Molecular dynamics and Electrochemical investigations of a pH-responsive peptide monolayer

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 113, Issue 16, 2009, Pages 6792-6799

  Doneux, Th ^a,b   Bouffier, Laurent ^a   Mello, Luciane V ^a   Rigden, Daniel J ^a   Kejnovská, Iva ^b   Fernig, David G ^a   Higgins, Simon J ^a   Nichols, Richard J ^a  

^a UNIVERSITY OF LIVERPOOL   (United Kingdom)

^b INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOXYLATE GROUPS; ELECTROCHEMICAL INVESTIGATIONS; ELECTROCHEMICAL MEASUREMENTS; ELECTRON TRANSFER; ELECTROSTATIC REPULSION; GLUTAMIC ACID RESIDUES; HELIX CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE MONOLAYERS; PEPTIDE SEQUENCES; PH VALUE; PH-RESPONSIVE; RANDOM COIL; REDOX CENTERS; REDOX COUPLE; SECONDARY STRUCTURES; SIDE CHAINS;

CARBOXYLATION; DISSOLUTION; DYNAMICS; ELECTROCHEMICAL PROPERTIES; ELECTRON ENERGY LEVELS; ELECTRON TRANSITIONS; MOLECULAR DYNAMICS; MONOLAYERS; RATE CONSTANTS;

AMINES;

EID: 67049107597     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp810859k     Document Type: Article

References (81)

1. Winkler, J. R.; Gray, H. B.; Prytkova, T. R.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. In Bioelectronics; Willner, I., Katz, E., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, 2005; pp 15-33.
2. Isied, S. S.; Ogawa, M. Y.; Wishart, J. F. Chem. Rev. 1992, 92, 381-394.
3. Shin, Y. K.; Newton, M. D.; Isied, S. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3722-3732.
4. Abdel Malak, R.; Gao, Z.; Wishart, J. F.; Isied, S. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13888-13889.
5. Gao, X.; Tang, S.; Zhou, W. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 538-545.
6. Long, Y. T.; Abu-Rhayem, E.; Kraatz, H. B. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 5186-5194.
7. Kai, M.; Takeda, K.; Morita, T.; Kimura, S. J. Pept. Sci. 2008, 14, 192-202.
8. Morita, T.; Kimura, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8732-3.
9. Wain, A. J.; Do, H. N. L.; Mandal, H. S.; Kraatz, H. B.; Zhou, F. M. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 14513-14519.
10. Watanabe, J.; Morita, T.; Kimura, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 14416-14425.
11. Mura, Y.; Kimura, S.; Kobayashi, S.; Iwamoto, M.; Imanishi, Y.; Umemura, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 1-6.
12. Sek, S.; Tolak, A.; Misicka, A.; Palys, B.; Bilewicz, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18433-18438.
13. Higuchi, M. Thin Solid Films 2008, 516, 4312-4318.
14. Orlowski, G. A.; Chowdhury, S.; Kraatz, H. B. Langmuir 2007, 23, 12765-12770.
15. Orlowski, G. A.; Kraatz, H. B. Electrochim. Acta 2006, 51, 2934-2937.
16. Mandal, H. S.; Kraatz, H. B. Cheim. Phys. 2006, 326, 246-251.
17. Takeda, K.; Morita, T.; Kimura, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 12840-12850.
18. Orlowski, G. A.; Chowdhury, S.; Kraatz, H. B. Electrochim. Acta 2007, 53, 2034-2039.
19. Dey, S. K.; Long, Y. T.; Chowdhury, S.; Sutherland, T. C; Mandal, H. S.; Kraatz, H. B. Langmuir 2007, 23, 6475-6477.
20. Bediako-Amoa, I.; Sutherland, T. C; Li, C. Z.; Silerova, R.; Kraatz, H. B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 704-714.
21. Sek, S.; Sepiol, A.; Tolak, A.; Misicka, A.; Bilewicz, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8102-8105.
22. Sek, S.; Moszynski, R.; Sepiol, A.; Msicka, A.; Bilewicz, R. J. Electroanal. Chem. 2003, 550, 359-364.
23. Yasutomi, S.; Morita, T.; Kimura, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14564-14565.
24. Yasutomi, S.; Morita, T.; Imanishi, Y.; Kimura, S. Science 2004, 304, 1944-1947.
25. Morita, T.; Kimura, S.; Kobayashi, S.; Imanishi, Y. Chem. Lett. 2000, 676-677.
26. Gatto, E.; Venanzi, M.; Palleschi, A.; Stella, L.; Pispisa, B.; Lorenzelli, L.; Toniolo, C; Formaggio, F.; Marletta, G. Mater. Sci. Eng., C 2007, 27, 1309-1312.
27. Kitagawa, K.; Morita, T.; Kimura, S. Langmuir 2005, 21, 10624-10631.
28. Kitagawa, K.; Morita, T.; Kimura, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13906-13911.
29. Kitagawa, K.; Morita, T.; Kimura, S. Thin Solid Films 2006, 509, 18-26.
30. Kitagawa, K.; Morita, T.; Kimura, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15090-15095.
31. Sek, S.; Msicka, A.; Swiatek, K.; Maicka, E. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19671-19677.
32. Sek, S.; Swiatek, K.; Misicka, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23121-23124.
33. Sek, S. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 12860-12865.
34. Smalley, J. F.; Finklea, H. O.; Chidsey, C. E. D.; Linford, M. R.; Creager, S. E.; Ferraris, J. P.; Chalfant, K.; Zawodzinsk, T.; Feldberg, S. W.; Newton, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2004-2013.
35. Haiss, W.; Nichols, R. J.; van Zalinge, H.; Higgins, S. J.; Bethell, D.; Schiffrin, D. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4330-4337.
36. Haiss, W.; van Zalinge, H.; Bethell, D.; Ulstrup, J.; Schiffrin, D. J.; Nichols, R. J. Faradav Discuss. 2006, 131, 253-264.
37. Martin, S.; Haiss, W.; Higgins, S. J.; Cea, P.; Carmen Lopez, M.; Nichols, R. J. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 3941-3948.
38. Jain, V.; Jimenez, A.; Maldarelli, C; Tu, R. S. Langmuir 2008, 24, 9223-9228.
39. Koga, T.; Nagaoka, A.; Higashi, N. Colloids Surf., A 2006, 284-285, 521-527.
40. Kitagawa, K.; Morita, T.; Kimura, S. Angew. Chem. 2005, 44, 6330-6333.
41. Zimmermann, R.; Osaki, T.; Kratzmüller, T.; Gauglitz, G.; Dukhin, S. S.; Werner, C. Anal. Chem. 2006, 78, 5851-5857.
42. Zimmermann, R.; Kratzmüller, T.; Erickson, D.; Li, D.; Braun, H.- G; Werner, C. Langmuir 2004, 20, 2369-2374.
43. Willner, I.; Katz, E. Bioelectronics; Wiley-VCH: Weinheim, 2005.
44. Tam, T. K.; Ornatska, M.; Pita, M.; Minko, S.; Katz, E. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 8438-8445.
45. Tam, T. K.; Zhou, J.; Pita, M.; Ornatska, M.; Minko, S.; Katz, E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10888-10889.
46. Hamelin, A. In Modern Aspects of Electrochemistry; Conway, B. E., White, R. E., Bockris, J. O. M., Eds.; Plenum: New York, 1985; Vol. 16, pp 1-101.
47. Dickertmann, D.; Koppitz, F. D.; Schultze, J. W. Electrochim. Acta 1976, 21, 967-971.
48. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815.
49. Dunbrack, R. L. J.; Cohen, F. E. Protein Sci. 1997, 6, 1661-1681.
50. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
51. Krogh-Jespersen, K.; Westbrook, J. D.; Potenza, J. A.; Schugar, H. J. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7025-7031.
52. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2673.
53. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1974, 13, 211-222.
54. Bertrand, M.; Brack, A. Origins Life Evol. Biosphere 1997, 27, 585-595.
55. Bertrand, M.; Sy, D.; Brack, A. J. Pept. Res. 1997, 49, 269-272.
56. Kallenbach, N. R.; Lyu, P.; Zhou, H. In Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules; Fasman, G. D., Ed.; Plenum Press: New York, 1996; pp 201-259.
57. Widrig, C. A.; Chung, C; Porter, M. D. J. Electroanal. Chem. 1991, 310, 335-359.
58. Yang, D. F.; Wilde, C. P.; Morin, M. Langmuir 1997, 13, 243-249.
59. Laredo, T.; Leitch, J.; Chen, M.; Burgess, I. J.; Dutcher, J. R.; Lipkowski, J. Langmuir 2007, 23, 6205-6211.
60. Kakiuchi, T.; Usui, H.; Hobara, D.; Yamamoto, M. Langmuir 2002, 18, 5231-5238.
61. Lagüe, P.; Zuckermann, M. J.; Roux, B. Faraday Discuss. 1998, 111, 165-172.
62. Kishihara, K.; Kinoshita, T.; Mori, T.; Okahata, Y. Chem. Lett. 1998, 951-952.
63. Ash, W. L.; Stockner, T.; MacCallum, J. L.; Tieleman, D. P. Biochemistry 2004, 43, 9050-9060.
64. Pavlovic, O.; Miller, I. R. J. Polym. Sci., Part C 1971, 34, 181-200.
65. Niwa, M.; Matsui, M.; Koide, K.; Higashi, N. J. Mater. Chem 1997, 7, 2191-2192.
66. Sundberg, R. J.; Martin, R. B. Chem. Rev. 1974, 74, 471-517.
67. Yocom, K. M.; Shelton, J. B.; Shelton, J. R.; Schroeder, W. A.; Worosila, G.; Isied, S. S.; Bordignon, E.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1982, 79, 7052-7055.
68. Nocera, D. G.; Winkler, J. R.; Yocom, K. M.; Bordignon, E.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 5145-5150.
69. Degani, Y.; Heller, A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2615-2620.
70. Ghadiri, M. R.; Fernholz, A. K. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9633-9635.
71. Kornilova, A. Y.; Wishart, J. F.; Ogawa, M. Y. Biochemistry 2001, 40, 12186-12192.
72. Kornilova, A. Y.; Wishart, J. F.; Xiao, W.; Lasey, R. C; Fedorova, A.; Shin, Y. K.; Ogawa, M. Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7999-8006.
73. Smith, C. P.; White, H. S. Langmuir 1993, 9, 1-3.
74. Burgess, I.; Seivewright, B.; Lennox, R. B. Langmuir 2006, 22, 4420-4428.
75. Smith, C. P.; White, H. S. Anal. Chem. 1992, 64, 2396-2405.
76. Honeychurch, M. J. Langmuir 1998, 14, 6291-6296.
77. Tagliazucchi, M.; Calvo, E. J.; Szleifer, I. Langmuir 2008, 24, 2869-2877.
78. Tagliazucchi, M.; Calvo, E. J.; Szleifer, I. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 458-471.
79. Laviron, E. J. Electroanal. Chem. 1979, 101, 19-28.
80. s) = 1.
81. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System on the World Wide Web; http://www.pymol.org.