Peptide diversity in drug discovery

Frontiers in Drug Design and Discovery

Volumn 3, Issue 1, 2007, Pages 395-432

  Brennan, Marian P ^a   Cox, Dermot ^a   Chubb, Anthony J ^a  

^a ROYAL COLLEGE OF SURGEONS IN IRELAND   (Ireland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 70350559898     PISSN: 15740889     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: None     Document Type: Article

References (108)

1. Hruby, V.J. Nat. Rev. Drug Discov., 2002, 1, 847-58.
2. Merrifield, R. J. Am. Chem. Soc., 1963, 85, 2149-2154.
3. Bergman, M.; Zervas, L. Ber. Dtsch. Chem. Ges., 1962, 65, 1192-1201.
4. Carpino, L.; Han, G. J. Am. Chem. Soc., 1970, 92, 5748-5749.
5. Gund, P. Prog. Mol. Subcell. Biol., 117-143.
6. Chorev, M.; Shavitz, R.; Goodman, M.; Minick, S.; Guillemin, R. Science, 1979, 204, 1210-2.
7. Piquilloud, Y.; Reinharz, A.; Roth, M. Biochim. Biophys. Acta, 1970, 206, 136-42.
8. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1967, 27, 157-62.
9. Natesh, R.; Schwager, S.L.; Sturrock, E.D.; Acharya, K.R. Nature, 2003, 421, 551-4.
10. Tzakos, A.G.; Gerothanassis, I.P. Chembiochem, 2005, 6, 1089-103.
11. Corradi, H.R.; Schwager, S.L.; Nchinda, A.T.; Sturrock, E.D.; Acharya, K.R. J. Mol. Biol., 2006, 357, 964-74.
12. Cushman, D.W.; Ondetti, M.A. Nat. Med., 1999, 5, 1110-3.
13. Ferreira, S.H. Br. J. Pharmacol. Chemother., 1965, 24, 163-9.
14. Ferreira, S.H.; Bartelt, D.C.; Greene, L.J. Biochemistry, 1970, 9, 2583-93.
15. Ferreira, S.H.; Greene, L.H.; Alabaster, V.A.; Bakhle, Y.S.; Vane, J.R. Nature, 1970, 225, 379-80.
16. Ondetti, M.A.; Williams, N.J.; Sabo, E.F.; Pluscec, J.; Weaver, E.R.; Kocy, O. Biochemistry, 1971, 10, 4033-9.
17. Cheung, H.S.; Cushman, D.W. Biochim. Biophys. Acta, 1973, 293, 451-63.
18. Gavras, H.; Brunner, H.R.; Laragh, J.H.; Sealey, J.E.; Gavras, I.; Vukovich, R.A.; N. Engl. J. Med., 1974, 291, 817-21.
19. Ondetti, M.A.; Rubin, B.; Cushman, D.W. Science, 1977, 196, 441-4.
20. Turk, B. Nat. Rev. Drug Discov., 2006, 5, 785-99.
21. Acharya, K.R.; Sturrock, E.D.; Riordan, J.F.; Ehlers, M.R. Nat. Rev. Drug Discov., 2003, 2, 891-902.
22. Beltrami, L.; Zingale, L.C.; Carugo, S.; Cicardi, M. Expert Opin. Drug Saf., 2006, 5, 643-9.
23. Ehlers, M.R. Expert Opin. Drug Saf., 2006, 5, 739-40.
24. Ginsberg, M.H.; Partridge, A.; Shattil, S.J. Curr. Opin. Cell Biol., 2005, 17, 509-16.
25. ffrench-Constant, C.; Colognato, H. Trends Cell Biol., 2004, 14, 678-86.
26. McDonald, J.A. J. Biol. Chem., 2000, 275, 21783.
27. Pierschbacher, M.D.; Ruoslahti, E. Nature, 1984, 309, 30-3.
28. Pierschbacher, M.D.; Ruoslahti, E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81, 5985-8.
29. Pytela, R.; Pierschbacher, M.D.; Ginsberg, M.H.; Plow, E.F.; Ruoslahti, E. Science, 1986, 231, 1559-62.
30. Hynes, R.O. Cell, 1987, 48, 549-54.
31. Bennett, J.S. J. Clin. Invest., 2005, 115, 3363-9.
32. Cox, D.; Motoyama, Y.; Seki, J.; Aoki, T.; Dohi, M.; Yoshida, K. Thromb. Haemost., 1992, 68, 731-6.
33. Nicholson, N.S.; Panzer-Knodle, S.G.; Salyers, A.K.; Taite, B.B.; King, L.W.; Miyano, M.; Gorczynski, R.J.; Williams, M.H.; Zupec, M.E.; Tjoeng, F.S.; et al. J. Pharmacol. Exp. Ther., 1991, 256, 876-82.
34. Nicholson, N.S.; Panzer-Knodle, S.G.; Salyers, A.K.; Taite, B.B.; King, L.W.; Miyano, M.; Gorczynski, R.J.; Williams, M.H.; Zupec, M.E.; Tjoeng, F.S.; et al. Thromb. Res., 1991, 62, 567-78.
35. Fok, K.F.; Panzer-Knodle, S.G.; Nicholson, N.S.; Tjoeng, F.S.; Feigen, L.P.; Adams, S.P. Int. J. Pept. Protein Res., 1991, 38, 124-30.
36. Nicholson, N.S.; Panzer-Knodle, S.G.; King, L.W.; Taite, B.B.; Keller, B.T.; Tjoeng, F.S.; Engleman, V.W.; Giorgio, T.D.; Feigen, L.P. Thromb. Res., 1994, 74, 523-35.
37. Tung, J.S.; Jakubowski, J.A.; Heath, W.F.; Utterback, B.G.; Herron, D.K. Receptor, 1993, 3, 343-56.
38. Bogdanowich-Knipp, S.J.; Chakrabarti, S.; Williams, T.D.; Dillman, R.K.; Siahaan, T.J. J. Pept. Res., 1999, 53, 530-41.
39. Kumagai, H.; Tajima, M.; Ueno, Y.; Giga-Hama, Y.; Ohba, M. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1991, 177, 74-82.
40. Samanen, J.; Ali, F.; Romoff, T.; Calvo, R.; Sorenson, E.; Vasko, J.; Storer, B.; Berry, D.; Bennett, D.; Strohsacker, M.; et al. J. Med. Chem., 1991, 34, 3114-25.
41. Imura, Y.; Stassen, J.M.; Bunting, S.; Stockmans, F.; Collen, D. Blood, 1992, 80, 1247-53.
42. Ramjit, D.R.; Lynch, J.J., Jr.; Sitko, G.R.; Mellott, M.J.; Holahan, M.A.; Stabilito, II; Stranieri, M.T.; Zhang, G.; Lynch, R.J.; Manno, P.D.; et al. J. Pharmacol. Exp. Ther., 1993, 266, 1501-11.
43. Huang, T.F.; Holt, J.C.; Lukasiewicz, H.; Niewiarowski, S. J. Biol. Chem., 1987, 262, 16157-63.
44. Gould, R.J.; Polokoff, M.A.; Friedman, P.A.; Huang, T.F.; Holt, J.C.; Cook, J.J.; Niewiarowski, S. Proc. Soc. Exp. Biol. Med., 1990, 195, 168-71.
45. Gan, Z.R.; Gould, R.J.; Jacobs, J.W.; Friedman, P.A.; Polokoff, M.A. J. Biol. Chem., 1988, 263, 19827-32.
46. Garsky, V.M.; Lumma, P.K.; Freidinger, R.M.; Pitzenberger, S.M.; Randall, W.C.; Veber, D.F.; Gould, R.J.; Friedman, P.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 4022-6.
47. Jacobson, M.A.; Forma, F.M.; Buenaga, R.F.; Hofmann, K.J.; Schultz, L.D.; Gould, R.J.; Friedman, P.A. Gene, 1989, 85, 511-6.
48. Saudek, V.; Atkinson, R.A.; Pelton, J.T. Biochemistry, 1991, 30, 7369-72.
49. Scarborough, R.M.; Rose, J.W.; Hsu, M.A.; Phillips, D.R.; Fried, V.A.; Campbell, A.M.; Nannizzi, L.; Charo, I.F. J. Biol. Chem., 1991, 266, 9359-62.
50. Scarborough, R.M.; Naughton, M.A.; Teng, W.; Rose, J.W.; Phillips, D.R.; Nannizzi, L.; Arfsten, A.; Campbell, A.M.; Charo, I.F. J. Biol. Chem., 1993, 268, 1066-73.
51. Phillips, D.R.; Scarborough, R.M. Am. J. Cardiol., 1997, 80, 11B-20B.
52. Muller, G.; Gurrath, M.; Kessler, H. J. Comput. Aided Mol. Des., 1994, 8, 709-30.
53. Bovy, P.R.; Tjoeng, F.S.; Rico, J.G.; Rogers, T.E.; Lindmark, R.J.; Zablocki, J.A.; Garland, R.B.; McMackins, D.E.; Dayringer, H.; Toth, M.V.; et al. Bioorg. Med. Chem., 1994, 2, 881-95.
54. Cheng, S.; Craig, W.S.; Mullen, D.; Tschopp, J.F.; Dixon, D.; Pierschbacher, M.D. J. Med. Chem., 1994, 37, 1-8.
55. Egbertson, M.S.; Chang, C.T.; Duggan, M.E.; Gould, R.J.; Halczenko, W.; Hartman, G.D.; Laswell, W.L.; Lynch, J.J., Jr.; Lynch, R.J.; Manno, P.D.; et al. J. Med. Chem., 1994, 37, 2537-51.
56. Anders, R.; Kleiman, J.; Nicholson, N.; Wazowicz, B.; Burns, D. Cardiovasc. Drug Rev., 2001, 19, 116-32.
57. Nicholson, N.S.; Abood, N.A.; Panzer-Knodle, S.G.; Frederick, L.G.; Page, J.D.; Salyers, A.K.; Suleymanov, O.D.; Szalony, J.A.; Taite, B.B.; Anders, R.J. Med. Res. Rev., 2001, 21, 211-26.
58. O'Neill, W.W.; Serruys, P.; Knudtson, M.; van Es, G.A.; Timmis, G.C.; van der Zwaan, C.; Kleiman, J.; Gong, J.; Roecker, E.B.; Dreiling, R.; Alexander, J.; Anders, R. N. Engl. J. Med., 2000, 342, 1316-24.
59. Cannon, C.P.; McCabe, C.H.; Wilcox, R.G.; Langer, A.; Caspi, A.; Berink, P.; Lopez-Sendon, J.; Toman, J.; Charlesworth, A.; Anders, R.J.; Alexander, J.C.; Skene, A.; Braunwald, E. Circulation, 2000, 102, 149-56.
60. Kouns, W.C.; Kirchhofer, D.; Hadvary, P.; Edenhofer, A.; Weller, T.; Pfenninger, G.; Baumgartner, H.R.; Jennings, L.K.; Steiner, B. Blood, 1992, 80, 2539-47.
61. Dooley, M.; Goa, K.L. Drugs, 1999, 57, 215-21; discussion 222-3.
62. Weller, T.; Alig, L.; Beresini, M.; Blackburn, B.; Bunting, S.; Hadvary, P.; Muller, M.H.; Knopp, D.; Levet-Trafit, B.; Lipari, M.T.; Modi, N.B.; Muller, M.; Refino, C.J.; Schmitt, M.; Schonholzer, P.; Weiss, S.; Steiner, B. J. Med. Chem., 1996, 39, 3139-47.
63. Dooley, M.; Goa, K.L. Drugs, 1999, 57, 225-30; discussion 231-2.
64. Lancet, 2000, 355, 337-45.
65. Circulation, 2001, 103, 1727-33.
66. Muller, T.H.; Weisenberger, H.; Brickl, R.; Narjes, H.; Himmelsbach, F.; Krause, J. Circulation, 1997, 96, 1130-8.
67. Liu, F.; Craft, R.M.; Morris, S.A.; Carroll, R.C. Expert Opin. Investig. Drugs, 2000, 9, 2673-87.
68. Curtin, R. Curr. Pharm. Des., 2004, 10, 1577-85.
69. Cox, D. Curr. Pharm. Des., 2004, 10, 1587-96.
70. Wang, X.; Dorsam, R.T.; Lauver, A.; Wang, H.; Barbera, F.A.; Gibbs, S.; Varon, D.; Savion, N.; Friedman, S.M.; Feuerstein, G.Z. J. Pharmacol. Exp. Ther., 2002, 303, 1114-20.
71. Aga, Y.; Baba, K.; Tam, S.; Nakanishi, T.; Yoneda, K.; Kita, J.; Ueno, H. Curr. Pharm. Des., 2004, 10, 1597-601.
72. Wishart, D.S.; Knox, C.; Guo, A.C.; Shrivastava, S.; Hassanali, M.; Stothard, P.; Chang, Z.; Woolsey, J. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D668-72.
73. Bhatt, D.L.; Topol, E.J. Nat. Rev. Drug Discov., 2003, 2, 15-28.
74. Lusis, A.J. Nature, 2000, 407, 233-41.
75. McRedmond, J.P.; Park, S.D.; Reilly, D.F.; Coppinger, J.A.; Maguire, P.B.; Shields, D.C.; Fitzgerald, D.J. Mol. Cell Proteomics, 2004, 3, 133-44.
76. Edwards, R.J.; Moran, N.; Devocelle, M.; Kiernan, A.; Dunne, E.; Meade, G.; Park, S.D.E.; Foy, M.; Kenny, D.; Shields, D.C. Nat. Chem. Biol., 2007, 3, 108-12.
77. Brogden, K.A. Nat. Rev. Microbiol., 2005, 3, 238-50.
78. Shai, Y.; Oren, Z. Peptides, 2001, 22, 1629-41.
79. Sahl, H.G.; Pag, U.; Bonness, S.; Wagner, S.; Antcheva, N.; Tossi, A. J. Leuk. Biol., 2005, 466-475.
80. Peschel, A.; Sahl, H.G. Nat. Rev. Microbiol., 2006, 4, 529-36.
81. Hancock, R.E. Lancet Infect. Dis., 2001, 1, 156-64.
82. Zhang, L. Falla, T.J. Expert Opin. Pharmacother., 2006, 7, 653-63.
83. Wang, Z.; Wang, G. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D590-2.
84. Matthews, T.; Salgo, M.; Greenberg, M.; Chung, J.; DeMasi, R.; Bolognesi, D. Nat. Rev. Drug Discov., 2004, 3, 215-25.
85. Rohrbach, M.S. Anal. Biochem., 1978, 84, 272-6.
86. Cushman, D.W.; Cheung, H.S. Biochem. Pharmacol., 1971, 20, 1637-48.
87. Holmquist, B.; Bunning, P.; Riordan, J.F. Anal. Biochem., 1979, 95, 540-8.
88. Friedland, J.; Silverstein, E. Am. J. Clin. Pathol., 1976, 66, 416-24.
89. Cheviron, N.; Rousseau-Plasse, A.; Lenfant, M.; Adeline, M.T.; Potier, P.; Thierry, J. Anal. Biochem., 2000, 280, 58-64.
90. Lazure, C.; Gauthier, D.; Jean, F.; Boudreault, A.; Seidah, N.G.; Bennett, H.P.; Hendy, G.N. J. Biol. Chem., 1998, 273, 8572-80.
91. Araujo, M.C.; Melo, R.I.; Del Nery, E.; Alves, M.F.; Juliano, M.A.; Casarini, D.E.; Juliano, L.; Carmona, A.K. J. Hypertens., 1999, 17, 665-72.
92. Alves, M.F.; Araujo, M.C.; Juliano, M.A.; Oliveira, E.M.; Krieger, J.E.; Casarini, D.E.; Juliano, L.; Carmona, A.K. Braz. J. Med. Biol. Res., 2005, 38, 861-8.
93. Bersanetti, P.A.; Andrade, M.C.; Casarini, D.E.; Juliano, M.A.; Nchinda, A.T.; Sturrock, E.D.; Juliano, L.; Carmona, A.K. Biochemistry, 2004, 43, 15729-36.
94. Peng, J.; Liu, S.; Shi, Y.; Liu, Z. Anal. Sci., 2006, 22, 1301-5.
95. Noble, J.E.; Ganju, P.; Cass, A.E. Anal. Chem., 2003, 75, 2042-7.
96. Loffet, A. J. Pept. Sci., 2002, 8, 1-7.
97. Qin, W.; Feng, J.; Li, Y.; Lin, Z.; Shen, B. J. Biotechnol., 2006, 125, 57-63.
98. Weininger, D. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1988, 28, 31-36.
99. Kitchen, D.B.; Decornez, H.; Furr, J.R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discov., 2004, 3, 935-49.
100. Irwin, J.J.; Shoichet, B.K. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 177-82.
101. Doman, T.N.; McGovern, S.L.; Witherbee, B.J.; Kasten, T.P.; Kurumbail, R.; Stallings, W.C.; Connolly, D.T.; Shoichet, B.K. J. Med. Chem., 2002, 45, 2213-21.
102. Shoichet, B.K. Nature, 2004, 432, 862-5.
103. Warren, G.L.; Andrews, C.W.; Capelli, A.M.; Clarke, B.; LaLonde, J.; Lambert, M.H.; Lindvall, M.; Nevins, N.; Semus, S.F.; Senger, S.; Tedesco, G.; Wall, I.D.; Woolven, J.M.; Peishoff, C.E.; Head, M.S. J. Med. Chem., 2006, 49, 5912-31.
104. Alvarez, J.C. Curr. Opin. Chem. Biol., 2004, 8, 365-70.
105. Kontoyianni, M.; McClellan, L.M.; Sokol, G.S. J. Med. Chem., 2004, 47, 558-65.
106. Kontoyianni, M.; Sokol, G.S.; McClellan, L.M. J. Comput. Chem., 2005, 26, 11-22.
107. Sotriffer, C.A.; Gohlke, H.; Klebe, G. J. Med. Chem., 2002, 45, 1967-70.
108. Schneider, G.; Fechner, U. Nat. Rev. Drug Discov., 2005, 4, 649-63.