Direct calculation of trans-hydrogen-bond13C-15N 3-bond J-couplings in entire polyalanine α-helices. A density functional theory study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 9, 2007, Pages 2398-2403

  Salvador, Pedro ^b   Wieczorek, Robert ^c   Dannenberg, J J ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

^b UNIVERSITY OF GIRONA   (Spain)

^c UNIVERSITY OF WROC AW   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CORRELATION METHODS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN BONDS; PEPTIDES; PROTONATION;

J VALUES; NEUTRAL HELICES; POLYALANINE; PROTONATED PEPTIDES;

ORGANIC POLYMERS;

EID: 33947367726     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp064706c     Document Type: Article

References (41)

1. Dingley, A. J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293-8297.
2. Cornilescu, G.; Ramirez, B. E.; Frank, M. K.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6275-6279.
3. Cordier, F.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1601-1602.
4. Cordier, F.; Rogowski, M.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1999, 140, 510-512.
5. Dingley, A. J.; Cordier, F.; Grzesiek, S. Concepts Magn. Reson. 2001, 13, 103-127.
6. Grzesiek, S.; Cordier, F.; Dingley, A. J. Methods Enzymol. 2001, 338, 111-133.
7. Jaravine, V. A.; Alexandrescu, A. T.; Grzesiek, S. Protein Sci. 2001, 10, 943-950.
8. Cordier, F.; Grzesiek, S. J. Molec. Biol. 2002, 317, 739-752.
9. Cornilescu, G.; Hu, J. S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2949-2950.
10. Wang, Y. X.; Jaison, Jacob; Cordier, F.; Wingfield, P.; Stahl, S. J.; Lee-Huang, S.; Torchia, D.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 14, 181-184.
11. Juranic, N.; Moncrieffe, M. C.; Likic, V. A.; Pendergast, F. G.; Macura, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14221-6.
12. Juranic, N.; Macura, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4099-100.
13. Ahn, H. C.; Juranic, N.; Macura, S.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4398-4404.
14. Bagno, A. Chem.-Eur. J. 2000, 6, 2925-2930.
15. Barfield, M.; Dingley, A. J.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4014-4022.
16. Barfield, M. J. Am. Chem. Soc 2002, 124, 4158-4168.
17. Scheurer, C.; Brueschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8661-8662.
18. Salvador, P.; Kobko, N.; Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14190-7.
19. Ramsey, N. F. Phys. Rev. 1953, 91, 303.
20. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14198-205.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; and Pople, J. A.; Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004. Gaussian 03, revision C01; Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 2003.
22. Helgaker, T.; Jaszunski, M.; Ruud, K. Chem. Rev. 1999, 99, 293-352.
23. Contreras, R. H.; Barone, V.; Facelli, J. C.; Peralta, J. E. Ann. Reps. NMR Spectrosc. 2003, 51, 167-260.
24. Peralta, J. E.; Scuseria, G. E.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. Chem. Phys. Lett. 2003, 375, 452-8.
25. Salvador, P.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15370-75.
26. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12278-9.
27. Tuttle, T.; Kraka, E.; Wu, A.; Cremer, D. J. Am. Chem. Soc 2004, 126, 5093-5107.
28. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
29. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
30. Helgaker, T.; Watson, M.; Handy, N. C. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9402-9.
31. Sychrovsky, V.; Grafenstein, J.; Cremer, D. J. Chem. Phys. 2000, 113, 3530-47.
32. Barone, V.; Peralta, J. E.; Contreras, R. H.; Snyder, J. P. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5607-5612.
33. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161-2200.
34. AMPAC, 8.15; Semichem, Inc.: Shawnee KS.
35. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-9.
36. Markwick, P. R. L.; Sprangers, R.; Sattler, M. J. Am. Chem. Soc 2003, 125, 644-5.
37. Cordier, F.; Grzesiek, S. Biochemistry 2004, 43, 11295-11301.
38. Heitmann, B.; Job, G. E.; Kennedy, R. J.; Walker, S. M.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1690-1704.
39. Yamazaki, T.; Furuya, H.; Watanabe, T.; Miyachi, S.; Nishiuchi, Y.; Nishio, H.; Abe, A. Peptide Sci. 2005, 80, 225-232.
40. Van Duijnen, P. T.; Thole, B. T. Biopolymers 1982, 21, 1749-61.
41. Moisan, S.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12842-46.