Excited-state dynamics in the green fluorescent protein chromophore

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 3, 2004, Pages 1102-1108

  Mandal, Debabrata ^b,c   Tahara, Tahei ^b   Meech, Stephen R ^a  

^a INST OF PHYS AND CHEMICAL RESEARCH   (Japan)

^b UNIVERSITY OF EAST ANGLIA   (United Kingdom)

^c VISVA BHARATI UNIVERSITY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; CHROMOPHORES; ELECTRON ENERGY LEVELS; EMISSION SPECTROSCOPY; FLUORESCENCE; HYDROGEN BONDS; ISOMERIZATION; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS;

BACTERIORHODOPSIN; EXCITED-STATE DYNAMICS; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; GREEN FLUORESCENT PROTEIN CHROMOPHORE; INTRAMOLECULAR MOTION; POTENTIAL ENERGY SURFACE;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0742286768     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp035816b     Document Type: Article

References (51)

1. Tsien, R. Y. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509.
2. Prendergast, F. G. Methods Cell Biol. 1999, 58, 1.
3. Reid, B. G.; Flynn, G. C. Biochemistry 1997, 36, 6786.
4. Chen, M. C.; Lambert, C. R.; Urgitis, J. D.; Zimmer, M. Chem. Phys. 2001, 270, 157.
5. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362.
6. Lossau, H.; Kummer, A.; Heinecke, R.; Pöllinger-Dammer, F.; Kompa, C.; Bieser, G.; Jonsson, T.; Silva, C. M.; Yang, M. M.; Youvan, D. C.; Michel-Beyerle, M. E. Chem. Phys. 1996, 213, 1.
7. Winkler, K.; Lindner, J.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Vöhringer, P.; Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1072.
8. Weber, W.; Helms, V.; McCammon, J. A.; Langhoff, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6177.
9. Seebacher, C.; Deeg, F. W.; Braüchle, C.; Wiehler, J.; Steipe, B. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7728.
10. Brejc, K.; Sixma, T. K.; Kitts, P. A.; Kain, S. R.; Tsien, R. Y.; Ormö, M.; Remington, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2306.
11. Niwa, H.; Ionuye, S.; Horano, T.; Matsuno, T.; Kojima, S.; Kubota, M.; Ohashi, M.; Tsuji, F. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13617.
12. Kummer, A. D.; Wiehler, J.; Rehaber, H.; Kompa, K.; Steipe, B.; Michel-Beyerle, M. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4791.
13. Gross, L. A.; Baird, G. S.; Hoffman, R. C.; Baldridge, K. K.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11990.
14. Cambell, R. E.; Tour, O.; Palmer, A. E.; Steinbach, P. A.; Baird, G. S.; Zacharias, D. A.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7877.
15. Cotlet, M.; Hofkens, J.; Habuchi, S.; Dirix, G.; van Guyse, M.; Michiels, J.; Vanderleyden, J.; de Schryver, F. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14398.
16. Lukyanov, K. A.; Fradkov, A. F.; Gueskaya, N. G.; Matz, M. V.; Labas, Y. A.; Savitsky, A. P.; Markelov, M. L.; Zaraisky, A. G.; Zhao, X.; Fang, Y.; Tan, W.; Lukyanov, S. A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25879.
17. Martynov, V. I.; Savitsky, A. P.; Martynova, N. Y.; Savitsky, P. A.; Lukyanov, K. A.; Lukyanov, S. A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 21012.
18. Prescott, M.; Ling, M.; Beddoe, T.; Oakley, A. J.; Dove, S.; Hoegh-Guldberg, O.; Devenish, R. J.; Rossijohn, J. Structure 2003, 11, 275.
19. Kojima, S.; Ohkawa, H.; Hirano, T.; Maki, S.; Niwa, H.; Ohashi, M.; Inouye, S.; Tsuji, F. I. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 5239.
20. Webber, N. M.; Litvinenko, K. L.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8036.
21. Litvinenko, K. L.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Chem. Phys. Lett. 2001, 346, 47.
22. Litvinenko, K. L.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 1065.
23. Litvinenko, K. L.; Webber, N. M.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2616.
24. Schellenberg, P.; Johnson, E.; Esposito, A. P.; Reid, P. J.; Parson, W. W. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5316.
25. He, X.; Bell, A. F.; Tonge, P. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6065.
26. Bell, A. F.; He, X.; Wachter, R. M.; Tinge, P. J. Biochemistry 2000, 39, 4423.
27. Stübner, M.; Schellenberg, P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1246.
28. Mandal, D.; Tahara, T.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Chem. Phys. Lett. 2002, 358, 495.
29. Kummer, A. D.; Kompa, C.; Niwa, H.; Hirano, T.; Kojima, S.; Michel-Beyerle, M.-E. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7554.
30. Takeuchi, S.; Tahara, T. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3052.
31. Takeuchi, S.; Tahara, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7740.
32. Voityuk, A. A.; Kummer, A. D.; Michel-Beyerle, M.-E.; Rösch, N. Chem. Phys. 2001, 269, 83.
33. Meech, S. R.; O'Connor, D. V.; Roberts, A. J.; Phillips, D. Photochem. Photobiol. 1981, 33, 159.
34. Maroncelli, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1987, 86, 6221.
35. Ben-Amotz, D.; Harris, C. B. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4856.
36. Todd, D. C.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1993, 98, 269.
37. Liu, R. S. H.; Hammond, G. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11153.
38. Du, M.; Fleming, G. R. Biophys. Chem. 1993, 48, 101.
39. Liu, R. S. H.; Asato, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 259.
40. Bagchi, B.; Fleming, G. R.; Oxtoby, D. W. J. Chem. Phys. 1983, 78, 7375.
41. Oster, G.; Nishijima, Y. J. Am. Chem. Soc. 1956, 78, 1581.
42. Hasson, K. C.; Gai, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15124.
43. González-Luque, R.; Garavelli, M.; Bernadi, F.; Merchán, M.; Robb, M. A.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9379.
44. Tozzini, V.; Bizzari, A. R.; Pellegrini, V.; Nifosì, R.; Giannozzi P.; Iuliano, A.; Cannistrato, S.; Beltram, F. Chem. Phys. 2003, 287, 33.
45. Webber, N. M. Ph.D. Dissertation 2002, University of East Anglia, UK.
46. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857-9871.
47. Toniolo, A.; Granucci, G.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3822.
48. Das, A. K.; Hasegawa, J. Y.; Miyahara, T.; Eharo, M.; Najatsuji, H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1421.
49. Navarro, E. M.; Negri, F.; Olivucci, M. Private communication.
50. Nielsen, S. B.; Lapierre, A.; Andersen, J. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S.; Anderson, L. H. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 228102.
51. Andersen, L. H.; Lapierre, A.; Nielsen, S. B.; Nielsen, I. B.; Pedersen, S. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 597.