Modulation of RNA tertiary folding by incorporation of caged nucleotides

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 44, Issue 44, 2005, Pages 7305-7309

  Höbartner, Claudia ^a   Silverman, Scott K ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

Caging; Nucleobases; Oligonucleotides; Photolysis; RNA structures

Indexed keywords

GENETIC ENGINEERING; NITROGEN COMPOUNDS; NUCLEIC ACID SEQUENCES; PHOSPHORUS COMPOUNDS; PHOTOCHEMICAL REACTIONS; PHOTOLYSIS;

CAGING; NUCLEOBASES; OLIGONUCLEOTIDES; RNA STRUCTURES;

RNA;

NITRO DERIVATIVE; NUCLEOTIDE; RNA;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; PHOTOCHEMISTRY; PHYSIOLOGY; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; MOLECULAR STRUCTURE; NITRO COMPOUNDS; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEOTIDES; PHOTOCHEMISTRY; RNA;

EID: 27844578341     PISSN: 14337851     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.200502928     Document Type: Article

References (55)

1. J. H. Kaplan, B. Forbush III, J. F. Hoffman, Biochemistry 1978, 17, 1929-1935.
2. a) H. A. Lester, J. M. Nerbonne, Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1982, 11, 151-175;
3. b) A. M. Gurney, H. A. Lester, Physiol. Rev. 1987, 67, 583-617;
4. c) J. A. McCray, D. R. Trentham, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 239-270;
5. d) S. R. Adams, R. Y. Tsien, Annu. Rev. Physiol. 1993, 55, 755-784;
6. e) B. E. Cohen, B. L. Stoddard, D. E. Koshland, Jr., Biochemistry 1997, 36, 9035-9044;
7. f) J. C. Miller, S. K. Silverman, P. M. England, D. A. Dougherty, H. A. Lester, Neuron 1998, 20, 619-624;
8. g) K. Curley, D. S. Lawrence, Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 84-88;
9. h) A. P. Pelliccioli, J. Wirz, Photochem. Photobiol. Sci. 2002, 1, 441-458;
10. i) J. E. T. Corrie in Dynamic Studies in Biology (Eds.: M. Goeldner, R. Givens), Wiley-VCH, Weinheim, 2005, pp. 1-28.
11. a) H. S. M. Lu, M. Volk, Y. Kholodenko, E. Gooding, R. M. Hochstrasser, W. F. DeGrado, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7173-7180;
12. b) K. C. Hansen, R. S. Rock, R. W. Larsen, S. I. Chan, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11 567-11 568.
13. a) S. G. Chaulk, A. M. MacMillan, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3173-3178;
14. b) S. G. Chaulk, A. M. MacMillan, Angew. Chem. 2001, 113, 2207-2210;
15. Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 2149-2152.
16. P. Wenter, B. Fürtig, A. Hainard, H. Schwalbe, S. Pitsch, Angew. Chem. 2005, 117, 2656-2659;
17. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 2600-2603.
18. a) L. Kröck, A. Heckel, Angew. Chem. 2005, 117, 475-477;
19. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 471-473;
20. b) S. Shah, S. Rangarajan, S. H. Friedman, Angew. Chem. 2005, 117, 1352-1356;
21. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 1328-1332.
22. a) P. Brion, E. Westhof, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 113-137;
23. b) I. Tinoco, Jr., C. Bustamante, J. Mol. Biol. 1999, 293, 271-281.
24. [5]
25. a) S. Pitsch, P. A. Weiss, L. Jenny, A. Stutz, X. Wu, Helv. Chim. Acta 2001, 84, 3773-3795;
26. b) R. Micura, Angew. Chem. 2002, 114, 2369-2373;
27. Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 2265-2269.
28. 3-NPE-caged uridine derivative any further. See Supporting Information for details.
29. F. L. Murphy, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 5291-5300.
30. F. L. Murphy, T. R. Cech, J. Mol. Biol. 1994, 236, 49-63.
31. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1678-1685.
32. K. Juneau, E. Podell, D. J. Harrington, T. R. Cech, Structure 2001, 9, 221-231.
33. B. T. Young, S. K. Silverman, Biochemistry 2002, 41, 12 271-12 276.
34. D. L. Abramovitz, A. M. Pyle, J. Mol. Biol. 1997, 266, 493-506.
35. S. K. Silverman, T. R. Cech, Biochemistry 1999, 38, 8691-8702.
36. a) S. K. Silverman, T. R. Cech, Biochemistry 1999, 38, 14 224-14 237;
37. b) S. K. Silverman, M. Zheng, M. Wu, I. Tinoco, Jr., T. R. Cech, RNA 1999, 5, 1665-1674;
38. c) S. K. Silverman, M. L. Deras, S. A. Woodson, S. A. Scaringe, T. R. Cech, Biochemistry 2000, 39, 12 465-12 475;
39. d) S. K. Silverman, T. R. Cech, RNA 2001, 7, 161-166;
40. e) E. A. Doherty, R. T. Batey, B. Masquida, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 339-343;
41. f) S. Matsumura, Y. Ikawa, T. Inoue, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5544-5551.
42. D. A. Peattie, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1979, 76, 1760-1764.
43. D. W. Celander, T. R. Cech, Science 1991, 251, 401-407.
44. a) S. A. Woodson, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 349-352;
45. b) K. L. Buchmueller, A. E. Webb, D. A. Richardson, K. M. Weeks, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 362-366;
46. c) R. Russell, I. S. Millett, S. Doniach, D. Herschlag, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 367-370;
47. d) R. Russell, I. S. Millett, M. W. Tate, L. W. Kwok, B. Nakatani, S. M. Gruner, S. G. Mochrie, V. Pande, S. Doniach, D. Herschlag, L. Pollack, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 4266-4271;
48. e) X. W. Fang, P. Thiyagarajan, T. R. Sosnick, T. Pan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 8518-8523;
49. f) K. Takamoto, Q. He, S. Morris, M. R. Chance, M. Brenowitz, Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 928-933;
50. g) K. L. Buchmueller, K. M. Weeks, Biochemistry 2003, 42, 13 869-13 878;
51. h) K. Takamoto, R. Das, Q. He, S. Doniach, M. Brenowitz, D. Herschlag, M. R. Chance, J. Mol. Biol. 2004, 343, 1195-1206.
52. a) C. R. Allerson, G. L. Verdine, Chem. Biol. 1995, 2, 667-675;
53. b) G. D. Glick, Biopolymers 1998, 48, 83-96;
54. c) S. B. Cohen, T. R. Cech, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6259-6268.
55. A. A. Szewczak, T. R. Cech, RNA 1997, 3, 838-849.