Studying the stability of a helical β-heptapeptide by molecular dynamics simulations

Chemistry - A European Journal

Volumn 3, Issue 9, 1997, Pages 1410-1417

  Daura, Xavier ^a   Van Gunsteren, Wilfred F ^a   Rigo, Dario ^a   Jaun, Bernhard ^a   Seebach, Dieter ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Helical structures; Molecular dynamics simulations; NMR spectroscopy; Peptides

Indexed keywords

EID: 0030800453     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.19970030907     Document Type: Article

References (20)

1. a) D. A. Plattner, A. Brunner, M. Dobler, H.-M. Müller, W. Petter, P. Zbinden, D. Seebach, Helv. Chim. Acta 1993, 76, 2004-2033;
2. b) D. Seebach, T. Hoffmann, F. N. M. Kühnle, U. D. Lengweiler, ibid. 1994, 77, 2007-2034.
3. H.-M. Müller, D. Seebach, Angew. Chem. 1993, 105, 483-509; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1993, 32, 477-502;
4. H.-M. Müller, D. Seebach, Angew. Chem. 1993, 105, 483-509; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1993, 32, 477-502;
5. b) D. Seebach, A. Brunner, B. M. Bachmann, T. Hoffmann, F. N. M. Kühnle, U. D. Lengweiler, Ernst Schering Research Foundation, Vol. 28, 1995, pp. 7-98.
6. D. Seebach, M. Overhand, F. N. M. Kühnle, B. Martinoni, L. Oberer, U. Hommel, H. Widmer, Helv. Chim. Acta 1996, 79, 913-941.
7. D. Seebach, P. E. Ciceri, M. Overhand, B. Jaun, D. Rigo, L. Oberer, U. Hommel, R. Amstutz, H. Widmer, Helv. Chim. Acta 1996, 79, 2043-2066.
8. T. Hintermann, D. Seebach, Synlett 1997, 437-438.
9. D. H. Appella, L. A. Christianson, I. L. Karle, D. R. Powell, S. H. Gellman, J. Am. Chem. Soc. 1997, 118, 13071-13072.
10. W. F. van Gunsteren, S. R. Billeter, A. A. Eising, P. H. Hünenberger, P. Krüger, A. E. Mark, W. R. P. Scott, I. G. Tironi, Biomolecular simulation: The GROMOS96 manual and user guide, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich and BIOMOS b.v., Zürich, Groningen, 1996.
11. M. Karplus, J. Chem. Phys. 1959, 30, 11-15.
12. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J. R. Haak, J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
13. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
14. a) A. E. Torda, R. M. Scheck, W. F. van Gunsteren, Chem. Phys. Letters 1989, 157, 289-294;
15. b) A. E. Torda, R. M. Scheek, W. F. van Gunsteren, J. Mol. Biol. 1990, 214, 223-235;
16. c) A. P. Nanzer, W. F. van Gunsteren, A. E. Torda, J. Biomol. N M R 1995, 6, 313-320;
17. d) A. P. Nanzer, T. Huber, A. E. Torda, W. F. van Gunsteren, J. Biomol. N M R 1996, 8, 285-291;
18. e) A. P. Nanzer, A. E. Torda, C. Bisang, C. Weber, J. A. Robinson, W. F. van Gunsteren, J. Mol. Biol. 1997, 267, 1012-1025.
19. A. Pardi, M. Billeter, K. Wüthrich, J. Mol. Biol. 1984, 180, 741-751.
20. A. de Marco, M. Llinas, K. Wüthrich, Biopolymers 1978, 17, 617-636.