Phosphorylation Site Identification via Ion Trap Tandem Mass Spectrometry of Whole Protein and Peptide Ions: Bovine α-Crystallin A Chain

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 23, 2003, Pages 6509-6516

  Hogan, Jason M ^a   Pitteri, Sharon J ^a   McLuckey, Scott A ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PHOSPHORYLATION; PROTON TRANSFER REACTIONS;

CHEMICAL ACTIVATION; MASS SPECTROMETRY; PHOSPHORIC ACID;

PROTEINS;

ALPHA CRYSTALLIN; ALPHA CRYSTALLIN A; PHOSPHOPEPTIDE; SERINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CATTLE; FRAGMENTATION REACTION; ION TRANSPORT; NONHUMAN; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTON TRANSPORT; REACTION ANALYSIS; SPECTROSCOPY; STRUCTURE ANALYSIS;

ALPHA-CRYSTALLIN A CHAIN; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CATTLE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PHOSPHORYLATION; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 0344305778     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034410s     Document Type: Article

References (68)

1. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
2. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846.
3. Zolnierowicz, S.; Bollen, M. EMBO J. 2000, 19, 483-488.
4. Yan, J. X.; Packer, N. H.; Gooley, A. A.; Williams, K. L. J. Chromatogr., A 1998, 808, 23-41.
5. Sickman, A.; Meyer, H. E. Proteomics 2001, 1, 200-206.
6. Shannon, J. D.; Fox, J. W. Technol. Protein Chem. 1995, 6, 117-123.
7. Mann, M.; Ong, S. E.; Gronborg, M.; Steen, H.; Jensen, O. N.; Pandey A. Trends Biotechnol. 2002, 20, 261-268.
8. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 591-602.
9. Huddleston, M. J.; Annan, R. S.; Bean, M. F.; Carr, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 710-717.
10. Annan, R. S.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1996, 68, 3414-3421.
11. Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1999, 71, 235-242.
12. Cramer, R.; Richter, W. J.; Stimson, E.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1998, 70, 4939-4944.
13. Gibson, B. W.; Poulter, L.; Cohen, P. In Methods in Enzymology; McCloskey, J. A., Ed.; Academic Press: San Diego, 1990; Vol. 193, pp 480-501.
14. de Carvalho, M. G.; McCormack, A. L.; Olson, E.; Ghomashchi, F.; Gelb, M. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Biol. Chem. 1996, 271, 6987-6997.
15. Porath, J. Protein Expression Purif. 1992, 3, 263-281.
16. Li, S.; Dass, C. Anal. Biochem. 1999, 270, 9-14.
17. Nuwaysir, L. M.; Stults, J. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 662-669.
18. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. Anal. Biochem. 1996, 239, 180-192.
19. Wilm, M.; Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 527-533.
20. Steen, H.; Kuster, B.; Mann, M. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 782-790.
21. Steen, H.; Kuester, B.; Fernandez, M.; Pandey, A.; Mann, M. Anal. Chem. 2001, 73, 1440-1448.
22. Schlosser, A.; Pipkorn, R.; Bossemeyer, D.; Lehmann, W. D. Anal. Chem. 2001, 73, 170-176.
23. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
24. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862.
25. Shi, S. D.-H.; Hemling, M. E.; Carr, S. A.; Horn, D. A.; Lindh, I.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2001, 73, 19-22.
26. Stenballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800.
27. Zhou, W.; Merrick, B. A.; Khaledi, M. G.; Tomer, K. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 273-282.
28. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
29. Mortz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D. ; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264-8267.
30. Demirev, P. A.; Lin, J. S.; Pineda, F. J.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 4566-4573.
31. Meng, F.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957.
32. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317.
33. Mirgorodskaya, E.; Roepstorff, P.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436.
34. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, N. A.; Carpenter, B. A.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573.
35. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675.
36. Nemeth-Cawley, J. F.; Rouse, J. C. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 270-282.
37. Schey, K. L.; Cook, L. A.; Hildebrandt, J. D. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 377-388.
38. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7390-7397.
39. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 369-407.
40. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; Bundy, J. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 57-64.
41. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1996, 68, 4026-4032.
42. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 585-596.
43. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 1998, 33, 664-672.
44. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1998. 70, 3533-3544.
45. Engel, B. J.; Pan, P.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 171-187.
46. Chrisman, P. A.; Newton, K. A.; Wells, J. M.; Reid, G. E.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 359-376.
47. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274-3281.
48. Hogan, J. M.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 245-256.
49. McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M. Anal. Chem. 2002, 74, 336-346.
50. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
51. Louris, J. N.; Cooks, R. G.; Syka, J. E. P.; Kelley, P. E.; Stafford, G. C., Jr.; Todd, J. F. J. Anal. Chem. 1987, 59, 1677-1685.
52. McLuckey, S. A.; Goeringer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 461-474.
53. He, M.; Reid, G. E.; Shang, H.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A Anal. Chem. 2002, 74, 4653-4661.
54. Reid, G. E.; Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2002, 74, 577-583.
55. Stephenson, J. L., Jr.; Cargile, B. J.; McLuckey, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 2040-2048.
56. Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 203, A1-A9.
57. Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2002, 1, 549-557.
58. McLuckey, S. A.; Glish, G. L.; Asano, K. G.; Grant, B. C. Anal. Chem. 1988, 60, 2220-2227.
59. Reid, G. E.; Wells, J. M.; Badman, E. R.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 243-258.
60. Yu, W.; Vath, J. E.; Huberty, M. C.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 3015-3123.
61. Bakhtiar, R.; Wu, Q.; Hofstadler, S. A.; Smith, R. D. Biol. Mass Spectrom. 1994, 23, 707-710.
62. Qin, J.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5411-5412.
63. Jockusch, R. A.; Schnier, P. D.; Price, W. D.; Strittmatter, E. F.; Demirev, P. A.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1997, 69, 1119-1126.
64. Lee, S.; Hyun, S. K.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3188-3195.
65. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, Á.; Wysocki, V. H.; Zhong, W.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142-5154.
66. Gu, C.; Tsaprailis, G.; Breci, L.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2000, 72, 5804-5813.
67. Cargile, B. T.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem, 2001, 73, 1277-1285.
68. Smith, J. B.; Thévenon-Emeric, G.; Smith, D. L.; Green, B. Anal. Biochem. 1991, 193, 118-124.