Thermodynamic analysis of β-hairpin-forming peptides from the thermal dependence of 1H NMR chemical shifts

Journal of the American Chemical Society

Volumn 124, Issue 50, 2002, Pages 14903-14909

  Santiveri, Clara M ^a   Santoro, Jorge ^a   Rico, Manuel ^a   Jiménez, M Angeles ^a  

^a INSTITUTO DE QUÍMICA FÍSICA ROCASOLANO   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HAIRPIN CONFORMATIONS;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SOLUTIONS;

THERMODYNAMICS;

CARBON 13; SYNTHETIC PEPTIDE;

ARTICLE; ENTHALPY; ENTROPY; MODEL; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN FOLDING; PROTEIN PURIFICATION; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; TEMPERATURE DEPENDENCE; THERMODYNAMICS;

HEAT; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; THERMODYNAMICS;

EID: 0037132665     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0278537     Document Type: Article

References (66)

1. Blanco, F. J.; Ramírez-Alvarado, M.; Serrano, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 107-111.
2. Gellman, S. H. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 717-725.
3. Lacroix, E.; Kortemme, T.; López de la Paz, M.; Serrano, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 487-493.
4. Ramírez-Alvarado, M.; Kortemme, T.; Blanco, F. J.; Serrano, L. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 93-103.
5. Regan, L. Curr. Biol. 1994, 4, 656-658.
6. Serrano, L. Adv. Protein Chem. 2000, 53, 49-85.
7. Venkatraman, J.; Shankaramma, S. C.; Balaram, P. Chem. Rev. 2001, 101, 3131-3152.
8. Santiveri, C. M.; Rico, M.; Jiménez, M. A. J. Biomol. NMR 2001, 19, 331-345.
9. Syud, F. A.; Espinosa, J. F.; Gellman. S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11578-11579.
10. Stanger, H. E.; Syud, F. A.; Espinosa, J. F.; Giriat, I.; Muir, T.; Gellman, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2001, 98, 12015-12020.
11. Espinosa, J. F.; Syud, F. A.; Gellman, S. H. Protein Sci. 2002, 11, 1492-1505.
12. Cochran, A. G.; Tong, R. T.; Starovasnik, M. A.; Park, E. J.; McDowell. R. S.; Theaker, J. E.; Skelton, N. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 625-632.
13. Russell, S. J.; Cochran, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12600-12601.
14. Andersen, N. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Gai, F.; Liu, Z.; Neidigh, J. W.; Tong, H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9879-9880.
15. Espinosa, J. F.; Gellman, S. H. Angew Chem. Int. Ed. 2000, 39, 2330-2333.
16. Griffiths-Jones, S. R.; Maynard, A. J.; Searle, M. S. J. Mol. Biol. 1999, 292, 1051-1069.
17. Griffiths-Jones, S. R.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8350-8356.
18. Honda, S.; Kobayashi, N.; Munekata, E. J. Mol. Biol. 2000, 295, 269-278.
19. Kobayashi, N.; Honda, S.; Yoshii, H.; Munekata, E. Biochemistry 2000, 39, 6564-6571.
20. Maynard, A. J.; Sharman, G. J.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1996-2007.
21. Searle, M. S.; Griffiths-Jones, S. R.; Skinner-Smith, H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11615-11620.
22. Sharman, G. J.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5291-5300.
23. de Alba, E.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci. 1997, 6, 2548-2560.
24. de Alba, E.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci. 1999, 8, 2234-2244.
25. Santiveri, C. M.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci. 2000, 9, 2151-2160.
26. Rance, M. J. Magn. Reson. 1987, 74, 557-564.
27. Redfield, A. G.; Kuntz, S. D. J. Magn. Reson. 1975, 19, 250-259.
28. Bundi, A.; Wüthrich, K. Biopolymers 1979, 18, 285-297.
29. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Holm, A.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 5, 67-81.
30. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Yao, J.; Abildgaard, F.; Dyson, H. J.; Oldfield, E.; Markley, J. L.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 6, 135-140.
31. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 311-333.
32. Nieto, J. L.; Rico, M.; Santoro, J.; Herranz, J.; Bermejo, F. J. Int. J. Pept. Protein Res. 1986, 28, 315-323.
33. Peña, M. C.; Rico, M.; Jimínez, M. A.; Herranz, J.; Santoro, J.; Nieto, J. L. Biochim. Biophys. Acta 1988, 957, 380-389.
34. Merutka, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 14-24.
35. Privalov, P. L. Adv. Proteizz Chem. 1979, 33, 167-241.
36. Press, W. H.; Vetterling, W. T.; Teukolsky, S. A.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in Fortran. The Art of Scientific Computing; Cambridge University Press: Cambridge, 1992.
37. Wishart, D. S.; Willard, L.; Sykes, B. D. VADAR. Volume Angles Defines Area, Version 1.3.; University of Alberta. Protein Engineering Network of Centres of Excellence: Edmonton, 1996.
38. Santiveri, C. M. In Facultad de Ciencias Químicas: Universidad Complutense de Madrid: Madrid, Spain, 2002.
39. Foord, R. L.; Leatherbarrow, R. J. Biochemistry 1998, 37, 2969-2978.
40. Matthews, S. J.; Leatherbarrow, R. J. J. Biomol. NMR 1993, 3, 597-600.
41. Buck, M. Q. Rev. Biophys. 1998, 31, 297-355.
42. Blanco, F. J.; Serrano, L. Eur. J. Biochem. 1995, 230, 634-649.
43. de Alba, E.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Nieto, J. L. Fold Des. 1996. 1, 133-144.
44. Ramírez-Alvarado, M.; Blanco, F. J.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 604-612.
45. Ramírez-Alvarado, M.; Blanco, F. J.; Niemann, H.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1997, 273, 898-912.
46. Rico, M.; Santoro, J.; Bermejo, F. J.; Herranz, J.; Nieto, J. L.; Gallego, E.; Jimenez, M. A. Biopolymers 1986, 25, 1031-1053.
47. Huang, C.-Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235-9238.
48. Honda, S.; Kobayashi, N.; Munekata, E.; Uedaira, H. Biochemistry 1999, 38, 1203-1213.
49. Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1994, 3, 2207-2216.
50. Searle, M. S.; Williams, D. H.; Packman, L. C. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 999-1006.
51. de Alba, E.; Jiménez, M. A.; Rico, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 175-183.
52. Haque, T. S.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2303-2304.
53. Stanger, H. E.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4236-4237.
54. Chen, P. Y.; Lin, C. K.; Lee, C. T.; Jan, H.; Chan, S. I. Protein Sci. 2001, 10, 1794-1800.
55. Fairman, R.; Shoemaker, K. R.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Proteins 1989, 5, 1-7.
56. Fairman, R.; Shoemaker, K. R.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 1990, 37, 107-119.
57. de Alba, E.; Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Rico, M.; Nieto, J. L. Eur. J. Biochem. 1995, 233, 283-292.
58. Hoang, L.; Bedard, S.; Krishna, M. M.; Lin, Y.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12173-12178.
59. Spudich, G.; Lorenz, S.; Marqusee, S. Protein Sci. 2002, 11, 522-528.
60. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Herranz, J.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5887-5888.
61. Raghotama, S. R.; Awasti, S. K.; Balaram, P. J. Chem. Soc., Perkin. Trans. 2 1998, 137-143.
62. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196-199.
63. Muñoz, V.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5872-5879.
64. Bonvin, A. M.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 2000, 296, 255-268.
65. Dinner, A. R.; Lazaridis, T.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9068-9073.
66. Pande, V. S.; Rokhsar, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9062-9067.