Proteomic analysis of human parotid gland exosomes by multidimensional protein identification technology (MudPIT)

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 3, 2009, Pages 1304-1314

  Gonzalez Begne, Mireya ^a   Lu, Bingwen ^b   Han, Xuemei ^b   Hagen, Fred K ^a   Hand, Arthur R ^c   Melvin, James E ^a   Yates, John R ^b,d  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER MEDICAL CENTER   (United States)

^b SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^c UNIVERSITY OF CONNECTICUT HEALTH CENTER   (United States)

^d Research Institute   (United States)

Author keywords

Acinar cells; Exosomes; MudPIT; Parotid saliva; Protein markers

Indexed keywords

B LYMPHOCYTE RECEPTOR; BIOLOGICAL MARKER; CYTOKINE RECEPTOR; INOSITOL; MEMBRANE PROTEIN; PHOSPHATIDYLINOSITOL; PROTEOME; T LYMPHOCYTE RECEPTOR;

ADULT; ANTIGEN PRESENTATION; ARTICLE; BIOGENESIS; CALCIUM SIGNALING; CONTROLLED STUDY; EPITHELIUM CELL; EXOSOME; EXTRACELLULAR MATRIX; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN EXPERIMENT; MALE; MULTIDIMENSIONAL PROTEIN IDENTIFICATION TECHNOLOGY; NORMAL HUMAN; PAROTID GLAND; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS; SALIVA ANALYSIS; SIGNAL TRANSDUCTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ENDOSOMES; EXOSOMES; HUMANS; PAROTID GLAND; PROTEOME; SALIVA;

EID: 65249120179     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr800658c     Document Type: Article

References (93)

1. Bennick, A. J. Oral Biosci. 2007, 49, 24-26.
2. Denny, P.; Hagen, F. K.; Hardt, M.; Liao, L.; Yan, W.; Arellanno, M.; Bassilian, S.; Bedi, G. S.; Boontheung, P.; Cociorva, D.; Delahunty, C. M.; Denny, T.; Dunsmore, J.; Faull, K. F.; Gilligan, J.; Gonzalez-Begne, M.; Halgand, F.; Hall, S. C.; Han, X.; Henson, B.; Hewel, J.; Hu, S.; Jeffrey, S.; Jiang, J.; Loo, J. A.; Ogorzalek Loo, R. R.; Malamud, D.; Melvin, J. E.; Miroshnychenko, O.; Navazesh, M.; Niles, R.; Park, S. K.; Prakobphol, A.; Ramachandran, P.; Richert, M.; Robinson, S.; Sondej, M.; Souda, P.; Sullivan, M. A.; Takashima, J.; Than, S.; Wang, J.; Whitelegge, J. P.; Witkowska, H. E.; Wolinsky, L.; Xie, Y.; Xu, T.; Yu, W.; Ytterberg, J.; Wong, D. T.; Yates, J. R.; Fisher, S. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 1994-2006.
3. Oppenheim, F. G.; Salih, E.; Siqueira, W. L.; Zhang, W.; Helmer- horst, E. J. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2007, 1098, 22-50.
4. Tabak, L. A. Pediatr. Dent. 2006, 28, 110-117, discussion 192-118
5. Vitorino, R.; Lobo, M. J.; Ferrer-Correira, A. J.; Dubin, J. R.; Tomer, K. B.; Domingues, P. M.; Amado, F. M. Proteomics 2004, 4, 1109-1115.
6. Siqueira, W. L.; Salih, E.; Wan, D. L.; Helmerhorst, E. J.; Oppenheim, F. G. J. Dent. Res. 2008, 87, 445-450.
7. Guo, T.; Rudnick, P. A.; Wang, W.; Lee, C. S.; Devoe, D. L.; Balgley, B. M. J. Proteome Res. 2006, 5, 1469-1478.
8. Castle, A. M.; Huang, A. Y.; Castle, J. D. J. Cell Sci. 2002, 115, 2963-2973.
9. Turner, R. J.; Sugiya, H. Oral Dis. 2002, 8, 3-11.
10. Ishikawa, Y.; Cho, G.; Yuan, Z.; Skowronski, M. T.; Pan, Y.; Ishida, H. J. Pharmacol. Sci. 2006, 100, 495-512.
11. Mazariegos, M. R.; Tice, L. W.; Hand, A. R. J. Cell Biol. 1984, 98, 1865-1877.
12. Oliver, C.; Hand, A. R. J. Cell Biol. 1978, 76, 207-229.
13. Brandtzaeg, P. Ann. N.Y.Acad. Sci. 2007, 1098, 288-311.
14. Rojas, R.; Apodaca, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2002, 3, 944-955.
15. Castle, J. D. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1998, 842, 115-124.
16. Huang, A. Y.; Castle, A. M.; Hinton, B. T.; Castle, D. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 22296-22306.
17. Emmelin, N. J. Dent. Res. 1987, 66, 509-517.
18. Kapsogeorgou, E. K.; Abu-Helu, R. F.; Moutsopoulos, H. M.; Manoussakis, M. N. Arthritis Rheum. 2005, 52, 1517-1521.
19. Thery, C.; Boussac, M.; Veron, P.; Ricciardi-Castagnoli, P.; Raposo, G.; Garin, J.; Amigorena, S. J. Immunol. 2001, 166, 7309-7318.
20. Trams, E. G.; Lauter, C. J.; Salem, N., Jr.; Heine, U. Biochim. Biophys. Acta 1981, 645, 63-70.
21. Bard, M. P.; Hegmans, J. P.; Hemmes, A.; Luider, T. M.; Willemsen, R.; Severijnen, L. A.; van Meerbeeck, J. P.; Burgers, S. A.; Hoogst- eden, H. C.; Lambrecht, B. N. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2004, 31, 114-121.
22. Mears, R.; Craven, R. A.; Hanrahan, S.; Totty, N.; Upton, C.; Young, S. L.; Patel, P.; Selby, P. J.; Banks, R. E. Proteomics 2004, 4, 4019-4031.
23. O'Neill, H. C.; Quah, B. J. Sci. Signaling 2008, 1, pe8.
24. Vella, L. J.; Sharples, R. A.; Nisbet, R. M.; Cappai, R.; Hill, A. F. Eur. Biophys. J. 2008, 37, 323-332.
25. Keller, S.; Rupp, C.; Stoeck, A.; Runz, S.; Fogel, M.; Lugert, S.; Hager, H. D.; Abdel-Bakky, M. S.; Gutwein, P.; Altevogt, P. Kidney Int. 2007, 72, 1095-1102.
26. Marsh, M.; van Meer, G. Science 2008, 319, 1191-1192.
27. Olver, C.; Vidal, M. Subcell. Biochem. 2007, 43, 99-131.
28. Pisitkun, T.; Shen, R. F.; Knepper, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 13368-13373.
29. Thery, C.; Zitvogel, L.; Amigorena, S. Nat. Rev. Immunol. 2002, 2, 569-579.
30. Trajkovic, K.; Hsu, C.; Chiantia, S.; Rajendran, L.; Wenzel, D.; Wieland, F.; Schwille, P.; Brugger, B.; Simons, M. Science 2008, 319, 1244-1247.
31. Caby, M. P.; Lankar, D.; Vincendeau-Scherrer, C.; Raposo, G.; Bonnerot, C. Int. Immunol. 2005, 17, 879-887.
32. Hoorn, E. J.; Pisitkun, T.; Zietse, R.; Gross, P.; Frokiaer, J.; Wang, N. S.; Gonzales, P. A.; Star, R. A.; Knepper, M. A. Nephrology 2005, 10, 283-290.
33. Knepper, M. A.; Pisitkun, T. Kidney Int. 2007, 72, 1043-1045.
34. van Niel, G, P.-C. I.; Simoes, S.; Raposo, G. J. Biochem. (Tokyo) 2006, 140, 13-21.
35. Keller, S.; Sanderson, M. P.; Stoeck, A.; Altevogt, P. Immunol. Lett. 2006, 107, 102-108.
36. Chertova, E.; Chertov, O.; Coren, L. V.; Roser, J. D.; Trubey, C. M.; Bess, J. W., Jr.; Sowder, R. C.; Barsov, E.; Hood, B. L.; Fisher, R. J.; Nagashima, K.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Lifson, J. D.; Ott, D. E. J. Virol. 2006, 80, 9039-9052.
37. Blanchard, N.; Lankar, D.; Faure, F.; Regnault, A.; Dumont, C.; Raposo, G.; Hivroz, C. J. Immunol. 2002, 168, 3235-3241.
38. Fevrier, B.; Vilette, D.; Archer, F.; Loew, D.; Faigle, W.; Vidal, M.; Laude, H.; Raposo, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9683-9688.
39. Hegmans, J. P.; Bard, M. P.; Hemmes, A.; Luider, T. M.; Kleijmeer, M. J.; Prins, J. B.; Zitvogel, L.; Burgers, S. A.; Hoogsteden, H. C.; Lambrecht, B. N. Am. J. Pathol. 2004, 164, 1807-1815.
40. van Niel, G.; Raposo, G.; Candalh, C.; Boussac, M.; Hershberg, R.; Cerf-Bensussan, N.; Heyman, M. Gastroenterology 2001, 121, 337-349.
41. Pisitkun, T.; Johnstone, R.; Knepper, M. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1760-1771.
42. Gutwein, P.; Stoeck, A.; Riedle, S.; Gast, D.; Runz, S.; Condon, T. P.; Marme, A.; Phong, M. C.; Linderkamp, O.; Skorokhod, A.; Altevogt, P. Clin. Cancer Res. 2005, 11, 2492-2501.
43. Lu, M., F. K. F.; Whitelegge, J. P.; He, J.; Shen, D.; Saxton, R. E.; Chang, H. R. Biomarker Insights 2007, 2, 347-360.
44. van Niel, G.; Heyman, M. Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2002, 283, G251-255.
45. Hu, S.; Loo, J. A.; Wong, D. T. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2007, 1098, 323-329.
46. Hu, S.; Loo, J. A.; Wong, D. T. Expert Rev. Proteomics 2007, 4, 531-538.
47. Wong, D. T. J. Am. Dent. Assoc. 2006, 137, 313-321.
48. Hu, S.; Wang, J.; Meijer, J.; Ieong, S.; Xie, Y.; Yu, T.; Zhou, H.; Henry, S.; Vissink, A.; Pijpe, J.; Kallenberg, C.; Elashoff, D.; Loo, J. A.; Wong, D. T. Arthritis Rheum. 2007, 56, 3588-3600.
49. Kalk, W. W.; Vissink, A.; Stegenga, B.; Bootsma, H.; Nieuw Ameron- gen, A. V.; Kallenberg, C. G. Ann. Rheum. Dis. 2002, 61, 137-144.
50. Kaufman, E.; Lamster, I. B. J. Clin. Periodontol. 2000, 27, 453-465.
51. Malamud, D. Am. J. Med. 1997, 102, 9-14.
52. Pijpe, J.; Kalk, W. W.; Bootsma, H.; Spijkervet, F. K.; Kallenberg, C. G.; Vissink, A. Ann. Rheum. Dis. 2007, 66, 107-112.
53. Ogawa, Y.; Kanai-Azuma, M.; Akimoto, Y.; Kawakami, H.; Yanosh- ita, R. Biol. Pharm. Bull. 2008, 31, 1059-1062.
54. Lashley, K. S. J. Exp. Psychol. 1916, 1, 461-493.
55. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
56. Eng, J.; McCormack, A.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5.
57. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
58. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580.
59. Krane, C. M.; Melvin, J. E.; Nguyen, H. V.; Richardson, L.; Towne, J. E.; Doetschman, T.; Menon, A. G. J. Biol. Chem. 2001, 276, 23413-23420.
60. Washburn, M. P. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2004, 3, 280-286.
61. Yates, J. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 297-316.
62. Melvin, J. E.; Yule, D.; Shuttleworth, T.; Begenisich, T. Annu. Rev. Physiol. 2005, 67, 445-469.
63. de Gassart, A, G. C.; Hoekstra, D.; Vidal, M. Traffic 2004, 5, 896-903.
64. Fevrier, B.; Raposo, G. Curr. Opin. Cell Biol. 2004, 16, 415-421.
65. Ginestra, A, L. P. M.; Saladino, F.; Cassara, D.; Nagase, H; Vittorelli, M. L. Anticancer Res. 1998, 18, 3433-3437.
66. Fevrier, B.; Vilette, D.; Laude, H.; Raposo, G. Traffic 2005, 6, 10-17.
67. Kapsogeorgou EK, M. H.; Manoussakis, M. N. J. Immunol. 2001, 1, 3107-3113.
68. Thery, C.; Duban, L.; Segura, E.; Veron, P.; Lantz, O.; Amigorena, S. Nat. Immunol. 2002, 3, 1156-1162.
69. Simpson, R. J.; Jensen, S. S.; Lim, J. W. Proteomics 2008, 8, 4083-4099.
70. Konttinen, Y. T.; Tnsing, E. K.; Laine, M.; Porola, P.; Tornwall, J.; Hukkanen, M. J. Rheumatol. 2005, 32, 1071-1075.
71. Hu, S.; Xie, Y.; Ramachandran, P.; Ogorzalek Loo, R. R.; Li, Y.; Loo, J. A.; Wong, D. T. Proteomics 2005, 5, 1714-1728.
72. Smith, R. D. BioTechniques 2006, 41, 147-148.
73. Tao WA, W. B.; O'Brien, R.; Eng, J. K.; Li, X. J.; Bodenmiller, B.; Watts, J. D.; Hood, L.; Aebersold, R. Nat. Methods 2005, 2, 591-598.
74. Wang, H.; Hanash, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 413-426.
75. Zhang, H., Y. E.>C.; Li, X. J.; Mallick, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Masselon, C. D.; Camp II, D. G.; Smith, R. D.; Kemp, C. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 144-155.
76. Lakkaraju, A.; Rodriguez-Boulan, E. Trends Cell Biol. 2008, 18, 199-209.
77. Williams, R. L.; Urbe, S. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 355-368.
78. Evans, R. L.; Park, K.; Turner, R. J.; Watson, G. E.; Nguyen, H. V.; Dennett, M. R.; Hand, A. R.; Flagella, M.; Shull, G. E.; Melvin, J. E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 26720-26726.
79. Park, K.; Evans, R. L.; Melvin, J. E. J. Korean Med. Sci. 2000, 15, S5-6.
80. Kimberley, F. C.; Sivasankar, B.; Paul Morgan, B. Mol. Immunol. 2007, 44, 73-81.
81. Miwa, T.; Maldonado, M. A.; Zhou, L.; Yamada, K.; Gilkeson, G. S.;Eisenberg, R. A.; Song, W. C. Am. J. Pathol. 2007, 170, 1258-1266.
82. Goodison, S.; Urquidi, V.; Tarin, D. Mol. Pathol. 1999, 52, 189-196.
83. Liu, B.; Herve, J.; Bioulac-Sage, P.; Valogne, Y.; Roux, J.; Yilmaz, F.; Boisgard, R.; Guettier, C.; Cales, P.; Tavitian, B.; Samuel, D.; Clerc, J.; Brechot, C.; Faivre, J. Gastroenterology 2007, 132, 1495-1503.
84. Geiszt, M.; Witta, J.; Baffi, J.; Lekstrom, K.; Leto, T. L. FASEB J. 2003, 17, 1502-1504.
85. Xu, X. C.; Sola Gallego, J. J.; Lotan, R.; El-Naggar, A. K. Int. J. Oncol. 2000, 17, 271-276.
86. Yang, Y. D.; Cho, H.; Koo, J. Y.; Tak, M. H.; Cho, Y.; Shim, W. S.; Park, S. P.; Lee, J.; Lee, B.; Kim, B. M.; Raouf, R.; Shin, Y. K.; Oh, U. Nature 2008, 455, 1210-1215.
87. Andreadis, D.; Epivatianos, A.; Poulopoulos, A.; Nomikos, A.; Christidis, K.; Papazoglou, G.; Antoniades, D.; Barbatis, C. Oral Oncol. 2005, 41, 799-805.
88. Sahara, N.; Suzuki, K. Cell Tissue Res. 1984, 235, 427-432.
89. Telvi, L.; Jaubert, F.; Eyquem, A.; Andreux, J. P.; Labrousse, F.; Chretien, J. Thorax 1979, 34, 389-392.
90. Savina, A.; Furlan, M.; Vidal, M.; Colombo, M. I. J. Biol. Chem. 2003, 278, 20083-20090.
91. Lebrand, C.; Corti, M.; Goodson, H.; Cosson, P.; Cavalli, V.; Mayran, N.; Faure, J.; Gruenberg, J. EMBO J. 2002, 21, 1289-1300.
92. Valadi, H.; Ekstrom, K.; Bossios, A.; Sjostrand, M.; Lee, J. J.; Lotvall, J. O. Nat. Cell Biol. 2007, 9, 654-659.
93. Vella LJ, S. R.; Lawson, V. A.; Masters, C. L.; Cappai, R.; Hill, A. F. J. Pathol. 2007, 211, 582-590.