Surveying the damage: The challenges of developing nucleic acid biomarkers of inflammation

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 9, 2008, Pages 902-908

  Son, Junghyun ^a   Pang, Bo ^a   McFaline, Jose L ^a   Taghizadeh, Koli ^b   Dedon, Peter C ^a,b,c  

^a Massachusetts Institute of Technology Cambridge

^b MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^c MIT MEDIA LAB   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; DNA; REACTIVE NITROGEN SPECIES; RNA;

ANIMAL; ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; CHEMISTRY; DNA DAMAGE; GENETICS; HUMAN; INFLAMMATION; METABOLISM; OXIDATIVE STRESS; PROTEOMICS;

ANIMALS; BIOLOGICAL MARKERS; DNA; DNA DAMAGE; HUMANS; INFLAMMATION; MODELS, BIOLOGICAL; OXIDATIVE STRESS; PROTEOMICS; REACTIVE NITROGEN SPECIES; RNA;

EID: 49749083870     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b719411k     Document Type: Article

References (116)

1. A. Karakaya P. Jaruga V. A. Bohr A. P. Grollman M. Dizdaroglu Nucleic Acids Res. 1997 25 474 479
2. S. Senturker M. Dizdaroglu Free Radicals Biol. Med. 1999 27 370 380
3. M. S. Cooke R. Olinski M. D. Evans Clin. Chim. Acta 2006 365 30 49
4. M. Dizdaroglu P. Jaruga H. Rodriguez Free Radicals Biol. Med. 2001 30 774 784
5. H. Rodriguez P. Jaruga D. Leber S. G. Nyaga M. K. Evans M. Dizdaroglu Biochemistry 2007 46 2488 2496
6. J. Cadet S. Bellon T. Douki S. Frelon D. Gasparutto E. Muller J. P. Pouget J. L. Ravanat A. Romieu S. Sauvaigo J. Environ. Pathol. Toxicol. Oncol. 2004 23 33 43
7. J. P. Pouget S. Frelon J. L. Ravanat I. Testard F. Odin J. Cadet Radiat. Res. 2002 157 589 595
8. H. Ohshima M. Tatemichi T. Sawa Arch. Biochem. Biophys. 2003 417 3 11
9. H. Ohshima Toxicol. Lett. 2003 140-141 99 104
10. F. Balkwill A. Mantovani Lancet 2001 357 539 545
11. E. Shacter S. A. Weitzman Oncology (Williston Park) 2002 16 217 226
12. B. Levin J. Cell Biochem. Suppl. 1992 16G 47 50
13. R. J. Farrell M. A. Peppercorn Lancet 2002 359 331 340
14. M. Asaka H. Takeda T. Sugiyama M. Kato Gastroenterology 1997 113 S56 60
15. M. P. Ebert J. Yu J. J. Sung P. Malfertheiner Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. 2000 12 795 798
16. A. F. Badawi M. H. Mostafa A. Probert P. J. O'Connor Eur. J. Cancer Prev. 1995 4 45 59
17. M. H. Mostafa S. A. Sheweita P. J. O'Connor Clin. Microbiol. Rev. 1999 12 97 111
18. J. D. Groopman T. W. Kensler Toxicol. Appl. Pharmacol. 2005 206 131 137
19. C. Nathan M. U. Shiloh Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000 97 8841 8848
20. C. F. Nathan J. Clin. Invest. 1987 79 319 326
21. J. Li T. R. Billiar R. V. Talanian Y. M. Kim Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997 240 419 424
22. P. K. Kim R. Zamora P. Petrosko T. R. Billiar Int. Immunopharmacol. 2001 1 1421 1441
23. M. P. Rosin S. Saad el Din Zaki A. J. Ward W. A. Anwar Mutat. Res. 1994 305 283 292
24. D. I. Feig T. M. Reid L. A. Loeb Cancer Res. 1994 54 1890s 1894s
25. M. B. Grisham D. Jourd'heuil D. A. Wink Aliment. Pharmacol. Ther. 2000 14 Suppl 1 3 9
26. P. C. Dedon S. R. Tannenbaum Arch. Biochem. Biophys. 2004 423 12 22
27. D. S. Bredt S. H. Snyder Neuron 1994 63 175 195
28. S. S. Gross M. S. Wolin Annu. Rev. Physiol. 1995 57 737 769
29. J. R. Lancaster, Jr Am. Sci. 1992 80 248 259
30. J. MacMicking Q. Xie C. Nathan Annu. Rev. Immunol. 1997 15 323 350
31. S. Moncada R. M. J. Palmer E. A. Higgs Pharmacol. Rev. 1991 43 109 142
32. C. Nathan FASEB J. 1992 6 3051 3064
33. S. Tamir S. R. Tannenbaum Biochem. Biophys. Acta 1996 1288 F31 F36
34. M. Miwa D. J. Stuehr M. A. Marletta J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Carcinogenesis 1987 8 955 958
35. D. J. Stuehr M. A. Marletta Cancer Res. 1987 47 5590 5594
36. R. S. Lewis S. Tamir S. R. Tannenbaum W. M. Deen J. Biol. Chem. 1995 270 29350 29355
37. B. Chen M. Keshive W. M. Deen Biophys. J. 1998 75 745 754
38. B. Chen W. M. Deen Chem. Res. Toxicol. 2001 14 135 147
39. S. J. Klebanoff J. Leukocyte Biol. 2005 77 598 625
40. C. C. Winterbourn A. J. Kettle Jpn. J. Infect. Dis. 2004 57 S31 33
41. A. van der Vliet J. P. Eiserich B. Halliwell C. E. Cross J. Biol. Chem. 1997 272 7617 7625
42. S. L. Hazen R. Zhang Z. Shen W. Wu E. A. Podrez J. C. MacPherson D. Schmitt S. N. Mitra C. Mukhopadhyay Y. Chen P. A. Cohen H. F. Hoff H. M. Abu-Soud Circ. Res. 1999 85 950 958
43. W. Wu Y. Chen S. L. Hazen J. Biol. Chem. 1999 274 25933 25944
44. J. P. Eiserich M. Hristova C. E. Cross A. D. Jones B. A. Freeman B. Halliwell A. van der Vliet Nature 1998 391 393 397
45. S. V. Lymar Q. Jiang J. K. Hurst Biochemistry 1996 35 7855 7861
46. R. S. Lewis S. R. Tannenbaum W. M. Deen J. Am. Chem. Soc. 1995 117 3933 3939
47. B. Halliwell Free Radicals Biol. Med. 2002 32 968 974
48. M. Dizdaroglu Biochemistry 1985 24 4476 4481
49. O. I. Aruoma B. Halliwell E. Gajewski M. Dizdaroglu Biochem. J. 1991 273 601 604
50. L. J. Kennedy K. Moore, Jr J. L. Caulfield S. R. Tannenbaum P. C. Dedon Chem. Res. Toxicol. 1997 10 386 392
51. J. Cadet C. D'Ham T. Douki J. P. Pouget J. L. Ravanat S. Sauvaigo Free Radical Res. 1998 29 541 550
52. R. M. Uppu R. Cueto G. L. Squadrito M. G. Salgo W. A. Pryor Free Radicals Biol. Med. 1996 21 407 411
53. S. Burney J. C. Niles P. C. Dedon S. R. Tannenbaum Chem. Res. Toxicol. 1999 12 513 520
54. J. C. Niles J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Chem. Res. Toxicol. 2000 13 390 396
55. J. C. Niles S. Burney S. P. Singh J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999 96 11729 11734
56. N. Y. Tretyakova J. C. Niles S. Burney J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Chem. Res. Toxicol. 1999 12 459 466
57. W. Luo J. G. Muller E. M. Rachlin C. J. Burrows Org. Lett. 2000 2 613 616
58. ESCODD (European Standards Committee on Oxidative DNA Damage) Carcinogenesis 2002 23 2129 2133
59. C. M. Gedik A. Collins FASEB J. 2005 19 82 84
60. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Environ. Health Perspect. 1997 105 1034 1039
61. A. Collins J. Cadet B. Epe C. Gedik Carcinogenesis 1997 18 1833 1836
62. A. R. Collins J. Cadet L. Möller H. E. Poulsen J. Viña Arch. Biochem. Biophys. 2004 423 57 65
63. J. L. Ravanat T. Douki P. Duez E. Gremaud K. Herbert T. Hofer L. Lasserre C. Saint-Pierre A. Favier J. Cadet Carcinogenesis 2002 23 1911 1918
64. H. J. Helbock K. B. Beckman M. K. Shigenaga P. B. Walter A. A. Woodall H. C. Yeo B. N. Ames Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998 95 288 293
65. B. Pang X. Zhou H.-B. Yu M. Dong K. Taghizadeh J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum P. C. Dedon Carcinogenesis 2007 28 1807 1813
66. Y. C. Jeong J. Nakamura P. B. Upton J. A. Swenberg Nucleic Acids Res. 2005 33 6426 6434
67. J. Cadet T. Douki D. Gasparutto J. L. Ravanat Mutat. Res. 2003 531 5 23
68. S. Steenken S. V. Jovanovic J. Am. Chem. Soc. 1997 119 617 618
69. D. M. Stanbury Adv. Inorg. Chem. 1989 33 69 138
70. T. N. Das, T. Dhanasekaran, Z. B. Alfassi and P. Neta, in 4th International Conference on Chemical Kinetics, National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD, USA, 1997
71. M. Dong C. Wang W. M. Deen P. C. Dedon Chem. Res. Toxicol. 2003 16 1044 1055
72. T. Suzuki R. Yamaoka M. Nishi H. Ide K. Makino J. Am. Chem. Soc. 1996 118 2515 2516
73. T. Suzuki K. Kanaori K. Tajima K. Makino Nucleic Acids Symp. Ser. 1997 313 314
74. M. Dong P. C. Dedon Chem. Res. Toxicol. 2006 19 50 57
75. K. S. Lim S. H. Huang A. Jenner H. Wang S. Y. Tang B. Halliwell Free Radicals Biol. Med. 2006 40 1939 1948
76. J. C. Niles J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Nitric Oxide 2006 14 109 121
77. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Nat. Chem. Biol. 2006 2 348 349
78. S. Burney J. L. Caulfield J. C. Niles J. S. Wishnok S. R. Tannenbaum Mutat. Res. 1999 424 37 49
79. V. Shafirovich J. Cadet D. Gasparutto A. Dourandin N. E. Geacintov Chem. Res. Toxicol. 2001 14 233 241
80. N. Y. Tretyakova S. Burney B. Pamir J. S. Wishnok P. C. Dedon G. N. Wogan S. R. Tannenbaum Mutat. Res. 2000 447 287 303
81. V. Yermilov Y. Yoshie J. Rubio H. Ohshima FEBS Lett. 1996 399 67 70
82. L. J. Marnett Toxicology 2002 181-182 219 222
83. T. J. Montine M. D. Neely J. F. Quinn M. F. Beal W. R. Markesbery L. J. Roberts J. D. Morrow Free Radicals Biol. Med. 2002 33 620 626
84. H. Bartsch J. Nair Cancer Detect. Prev. 2004 28 385 391
85. N. Ahmed P. J. Thornalley Biochem. Soc. Trans. 2003 31 1417 1422
86. P. J. Thornalley Int. Rev. Neurobiol. 2002 50 37 57
87. E. R. Stadtman Curr. Med. Chem. 2004 11 1105 1112
88. E. R. Stadtman R. L. Levine Amino Acids 2003 25 207 218
89. E. R. Stadtman J. Moskovitz R. L. Levine Antioxid. Redox Signaling 2003 5 577 582
90. P. C. Dedon J. P. Plastaras C. A. Rouzer L. J. Marnett Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998 95 11113 11116
91. M. Awada P. C. Dedon Chem. Res. Toxicol. 2001 14 1247 1253
92. L. Gingipalli P. C. Dedon J. Am. Chem. Soc. 2001 123 2664 2665
93. J. P. Plastaras P. C. Dedon L. J. Marnett Biochemistry 2002 41 5033 5042
94. T. Bohnert L. Gingipalli P. C. Dedon Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004 323 838 844
95. X. Zhou K. Taghizadeh P. C. Dedon J. Biol. Chem. 2005 280 25377 25382
96. M. V. Williams S. H. Lee M. Pollack I. A. Blair J. Biol. Chem. 2006 281 10127 10133
97. S. H. Lee M. V. Williams R. N. Dubois I. A. Blair J. Biol. Chem. 2005 280 28337 28346
98. K. Schmid J. Nair G. Winde I. Velic H. Bartsch Int. J. Cancer 2000 87 1 4
99. J. Nair A. Barbin I. Velic H. Bartsch Mutat. Res. 1999 424 59 69
100. S. H. Lee J. A. Arora T. Oe I. A. Blair Chem. Res. Toxicol. 2005 18 780 786
101. S. H. Lee I. A. Blair Trends Cardiovasc. Med. 2001 11 148 155
102. I. A. Blair Exp. Gerontol. 2001 36 1473 1481
103. F. L. Chung L. Zhang J. E. Ocando R. G. Nath IARC Sci. Publ. 1999 45 54
104. F. L. Chung R. G. Nath M. Nagao A. Nishikawa G. D. Zhou K. Randerath Mutat. Res. 1999 424 71 81
105. F.-L. Chung H.-J. C. Chen R. G. Nath Carcinogenesis 1996 17 2105 2111
106. R. N. Loeppky W. Cui P. Goelzer M. Park Q. Ye IARC Sci. Publ. 1999 155 168
107. H. Kasai N. Iwamoto-Tanaka S. Fukada Carcinogenesis 1998 19 1459 1465
108. C. Badouard M. Masuda H. Nishino J. Cadet A. Favier J. L. Ravanat J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2005 827 26 31
109. M. Masuda T. Suzuki M. D. Friesen J. L. Ravanat J. Cadet B. Pignatelli H. Nishino H. Ohshima J. Biol. Chem. 2001 276 40486 40496
110. Z. Shen W. Wu S. L. Hazen Biochemistry 2000 39 5474 5482
111. M. M. Anderson S. L. Hazen F. F. Hsu J. W. Heinecke J. Clin. Invest. 1997 99 424 432
112. S. L. Hazen J. W. Heinecke J. Clin. Invest. 1997 99 2075 2081
113. G. Aldini I. Dalle-Donne R. M. Facino A. Milzani M. Carini Med. Res. Rev. 2006
114. R. L. Levine Free. Radicals Biol. Med. 2002 32 790 796
115. C. M. Spickett Pharmacol. Ther. 2007 115 400 409
116. T. Cui F. J. Schopfer J. Zhang K. Chen T. Ichikawa P. R. Baker C. Batthyany B. K. Chacko X. Feng R. P. Patel A. Agarwal B. A. Freeman Y. E. Chen J. Biol. Chem. 2006 281 35686 35698