Conformational transition map of an RNA GCAA tetraloop explored by replica-exchange molecular dynamics simulation

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 4, 2009, Pages 1146-1154

  Zhang, Yufen ^a,b   Zhao, Xian ^b   Mu, Yuguang ^a  

^a NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

^b SHANDONG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 65249110385     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct8004276     Document Type: Article

References (58)

1. Uhlenbeck, O. C. Nature (London) 1990, 346, 613.
2. Cheong, C. J.; Varani, G.; Tinoco, I. Nature (London) 1990, 346, 680.
3. Wolters, J. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 1843.
4. Jucker, F. M.; Heus, H. A.; Yip, P. F.; Moors, E. H. M.; Pardi, A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 968.
5. Heus, H. A.; Pardi, A. Science 1991, 253, 191.
6. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K. H.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678.
7. Kalurachchi, K.; Nikonowicz, E. P. J. Mol. Biol. 1998, 280, 639.
8. Zhang, Q.; Al-Hashimi, H. M. Nat. Methods 2008, 5, 243.
9. Hodak, J. H.; Fiore, J. L.; Nesbitt, D. J.; Downey, C. D.; Pardi, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10505.
10. Furtig, B.; Richter, C.; Wohnert, J.; Schwalbe, H. ChemBio- Chem 2003, 4, 936.
11. Legault, P.; Hoogstraten, C. G.; Metlitzky, E.; Pardi, A. J. Mol. Biol. 1998, 284, 325.
12. Hoogstraten, C. G.; Wank, J. R.; Pardi, A. Biochemistry 2000, 39, 9951.
13. Trantirek, L.; Caha, E.; Kaderavek, P.; Fiala, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 25, 243.
14. Menger, M.; Eckstein, F.; Porschke, D. Biochemistry 2000, 39, 4500.
15. Rist, M. J.; Marino, J. P. Curr. Org. Chem. 2002, 6, 775.
16. Zhao, L.; Xia, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4118.
17. Sorin, E. J.; Engelhardt, M. A.; Herschlag, D.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 317, 493.
18. Nivon, L. G.; Shakhnovich, E. I. J. Mol. Biol. 2004, 344, 29.
19. Koplin, J.; Mu, Y.; Richter, C.; Schwalbe, H.; Stock, G. Structure 2005, 13, 1255.
20. Hyeon, C.; Thirumalai, D. Biophys. J. 2006, 90, 3410.
21. Ma, H.; Proctor, D. J.; Kierzek, E.; Kierzek, R.; Bevilacqua, P. C.; Gruebele, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1523.
22. Kannan, S.; Zacharias, M. Biophys. J. 2007, 93, 3218.
23. McDowell, S. E.; Spackova, N.; Sponer, J.; Walter, N. G. Biopolymers 2007, 85, 169.
24. Nystrom, B.; Nilsson, L. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 24, 525.
25. Zhuang, L.; Jaeger, L.; Shea, J.-E. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 6995.
26. Garcia, A. E.; Paschek, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 815.
27. Villa, A.; Widjajakusuma, E.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 134.
28. Sarzynska, J.; Nilsson, L.; Kulinski, T. Biophys. J. 2003, 85, 3445.
29. Sarzynska, J.; Kulinski, T. J. Biomol. Struct. Dyn. 2005, 22, 425.
30. Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 46, 225.
31. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60, 96.
32. Zhou, R. H. J. Mol. Graph. 2004, 22, 451.
33. Mu, Y.; Nordenskiold, L.; Tam, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 3983.
34. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
35. Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2006, 62, 672.
36. Berendsen, H. J. C.; Vanderspoel, D.; Vandrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
37. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845.
38. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E., III; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817.
39. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
40. Daura, X.; van Gunsteren, W. F.; Rigo, D.; Jaun, B.; Seebach, D. Chem.sEur. J. 1997, 3, 1410.
41. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
42. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236.
43. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63.
44. Daura, X.; Antes, I.; van Gunsteren, W. F.; Thiel, W.; Mark, A. E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 36, 542.
45. Davis, J. H.; Tonelli, M.; Scott, L. G.; Jaeger, L.; Williamson, J. R.; Butcher, S. E. J. Mol. Biol. 2005, 351, 371.
46. Klosterman, P. S.; Hendrix, D. K.; Tamura, M.; Holbrook, S. R.; Brenner, S. E. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2342.
47. Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; McKay, D. B. Nature (London) 1994, 372, 111.
48. Mao, H. Y.; White, S. A.; Williamson, J. R. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1139.
49. Battiste, J. L.; Mao, H. Y.; Rao, N. S.; Tan, R. Y.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547.
50. Baugh, C.; Grate, D.; Wilson, C. J. Mol. Biol. 2000, 301, 117.
51. Nikulin, A.; Serganov, A.; Ennifar, E.; Tishchenko, S.; Nevskaya, N.; Shepard, W.; Portier, C.; Garber, M.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C.; Nikonov, S.; Dumas, P. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 273.
52. Stoldt, M.; Wohnert, J.; Ohlenschlager, O.; Gorlach, M.; Brown, L. R. EMBO J. 1999, 18, 6508.
53. Butcher, S. E.; Dieckmann, T.; Feigon, J. EMBO J. 1997, 16, 7490.
54. Rowsell, S.; Stonehouse, N. J.; Convery, M. A.; Adams, C. J.; Ellington, A. D.; Hirao, I.; Peabody, D. S.; Stockley, P. G.; Phillips, S. E. V. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 970.
55. Kerwood, D. J.; Borer, P. N. Magn. Reson. Chem. 1996, 34, S136.
56. Smith, J. S.; Nikonowicz, E. P. Biochemistry 2000, 39, 5642.
57. Leulliot, N.; Baumruk, V.; Abdelkafi, M.; Turpin, P. Y.; Namane, A.; Gouyette, C.; Huynh-Dinh, T.; Ghomi, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 1398.
58. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer- Verlag: New York, 1984.