Distribution, orientation, and dynamics of DPH probes in DPPC bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 35, 2004, Pages 13438-13448

  Repáková, Jarmila ^a,b   Čapková, Pavla ^a   Holopainen, Juha M ^c,d   Vattulainen, Ilpo ^b  

^a CHARLES UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b HELSINKI INSTITUTE OF PHYSICS   (Finland)

^c UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^d UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENT PROBES; FLUOROPHORES; LIPID MEMBRANES;

COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; FLUORESCENCE; HYDROPHOBICITY; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR ORIENTATION; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

AROMATIC COMPOUNDS;

EID: 4444309704     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048381g     Document Type: Article

References (72)

1. Gennis, R. B. Biomembranes: Molecular Structure and Function; Springer-Verlag: New York, 1989.
2. Lentz, B. R. Chem. Phys. lipids 1989, 50, 171-190.
3. Lentz, B. R. Chem. Phys. Lipids 1993, 64, 99-116.
4. Somerharju, P. Chem. Phys. Lipids 2002, 116, 57-74.
5. Maier, O.; Oberle, V.; Hoekstra, D. Chem. Phys. Lipids 2002, 116, 3-18.
6. Holopainen, J. M.; Subramanian, M.; Kinnunen, P. K. Biochemistry 1998, 37, 17562-17570.
7. Sonnleitner, A.; Schütz, G. J.; Schmidt, Th. Biophys. J. 1999, 77, 2638-2642.
8. Saxton, M. J.; Jacobson, K. Annu. Rev. Biophys. Biomol Struct 1997, 26, 373-399.
9. Nyholm, T.; Nylund, M.; Söderholm, A.; Slotte, J. P. Biophys. J. 2003, 84, 987-997.
10. Mitchell, D. C.; Litman, B. J. Biophys. J. 1998, 74, 879-891.
11. Chazotte, B. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1194, 315-328.
12. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy; Plenum: New York, 1983; pp 111-155.
13. Lakowicz, J. R.; Prendergast, F. G.; Hogen, D. Biochemistry 1979, 18, 508-519.
14. Lakowicz, J. R.; Prendergast, F. G.; Hogen, D. Biochemistry 1979, 18, 520-527.
15. Prendergast, F. G.; Haugland, R. P.; Callahan, P. J. Biochemistry 1981, 20, 7333-7338.
16. Wang, S.; Beechem, J. M.; Gratton, E.; Glaser, M. Biochemistry 1991, 30, 5565-5572.
17. Mulders, F.; van Langen, H.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K. Biochim. Biophys. Acta 1986, 859, 209-218.
18. Kintanar, A.; Kunwar, A. C.; Oldfield, E. Biochemistry 1986, 25, 6517-6524.
19. Pap, E. H. W.; ter Horst, J. J.; van Hoek, A.; Visser, A. J. W. G. Biophys. Chem. 1994, 48, 337-351.
20. Davenport, L.; Dale, R. E.; Bisby, R. H.; Cundall, R. B. Biochemistry 1985, 24, 4097-4108.
21. Kaiser, R. D.; London, E. Biochemistry 1998, 37, 8180-8190.
22. Konopasek, I.; Kvasnicka, P.; Herman, P.; Linnertz, H.; Obsil, T.; Vecer, J.; Svobodova, J.; Strzalka, K.; Mazzanti, L.; Amler, E. Chem. Phys. Lett. 1998, 293, 429-435.
23. Somerharju, P. J.; Virtanen, J. A.; Eklund, K. K.; Vainio, P.; Kinnunen, P. K. Biochemistry 1985, 24, 2773-2781.
24. Lentz, B. R.; Burgess, S. W. Biophys. J. 1989, 56, 723-733.
25. Barrow D. A.; Lentz, B. R. Biophys. J. 1985, 48, 221-234.
26. Feller, S. E. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2000, 5, 217-223.
27. Saiz, L.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 482-489.
28. Scott, H. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 495-502.
29. Vattulainen, I.; Karttunen, M. Modeling of Biologically Motivated Soft Matter Systems In Handbook of Theoretical and Computational Nanotechnology; Rieth, M., Schommers, W., Eds.; American Scientific Press: 2004, in press.
30. Structure and Dynamics of Membranes: From Cells to Vesicles; Lipowsky, R., Sackmann, E., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1995.
31. Poison, J. M.; Vattulainen, I.; Zhu, H.; Zuckermann, M. J. Eur. Phys. J. E 2001, 5, 485-497.
32. Groot, R. D.; Rabone, K. L. Biophys. J. 2001, 81, 725-736.
33. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 705, 9785-9792.
34. Ayton, G.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 3357-3370.
35. Kranenburg, M.; Venturoli, M.; Smit. B. J. Phys. Chem. B 2003, 107. 11491-11501.
36. Márti J.; Csajka, F. S. Europhys. Lett. 2003, 61, 409-414.
37. Imparato, A.; Shillcock, J. C.; Lipowsky, R. Eur. Phys. J. E 2003, 11, 21-28.
38. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108. 750-760.
39. López Cascales, J. J.; Huertas, M. L.; Garcia de la Torre, J. Biophys. Chem. 1997, 69, 1-8.
40. van der Heide, U. A.; Levine, Y. K. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1195, 1-10.
41. Mateo, C. R.; Lillo, M. P.; Brochon, J. C.; Martinez-Ripoll, M.; Sanz-Aparicio, J.; Acuña, A. U. J. Phys. Chem. B 1993, 97, 3486-3491.
42. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871-4880.
43. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacorabe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. GAUSSIAN 98, Revision A.6; Gaussian, Inc.; Pittsburgh, PA, 1998.
45. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, 1981; pp 331-342.
46. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636-3645.
47. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485-4494.
48. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
49. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
50. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
51. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
52. Reference deleted in proof.
53. Janiak, M. J.; Small, D. M.; Shipley, G. G.. Biochemistry 1976, 15, 4575-4580.
54. Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, in press; preprint http://arXiv.org/abs/cond-mat/0402290.
55. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159-195.
56. Chiu, S. W.; Jacobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2002, 83, 1842-1853.
57. Hofsäss, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192-2206.
58. Marrink, S. J.; Sok, R. M.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9090-9099.
59. Pink, D. A. Chem. Phys. Lipids 1989, 50, 213-236.
60. Huertas, M. L.; Cruz, V.; López Cascales, J. J.; Acuña, A. U.; Garcia de la Torre, J. Biophys. J. 1996, 71, 1428-1439.
61. Douliez, J.-P.; Léonard, A.; Dufourc, E. J. Biophys. J. 1995, 68, 1727-1739.
62. Petrache, H. I.; Dodd, S. W.; Brown, M. F. Biophys. J. 2000, 79, 3172-3192.
63. Kawato, S.; Kinosita, K., Jr.; Ikegami, A. Biochemistry 1977, 16, 2319-2324.
64. Vaz, W. L. C.; Clegg, R. M.; Hallmann, D. Biochemistry 1985, 24, 781-786.
65. König, S.; Pfeiffer, W.; Bayerl, T.; Richter, D.; Sackmann, E. J. Phys. II 1992, 2, 1589-1615.
66. Filippov, A.; Orädd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2003, 84, 3079-3086.
67. Almeida, P. F. F.; Vaz, W. L. C.; Thompson, T. E. Biochemistry 1992, 31, 6739-6747.
68. Cohen, M. H.; Turnbull, D. J. Chem. Phys. 1959, 31, 1164-1169.
69. Galla, H.-J.; ann U. Theilen, W. H.; Sackmann, E. J. Membr. Biol. 1979, 48, 215-236.
70. Söderhäll, J. A.; Laaksonen, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9308-9315.
71. Bassolino-Klimas, D.; Alper, H. E.; Stouch, T. R. Biochemistry 1993, 32, 12624-12637.
72. Bassolino-Klimas, D.; Alper, H. E.; Stouch, T. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4118-4129.