Extensive conformational searches of 13 representative dipeptides and an efficient method for dipeptide structure determinations based on amino acid conformers

Journal of Computational Chemistry

Volumn 30, Issue 13, 2009, Pages 2105-2121

  Yu, Wenbo ^a   Xu, Xuee ^a   Li, Hongbao ^a   Pang, Rui ^b   Fang, Kun ^b   Lin, Zijing ^a,b  

^a UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

^b UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

Author keywords

Amino acids; Dipeptides; Potential energy surface; Structure determination

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; CONFORMATIONAL SEARCH; DIPEPTIDE; DIPEPTIDES; EFFICIENT METHOD; IR SPECTRUM; LIFE-SCIENCES; NEW APPROACHES; PEPTIDE STRUCTURES; ROTATIONAL DEGREES OF FREEDOM; STABLE STRUCTURES; STRUCTURE DETERMINATION; TRIPEPTIDE;

AMINATION; AMINO ACIDS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; KNOWLEDGE BASED SYSTEMS; ORGANIC ACIDS; PEPTIDES; POTENTIAL ENERGY; POTENTIAL ENERGY SURFACES; QUANTUM CHEMISTRY; SURFACE PHENOMENA; SURFACE STRUCTURE;

AMINES;

AMINO ACID; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION;

AMINO ACIDS; COMPUTER SIMULATION; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PEPTIDES;

EID: 69949173277     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21211     Document Type: Article

References (56)

1. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry; New York: Wiley, 2003.
2. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am Chem Soc 1991, 113, 7917.
3. Császár, A. G. J. Am. Chem Soc 1992, 114, 9568.
4. Hu, C.; Shen, M.; Schaefer, H. F. J., III. Am Chem Soc 1993, 115, 2923.
5. Gutowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Am Chem Soc 2000, 122, 10159.
6. Godfrey, P. D.; Firth, S.; Hatherley, L. D.; Brown, R. D.; Pierlot, A. P. J Am Chem Soc 1993, 115, 9687.
7. Gronert, S.; O'Hair, R. A. J. J Am. Chem Soc 1995, 117, 2071.
8. Császár, A. G. J Phys Chem 1996, 100, 3541.
9. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Adamowicz, L. J Phys Chem A 1998, 102, 4623.
10. Lesarri, A.; Sanchez, R.; Cocinero, E.; Lopez, J.; Alonso, J. J Am Chem Soc 2005, 127, 12952.
11. Cocinero, E.; Lesarri, A.; Grabow, J.; Lopez, J.; Alonso, J. Chem. Phys Chem 2007, 8, 599.
12. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Adamowicz, L. J Phys Chem. A 1999, 103, 4404.
13. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Adamowicz, L. J Phys Chem A 2001, 105, 10664.
14. Huang, Z.; Lin, Z. J Phys Chem A 2005, 109, 2656.
15. Zhang, M.; Huang, Z.; Lin, Z. J Chem Phys 2005, 122, 134313.
16. Chen, M.; Huang, Z.; Lin, Z. J Mol Struct (THEOCHEM) 2005, 719, 153.
17. Huang, Z.; Yu, W.; Lin, Z. J. Mol Struct (THEOCHEM) 2006, 801, 7.
18. Yu, W.; Lin, Z.; Huang, Z. Chem Phys Chem 2006, 7, 828.
19. Huang, Z.; Yu, W.; Lin, Z. J Mol Struct (THEOCHEM) 2006, 758, 195.
20. Zhang, M.; Lin, Z. J Mol Struct (THEOCHEM) 2006, 760, 157.
21. Huang, Z.; Lin, Z.; Song, C. J Phys Chem. A 2007, 111, 4340.
22. Chen, M.; Lin, Z. J Chem. Phys 2007, 127, 154314, 1.
23. Leng, Y.; Zhang, M.; Song, C.; Chen M.; Lin, Z. J. Mol Struct (THEOCHEM) 2008, 858, 52.
24. Ling, S.; Yu, W.; Huang, Z.; Lin, Z.; Haranczyk, M.; Gutowski, M. J. Phys Chem. A 2006, 110, 12282.
25. Compagnon, I.; Hagemeister, F.; Antoine, R.; Rayane, D.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Hudgins, R.; Jarrold, M. J. Am Chem Soc 2001, 123, 8440.
26. Cocinero, E. J.; Lesarri, A.; Grabow, J.; López, J. C.; Alonso, J. L. Chem Phys Chem 2007, 8, 599.
27. Sun, H.; Sanders, L. K.; Oldfleld, E. J. Am Chem Soc 2002, 124, 5486.
28. Linder, R.; Nispel, M.; Häber, T.; Kleinermanns, K. Chem. Phys Lett 2005, 409, 260.
29. Linder, R.; Seefeld, K.; Vavra, A.; Kleinermanns, K. Chem Phys Lett 2008, 453, 1.
30. Kainosho, M.; Ajisaka, K. J Am Chem. Soc 1975, 97, 5630.
31. Huang, Y.; Kenttamaa, H. J Am Chem Soc 2005, 127, 7952.
32. Jansík, B.; Rizzo, A.; Agren, H. J Phys Chem B 2007, 111, 446.
33. Harrison, A. G. Mass Spectrom Rev 1997, 16, 201.
34. Toroz, D.; Van. Mourik, T. Mol Phys 2006, 104, 559.
35. Bakker, J.; Plützer, C.; Hünig, I.; Häber, T.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Kleincrmanns, K. Chem Phys Chem 2005, 6, 120.
36. Abo-Riziq, A. G.; Bushnell, J. E.; Crews, B.; Callahan, M. P.; Grace, L.; De Vries, M. S. Int J Quantum Chem 2005, 105, 437.
37. Hayakawa, S.; Hashimoto, M.; Matsubara, H.; Turecek, F. J. Am Chem Soc 2007, 129, 7936.
38. Kapota, C.; Ohanessian, G. Phys Chem Chem Phys 2005, 7, 3744.
39. Anflnsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
40. Anflnsen, C. B.; Scheraga, H. A. Adv Protein Chem 1975, 29, 205.
41. Lattman, E. E.; Rose, G. D. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 439.
42. Blundell, T. L.; Sibanda, B. L.; Sternberg, M. J. E.; Thornton, J. M. Nature 1987, 326, 347.
43. Sali, A.; Overington, J. P.; Johnson, M. S.; Blundell, T. L. Trends Biochem Sci 1990, 15, 235.
44. Johnson, M. S.; Srinivasan, N.; Sowdhamini, R.; Blundell, T. L. Crit Rev Biochem. Mol Biol 1994, 29, 1.
45. Yu, W.; Liang, L.; Lin, Z.; Ling, S.; Haranczyk, M.; Gutowski, M. J Comput Chem 2009, 30, 589.
46. Stewart, J. J. P. J Comput Chem 1989, 10, 209.
47. Forbes, M. W.; Bush, M. F.; Polfer, N. C.; Oomens, J.; Dunbar, R. C.; Williams, E. R.; Jockusch, R. A. J Phys Chem. A 2007, 111, 11759.
48. Magalhães, A. L.; Gomes, J. A. N. F. Int. J Quan Chem 1997, 61, 725.
49. Tian, S.; Xu, K.; Huang, M.; Chen, X.; Yang, J.; Jia, C J Mol Struct (THEOCHEM) 1999, 459, 223.
50. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C; Ochterski, J. W.; Ayaia, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malicj, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; AlLaham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B. 04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
51. Wang, P.; Wesdemiotis, C.; Kapota, C.; Ohanessian, G. J Am Soc Mass Spectrom 2007, 18, 541.
52. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J.; Mirasol, R.; Chass, G.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Butz, P.; Tardivel, B.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J Phys Chem A 2005, 109, 5281.
53. Chin, W.; Dognon, J.; Piuzzi, F.; Tardive!, B.; Dimicoli, I.; Mons, M. J Am. Chem Soc 2005, 127, 707.
54. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys Chem Chem Phys 2006, 8, 1033.
55. Reha, D.; Valdés, IL; Vondrášek, J.; Hobza, P.; Abu-Riziq, A.; Crews, B.; de Vries, M. S. Chem Eur J 2005, 11, 6803.
56. Valdês, H.; Reha, D.; Hobza, P. J Phys Chem. B 2006, 110, 6385.