Collision-induced dissociation of intact duplex and single-stranded siRNA anions

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 22, 2008, Pages 8501-8508

  Huang, Teng Yi ^a   Liu, Jian ^a   Liang, Xiaorong ^a   Hodges, Brittany D M ^a   McLuckey, Scott A ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISSOCIATION; ELECTROLYSIS; EXCITATION ENERGY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; NEGATIVE IONS; NUCLEIC ACIDS; PROTON TRANSFER; RNA; SPECTROMETERS; SPECTROMETRY; SPECTRUM ANALYSIS;

ANTI SENSES; CHARGE STATES; COLLISIONAL ACTIVATIONS; FRAGMENT IONS; INDUCED DISSOCIATIONS; ION SERIES; ION TRAPS; NANOELECTROSPRAY; NONCODING RNAS; PEAK ASSIGNMENTS; PRECURSOR IONS; PRODUCT ION SPECTRUMS; RAPID IDENTIFICATIONS; SIRNA DUPLEXES; SMALL INTERFERING RNAS; SPECTRAL INTERPRETATIONS; TANDEM MASS SPECTROMETRIES; TRANSFER REACTIONS;

IONS;

ANION; DOUBLE STRANDED RNA; SINGLE STRANDED RNA; SMALL INTERFERING RNA; UNTRANSLATED RNA;

AMPLITUDE MODULATION; ARTICLE; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; ENERGY; EXCITATION; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; RNA ANALYSIS; RNA STRUCTURE; SPECTROSCOPY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIONS; BASE SEQUENCE; PROTONS; QUINOLINES; RNA PROCESSING, POST-TRANSCRIPTIONAL; RNA, SMALL INTERFERING; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TIME FACTORS;

EID: 56449108176     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801331h     Document Type: Article

References (54)

1. Dorsett, Y.; Tuschl, T. Nat. Rev. Drug Discovery. 2004, 3, 318-29.
2. Calin, G. A.; Croce, C. M. Cancer Res. 2006, 66, 7390-7394.
3. Kim, J.; Inoue, K.; Ishii, J.; Vanti, W. B.; Voronov, S. V.; Murchison, E.; Hannon, G.; Abeliovich, A. Science 2007, 317, 1220-1224.
4. Mattick, J. S. EMBO Rep. 2001, 2, 986-991.
5. Mattick, J. S. Science 2005, 309, 1527-1528.
6. Carninci, P.; Kasukawa, T.; Katayama, S.; Gough, J.; Frith, M. C.; Maeda, N.; Oyama, R.; Ravasi, T.; Lenhard, B.; Wells, C.; Kodzius, R.; Shimokawa, K.; Bajic, V. B.; Brenner, S. E.; Batalov, S.; Forrest, S. R. R.; Zavolan, M.; Davis, M. J.; Wilming, L. G.; Aidinis, V.; Allen, J. E.; Ambesi-Impiombato, X.; Apweiler, R.; Aturaliya, R. N.; Bailey, T. L.; Bansal, M.; Baxter, L.; Beisel, K. W.; Bersano, T.; Bono, H.; Chalk, A. M.; Chiu, K. P.; Choudhary, V.; Christoffels, A.; Clutterbuck, D. R.; Crowe, M. L.; Dalla, E.; Dalrymple, B. P.; de Bono, B.; Della Gatta, G.; di Bernardo, D.; Down, T.; Engstrom, P.; Fagiolini, M.; Faulkner, G.; Fletcher, C. F.; Fukushima, T.; Furuno, M.; Futaki, S.; Gariboldi, M.; Georgii-Hemming, R.; Gingeras, T. R.; Gojobori, T.; Green, R. E.; Gustincich, S.; Harbers, M.; Hayashi, Y.; Hensch, T. K.; Hirokawa, N.; Hill, D.; Huminiecki, L.; Iacono, M.; Ikeo, K.; Iwama, A.; Ishikawa, T.; Jakt, M.; Kanapin, A.; Katoh, M.; Kawasawa, Y.; Kelso, J.; Kitamura, H.; Kitano, H.; Kollias, G.; Krishnan, S. P. T.; Kruger, A.; Kummerfeld, S. K.; Kurochkin, I. V.; Lareau, L. F.; Lazarevic, D.; Lipovich, L.; Liu, J.; Liuni, S.; McWilliam, S.; Babu, M. M.; Madera, M.; Marchionni, L.; Matsuda, H.; Matsuzawa, S.; Miki, H.; Mignone, F.; Miyake, S.; Morris, K.; Mottagui-Tabar, S.; Mulder, N.; Nakano, N.; Nakauchi, H.; Ng, P.; Nilsson, R.; Nishiguchi, S.; Nishikawa, S.; Nori, F.; O'Hara, O.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Pang, K. C.; Pavan, W. J.; Pavesi, G.; Pesole, G.; Petrovsky, N.; Piazza, S.; Reed, J.; Reid, J. F.; Ring, B. Z.; Ringwald, M.; Rost, B.; Ruan, Y.; Salzberg, S. L.; Sandelin, A.; Schnieder, C.; Schonbach, C.; Sekiguchi, K.; Semple, C. A. M.; Seno, S.; Sessa, L.; Sheng, Y.; Shibata, Y.; Shimada, H.; Shimada, K.; Silva, D.; Sinclair, B.; Sperling, S.; Stupka, E.; Sugiura, K.; Sultana, R.; Takenaka, Y.; Taki, K.; Tammoja, K.; Tan, S. L.; Tang, S.; Taylor, M. S.; Tegner, J.; Teichmann, S. A.; Ueda, H. R.; van Nimwegen, E.; Verardo, R.; Wei, C. L.; Yagi, K.; Yamanishi, H.; Zabarovsky, E.; Zhu, S.; Zimmer, A.; Hide, W.; Bult, C.; Grimmond, S. M.; Teasdale, R. D.; Liu, E. T.; Brusic, V.; Quackenbush, J.; Wahlestedt, C.; Mattick, J. S.; Hume, D. A.; Kai, C.; Sasaki, D.; Tomaru, Y.; Fukuda, S.; Kanamori-Katayama, M.; Suzuki, M.; Aoki, J.; Arakawa, T.; Iida, J.; Imamura, K.; Itoh, M.; Kato, T.; Kawaji, H.; Kawagashira, N.; Kawashima, T.; Kojima, M.; Kondo, S.; Konno, H.; Nakano, K.; Ninomiya, N.; Nishio, T.; Okada, M.; Plessy, C.; Shibata, K.; Shiraki, T.; Suzuki, S.; Tagami, M.; Waki, K.; Watahiki, A.; Okamura-Oho, Y.; Suzuki, H.; Kawai, J.; Hayashizaki, Y. Science 2005, 309, 1559-1563.
7. Mehler, M. F.; Mattick, J. S. J. Physiol. 2006, 575, 333-341.
8. Aravin, A. A.; Hannon, G. J.; Brennecke, J. Science 2007, 318, 761-764.
9. Ku, G.; McManus, M. Y. Hum. Gene Ther. 2008, 19, 17-26.
10. Chiu, Y. L.; Rana, T. M. RNA 2003, 9, 1034-1048.
11. Manoharan, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 570-579.
12. Hüttenhofer, A.; Vogel, J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 635-646.
13. Washietl, S.; Hofacker, I. L.; Stadler, P. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2454-2459.
14. Grosjean, H.; Bjork, G.; Maden, B. E. H. Biochimie 1995, 77, 3-6.
15. Grosjean, H., Benne, R., Eds. Modification and Editing of RNA; ASM Press: Washington, DC, 1998.
16. Agris, P. F. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 223-238.
17. Yu, B.; Yang, Z.; Li, J.; Minakhina, S.; Yang, M.; Padgett, R. W.; Steward, R.; Chen, X. Science 2005, 307, 932-935.
18. Blow, M. J.; Grocock, R. J.; van Dongen, S.; Enright, A. J.; Dicks, E.; Futreal, P. A.; Wooster, R.; Stratton, M. R. Genome Biol. 2006, 7, R27.
19. Helm, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 721-733.
20. Alexandrov, A.; Chernyakov, I.; Gu, W.; Hiley, S. L.; Hughes, T. R.; Grayhack, E. J.; Phizicky, E. M. Mol. Cell 2006, 21, 87-96.
21. Ni, J.; Pomerantz, S. C.; Rozenski, J.; Zhang, Y.; McCloskey, J. A. Anal. Chem. 1996, 68, 1989-1999.
22. Pomerantz, S. C.; McCloskey, J. A. Anal. Chem. 2005, 77, 4687-4697.
23. Thomas, B.; Akoulitchev, A. V. Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 173-181.
24. Kirpekar, F.; Krogh, T. N. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 8-14.
25. Schürch, S.; Bernal-Mendez, E.; Leumann, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 936-945.
26. Tromp, J. M.; Schürch, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1262-1268.
27. Andersen, T. E.; Kirpekar, F.; Haselmann, K. F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1353-1368.
28. Ohara, T.; Sakaguchi, Y.; Suzuki, T.; Ueda, H.; Miyauchi, K.; Suzuki, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 349-350.
29. McCloskey, J. A.; Whitehill, A. B.; Rozenski, J.; Qiu, F.; Crain, P. F. Nucleosides Nucleotides 1999, 18, 1549-53.
30. Mengel-Jergensen, J.; Kirpekar, F. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e135.
31. Emmerechts, G.; Barbé, S.; Herdewijin, P.; Anné, J.; Rozenski, J. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 3494-3503.
32. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
33. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37 (7), 663-75.
34. Han, X.; Jian, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112.
35. Huber, C. G.; Buchmeiser, M. R. Anal. Chem. 1998, 70, 5288-5295.
36. Greig, M.; Griffey, R. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 97-102.
37. Xia, Y.; Chrisman, P. A.; Erickson, D. E.; Liu, J.; Liang, X.; Londry, F. A.; Yang, M. J.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 4146-54.
38. Xia, Y.; Liang, X.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1750-1756.
39. Xia, Y.; Wu, J.; Londry, F. A.; Hager, J. W.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 71-81.
40. Liang, X.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 882-890.
41. Beverly, M.; Hartsough, K.; Machemer, L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 1675-1682.
42. Gabelica, V.; De Pauw, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 13, 91-98.
43. Gabelica, V.; De Pauw, E. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 151-159.
44. McLuckey, S. A.; Vaidyanathan, G.; Habibi-Goudarzi, S. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 1222-1229.
45. Wu, J.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 237, 197-241.
46. Pan, S.; Verhoeven, K.; Lee, J. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1853-1865.
47. Huang, T.; Kharlamova, A.; Liu, J.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom., in press.
48. McLuckey, S. A.; Goeringer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 461-474.
49. McLuckey, S. A.; Wu, J.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L.; Hurst, G. B. Anal. Chem. 2002, 74, 976-984.
50. Wu, J.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 228, 577-597.
51. Hanson, C. L.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2004, 279, 24907-24910.
52. Hofstadler, S. A.; Sannes-Lowery, K. A. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 585-595.
53. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
54. Liu, J.; Chrisman, P. A.; Erickson, D. E.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2007, 79, 1073-1081.