Systems analyses of circadian networks

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1502-1511

  Hubbard, Katharine E ^a,b   Robertson, Fiona C ^a   Dalchau, Neil ^a,c   Webb, Alex A R ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b SECTION OF CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY   (United States)

^c MICROSOFT RESEARCH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARABIDOPSIS; BIOLOGICAL MODEL; CIRCADIAN RHYTHM; GENETIC TRANSCRIPTION; GENETICS; METHODOLOGY; PHYSIOLOGY; REVIEW; SYSTEMS BIOLOGY;

ARABIDOPSIS; CIRCADIAN RHYTHM; MODELS, BIOLOGICAL; SYSTEMS BIOLOGY; TRANSCRIPTION, GENETIC;

ANIMALIA; ARABIDOPSIS; ARABIDOPSIS THALIANA; MAMMALIA;

EID: 72949106906     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907714f     Document Type: Review

References (84)

1. M. W. Young S. A. Kay Nat. Rev. Genet. 2001 2 702 715
2. A. N. Dodd N. Salathia A. Hall E. Kévei R. Tóth F. Nagy J. M. Hibberd A. J. Millar A. A. R. Webb Science 2005 309 630 633
3. R. M. Green S. Tingay Z. Y. Wang E. M. Tobin Plant Physiol. 2002 129 576 584
4. K. J. Emerson W. E. Bradshaw C. M. Holzapfel Evolution 2008 62 979 983
5. F. W. Turek C. Joshu A. Kohsaka E. Lin G. Ivanova E. McDearmon A. Laposky S. Losee-Olson A. Easton D. R. Jensen R. H. Eckel J. S. Takahashi J. Bass Science 2005 308 1043 1045
6. D. Alabadí T. Oyama M. J. Yanovsky F. G. Harmon P. Más S. A. Kay Science 2001 293 880 883
7. P. Más Int. J. Dev. Biol. 2005 49 491 500
8. M. J. Gardner K. E. Hubbard C. T. Hotta A. N. Dodd A. A. R. Webb Biochem. J. 2006 397 15 24
9. S. L. Harmer Annu. Rev. Plant. 2009 60 357 377
10. J. C. W. Locke A. J. Millar M. S. Turner J. Theor. Biol. 2005 234 383 393
11. J. C. W. Locke M. M. Southern L. Kozma-Bognár V. Hibberd P. E. Brown M. S. Turner A. J. Millar Mol. Syst. Biol. 2005 1 2005.0013
12. M. N. Zeilinger E. M. Farré S. R. Taylor S. A. Kay F. J. Doyle Mol. Syst. Biol. 2006 2 58
13. J. L. Pruneda-Paz G. Breton A. Para S. A. Kay Science 2009 323 1481 1485
14. S. L. Harmer J. B. Hogenesch M. Straume H. S. Chang B. Han T. Zhu X. Wang J. A. Kreps S. A. Kay Science 2000 290 2110 2113
15. O. E. Bläsing Y. Gibon M. Günther M. Höhne R. Morcuende D. Osuna O. Thimm B. Usadel W. R. Scheible M. Stitt Plant Cell 2005 17 3257 3281
16. A. N. Dodd M. J. Gardner C. T. Hotta K. E. Hubbard N. Dalchau J. Love J. M. Assie F. C. Robertson M. K. Jakobsen J. Gonalves D. Sanders A. A. R. Webb Science 2007 318 1789 1792
17. M. F. Covington S. L. Harmer PLoS Biol. 2007 5 e222
18. M. F. Covington J. N. Maloof M. Straume S. A. Kay S. L. Harmer Genome Biology 2008 9 R130
19. R. A. Gutiérrez T. L. Stokes K. Thum X. Xu M. Obertello M. S. Katari M. Tanurdzic A. Dean D. C. Nero C. R. McClung G. M. Coruzzi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4939 4944
20. T. P. Michael T. C. Mockler G. Breton C. McEntee A. Byer J. D. Trout S. P. Hazen R. Shen H. D. Priest C. M. Sullivan S. A. Givan M. Yanovsky F. Hong S. A. Kay J. Chory PLoS Genet. 2008 4 e14
21. T. P. Michael G. Breton S. P. Hazen H. Priest T. C. Mockler S. A. Kay J. Chory PLoS Biol. 2008 6 e225
22. P. Más Trends Cell Biol. 2008 18 273 281
23. Z. Y. Wang E. M. Tobin Cell 1998 93 1207 1217
24. R. Schaffer N. Ramsay A. Samach S. Corden J. Putterill I. A. Carré G. Coupland Cell 1998 93 1219 1229
25. A. J. Millar I. A. Carré C. A. Strayer N. H. Chua S. A. Kay Science 1995 267 1161 1163
26. J. C. W. Locke L. Kozma-Bognár P. D. Gould B. Fehér É. Kevei F. Nagy M. S. Turner A. Hall A. J. Millar Mol. Syst. Biol. 2006 2 59
27. D. H. Park D. E. Somers Y. S. Kim Y. H. Choy H. K. Lim M. S. Soh H. J. Kim S. A. Kay H. G. Nam Science 1999 285 1579 1582
28. E. M. Farré S. L. Harmer F. G. Harmon M. J. Yanovsky S. A. Kay Curr. Biol. 2005 15 47 54
29. N. Nakamichi M. Kita S. Ito E. Sato T. Yamashino T. Mizuno Plant Cell Physiol. 2005 46 609 619
30. E. A. Kikis R. Khanna P. H. Quail Plant J. 2005 44 300 313
31. D. E. Somers T. F. Schultz M. Milnamow S. A. Kay Cell 2000 101 319 329
32. T. F. Schultz T. Kiyosue M. Yanovsky M. Wada S. A. Kay Plant Cell 2001 13 2659 2670
33. S. P. Hazen T. F. Schultz J. L. Pruneda-Paz J. O. Borevitz J. R. Ecker S. A. Kay Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10387 10392
34. K. Onai M. Ishiura Genes Cells 2005 10 963 972
35. A. Hall R. M. Bastow S. J. Davis S. Hanano H. G. McWatters V. Hibberd M. R. Doyle S. Sung K. J. Halliday R. M. Amasino A. J. Millar Plant Cell 2003 15 2719 2729
36. J. Kim Y. Kim M. Yeom J. H. Kim H. G. Nam Plant Cell 2008 20 307 319
37. P. Más W. Y. Kim D. E. Somers S. A. Kay Nature 2003 426 567 570
38. W. Y. Kim S. Fujiwara S. S. Suh J. Kim Y. Kim L. Han K. David J. Putterill H. G. Nam D. E. Somers Nature 2007 449 356 360
39. D. Alabadí M. J. Yanovsky P. Más S. L. Harmer S. A. Kay Curr. Biol. 2002 12 757 761
40. T. Mizoguchi K. Wheatley Y. Hanzawa L. Wright M. Mizoguchi H. R. Song I. A. Carré G. Coupland Dev. Cell 2002 2 629 641
41. S. Ito H. Kawamura Y. Niwa N. Nakamichi T. Yamashino T. Mizuno Plant Cell Physiol. 2009 50 290 303
42. J. P. Sánchez P. Duque N. H. Chua Plant J. 2004 38 381 395
43. K. D. Edwards P. E. Anderson A. Hall N. S. Salathia J. C. W. Locke J. R. Lynn M. Straume J. Q. Smith A. J. Millar Plant Cell 2006 18 639 650
44. D. E. Somers, in Endogenous Plant Rhythms, ed., A. Hall, and, H. McWatters, Blackwell Publishing Ltd, Oxford, UK, 2005
45. P. F. Devlin S. A. Kay Plant Cell 2000 12 2499 2510
46. D. E. Somers P. F. Devlin S. A. Kay Science 1998 282 1488 1490
47. R. Schaffer J. Landgraf M. Accerbi V. Simon M. Larson E. Wisman Plant Cell 2001 13 113 123
48. M. Straume Methods Enymol. 2004 383 149 166
49. M. E. Hudson P. H. Quail Plant Physiol. 2003 133 1605 1616
50. T. P. Michael C. R. McClung Plant Physiol. 2003 132 629 639
51. S. L. Harmer S. A. Kay Plant Cell 2005 17 1926 1940
52. S. L. Anderson S. A. Kay Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 1500 1504
53. T. P. Michael C. R. McClung Plant Physiol. 2002 130 627 638
54. F. C. Robertson A. W. Skeffington M. J. Gardner A. A. R. Webb Plant Mol. Biol. 2009 69 419 427
55. C. T. Hotta M. J. Gardner K. E. Hubbard S. J. Baek N. Dalchau D. Suhita A. N. Dodd A. A. R. Webb Plant, Cell Environ. 2007 30 333 349
56. K. Nozue M. F. Covington P. D. Duek S. Lorrain C. Fankhauser S. L. Harmer J. N. Maloof Nature 2007 448 358 361
57. J. L. Nemhauser F. Hong J. Chory Cell 2006 126 465 467
58. L. K. Bognár A. Hall É. Ádám S. C. Thain F. Nagy A. J. Millar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14652 14657
59. R. Tóth É. Kevei A. Hall A. J. Millar F. Nagy L. Kozma-Bognár Plant Physiol. 2001 127 1607 1616
60. R. A. Sharrock T. Clack Plant Physiol. 2002 130 442 456
61. Y. Gibon B. Usadel O. E. Blaesing B. Kamlage M. Hoehne R. Trethewey M. Stitt Genome Biol. 2006 7 R76
62. J. Y. Kim H. R. Song B. L. Taylor I. A. Carré EMBO J. 2003 22 935 944
63. E. M. Farré S. A. Kay Plant J. 2007 52 548 560
64. S. Ito N. Nakamichi T. Kiba T. Yamashino T. Mizuno Plant Cell Physiol. 2007 48 1644 1651
65. Control of primary metabolism in plants, ed., W. C. Plaxton, and, M. T. McManus, Blackwell Publishing Ltd, Oxford, UK, 2006
66. R. A. Gutiérrez L. V. Lejay A. Dean F. Chiaromonte D. E. Shasha G. M. Coruzzi Genome Biol. 2007 8 R7
67. M. H. Hastings E. S. Maywood J. S. O'Neill Curr. Biol. 2008 18 R805 R815
68. K. A. Stokkan S. Yamazaki H. Tei Y. Sakaki M. Menaker Science 2001 291 490 493
69. W. J. Sheward E. S. Maywood K. L. French J. M. Horn M. H. Hastings J. R. Seckl M. C. Holmes A. J. Harmar J. Neurosci. 2007 27 4351 4358
70. D. B. Forger C. S. Peskin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14806 14811
71. J. C. Leloup A. Goldbeter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 7051 7056
72. M. Gallego E. J. Eide M. F. Woolf D. M. Virshup D. B. Forger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10618 10623
73. P. Ruoff M. K. Christensen V. K. Sharma J. Theor. Biol. 2005 237 41 57
74. D. Forger D. Gonze D. Virshup D. K. Welsh J. Biol. Rhythms 2007 22 200 210
75. M. Ikeda T. Sugiyama C. S. Wallace H. S. Gompf T. Yoshioka A. Miyawaki C. N. Allen Neuron 2003 38 253 263
76. J. S. O'Neill E. S. Maywood J. E. Chesham J. S. Takahashi M. H. Hastings Science 2008 320 949 953
77. K. R. Hayes J. E. Baggs J. B. Hogenesch Genome Biol. 2005 6 219
78. H. R. Ueda Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2007 72 365 380
79. G. E. Duffield J Neuroendocrinol. 2003 15 991 1002
80. S. Panda M. P. Antoch B. H. Miller A. I. Su A. B. Schook M. Straume P. G. Schultz S. A. Kay J. S. Takahashi J. B. Hogenesch Cell 2002 109 307 320
81. K. F. Storch O. I. L. Lipan N. Viswanathan F. Davis W. Wong C. Weitz Nature 2002 417 78 83
82. H. R. Ueda S. Hayashi W. Chen M. Sano M. Machida Y. Shigeyoshi M. Iino S. Hashimoto Nat. Genet. 2005 37 187 192
83. J. Yan H. Wang Y. Liu C. Shao PLoS Comput. Biol. 2008 4 10 e1000193
84. A. B. Reddy N. A. Karp E. S. Maywood E. A. Sage M. Deery J. S. O'Neill G. K. Wong J. Chesham M. Odell K. S. Lilley C. P. Kyriacou M. H. Hastings Curr. Biol. 2006 16 1107 1115