Modeling of the triglyceride-rich core in lipoprotein particles

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 44, 2008, Pages 13772-13782

  Hall, Anette ^a   Repakova, Jarmila ^b   Vattulainen, Ilpo ^a,b,c  

^a TAMPERE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Finland)

^b AALTO UNIVERSITY   (Finland)

^c UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYSTALLINE MATERIALS; DYNAMICS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY;

ATOMISTIC MOLECULAR DYNAMICS; AVERAGE MOLECULAR; BIOLOGICAL ENTITIES; CRYSTALLINE PHASE TRANSITIONS; DYNAMICAL PROPERTIES; HIGH TEMPERATURES; ISOTROPIC LIQUID PHASE; LIPID DROPLETS; LIPOPROTEIN PARTICLES; MOLECULAR CONFORMATIONS; ORDER PARAMETERS; TEMPERATURE QUENCH; TRIGLYCERIDE MOLECULES; TRIOLEIN; WORK FOCUSES;

PHASE TRANSITIONS;

EID: 56349164647     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp803950w     Document Type: Article

References (45)

1. Martin, S.; Parton, R. G. Nat. Rev. 2006, 7, 373-377.
2. German, J. B.; Smilowitz, J. T.; Zivkovic, A. M. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2006, 11, 171-183.
3. Tulenko, T. N.; Sumner, A. E. J. Nucl. Cardiol. 2002, 9, 638-649.
4. Jackson, R. J.; Morrisett, J. D.; Gotto, A. M. Physiol. Rev. 1976, 56, 259-316.
5. Hevonoja, T.; Pentikainen, M. O.; Hyvonen, M. T.; Kovanen, P. T.; Ala-Korpela, M. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1455, 189-210.
6. Sheldahl, C.; Harvey, S. C. Biophys. J. 1999, 76, 1190-1198.
7. Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. J. Mol. Biol. 2002, 324, 703-721.
8. Shih, A. Y.; Denisov, I. G.; Phillips, J. C.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 548-556.
9. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Nano Lett. 2007, 7, 1692-1696.
10. Catte, A.; Patterson, J. J.; Jones, M. J.; Jerome, W. G.; Bashtovyy, D.; Su, Z.; Gu, F.; Chen, J.; Aliste, M. P.; Harvey, S. C.; Li, L.; Weinstein, G.; Segrest, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 4345-4360.
11. Catte, A.; Patterson, J. C.; Bashtovyy, D.; Jones, M. K.; Gu, F.; Li, L.; Rampioni, A.; Sengupta, D.; Vuorela, T.; Niemela, P.; Karttunen, M.; Vattulainen, I.; Segrest, J. P. Biophys. J. 2008, 94, 2306-2319.
12. Heikela, M.; Vattulainen, I.; Hyvonen, M. T. Biophys. J. 2006, 90, 2247-2257.
13. Himawan, C.; Starov, V. M.; Stapley, A. G. F. Adv. Colloid Interface Sci. 2006, 122, 3-33.
14. Walstra, P.; Klock, W.; van Vliet, T. Crystallization and Polymorphism of Fats and Fatty Acids; Sato, K., Garti, N., Eds.; Marcel Dekker: New York, 1988.
15. Ferguson, R. H.; Lutton, E. S. Chem. Rev. 1941, 29, 355-384.
16. Ferguson, R. H.; Lutton, E. S. J. Am. Chem. Soc. 1947, 68, 1445-1448.
17. Ueno, S.; Minato, A.; Seto, H.; Amemiya, Y.; Sato, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 6847-6854.
18. Zdravkova, A. N.; van der Eerden, J. P. J. M. J. Cryst. Growth 2006, 293, 528-540.
19. Callaghan, P. T.; Jolley, K. W. J. Chem. Phys. 1977, 67, 4773-4774.
20. Yan, Z.; Huhn, S. D.; Klemann, L. P.; Otterburn, M. S. J. Agric. Food Chem. 1994, 42, 447-452.
21. Engelsen, S. B.; Brady, J. W.; Sherbon, J. W. J. Agric. Food Chem. 1994, 42, 2099-2107.
22. Pascher, I. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 439-448.
23. Sum, A. K.; Biddy, M.; de Pablo, J. J.; Tupy, M. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14443-14451.
24. Christie, W. W. http://www.lipidlibrary.co.uk (2008).
25. Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3139-3150.
26. Repakova, J.; Capkova, P.; Holopainen, J.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13438-13448.
27. Hevonoja, T.; Pentikainen, M. O.; Hyvonen, M. T.; Kovanen, P. T.; Ala-Korpela, M. Biochem. Biophys. Acta 2000, 1488, 189-210.
28. Hagemann, J. W.; Tallent, W. H. J. Am. Oil Chem. Soc. 1972, 49, 118-123.
29. Kodali, D. R.; Atkinson, D.; Redgrave, T. G.; Small, D. M. J. Lipid Res. 1987, 28, 403-413.
30. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
31. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
32. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; B.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1.
33. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
34. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
35. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
36. Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
37. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
38. Arfken, G. B.; Weber, H. J. Mathematical Methods for Physicists, 5th ed.; Harcourt Academic Press: Orlando, FL, 2001.
39. Rubinstein, M.; Colby, R. H. Polymer Physics; Oxford University Press: New York, 2003.
40. Lide, D., Ed. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 87th ed.; Taylor and Francis: Oxford, U.K., 2007.
41. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223-244.
42. Callaghan, P. T.; Jolley, K. W. Chem. Phys. Lipids 1980, 27, 49-56.
43. Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 1076-1091.
44. Sankaram, M. B.; Thompson, T. E. Biochemistry 1990, 29, 10670-10675.
45. Vist, M. R.; Davis, J. H. Biochemistry 1990, 29, 451-464.