Helix forming tendency of valine substituted poly-alanine: A molecular dynamics investigation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 30, 2008, Pages 9100-9104

  Raman, S Sundar ^a   Vijayaraj, R ^a   Parthasarathi, R ^a   Subramanian, V ^a  

^a CENTRAL LEATHER RESEARCH INSTITUTE   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; FORMING; MOLECULAR DYNAMICS; NANOFLUIDICS; PORT TERMINALS; QUANTUM CHEMISTRY;

CLASSICAL MOLECULAR DYNAMICS; HELICAL STRUCTURES; HELIX FORMATION; HOST GUESTS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; N TERMINALS; STRUCTURAL PARAMETERS; SUBSTITUTED POLY;

DYNAMICS;

EID: 49349115635     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp7119813     Document Type: Article

References (52)

1. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol Struct. 1992, 21, 95-118.
2. Petukhov, M.; Munoz, V.; Yumoto, N.; Yoshikawa, S.; Serrano, S. J. Mol. Biol. 1998, 278, 279-289.
3. Scheraga, H. A.; Vila, J. A.; Ripoll, D. R. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 255-265.
4. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 2002, 96, 103-108.
5. Yang, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 605-617.
6. Stenner, R. S.; Gonzales, W.; Bourne, G. T.; Feng, J. A.; Marshall, G. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13095-13109.
7. Wei, Y.; Nadler, W.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 204307.
8. Arashiro, E.; Felício, J. R. D. D.; Hansmann, U. H. E. Phys Rev E. 2006, 73, 040902 (R).
9. Chun, C. P.; Connor, A. A.; Chass, G. A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2005, 729, 177-184.
10. Sorin, E. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2472-2493.
11. MacCallum, J. L.; Moghaddam, M. S.; Chan, H. S.; Tieleman, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. 2007, 104, 6206-6210.
12. Burgi, R.; Daura, X.; Mark, A.; Bellanda, M.; Mammi, S.; Peggion, E.; Gunsteren, W. V. J. Peptide Res. 2001, 57, 107-118.
13. Jun, S.; Becker, J. S.; Yonkunas, M.; Coalson, R.; Saxena, S. Biochemistry 2006, 45, 11666-11673.
14. DeGrado, W. F. Chem. Rev. 2001, 101, 3025-3026.
15. Baltzer, L.; Nilsson, H.; Nilsson, J. Chem. Rev. 2001, 101, 3153-3164.
16. DeGrado, W. F.; Summa, C. M.; Pavone, V.; Nastri, F.; Lombardi. A. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 779-819.
17. Venkatraman, J.; Shankaramma, S. C.; Balaram, P. Chem. Rev. 2001, 101, 3131-3152.
18. Fersht, W. Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding; H. A. W. H. Freeman and Company: New York, 1999.
19. Pullman, B.; Pullman, A. Adv. Protein Chem.; Academic Press: New York, 1974.
20. Schulz, G. E.; Schirmer, R. H. Principles of Protein Structure; Springer-Verlag: New York, 1979.
21. Palermo, N. Y.; Csontos, J. Z.; Owen, M. C.; Murphy, R. F.; Lovas, S. N. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1208-1214.
22. Chakrabartty, A.; Kortemme, J.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1994, 3, 843-852.
23. Parthasarathi, R.; Raman, S. S.; Subramanian, V.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7141-7148.
24. Padmanbhan, S.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1994, 241, 706-713.
25. Prabhu, N.; Sharp, K. Chem. Rev. 2006, 106, 1616-1623.
26. Mayer, B.; Klein, C. T. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 532, 213-226.
27. Avbelj, F. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1335-1359.
28. Roe, D. R.; Okur, A.; Wickstrom, L.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1846-1857.
29. Wang, Z. X.; Zhang, W.; Wu, C.; Lei, H.; Cieplak, P.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2006, 27, 781-790.
30. Han, W.; Wu, Y. D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2146-2161.
31. Zagrovic, B.; Jayachandran, G.; Millett, I. S.; Doniach, S.; Pande, V. S. J. Mol. Biol 2005, 353, 232-241.
32. Podtelezhnikov, A. A.; Wild, D. L. Proteins: Struct., Funct., Bioinformat. 2005, 61, 94-104.
33. Enkhbayar, P.; Hikichi, K.; Osaki, M.; Kretsinger, R. H.; Matsushima, N. Proteins: Struct., Funct., Bioinformat. 2006, 64, 691-699.
34. Job, G. E.; Kennedy, R. J.; Heitmann, B. R.; Miller, J. S.; Walker, S. M.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8227-8233.
35. Agostini, F. P.; Soares-Pinto, D. D.; Moret, M. A.; Osthoff, C.; Pascutti, P. G. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1142-1155.
36. Djurdjevic, D. P.; Biggs, M. J. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1177-1195.
37. Quapp, W. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1834-1847.
38. Leitgeb, B.; Kerényi, A.; Bogár, F.; Paragi, G.; Penke, B.; Rákhely, G. J. Mol. Model. 2007, 13, 1141-1150.
39. Couch, V. A.; Cheng, N.; Nambiar, K.; Fink, W. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3410-3419.
40. Salvador, P.; Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2398-2403.
41. Rakowski, F.; Grochowski, P.; Lesyng, B.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204107.
42. Son, H. S.; Hong, B. H.; Lee, C. W.; Yun, S.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 514-515.
43. Soto, P.; Baumketner, A.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2006, 124, 134904.
44. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinformat. 2006, 65, 712-725.
45. Yang, L.; Tan, C. H.; Hsieh, M. J.; Wang, J.; Duan, Y.; Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. A.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13166-13176.
46. Jagielska, A.; Skolnick, J. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1648-1657.
47. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9, University of California: San Francisco, 2006.
48. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383-394.
49. Pal, L.; Chakrabarti, P.; Basu, G. J. Mol. Biol. 2003, 326, 273-291.
50. Lacroix, E.; Viguera, A. R.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1998, 284, 173-191.
51. Munoz, V.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 399-409.
52. Munoz, V.; Serrano, L. Biopolymers 1991, 41, 495-509.