Effects of single amino acid substitution on the collision-induced dissociation of intact protein ions: Turkey ovomucoid third domain

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 5, 2004, Pages 1033-1041

  Newton, Kelly A ^a   Pitteri, Sharon J ^a   Laskowski Jr , Michael ^a   McLuckey, Scott A ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Ion ion reactions; Proline cleavage; Protein ion dissociation; Top down proteomics

Indexed keywords

AMINO ACID; ASPARTIC ACID; OVOMUCOID; PROLINE; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACID SUBSTITUTION; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; CONTROLLED STUDY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN DOMAIN; PROTON TRANSPORT; STATISTICAL SIGNIFICANCE; WILD TYPE;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACID SUBSTITUTION; ANIMALS; ARGININE; ASPARTIC ACID; HISTIDINE; LYSINE; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OVOMUCIN; OXIDATION-REDUCTION; PEPTIDE FRAGMENTS; PROLINE; RECOMBINANT PROTEINS; TURKEYS;

EID: 7044233620     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049910w     Document Type: Article

References (43)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1990, 246, 64-71.
2. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299-2301.
3. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 214, 58-64.
4. Yates, J. R., III; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
5. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90.
6. Goodlett, D. R.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Rist, B.; Pasa-Tolic, L.; Fiehn, O.; Smith, R. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2000, 72.
7. Hunt, D. F.; Yates, J. R., III; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-6237.
8. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317.
9. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridricksson, E. K. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
10. Mortz, E.; O'Connor, P. B.; Ropestorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264-8267.
11. Nemeth-Cawley, J. F.; Tangarone, B. S.; Rouse, J. C. J. Proteome Res. 2003, 2, 495-505.
12. Nemeth-Cawley, J. F.; Rouse, J. C. J. Mass Spectrom. 2002, 3, 270-282.
13. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 369-407.
14. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
15. McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M. Anal Chem. 2002, 74, 336-346.
16. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3533-3544.
17. Pitteri, S. J.; Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2004, 3, 46-54.
18. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal Chem. 2001, 73, 3274-3281.
19. Hogan, J. M.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 245-256.
20. Newton, K. A.; Chrisman, P. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 359-376.
21. Engel, B. J.; Pan, P.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 171-187.
22. Iavarone, A. T.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2003, 75, 4525-4533.
23. Wieczorek, M.; Laskowski, M., Jr. Biochemistry 1983, 22, 2630-2636.
24. Stephenson, J. L., Jr.; Cargile, B. J.; McLuckey, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 2040-2048.
25. Wells, J. M.; Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 203, A1-A9.
26. Schaaff, T. G.; Cargile, B. J.; Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2000, 72, 899-907.
27. He, M.; Reid, G. E.; Shang, H.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2002, 74, 4653-4661.
28. Hogan, J. M.; Pitteri, S. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6509-6516.
29. Watson, D. J.; McLuckey, S. A. Unpublished data.
30. Reid, G. E.; Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2002, 74, 577-583.
31. Breci, L. A.; Tabb, D. L.; Yates, J. R., III; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2003, 75, 1963-1971.
32. Huang, Y.; Triscari, J. M.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3034-3035.
33. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675.
34. Stephenson, J. L. J.; McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; Bundy, J. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 57-64.
35. VerBerkmoes, N. C.; Strader, M. B.; Smiley, R. D.; Howell, E. E.; Hurst, G. B.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Biochem. 2002, 395, 68-61.
36. Lu, W.; Apostol, I.; Qasim, M. A.; Warne, N.; Wynn, R.; Zhang, W. L.; Anderson, S.; Chiang, Y. W.; Ogin, E.; Rothberg, I.; Ryan, K.; Laskowski, M., Jr. J. Mol. Biol. 1997, 266, 441-461.
37. Lu, S. M.; Lu, W.; Qasim, M. A.; Anderson, S.; Apostol, I.; Ardelt, W.; Bigler, T.; Chiang, Y. W.; Cook, J.; James, M. N. G.; Kato, I.; Kelly, C.; Kohr, W.; Komiyama, T.; Lin, T. Y.; Ogawa, M.; Otlewski, J.; Park, S. J.; Qasim, S.; Ranjbar, M.; Tashiro, M.; Warne, N.; Whatley, H.; Wieczorek, A.; Wieczorek, M.; Wilusz, T.; Wynn, R.; Zhang, W.; Laskowski, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 1410-1415.
38. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 162, 89-106.
39. Reid, G. E.; Wells, J. M.; Badman, E. R.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 243-258.
40. Krezel, A. M.; Darba, P.; Robertson, A. D.; Fejzo, J.; Macura, S.; Markley, J. L. J. Mol. Biol. 1994, 242, 203-214.
41. Dongré, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118.
42. Kapp, E. A.; Schutz, F.; Reid, G. E.; Eddes, J. S.; Moritz, R. L.; O'Hair, R. A. J.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6251-6264.
43. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J, R., III. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163.