SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1494-1501

Scaling relationship in the gene content of transcriptional machinery in bacteria

(3) Pérez Rueda, Ernesto a Janga, Sarath Chandra b Martínez Antonio, Agustino c

a INSTITUTO DE BIOTECNOLOGÍA (Mexico)

b MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY (United Kingdom)

c DEPARTAMENTO DE FÍSICA (Mexico)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; SIGMA FACTOR;

BACTERIAL GENOME; BACTERIUM; BIOLOGY; CLUSTER ANALYSIS; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC TRANSCRIPTION; GENETICS; METHODOLOGY; REVIEW;

BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; CLUSTER ANALYSIS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; GENE EXPRESSION REGULATION, BACTERIAL; GENOME, BACTERIAL; SIGMA FACTOR; TRANSCRIPTION, GENETIC;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 72949096572 PISSN: 1742206X EISSN: 17422051 Source Type: Journal
DOI: 10.1039/b907384a Document Type: Review

Times cited : (18)

References (68)

1
- 0345306751
- M. Lynch J. S. Conery Science 2003 302 1401 1404
- (2003) Science , vol.302 , pp. 1401-1404
- Lynch, M.¹ Conery, J.S.²

2
- 33750344923
- M. Lynch Annu. Rev. Microbiol. 2006 60 327 349
- (2006) Annu. Rev. Microbiol. , vol.60 , pp. 327-349
- Lynch, M.¹

3
- 4544311326
- B. O. Bengtsson J. Theor. Biol. 2004 231 271 278
- (2004) J. Theor. Biol. , vol.231 , pp. 271-278
- Bengtsson, B.O.¹

4
- 33646596266
- Y. Minezaki K. Homma K. Nishikawa DNA Res. 2005 12 269 280
- (2005) DNA Res. , vol.12 , pp. 269-280
- Minezaki, Y.¹ Homma, K.² Nishikawa, K.³

5
- 9544237144
- E. Perez-Rueda J. Collado-Vides L. Segovia Comput. Biol. Chem. 2004 28 341 350
- (2004) Comput. Biol. Chem. , vol.28 , pp. 341-350
- Perez-Rueda, E.¹ Collado-Vides, J.² Segovia, L.³

6
- 34548219522
- D. A. Rodionov Chem. Rev. 2007 107 3467 3497
- (2007) Chem. Rev. , vol.107 , pp. 3467-3497
- Rodionov, D.A.¹

7
- 27844579582
- J. A. Oguiza K. Kiil D. W. Ussery Trends Microbiol. 2005 13 565 568
- (2005) Trends Microbiol. , vol.13 , pp. 565-568
- Oguiza, J.A.¹ Kiil, K.² Ussery, D.W.³

8
- 0041828241
- E. van Nimwegen Trends Genet. 2003 19 479 484
- (2003) Trends Genet. , vol.19 , pp. 479-484
- Van Nimwegen, E.¹

9
- 34848924929
- O. X. Cordero P. Hogeweg Trends Genet. 2007 23 488 493
- (2007) Trends Genet. , vol.23 , pp. 488-493
- Cordero, O.X.¹ Hogeweg, P.²

10
- 38049075677
- N. Molina E. van Nimwegen Genome Res. 2008 18 148 160
- (2008) Genome Res. , vol.18 , pp. 148-160
- Molina, N.¹ Van Nimwegen, E.²

11
- 0039820099
- M. M. Wosten FEMS Microbiol. Rev. 1998 22 127 150
- (1998) FEMS Microbiol. Rev. , vol.22 , pp. 127-150
- Wosten, M.M.¹

12
- 0033765113
- A. Ishihama Annu. Rev. Microbiol. 2000 54 499 518
- (2000) Annu. Rev. Microbiol. , vol.54 , pp. 499-518
- Ishihama, A.¹

13
- 0242692671
- T. M. Gruber C. A. Gross Annu. Rev. Microbiol. 2003 57 441 466
- (2003) Annu. Rev. Microbiol. , vol.57 , pp. 441-466
- Gruber, T.M.¹ Gross, C.A.²

14
- 1842591130
- D. F. Browning S. J. Busby Nat. Rev. Microbiol. 2004 2 57 65
- (2004) Nat. Rev. Microbiol. , vol.2 , pp. 57-65
- Browning, D.F.¹ Busby, S.J.²

15
- 33646828924
- N. S. Miroslavova S. J. Busby Biochem. Soc. Symp. 2006 1 10
- (2006) Biochem. Soc. Symp. , pp. 1-10
- Miroslavova, N.S.¹ Busby, S.J.²

16
- 0346728474
- M. E. Wall W. S. Hlavacek M. A. Savageau Nat. Rev. Genet. 2004 5 34 42
- (2004) Nat. Rev. Genet. , vol.5 , pp. 34-42
- Wall, M.E.¹ Hlavacek, W.S.² Savageau, M.A.³

17
- 30344484891
- A. Martinez-Antonio S. C. Janga H. Salgado J. Collado-Vides Trends Microbiol. 2006 14 22 27
- (2006) Trends Microbiol. , vol.14 , pp. 22-27
- Martinez-Antonio, A.¹ Janga, S.C.² Salgado, H.³ Collado-Vides, J.⁴

18
- 72949085082
- S. C. Janga J. Collado-Vides Res. Microbiol. 2007
- (2007) Res. Microbiol.
- Janga, S.C.¹ Collado-Vides, J.²

19
- 42449123222
- A. Goelzer F. Bekkal Brikci I. Martin-Verstraete P. Noirot P. Bessieres S. Aymerich V. Fromion BMC Syst. Biol. 2008 2 20
- (2008) BMC Syst. Biol. , vol.2 , pp. 20
- Goelzer, A.¹ Bekkal Brikci, F.² Martin-Verstraete, I.³ Noirot, P.⁴ Bessieres, P.⁵ Aymerich, S.⁶ Fromion, V.⁷

20
- 63849299263
- A. Gutierrez-Preciado T. M. Henkin F. J. Grundy C. Yanofsky E. Merino Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2009 73 36 61
- (2009) Microbiol. Mol. Biol. Rev. , vol.73 , pp. 36-61
- Gutierrez-Preciado, A.¹ Henkin, T.M.² Grundy, F.J.³ Yanofsky, C.⁴ Merino, E.⁵

21
- 41349118107
- R. R. Breaker Science 2008 319 1795 1797
- (2008) Science , vol.319 , pp. 1795-1797
- Breaker, R.R.¹

22
- 34548454557
- C. A. Wakeman W. C. Winkler C. E. Dann, 3rd Trends Biochem. Sci. 2007 32 415 424
- (2007) Trends Biochem. Sci. , vol.32 , pp. 415-424
- Wakeman, C.A.¹ Winkler, W.C.² Dann III, C.E.³

23
- 0037193546
- J. H. Brown V. K. Gupta B. L. Li B. T. Milne C. Restrepo G. B. West Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2002 357 619 626
- (2002) Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B , vol.357 , pp. 619-626
- Brown, J.H.¹ Gupta, V.K.² Li, B.L.³ Milne, B.T.⁴ Restrepo, C.⁵ West, G.B.⁶

24
- 0037819447
- M. Levine R. Tjian Nature 2003 424 147 151
- (2003) Nature , vol.424 , pp. 147-151
- Levine, M.¹ Tjian, R.²

25
- 0035822719
- M. A. Changizi J. Theor. Biol. 2001 211 277 295
- (2001) J. Theor. Biol. , vol.211 , pp. 277-295
- Changizi, M.A.¹

26
- 18944386328
- G. B. West J. H. Brown J. Exp. Biol. 2005 208 1575 1592
- (2005) J. Exp. Biol. , vol.208 , pp. 1575-1592
- West, G.B.¹ Brown, J.H.²

27
- 15944379232
- L. Aravind V. Anantharaman S. Balaji M. M. Babu L. M. Iyer FEMS Microbiol. Rev. 2005 29 231 262
- (2005) FEMS Microbiol. Rev. , vol.29 , pp. 231-262
- Aravind, L.¹ Anantharaman, V.² Balaji, S.³ Babu, M.M.⁴ Iyer, L.M.⁵

28
- 72949109112
- M. Madan Babu S. A. Teichmann L. Aravind J. Mol. Biol. 2006
- (2006) J. Mol. Biol.
- Madan Babu, M.¹ Teichmann, S.A.² Aravind, L.³

29
- 33947420169
- S. C. Janga H. Salgado J. Collado-Vides A. Martinez-Antonio J. Mol. Biol. 2007 368 263 272
- (2007) J. Mol. Biol. , vol.368 , pp. 263-272
- Janga, S.C.¹ Salgado, H.² Collado-Vides, J.³ Martinez-Antonio, A.⁴

30
- 67649872023
- S. C. Janga H. Salgado A. Martinez-Antonio Nucleic Acids Res. 2009 37 3680 3688
- (2009) Nucleic Acids Res. , vol.37 , pp. 3680-3688
- Janga, S.C.¹ Salgado, H.² Martinez-Antonio, A.³

31
- 35348831126
- G. Kolesov Z. Wunderlich O. N. Laikova M. S. Gelfand L. A. Mirny Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 13948 13953
- (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.104 , pp. 13948-13953
- Kolesov, G.¹ Wunderlich, Z.² Laikova, O.N.³ Gelfand, M.S.⁴ Mirny, L.A.⁵

32
- 40649089205
- C. Marr M. Geertz M. T. Hutt G. Muskhelishvili BMC Syst. Biol. 2008 2 18
- (2008) BMC Syst. Biol. , vol.2 , pp. 18
- Marr, C.¹ Geertz, M.² Hutt, M.T.³ Muskhelishvili, G.⁴

33
- 0037930838
- L. Jores R. Wagner J. Biol. Chem. 2003 278 16834 16843
- (2003) J. Biol. Chem. , vol.278 , pp. 16834-16843
- Jores, L.¹ Wagner, R.²

34
- 0030271631
- J. D. Gralla Curr. Opin. Genet. Dev. 1996 6 526 530
- (1996) Curr. Opin. Genet. Dev. , vol.6 , pp. 526-530
- Gralla, J.D.¹

35
- 0035542549
- G. Lloyd P. Landini S. Busby Essays Biochem. 2001 37 17 31
- (2001) Essays Biochem. , vol.37 , pp. 17-31
- Lloyd, G.¹ Landini, P.² Busby, S.³

36
- 12344317852
- J. Pittard H. Camakaris J. Yang Mol. Microbiol. 2005 55 16 26
- (2005) Mol. Microbiol. , vol.55 , pp. 16-26
- Pittard, J.¹ Camakaris, H.² Yang, J.³

37
- 0038548359
- S. Adhya Sci. STKE 2003 2003 pe22
- (2003) Sci. STKE , vol.2003 , pp. 22
- Adhya, S.¹

38
- 1842506160
- A. Barnard A. Wolfe S. Busby Curr. Opin. Microbiol. 2004 7 102 108
- (2004) Curr. Opin. Microbiol. , vol.7 , pp. 102-108
- Barnard, A.¹ Wolfe, A.² Busby, S.³

39
- 0027410196
- I. Compan D. Touati J. Bacteriol. 1993 175 1687 1696
- (1993) J. Bacteriol. , vol.175 , pp. 1687-1696
- Compan, I.¹ Touati, D.²

40
- 33644873438
- H. Salgado S. Gama-Castro M. Peralta-Gil E. Diaz-Peredo F. Sanchez-Solano A. Santos-Zavaleta I. Martinez-Flores V. Jimenez-Jacinto C. Bonavides-Martinez J. Segura-Salazar A. Martinez-Antonio J. Collado-Vides Nucleic Acids Res. 2006 34 D394 397
- (2006) Nucleic Acids Res. , vol.34 , pp. 394-397
- Salgado, H.¹ Gama-Castro, S.² Peralta-Gil, M.³ Diaz-Peredo, E.⁴ Sanchez-Solano, F.⁵ Santos-Zavaleta, A.⁶ Martinez-Flores, I.⁷ Jimenez-Jacinto, V.⁸ Bonavides-Martinez, C.⁹ Segura-Salazar, J.¹⁰ Martinez-Antonio, A.¹¹ Collado-Vides, J.¹²

41
- 0037303198
- M. Madan Babu S. A. Teichmann Trends Genet. 2003 19 75 79
- (2003) Trends Genet. , vol.19 , pp. 75-79
- Madan Babu, M.¹ Teichmann, S.A.²

42
- 0026003072
- J. Collado-Vides B. Magasanik J. D. Gralla Microbiol. Rev. 1991 55 371 394
- (1991) Microbiol. Rev. , vol.55 , pp. 371-394
- Collado-Vides, J.¹ Magasanik, B.² Gralla, J.D.³

43
- 38549140094
- S. Gama-Castro V. Jimenez-Jacinto M. Peralta-Gil A. Santos-Zavaleta M. I. Penaloza-Spinola B. Contreras-Moreira J. Segura-Salazar L. Muniz-Rascado I. Martinez-Flores H. Salgado C. Bonavides-Martinez C. Abreu-Goodger C. Rodriguez-Penagos J. Miranda-Rios E. Morett E. Merino A. M. Huerta L. Treviño-Quintanilla J. Collado-Vides Nucleic Acids Res. 2008 36 D120 124
- (2008) Nucleic Acids Res. , vol.36 , pp. 120-124
- Gama-Castro, S.¹ Jimenez-Jacinto, V.² Peralta-Gil, M.³ Santos-Zavaleta, A.⁴ Penaloza-Spinola, M.I.⁵ Contreras-Moreira, B.⁶ Segura-Salazar, J.⁷ Muniz-Rascado, L.⁸ Martinez-Flores, I.⁹ Salgado, H.¹⁰ Bonavides-Martinez, C.¹¹ Abreu-Goodger, C.¹² Rodriguez-Penagos, C.¹³ Miranda-Rios, J.¹⁴ Morett, E.¹⁵ Merino, E.¹⁶ Huerta, A.M.¹⁷ Treviño-Quintanilla, L.¹⁸ Collado-Vides, J.¹⁹

44
- 0242386460
- A. Martinez-Antonio J. Collado-Vides Curr. Opin. Microbiol. 2003 6 482 489
- (2003) Curr. Opin. Microbiol. , vol.6 , pp. 482-489
- Martinez-Antonio, A.¹ Collado-Vides, J.²

45
- 0037665941
- I. Cases V. de Lorenzo C. A. Ouzounis Trends Microbiol. 2003 11 248 253
- (2003) Trends Microbiol. , vol.11 , pp. 248-253
- Cases, I.¹ De Lorenzo, V.² Ouzounis, C.A.³

46
- 33746896661
- G. Moreno-Hagelsieb Curr. Genomics 2006 7 163 170
- (2006) Curr. Genomics , vol.7 , pp. 163-170
- Moreno-Hagelsieb, G.¹

47
- 0031745718
- D. Missiakas S. Raina Mol. Microbiol. 1998 28 1059 1066
- (1998) Mol. Microbiol. , vol.28 , pp. 1059-1066
- Missiakas, D.¹ Raina, S.²

48
- 0035985580
- J. D. Helmann Adv. Microb. Physiol. 2002 46 47 110
- (2002) Adv. Microb. Physiol. , vol.46 , pp. 47-110
- Helmann, J.D.¹

49
- 33845504065
- S. V. Kuznetsov S. Sugimura P. Vivas D. M. Crothers A. Ansari Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18515 18520
- (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.103 , pp. 18515-18520
- Kuznetsov, S.V.¹ Sugimura, S.² Vivas, P.³ Crothers, D.M.⁴ Ansari, A.⁵

50
- 33845500268
- S. Sugimura D. M. Crothers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18510 18514
- (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.103 , pp. 18510-18514
- Sugimura, S.¹ Crothers, D.M.²

51
- 40549106730
- Y. Yamazaki H. Niki J. Kato Methods Mol. Biol. 2008 416 385 389
- (2008) Methods Mol. Biol. , vol.416 , pp. 385-389
- Yamazaki, Y.¹ Niki, H.² Kato, J.³

52
- 0141504252
- S. Y. Gerdes M. D. Scholle J. W. Campbell G. Balazsi E. Ravasz M. D. Daugherty A. L. Somera N. C. Kyrpides I. Anderson M. S. Gelfand A. Bhattacharya V. Kapatral M. D'Souza M. V. Baev Y. Grechkin F. Mseeh M. Y. Fonstein R. Overbeek A.-L. Barabási Z. N. Oltvai A. L. Osterman J. Bacteriol. 2003 185 5673 5684
- (2003) J. Bacteriol. , vol.185 , pp. 5673-5684
- Gerdes, S.Y.¹ Scholle, M.D.² Campbell, J.W.³ Balazsi, G.⁴ Ravasz, E.⁵ Daugherty, M.D.⁶ Somera, A.L.⁷ Kyrpides, N.C.⁸ Anderson, I.⁹ Gelfand, M.S.¹⁰ Bhattacharya, A.¹¹ Kapatral, V.¹² D'Souza, M.¹³ Baev, M.V.¹⁴ Grechkin, Y.¹⁵ Mseeh, F.¹⁶ Fonstein, M.Y.¹⁷ Overbeek, R.¹⁸ Barabási, A.-L.¹⁹ Oltvai, Z.N.²⁰ Osterman, A.L.²¹ more..

53
- 0034770056
- M. B. Miller B. L. Bassler Annu. Rev. Microbiol. 2001 55 165 199
- (2001) Annu. Rev. Microbiol. , vol.55 , pp. 165-199
- Miller, M.B.¹ Bassler, B.L.²

54
- 0035162592
- R. L. Tatusov D. A. Natale I. V. Garkavtsev T. A. Tatusova U. T. Shankavaram B. S. Rao B. Kiryutin M. Y. Galperin N. D. Fedorova E. V. Koonin Nucleic Acids Res. 2001 29 22 28
- (2001) Nucleic Acids Res. , vol.29 , pp. 22-28
- Tatusov, R.L.¹ Natale, D.A.² Garkavtsev, I.V.³ Tatusova, T.A.⁴ Shankavaram, U.T.⁵ Rao, B.S.⁶ Kiryutin, B.⁷ Galperin, M.Y.⁸ Fedorova, N.D.⁹ Koonin, E.V.¹⁰

55
- 37848999335
- G. Moreno-Hagelsieb S. C. Janga Proteins 2008 70 344 352
- (2008) Proteins , vol.70 , pp. 344-352
- Moreno-Hagelsieb, G.¹ Janga, S.C.²

56
- 0001291140
- G. Moreno-Hagelsieb J. Collado-Vides Bioinformatics 2002 18 suppl. 1 S329 336
- (2002) Bioinformatics , vol.18 , Issue.SUPPL. 1 , pp. 329-336
- Moreno-Hagelsieb, G.¹ Collado-Vides, J.²

57
- 33644878620
- S. K. Kummerfeld S. A. Teichmann Nucleic Acids Res. 2006 34 D74 81
- (2006) Nucleic Acids Res. , vol.34 , pp. 74-81
- Kummerfeld, S.K.¹ Teichmann, S.A.²

58
- 33748679406
- S. Moreno-Campuzano S. C. Janga E. Perez-Rueda BMC Genomics 2006 7 147
- (2006) BMC Genomics , vol.7 , pp. 147
- Moreno-Campuzano, S.¹ Janga, S.C.² Perez-Rueda, E.³

59
- 0030801002
- S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
- (1997) Nucleic Acids Res. , vol.25 , pp. 3389-3402
- Altschul, S.F.¹ Madden, T.L.² Schaffer, A.A.³ Zhang, J.⁴ Zhang, Z.⁵ Miller, W.⁶ Lipman, D.J.⁷

60
- 0033957834
- A. Bairoch R. Apweiler Nucleic Acids Res. 2000 28 45 48
- (2000) Nucleic Acids Res. , vol.28 , pp. 45-48
- Bairoch, A.¹ Apweiler, R.²

61
- 0036169928
- W. Li L. Jaroszewski A. Godzik Bioinformatics 2002 17 77 82
- (2002) Bioinformatics , vol.17 , pp. 77-82
- Li, W.¹ Jaroszewski, L.² Godzik, A.³

62
- 0027968068
- J. D. Thompson D. G. Higgins T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 1994 22 4673 4680
- (1994) Nucleic Acids Res. , vol.22 , pp. 4673-4680
- Thompson, J.D.¹ Higgins, D.G.² Gibson, T.J.³

63
- 0030925920
- E. Sonnhammer S. Eddy R. Durbin Proteins 1997 28 405 420
- (1997) Proteins , vol.28 , pp. 405-420
- Sonnhammer, E.¹ Eddy, S.² Durbin, R.³

64
- 38549162091
- N. Sierro Y. Makita M. de Hoon K. Nakai Nucleic Acids Res. 2008 36 D93 96
- (2008) Nucleic Acids Res. , vol.36 , pp. 93-96
- Sierro, N.¹ Makita, Y.² De Hoon, M.³ Nakai, K.⁴

65
- 36549060028
- J. Mistry R. Finn Methods Mol. Biol. 2007 396 43 58
- (2007) Methods Mol. Biol. , vol.396 , pp. 43-58
- Mistry, J.¹ Finn, R.²

66
- 0032441150
- M. B. Eisen P. T. Spellman P. O. Brown D. Botstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 14863 14868
- (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.95 , pp. 14863-14868
- Eisen, M.B.¹ Spellman, P.T.² Brown, P.O.³ Botstein, D.⁴

67
- 46849106965
- A. Martinez-Antonio S. C. Janga D. Thieffry J. Mol. Biol. 2008 381 238 247
- (2008) J. Mol. Biol. , vol.381 , pp. 238-247
- Martinez-Antonio, A.¹ Janga, S.C.² Thieffry, D.³

68
- 54849405496
- D. E. Whitworth Trends Microbiol. 2008 16 512 519
- (2008) Trends Microbiol. , vol.16 , pp. 512-519
- Whitworth, D.E.¹

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.