Encapsulating a single G-quadruplex aptamer in a protein nanocavity

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 28, 2008, Pages 8354-8360

  Shim, Ji Wook ^a   Gu, Li Qun ^a  

^a UNIVERSITY OF MISSOURI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOTECHNOLOGY; MOLECULAR INTERACTIONS; NUCLEIC ACIDS; ORGANIC ACIDS; TECHNOLOGY;

APTAMER; G-QUADRUPLEX; MOLECULAR PROCESSES; NANO CAVITIES; SINGLE MOLECULES; SUPRAMOLECULAR SYSTEMS; UNFOLDING KINETICS;

MOLECULES;

EID: 50249133095     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0775911     Document Type: Article

References (79)

1. Bayley, H.; Cremer, P. S. Nature 2001, 413, 226-230.
2. Bayley, H.; Jayasinghe, L. Mol. Membr. Biol. 2004, 21, 209-220.
3. Braha, O.; Gu, L. Q.; Zhou, L.; Lu, X. F.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1005-1007.
4. Gu, L. Q.; Braha, O.; Conlan, S.; Cheley, S.; Bayley, H. Nature 1999, 398, 686-690.
5. Movileanu, L.; Howorka, S.; Braha, O.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1091-1095.
6. Cheley, S.; Gu, L. Q.; Bayley, H. Chem. Biol. 2002, 9, 829-838.
7. Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Branton, D.; Deamer, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13770-13773.
8. Vercoutere, W.; Winters-Hilt, S.; Olsen, H.; Deamer, D.; Haussler, D.; Akeson, M. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 248-252.
9. Howorka, S.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 636-639.
10. Mathe, J.; Visram, H.; Viasnoff, V.; Rabin, Y.; Meller, A. Biophys. J. 2004, 87, 3205-3212.
11. Nakane, J.; Wiggin, M.; Marziali, A. Biophys. J. 2004, 87, 615-621.
12. Ashkenasy, N.; Sanchez-Quesada, J.; Bayley, H.; Ghadiri, M. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1401-1404.
13. Astier, Y.; Braha, O.; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1705-1710.
14. Bayley, H. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 628-637.
15. Bezrukov, S. M.; Vodyanoy, I.; Parsegian, V. A. Nature 1994, 370, 279-281.
16. Gu, L. Q.; Dalla Serra, M.; Vincent, J. B.; Vigh, G.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3959-3964.
17. Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15498-15503.
18. Luchian, T.; Shin, S. H.; Bayley, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 3766-3771.
19. Loudwig, S.; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12404-12405.
20. Wanunu, M.; Meller, A. Biophys. J. 2007, 653A
21. Tropini, C.; Marziali, A. Biophys. J. 2007, 92, 1632-1637.
22. Hornblower, B.; Coombs, A.; Whitaker, R. D.; Kolomeisky, A.; Picone, S. J.; Meller, A.; Akeson, M. Nat. Methods 2007, 4, 315-317.
23. Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Science 2001, 291, 636-640.
24. Sanchez-Quesada, J.; Saghatelian, A.; Cheley, S.; Bayley, H.; Ghadiri, M. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3063-3067.
25. Shim, J. W.; Gu, L. Q. Anal. Chem. 2007, 79, 2207-2213.
26. Kang, X. F.; Cheley, S.; Rice-Ficht, A. C.; Bayley, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4701-4705.
27. Song, L. Z.; Hobaugh, M. R.; Shustak, C.; Cheley, S.; Bayley, H.; Gouaux, J. E. Science 1996, 274, 1859-1866.
28. Jung, Y.; Bayley, H.; Movileanu. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15332-15340.
29. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1988, 334, 364-366.
30. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1990, 344, 410-414.
31. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564-566.
32. Jing, N. J.; Rando, R. F.; Pommier, Y.; Hogan, M. E. Biochemistry 1997, 36, 12498-12505.
33. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1988, 334, 364-366.
34. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1990, 344, 410-414.
35. Hurley, L. H. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 188-200.
36. Neidle, S.; Parkinson, G. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 383-393.
37. Kerwin, S. M. Curr. Pharm. Des. 2000, 6, 441-471.
38. Arthanari, H.; Bolton, P. H. Chem. Biol. 2001, 8, 221-230.
39. Fletcher, T. M.; Sun, D. K.; Salazar, M.; Hurley, L. H. Biochemistry 1998, 37, 5536-5541.
40. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1988, 334, 364-366.
41. Simonsson, T. Biol. Chem. 2001, 382, 621-628.
42. Zahler, A. M.; Williamson, J. R.; Cech, T. R.; Prescott, D. M. Nature 1991, 350, 718-720.
43. Parkinson, G. N.; Lee, M. P. H.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876-880.
44. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822.
45. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510.
46. Hermann. T.; Patel, D. J. Science 2000, 287, 820-825.
47. Breaker, R. R. Nature 2004, 432, 838-845.
48. Heyduk, T.; Heyduk, E. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 171-176.
49. Davis, J. T.; Spada, G. P. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 296-313.
50. Alberti, P.; Mergny, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1569-1573.
51. Kankia, B. I.; Marky, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10799-10804.
52. Padmanabhan, K.; Padmanabhan, K. P.; Ferrara, J. D.; Sadler, J. E.; Tulinsky. A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17651-17654.
53. Marathias, V. M.; Bolton, P. H Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1969-1977.
54. Wang, K. Y.; Swaminathan, S.; Bolton, P. H. Biochemistry 1994, 33, 7517-7527.
55. Heyduk. T.; Heyduk, E. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 171-176.
56. Ho, H. A.; Leclerc, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1384-1387.
57. Huang, C. C.; Cao. Z. H.; Chang, H. T.; Tan, W. H. Anal. Chem. 2004, 76, 6973-6981.
58. Shim, J. W.; Yang, M.; Gu, L. Q. FEBS Lett. 2007, 581, 1027-1034.
59. Montai. M.; Mueller, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 3561-3566.
60. Marathias, V. M.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1969-1977.
61. Vairamani, M.; Gross, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 42-43.
62. Vairamani, M.; Gross, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 42-43.
63. Lubensky, D. K.; Nelson, D. R. Biophys. J. 1999, 77, 1824-1838.
64. Meller, A.; Nivon, L.; Brandin, E.; Golovchenko, J.; Branton, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1079-1084.
65. Meller, A.; Nivon, L.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3435-3438.
66. Marathias, V. M.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1969-1977.
67. Jung, Y.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. Biochemistry 2005, 44, 8919-8929.
68. Sauer-Budge, A. F.; Nyamwanda, J. A.; Lubensky, D. K.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90.
69. Sauer-Budge, A. F.; Nyamwanda, J. A.; Lubensky, D. K.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90.
70. Sauer-Budge, A. F.; Nyamwanda, J. A.; Lubensky, D. K.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90.
71. Sauer-Budge, A. F.; Nyamwanda, J. A.; Lubensky, D. K.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90.
72. Fialova, M.; Kypr, J.; Vorlickova, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 344, 50-54.
73. Howorka, S.; Bayley, H. Biophys. J. 2002, 83, 3202-3210.
74. Vorlickova, M.; Bednarova, K.; Kypr, J. Biopolymers 2006, 82, 253-260.
75. Ying, L. M.; Green, J. J.; Li, H. T.; Klenerman, D.; Balasubramanian, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14629-14634.
76. Zhao, Y.; Kan, Z. Y.; Zeng, Z. X.; Hao, Y. H.; Chen, H.; Tan, Z. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13255-13264.
77. Hornblower, B.; Coombs, A.; Whitaker, R. D.; Kolomeisky, A.; Picone, S. J.; Meller, A.; Akeson, M. Nat. Methods 2007, 4, 315-317.
78. Shim, J. W.; Gu, L. Q. Anal. Chem. 2007, 79, 2207-2213.
79. Marathias, V. M.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1969-1977.