DNA Microarray Time Series Analysis: Automated Statistical Assessment of Circadian Rhythms in Gene Expression Patterning

Methods in Enzymology

Volumn 383, Issue , 2004, Pages 149-166

  Straume, Martin ^a  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA HEALTH SYSTEM   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHM; ANALYTIC METHOD; AUTOANALYSIS; CIRCADIAN RHYTHM; DNA MICROARRAY; GENE CONTROL; GENE EXPRESSION PROFILING; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; STATISTICAL ANALYSIS; TRANSCRIPTION REGULATION;

EID: 1642464802     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(04)83007-6     Document Type: Article

References (43)

1. M. Chee, R. Yang, E. Hubbell, A. Berno, X. C. Huang, D. Stern, J. Winkler, D. J. Lockhart, M. S. Morris, and S. P. Fodor, Science 274, 610 (1996).
2. A. Schulze and J. Downward, Nat. Cell Biol. 3, E190 (2001).
3. J. Ziauddin and D. M. Sabatini, Nature 411, 107 (2001).
4. M. N. Arbeitman, E. E. Furlong, F. Imam, E. Johnson, B. H. Null, B. S. Baker, M. A. Krasnow, M. P. Scott, R. W. Davis, and K. P. White, Science 297, 2270 (2002).
5. R. J. Cho, M. Fromont-Racine, L. Wodicka, B. Feierbach, R. Stearns, P. Legrain, D. J. Lockhart, and R. W. Davis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 3752 (1998).
6. B. Futcher, Curr. Opin. Cell Biol. 12, 710 (2000).
7. I. Simon, J. Barnett, N. Hannett, C. T. Harbison, N. J. Rinaldi, T. L. Volkert, J. J. Wyrick, J. Zeitlinger, D. K. Gifford, T. S. Jaakkola, and R. A. Young, Cell 106, 697 (2001).
8. C. Grundschober, F. Delaunay, A. Puhlhofer, G. Triqueneaux, V. Laudet, T. Bartfai, and P. Nef, J. Biol. Chem. 276, 46751 (2001).
9. S. A. Armstrong, J. E. Staunton, L. B. Silverman, R. Pieters, M. L. den Boer, M. D. Minden, S. E. Sallan, E. S. Lander, T. R. Golub, and S. J. Korsmeyer, Nat. Genet. 30, 41 (2002).
10. T. R. Golub, D. K. Slonim, P. Tamayo, C. Huard, M. Gaasenbeek, J. P. Mesirov, H. Coller, M. L. Loh, J. R. Downing, M. A. Caligiuri, C. D. Bloomfield, and E. S. Lander, Science 286, 531 (1999).
11. L. Liotta and E. Petricoin, Nat. Rev. Genet. 1, 48 (2000).
12. R. S. Thomas, D. R. Rank, S. G. Penn, G. M. Zastrow, K. R. Hayes, K. Pande, E. Glover, T. Silander, M. W. Craven, J. K. Reddy, S. B. Jovanovich, and C. A. Bradfield, Mol. Pharmacol. 60, 1189 (2001).
13. R. Ulrich and S. H. Friend, Nat. Rev. Drug Discov. 1, 84 (2002).
14. L. J. van't Veer, H. Dai, M. J. van de Vijver, Y. D. He, A. A. Hart, M. Mao, H. L. Peterse, K. van der Kooy, M. J. Marton, A. T. Witteveen, G. J. Schreiber, R. M. Kerkhoven, C. Roberts, P. S. Linsley, R. Bernards, and S. H. Friend, Nature 415, 530 (2002).
15. T. K. Sato, S. Panda, S. A. Kay, and J. B. Hogenesch, J. Biol. Rhythms 18, 96 (2003).
16. J. C. Dunlap, Cell 96, 271 (1999).
17. S. Panda, J. B. Hogenesch, and S. A. Kay, Nature 417, 329 (2002).
18. S. M. Reppert and D. R. Weaver, Nature 418, 935 (2002).
19. M. W. Young and S. A. Kay, Nat. Rev. Genet. 2, 702 (2001).
20. B. Kornmann, N. Preitner, D. Rifat, F. Fleury-Olela, and U. Schibler, Nucleic Acids Res. 29, E51 (2001).
21. A. Kramer, F. C. Yang, P. Snodgrass, X. Li, T. E. Scammell, F. C. Davis, and C. J. Weitz, Science 294, 2511 (2001).
22. R. N. van Gelder and M. A. Krasnow, EMBO J. 15, 1625 (1996).
23. R. A. Akhtar, A. B. Reddy, E. S. Maywood, J. D. Clayton, V. M. King, A. G. Smith, T. W. Gant, M. H. Hastings, and C. P. Kyriacou, Curr. Biol. 12, 540 (2002).
24. M. F. Ceriani, J. B. Hogenesch, M. Yanovsky, S. Panda, M. Straume, and S. A. Kay, J. Neurosci. 22, 9305 (2002).
25. A. Claridge-Chang, H. Wijnen, F. Naef, C. Boothroyd, N. Rajewsky, and M. W. Young, Neuron 32, 657 (2001).
26. G. E. Duffield, J. D. Best, B. H. Meurers, A. Bittner, J. J. Loros, and J. C. Dunlap, Curr. Biol. 12, 551 (2002).
27. S. L. Harmer, J. B. Hogenesch, M. Straume, H. S. Chang, B. Han, T. Zhu, X. Wang, J. A. Kreps, and S. A. Kay, Science 290, 2110 (2000).
28. Y. Lin, M. Han, B. Shimada, L. Wang, T. M. Gibler, A. Amarakone, T. A. Awad, G. D. Stormo, R. N. van Gelder, and P. H. Taghert, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9562 (2002).
29. M. J. McDonald and M. Rosbash, Cell 107, 567 (2001).
30. S. Panda, M. P. Antoch, B. H. Miller, A. I. Su, A. B. Schook, M. Straume, P. G. Schultz, S. A. Kay, J. S. Takahashi, and J. B. Hogenesch, Cell 109, 307 (2002).
31. R. Schaffer, J. Landgraf, M. Accerbi, V. V. Simon, M. Larson, and E. Wisman, Plant Cell 13, 113 (2001).
32. K. F. Storch, O. Lipan, I. Leykin, N. Viswanathan, F. C. Davis, W. H. Wong, and C. J. Weitz, Nature 417, 78 (2002).
33. H. R. Ueda, A. Matsumoto, M. Kawamura, N. Iino, T. Tanimura, and S. Hashimoto, J. Biol. Chem. 277, 14048 (2002).
34. T. Ideker, V. Thorsson, J. A. Ranish, R. Christmas, J. Buhler, J. K. Eng, R. Bumgarner, D. R. Goodlett, R. Aebersold, and L. Hood, Science 292, 929 (2001).
35. M. Eisen, P. T. Spellman, D. Botstein, and P. O. Brown, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 14863 (1998).
36. M. K. Kerr and G. A. Churchill, Genet. Res. 77, 123 (2001).
37. C. J. Langmead, A. K. Yan, C. R. McClung, and B. R. Donald, in "Proceedings of the Sixth Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)," pp. 1-11. Washington, DC.
38. M. Ringner, C. Peterson, and J. Khan, Pharmacogenomics 3, 403 (2002).
39. A. Tefferi, M. E. Bolander, S. M. Ansell, E. D. Wieben, and T. C. Spelsberg, Mayo Clin. Proc. 77, 927 (2002).
40. W. H. Press, B. P. Flannery, S. A. Teukolsky, and W. T. Vetterling, in "Numerical Recipes: The Art of Scientific Computing." FORTRAN version. Cambridge University Press, Cambridge, 1989.
41. J. S. Bendat and A. G. Piersol, in "Random Data: Analysis and Measurement Procedures," 3rd Ed. John Wiley & Sons, New York, 2000.
42. M. L. Johnson and S. G. Frasier, Methods Enzymol. 117, 301 (1985).
43. M. Straume, S. G. Frasier-Cadoret, and M. L. Johnson, in "Topics in Fluorescence Spectroscopy," Vol. 2: "Principles" (J. R. Lakowicz, ed.), pp. 117-240. Plenum, New York, 1991.