes J. D. Lieb J. Widom E. Segal Nature 2009 458 7236 362 366
33. S. Tanaka M. Livingstone-Zatchej F. Thoma J. Mol. Biol. 1996 257 5 919 934
34. E. Segal Y. Fondufe-Mittendorf L. Chen A. Thåstrom Y. Field I. K. Moore J. P. Wang J. Widom Nature 2006 442 7104 772 778
35. M. Caserta E. Agricola M. Churcher E. Hiriart L. Verdone E. Di Mauro A. Travers Nucleic Acids Res. 2009 10.1093/nar/gkp574
36. W. Hörz W. Altenburger Nucleic Acids Res. 1981 9 12 2643 2658
37. J. D. McGhee G. Felsenfeld Cell 1983 32 4 1205 1215
38. S. C. Satchwell H. R. Drew A. A. Travers J. Mol. Biol. 1986 191 4 659 675
39. S. Muyldermans A. A. Travers J. Mol. Biol. 1994 235 3 855 870
40. F. Cui V. B. Zhurkin Nucleic Acids Res. 2009 37 9 2818 2829
41. E. Segal J. Widom Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 1 65 71
42. A. Travers A. Klug Nature 1987 327 6120 280 281
43. L. R. Lazarus A. A. Travers EMBO J. 1993 12 6 2483 2494
44. Y. Zhang Z. Xi R. S. Hegde Z. Shakked D. M. Crothers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 22 8337 8341
45. M. Y. Tolstorukov A. V. Colasanti D. M. McCandlish W. K. Olson V. B. Zhurkin J. Mol. Biol. 2007 371 3 725 738
46. R. M. Fraser D. Keszenman-Pereyra M. W. Simmen J. Allan J. Mol. Biol. 2009 390 2 292 305
47. A. Travers A. Klug Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1987 317 1187 537 561
48. A. A. Travers Trends Biochem. Sci. 1987 12 108 112
49. D. J. Fitzgerald G. L. Dryden E. C. Bronson J. S. Williams J. N. Anderson J. Biol. Chem. 1994 269 33 21303 21314
50. T. E. Shrader D. M. Crothers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989 86 19 7418 7422
51. S. Tanaka M. Zatchej F. Thoma EMBO J. 1992 11 3 1187 1193
52. L. L. Wallrath Q. Lu H. Granok S. C. R. Elgin BioEssays 1994 16 3 165 170
53. H. C. M. Nelson J. T. Finch B. F. Luisi A. Klug Nature 1987 330 6145 221 226
54. L. Verdone G. Camilloni E. Di Mauro M. Caserta Mol. Cell. Biol. 1996 16 5 1978 1988
55. M. Shimizu T. Mori T. Sakurai H. Shindo EMBO J. 2000 19 13 3358 3365
56. A. Flaus K. Luger S. Tan T. J. Richmond Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 4 1370 1375
57. A. Ragab A. Travers Nucleic Acids Res. 2003 31 24 7083 7089
58. C. H. Shen D. J. Clark J. Biol. Chem. 2001 276 37 35209 35216
59. Y. Kim N. McLaughlin K. Lindstrom T. Tsukiyama D. J. Clark Mol. Cell. Biol. 2006 26 22 8607 8622
60. G. Costanzo E. Di Mauro R. Negri G. Pereira C. Hollenberg J. Biol. Chem. 1995 270 19 11091 11097
61. S. M. Johnson F. J. Tan H. L. McCullough D. P. Riordan A. Z. Fire Genome Res. 2006 16 12 1505 1516
62. A. Valouev J. Ichikawa T. Thonthat J. Stuart S. Ranade H. Peckhan K. Zeng J. A. Malek G. Costa K. McKernan A. Sidow A. Fire S. M. Johnson Genome Res. 2008 18 7 1051 1063
63. R. Kornberg Nature 1981 292 5824 579 580
64. R. D. Kornberg L. Stryer Nucleic Acids Res. 1988 16 14 6677 6690
65. J. L. Compton M. Bellard P. Chambon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976 73 12 4382 4386
66. J. O. Thomas R. J. Thompson Cell 1977 10 4 633 640
67. B. Piña U. Bruggemeier M. Beato Cell 1990 60 5 719 731
68. M. Shimizu S. Y. Roth C. Szent-Gyorgyi R. T. Simpson EMBO J. 1991 10 10 3033 3041
69. E. Bouffartigues M. Buckle C. Badaut A. Travers S. Rimsky Nat. Struct. Mol. Biol. 2007 14 5 441 448
70. B. Lang, N. Blot E. Bouffartigues M. Buckle M. Geertz C. O. Gualerzi R. Mavathur G. Muskhelishvili C. L. Pon S. Stella M. M. Babu A. Travers Nucleic Acids Res. 2007 35 18 6330 6337
71. H. R. Chung M. Vingron J. Mol. Biol. 2009 386 5 1411 1422
72. I. Ioshikhes A. Bolshoy K. Derenshteyn M. Borodovsky E. N. Trifonov J. Mol. Biol. 1996 262 2 129 139
73. H. E. Peckham R. E. Thurman Y. Fu J. A. Stamatoyannopoulos W. S. Noble K. Struhl Z. Weng Genome Res. 2007 17 8 1170 1177
74. G. C. Yuan J. S. Liu PLoS Comput. Biol. 2008 4 1 e13
75. D. Boffelli P. De Santis A. Palleschi M. Savino Biophys. J. 1991 39 2 127 136
76. C. Anselmi G. Bocchinfuso P. De Santis M. Savino A. Scipioni Biophys. J. 2000 79 2 601 613
77. C. Miele Y. Vaillant C. d'Aubenton-Carafa C. Thermes T. Grange Nucleic Acids Res. 2008 36 11 3746 3756
78. H. R. Widlund H. Cao S. Simonsson E. Magnusson T. Simonsson P. E. Nielsen J. D. Kahn D. M. Crothers M. Kubista J. Mol. Biol. 1997 267 4 807 817
79. P. T. Lowary J. Widom J. Mol. Biol. 1998 276 1 19 42
80. Y. Zhang Z. Moqtaderi B. P. Rattner G. Euskirchen M. Snyder J. T. Kadonaga X. S. Liu K. Struhl Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 8 847 852
81. C. Wu A. Travers Biochemistry 2005 44 43 14329 14334
82. K. Weiss R. T. Simpson EMBO J. 1997 16 14 4352 4360