Selective stabilization of natively folded RNA structure by DNA constraints

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 45, 2008, Pages 14920-14921

  Gerdt, Joseph P ^a   Miduturu, Chandrasekhar V ^a   Silverman, Scott K ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DOUBLE STRANDED DNA; RNA;

AMINATION; ARTICLE; HYDROGEN BOND; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN FOLDING; RNA CONFORMATION; RNA STABILITY; RNA STRUCTURE;

ANIMALS; DNA; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; MAGNESIUM; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA, DOUBLE-STRANDED; RNA, PROTOZOAN; TETRAHYMENA; THERMODYNAMICS;

EID: 57349095297     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja8057277     Document Type: Article

References (46)

1. (a) Heilman-Miller, S. L.; Thirumalai, D.; Woodson, S. A. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1157.
2. (b) Takamoto, K.; Das, R.; He, Q.; Doniach, S.; Brenowitz, M.; Herschlag, D.; Chance, M. R. J. Mol. Biol. 2004, 343, 1195.
3. (c) Travers, K. J.; Boyd, N.; Herschlag, D. RNA 2007, 13, 1205.
4. (d) Gordon, P. M.; Fong, R.; Piccirilli, J. A. Chem. Biol. 2007, 14, 607.
5. (e) Stahley, M. R.; Adams, P. L.; Wang, J.; Strobel, S. A. J. Mol. Biol. 2007, 372, 89.
6. (f) Gong, B.; Chen, Y.; Christian, E. L.; Chen, J. H.; Chase, E.; Chadalavada, D. M.; Yajima, R.; Golden, B. L.; Bevilacqua, P. C.; Carey, P. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9670.
7. Silverman, S. K.; Cech, T. R. Biochemistry 1999, 38, 8691.
8. Hougland, J. L.; Deb, S. K.; Maric, D.; Piccirilli, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13578.
9. (a) Nissen, P.; Ippolito, J. A.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4899.
10. (b) Goody, T. A.; Melcher, S. E.; Norman, D. G.; Lilley, D. M. RNA 2004, 10, 254.
11. (c) Strobel, S. A.; Adams, P. L.; Stahley, M. R.; Wang, J. RNA 2004, 10, 1852.
12. (d) Chworos, A.; Severcan, I.; Koyfman, A. Y.; Weinkam, P.; Oroudjev, E.; Hansma, H. G.; Jaeger, L. Science 2004, 306, 2068.
13. (e) Martick, M.; Scott, W. G. Cell 2006, 126, 309.
14. (f) Hendrix, D. K.; Brenner, S. E.; Holbrook, S. R. Q. Rev. Biophys. 2006, 38, 1.
15. (a) Spahn, C. M.; Kieft, J. S.; Grassucci, R. A.; Penczek, P. A.; Zhou, K.; Doudna, J. A.; Frank, J. Science 2001, 291, 1959.
16. (b) Pfingsten, J. S.; Costantino, D. A.; Kieft, J. S. Science 2006, 314, 1450.
17. (c) Bhaskaran, H.; Russell, R. Nature 2007, 449, 1014.
18. (d) Paukstelis, P. J.; Chen, J. H.; Chase, E.; Lambowitz, A. M.; Golden, B. L. Nature 2008, 451, 94.
19. (e) Schroeder, R.; Barta, A.; Semrad, K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 908.
20. (a) Jenison, R. D.; Gill, S. C.; Pardi, A.; Polisky, B. Science 1994, 263, 1425.
21. (b) Batey, R. T.; Gilbert, S. D.; Montange, R. K. Nature 2004, 432, 411.
22. (c) Serganov, A.; Yuan, Y. R.; Pikovskaya, O.; Polonskaia, A.; Malinina, L.; Phan, A. T.; Höbartner, C.; Micura, R.; Breaker, R. R.; Patel, D. J. Chem. Biol. 2004, 11, 1729.
23. (d) Montange, R. K.; Batey, R. T. Nature 2006, 441, 1172.
24. (e) Klein, D. J.; Ferré-D'Amaré, A. R. Science 2006, 313, 1752.
25. (f) Cochrane, J. C.; Lipchock, S. V.; Strobel, S. A. Chem. Biol. 2007, 14, 97.
26. (a) Zarrinkar, P. P.; Williamson, J. R. Science 1994, 265, 918.
27. (b) Baird, N. J.; Westhof, E.; Qin, H.; Pan, T.; Sosnick, T. R. J. Mol. Biol. 2005, 352, 712.
28. (c) Russell, R.; Das, R.; Suh, H.; Travers, K. J.; Laederach, A.; Engelhardt, M. A.; Herschlag, D. J. Mol. Biol. 2006, 363, 531.
29. (d) Waldsich, C.; Pyle, A. M. J. Mol. Biol. 2008, 375, 572.
30. Silverman, S. K. Mol. Biosyst. 2007, 3, 24.
31. (a) Miduturu, C. V.; Silverman, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10144.
32. (b) Miduturu, C. V.; Silverman, S. K. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1918.
33. (c) Miduturu, C. V.; Silverman, S. K. J. Org. Chem. 2006, 71, 5774.
34. Zelin, E.; Silverman, S. K. ChemBioChem 2007, 8, 1907.
35. Szewczak, A. A.; Cech, T. R. RNA 1997, 3, 838.
36. Murphy, F. L.; Cech, T. R. Biochemistry 1993, 32, 5291.
37. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678.
38. (a) Young, B. T.; Silverman, S. K. Biochemistry 2002, 41, 12271.
39. (b) Flynn-Charlebois, A.; Wang, Y.; Prior, T. K.; Rashid, I.; Hoadley, K. A.; Coppins, R. L.; Wolf, A. C.; Silverman, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2444.
40. (c) Höbartner, C.; Silverman, S. K. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 7305.
41. (d) Smalley, M. K.; Silverman, S. K. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 152.
42. (a) Juneau, K.; Podell, E.; Harrington, D. J.; Cech, T. R. Structure 2001, 9, 221.
43. (b) Juneau, K.; Cech, T. R. RNA 1999, 5, 1119.
44. (a) Doherty, E. A.; Batey, R. T.; Masquida, B.; Doudna, J. A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 339.
45. (b) Schwans, J. P.; Cortez, C. N.; Olvera, J. M.; Piccirilli, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10012.
46. (c) Matsumura, S.; Ikawa, Y.; Inoue, T. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5544.