Car-parrinello MD simulations for the Na+-phenylalanine complex in aqueous solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 40, 2008, Pages 12783-12789

  Costanzo, Francesca ^a   Della Valle, Raffaele Guido ^a  

^a UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; AMINO ACIDS; DYNAMICS; FLOW INTERACTIONS; GAS DYNAMICS; GASES; MECHANICS; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC ACIDS; OXYGEN; POSITIVE IONS; QUANTUM CHEMISTRY;

A STABLES; AB INITIO; AQUEOUS SOLUTIONS; AROMATIC AMINO ACIDS; AVERAGE DISTANCES; BASIS SETS; CARBOXYLIC OXYGENS; CLASSICAL MECHANICS; DENSITY FUNCTIONALS; GAS PHASES; MD SIMULATIONS; MD TRAJECTORIES; PHENYL RING; REFERENCE DATUM; SIX WATER MOLECULES;

SOLUTIONS;

EID: 54549114222     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp801702v     Document Type: Article

References (55)

1. Dougherty, D. A. Science 1996, 271, 163-168.
2. Ma, J. C.; Dougherty, D. A. Chem. Rev. 1997, 97, 1303-1324.
3. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diederich, F. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 1210-1250.
4. Sa, R.; Zhu, W.; Shen, J.; Gong, Z.; Cheng, J.; Chen, K.; Jiang, H. J. Chem. Phys. 2006, 110, 5094-5098.
5. Minoux, H.; Chipot, C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10366-10372.
6. Gallivan, J. P.; Dougberty, D. A. Proc. Natl. Acad Sci. U.SA. 1999, 96, 9459-9464.
7. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 870-874.
8. Gromiha, M. M. Biophys. Chem. 2003, 103, 251-258.
9. Costanzo, F.; Della Valle, R. G.; Barone, V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23016-23023.
10. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
11. The CPMD consortium, CPMD code, version 3.7.2.
12. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
13. Ramaniah, L. M.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 6839-6843.
14. Vuilleumier, R.; Sprik, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3454-3468.
15. Sulpizi, M.; Carloni, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10087-10091.
16. Ikeda, T.; Boero, M.; Terakura, K. J. Chem. Phys. 2007126, 1-9, 034501.
17. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12487-12865.
18. Silvestrelli, P. L.; Marzari, N.; Vanderbilt, D.; Parrinello, M. Solid State Commun. 1998, 107, 7-11.
19. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3308-3311.
20. Mecozzi, S.; West, A. P., Jr.; Dougherty, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2307-2308.
21. Cubero, E.; Luque, F. J.; Orozco, M. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 1998, 95, 5976-5980.
22. Berg, J. M.; Tymoczko, J. L.; Stryer, L. Biochemistry; W. H. Freeman and Co.: New York, 2001.
23. Siu, F. M.; Ma, N. L.; Tsang, C. W. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3397-3398.
24. Siu, F. M.; Ma, N. L.; Tsang, C. W. Chem. Eur. J. 2004, 10, 1966-1976.
25. Dǐdic, I.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1970, 74, 1466-1474.
26. Hoyau, S.; Norrman, K.; McMahon, T. B.; Ohanessian, G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8864-8875.
27. Feller, D.; Glendening, E. D.; Woon, D. E.; Feyereisen, M. W. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3526-3542.
28. IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN), Nomenclature and symbolism for amino acids and peptides. Recommendations 1983. Eur. J. Biochem. 1984, 138, 9-37.
29. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946-950.
30. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
31. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
32. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
33. Marx, D.; Hutter, J. Modern Methods Algorithms Quantum Chem. 2000, 3, 329-477.
34. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev B 1991, 43, 1993-2006.
35. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425-1428.
36. Sprik, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1142-1152.
37. Dennis, J. E., Jr.; More, J. J. SIAM Rev. 1977, 19, 46-89.
38. Hutte, J.; Luthi, H. P.; Parrinello, M. Comput. Mater. Sci. 1994, 2, 244-248.
39. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810-2821.
40. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 84th ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2003.
41. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
42. Sprik, M.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7737-7744.
43. Meijer, E. J.; Sprik, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6345-6355.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M.W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
45. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024-11031.
46. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
47. Ruan, C.; Rodgers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14600-14610.
48. Reddy, A. S.; Sastry, G. N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8893-8903.
49. S. van Erp, T.; Meijer, E. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 333, 290-296.
50. White, J. A.; Schwegler, E.; Galli, G.; Gygi, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 4668-4673.
51. Skipper, N. T.; Neilson, G. W. J. Phys.: Condens. Matter 1989, 1, 4141-4154.
52. Caminiti, R.; Liehen, G.; Paschina, G.; Piccaluga, G.; Pinna, G. J. Chem. Phys. 1980, 72, 4522-4528.
53. Kameda, Y.; Sugawara, K.; Usuki, T.; Uemura, O. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1998, 71, 2769-2776.
54. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon. Oxford, UK, 1987.
55. Merritt, E. A.; Bacon, D. J. Meth. Enzymol. 1997, 277, 505-524.