Multilevel data analysis of a crossover designed human nutritional intervention study

Journal of Proteome Research

Volumn 7, Issue 10, 2008, Pages 4483-4491

  Van Velzen, Ewoud J J ^a,b   Westerhuis, Johan A ^a   Van Duynhoven, John P M ^b   Van Dorsten, Ferdi A ^b   Hoefsloot, Huub C J ^a   Jacobs, Doris M ^b   Smit, Suzanne ^a   Draijer, Richard ^b   Kroner, Christine I ^b   Smilde, Age K ^a  

^a UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

^b UNILEVER RESEARCH VLAARDINGEN   (Netherlands)

Author keywords

ANOVA; ASCA; Cross model validation; Metabolomics; MSCA; NMR; Nutrition; Paired data analysis; PCA; Permutation test; PLS DA; Rank product; Urine

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; PLACEBO; PLANT EXTRACT;

ADULT; AGED; ARTICLE; CLINICAL ARTICLE; DATA ANALYSIS; FEMALE; FOOD INTAKE; GRAPE JUICE; HUMAN; HYPERTENSION; MALE; METABOLISM; METABOLOMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUTRITIONAL ASSESSMENT; PRIORITY JOURNAL; URINALYSIS; WINE; CHEMISTRY; CLINICAL TRIAL; CROSSOVER PROCEDURE; DIET THERAPY; DOUBLE BLIND PROCEDURE; GRAPE; METHODOLOGY; REPRODUCIBILITY; STATISTICS; URINE;

BIOLOGICAL MARKERS; CROSS-OVER STUDIES; DOUBLE-BLIND METHOD; HUMANS; METABOLISM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; NUTRITION THERAPY; PLACEBOS; PLANT EXTRACTS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; STATISTICS AS TOPIC; URINE; VITIS;

EID: 55949118718     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr800145j     Document Type: Article

References (54)

1. Gibney, M. J.; Walsh, M.; Brennan, L.; Roche, H. M.; German, B.; van Ommen, B. Am. J. Clin. Nutr. 2005, 82, 497-503.
2. Solanky, K. S.; Bailey, N. J.; Beckwith-Hall, B. M.; Bingham, S.; Davis, A.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Cassidy, A. J. Nutr. Biochem. 2005, 16, 236-44.
3. Rezzi, S.; Ramadan, Z.; Fay, L. B.; Kochhar, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 513-25.
4. van der Greef, J.; Smilde, A. K. J.Chemom. 2005, 19, 376-86.
5. van der, G. J.; Martin, S.; Juhasz, P.; Adourian, A.; Plasterer, T.; Verheij, E. R.; McBurney, R. N. J. Proteome Res. 2007, 6, 1540-59.
6. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Wilson, I. D. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1268-74.
7. Stella, C.; Beckwith-Hall, B.; Cloarec, O.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Powell, J.; van der Ouderaa, F.; Bingham, S.; Cross, A. J.; Nicholson, J. K. Proteome Res. 2006, 5, 2780-88.
8. Maher, A. D.; Zirah, S. F. M.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 5204-11.
9. Smilde, A. K.; Jansen, J. J.; Hoefsloot, H. C.; Lamers, R. J.; van der, G. J.; Timmerman, M. E. Bioinformatics 2005, 21, 3043-48.
10. Jansen, J. J.; Hoefsloot, H. C. J.; van der Greef, J.; Timmerman, M. E.; Smilde, A. K. Anal. Chim. Acta 2005, 530, 173-83.
11. Putt, M.; Chinchilli, V. M. Stat. Med. 1999, 18, 3037-58.
12. Jacobs, D. M.; Deltimple, N.; Van Velzen, E. J. J.; Van Dorsten, F. A.; Bingham, M.; Vaughan, E. E.; van Duynhoven, J. P. M. NMR Biomed. 2008, 21, 615-26.
13. Elbourne, D. R.; Altman, D. G.; Higgins, J. P.; Curtin, F.; Worthing- ton, H. V.; Vail, A. Int. J. Epidemiol. 2002, 31, 140-49.
14. Saude, E. J.; Adamko, D.; Rowe, B. H.; Marrie, T.; Sykes, B. D. Metabolomics 2006, 2, 439-51.
15. Lenz, E. M; Bright, J.; Wilson, I. D.; Hughes, A.; Morrisson, J.; Lindberg, H.; Lockton, A. J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 36, 841- 49.
16. Jansen, J. J.; Hoefsloot, H. C.; van der Greef, J.; Timmerman, M. E.; Westerhuis, J. A.; Smilde, A. K. J. Chemom. 2005, 19, 469-81.
17. Vis, D. J.; Westerhuis, J. A.; Smilde, A. K.; van der, G. J. BMC Bioinf. 2007, 8, 322-34.
18. Timmerman, M. E. Br. J. Math. Stat. Psychol. 2006, 59, 301-20.
19. Anderssen, E.; Dyrstad, K.; Westad, F.; Martens, H. Chemom. Intell Lab. Syst. 2006, 84, 69-74.
20. Smit, S.; van Breemen, M. J.; Hoefsloot, H. C; Smilde, A. K.; Aerts, J. M.; de Koster, C. G. Anal. Chim. Acta 2007, 592, 210-17.
21. Stratil, P.; Klejdus, B.; Kuban, V. J. Agric. Food Chem. 2006, 54, 607-16.
22. Manach, C; Scalbert, A.; Morand, C.; Remesy, C.; Jimenez, L. Am. J. Clin. Nutr. 2004, 79, 121-41.
23. Craig, A.; Cloarec, O.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Lindon, J. C. Anal. Chem. 2006, 78, 2262-67.
24. Dieterle, F.; Ross, A.; Schlotterbeck, G.; Senn, H. Anal. Chem. 2006, 78, 4281-90.
25. Constantinou, M. A.; Papakonstantinou, E.; Spraul, M.; Sevastiadou, S.; Costalos, C; Koupparis, M. A.; Shulpis, K.; Tsantili- Kakoulidou, A.; Mikros, E. Anal. Chim. Acta 2005, 542, 169-77.
26. Halouska, S.; Powers, R. J. Magn. Reson. 2006, 178, 88-95.
27. Holmes, E.; Tang, H.; Wang, Y.; Seger, C. Planta Med. 2006, 72, 771-85.
28. van den Berg, R. A.; Hoefsloot, H. C; Westerhuis, J. A.; Smilde, A. K.; van der Werf, M. J. BMC Genomics 2006, 7, 142-57.
29. Keun, H. C; Ebbels, T. M. D.; Antti, H.; Bollard, M. E.; Beckonert, O.; Holmes, E.; Lindon, J. C; Nicholson, J. K. Anal. Chim. Acta 2003, 490, 265-76.
30. Alam, T. M.; Alam, M. K. Annu. Rep. NMR Spectrosc. 2005, 54, 41- 80.
31. Whelehan, O. P.; Earll, M. E.; Johansson, E.; Toft, M.; Eriksson, L. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2006, 84, 82-87.
32. Jolliffe, I. T. Principal Component Analysis, 2nd ed.; Springer- Verlag: New York, 2002.
33. Wold, S.; Sjostrom, M.; Eriksson, L. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2001, 58, 109-30.
34. Faber, N. M; Rajko, R. Anal. Chim. Acta 2007, 595, 98-106.
35. Broadhurst, D. I.; Kell, D. B. Metabolomics 2006, 2, 171-96.
36. Westerhuis, J. A.; Hoefsloot, H. C. J.; Smit, S.; Vis, D. J.; Smilde, A. K.; Van Velzen, E. J. J.; Van Duynhoven, J. P. M.; Van Dorsten, F. A. Metabolomics 2008, 4, 81-9.
37. Stone, M. J. R. Stat. Soc. B 1974, 36, 111-33.
38. Gidskehaug, L.; Anderssen, E.; Alsberg, B. K. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2006, 84, 172-76.
39. Breitling, R.; Armengaud, P.; Amtmann, A.; Herzyk, P. FEBS Lett. 2004, 573, 83-92.
40. Bijlsma, S.; Bobeldijk, L.; Verheij, E. R.; Ramaker, R.; Kochhar, S.; Macdonald, I. A.; van Ommen, B.; Smilde, A. K. Anal. Chem. 2006, 78, 567-74.
41. Martin, F. P.; Dumas, M. E.; Wang, Y.; Legido-Quigley, C.; Yap, I. K.; Tang, H.; Zirah, S.; Murphy, G. M.; Cloarec, O.; Lindon, J. C; Sprenger, N.; Fay, L. B.; Kochhar, S.; van Bladeren, P.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 112-28.
42. Nicholson, J. K.; Wilson, I. D. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spec. 1989, 21, 449-501.
43. Vogt, F.; Booksh, K. Appl. Spectrosc. 2004, 58, 624-35.
44. Teahan, O.; Gamble, S.; Holmes, E.; Waxman, J.; Nicholson, J. K.; Bevan, C; Keun, H. C. Anal. Chem. 2006, 78, 4307-18.
45. Kochhar, S.; Jacobs, D. M.; Ramadan, Z.; Berruex, F.; Fuerholz, A.; Fay, L. B. Anal. Biochem. 2006, 352.
46. Psihogios, N. G.; Gazi, I. F.; Elisaf, M. S.; Seferiadis, K. I.; Bairaktari, E. T. NMR Biomed. 2008, 21, 195-207.
47. Daykin, C. A.; Van Duynhoven, J. P. M.; Groenewegen, A.; Dachtler, M.; Van Amelsvoort, J. M. M.; Mulder, T. P. J. J. Agric. Food Chem. 2005, 53, 1428-34.
48. Van Dorsten, F. A.; Daykin, C. A.; Mulder, T. P. J.; Van Duynhoven, J. P. M. J. Agric. Food Chem. 2006, 54, 6929-38.
49. Gonthier, M. P.; Cheynier, V.; Donovan, J. L.; Manach, C; Morand, C; Mila, I.; Lapierre, C; Remesy, C; Scalbert, A. J. Nutr. 2003, 133, 461-67.
50. Hollman, P. C. H. Methods Enzymol. 2001, 335, 97-103.
51. Scalbert, A.; Manach, C.; Morand, C; Remesy, C.; Jimenez, L. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2005, 45, 287-306.
52. Rechner, A. R.; Kuhnle, G.; Bremner, P.; Hubbard, G. P.; Moore, K. P.; Rice-Evans, C. A. Free Radical Biol. Med. 2002, 33, 220-35.
53. Ito, H.; Gonthier, M. P.; Manach, C.; Morand, C; Mennen, L.; Remesy, C; Scalbert, A. Br. J. Nutr. 2005, 94, 500-9.
54. Holmes, E.; Loo, R. L.; Stamler, J.; Bictash, M.; Yap, I. K.; Chan, Q.; Ebbels, T.; De Iorio, M.; Brown, I. J.; Veselkov, K. A.; Daviglus, M. L.; Kesteloot, H.; Ueshima, H.; Zhao, L.; Nicholson, J. K.; Elliott, P. Nature 2008, 453, 396-400.