Aggregation of polyalanine in a hydrophobic environment

Journal of Chemical Physics

Volumn 124, Issue 13, 2006, Pages

  Soto, Patricia ^a   Baumketner, Andrij ^a,b   Shea, Joan Emma ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b INSTITUTE FOR CONDENSED MATTER PHYSICS   (Ukraine)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHAIN PACKING; CYCLOHEXANE; ELECTRIC DIPOLE; POLYALANINE;

CONFORMATIONS; DIMERIZATION; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MONOMERS; SIMULATION; SOLVENTS;

POLYPEPTIDES;

ALANINE; CYCLOHEXANE; CYCLOHEXANE DERIVATIVE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; HYDROPHOBICITY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

ALANINE; COMPUTER SIMULATION; CYCLOHEXANES; DIMERIZATION; HYDROPHOBICITY; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 34547648530     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2179803     Document Type: Article

References (48)

1. L. Zhong and W. C. Johnson, Jr., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 4462 (1992).
2. S. E. Blondelle, B. Forood, R. A. Houghten, and E. Perez-Paya, Biopolymers 42, 489 (1997).
3. P. Pengo, L. Pasquato, S. Moro, A. Brigo, F. Fogolari, Q. B. Broxterman, B. Kaptein, and P. Scrimin, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 42, 3388 (2003).
4. D. Roccatano, G. Colombo, M. Fioroni, and A. E. Mark, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 12179 (2002).
5. D. Roccatano, M. Fioroni, M. Zacharias, and G. Colombo, Protein Sci. 14, 0 (2005).
6. T. A. Pertinhez, M. Bouchard, R. A. G. Smith, C. M. Dobson, and L. J. Smith, FEBS Lett. 529, 193 (2002).
7. A. Quist, L. Doudevski, H. Lin, R. Azimova, D. Ng, B. Frangione, B. Kagan, J. Ghiso, and R. Lal, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 10427 (2005).
8. A. Senes, M. Gerstein, and D. M. Engelman, J. Mol. Biol. 296, 921 (2000).
9. R. J. Kennedy, K. Y. Tsang, and D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc. 124, 934 (2002).
10. Z. G. Liu, K. Chen, A. Ng, Z. S. Shi, R. W. Woody, and N. R. Kallenbach, J. Am. Chem. Soc. 126, 15141 (2004).
11. Y. Levy, J. Jortner, and O. M. Becker, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 2188 (2001).
12. P. N. Mortenson, D. A. Evans, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 117, 1363 (2002).
13. A. Kentsis, M. Mezei, T. Gindin, and R. Osman, Proteins 55, 493 (2004).
14. B. Zagrovic, J. Lipfert, E. J. Sorin, I. S. Millett, W. F. van Gunsteren, S. Doniach, and V. S. Pande, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 11698 (2005).
15. F. Ding, J. M. Borreguero, S. V. Buldyrey, H. E. Stanley, and N. V. Dokholyan, Proteins 53, 220 (2003).
16. H. D. Nguyen, A. J. Marchut, and C. K. Hall, Protein Sci. 13, 2909 (2004).
17. H. D. Nguyen and C. K. Hall, Biophys. J. 87, 4122 (2004).
18. N. Ben-Tal, A. Ben-Shaul, A. Nicholls, and B. Honig, Biophys. J. 70, 1803 (1996).
19. L. Shen, D. Bassolino, and T. Stouch, Biophys. J. 73, 3 (1997).
20. Y. Sugita and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 314, 141 (1999).
21. G. Vriend, J. Mol. Graphics 8, 52 (1990).
22. W. R. P. Scott, P. H. Hünenberger, I. G. Tironi, A. E. Mark, S. R. Billeter, J. Fennen, A. E. Torda, T. Huber, P. Krüger, and W. F. van Gunsteren, J. Phys. Chem. A 103, 3596 (1999).
23. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. Di Nola, and J. R. Haak, J. Chem. Phys. 81, 3684 (1984).
24. B. Hess, H. Bekker, H. J. C. Berendsen, and J. G. E. M. Fraaije, J. Comput. Chem. 18, 1463 (1997).
25. I. G. Tironi, R. Sperb, P. E. Smith, and W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys. 102, 5451 (1995).
26. H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel, and R. van Drunen, Comput. Phys. Commun. 91, 43 (1995).
27. E. Lindahl, B. Hess, and D. van der Spoel, J. Mol. Model. 7, 306 (2001).
28. W. Kabsch and C. Sander, Biopolymers 22, 2576 (1983).
29. C. M. Wilmot and J. M. Thornton, Protein Eng. 3, 479 (1990).
30. V. Muñoz and L. Serrano, Proteins 20, 301 (1994).
31. X. Daura, K. Gademann, B. Jaun, D. Seebach, W. F. van Gunsteren, and A. E. Mark, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 38, 236 (1999).
32. A. M. Ferrenberg and R. H. Swendsen, Phys. Rev. Lett. 63, 1195 (1989).
33. S. Kumar, D. Bouzida, R. H. Swendsen, P. A. Kollman, and J. M. Rosenberg, J. Comput. Chem. 13, 1011 (1992).
34. B. L. Sibanda and J. M. Thornton, J. Mol. Biol. 229, 428 (1993).
35. H. A. Rinia, R. A. Kik, R. A. Demel, M. M. E. Snel, J. A. Killian, J. P. J. M. van der Eerden, and B. de Kruijff, Biochemistry 39, 5852 (2000).
36. S. H. White and W. C. Wiley, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 28, 319 (1999).
37. P. Soto and A. E. Mark, J. Phys. Chem. B 106, 12830 (2002).
38. R. N. A. H. Lewis, Y. P. Zhang, R. S. Hodges, W. K. Subczyinski, A. Kusumi, C. R. Flach, R. Mendelsohn, and R. N. McElhaney, Biochemistry 40, 12103 (2001).
39. C. F. Weise and J. C. Weisshaar, J. Phys. Chem. B 107, 3265 (2003).
40. Z. S. Shi, C. A. Olson, G. D. Rose, R. L. Baldwin, and N. R. Kallenbach, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 9190 (2002).
41. A. N. Drozdov, A. Grossfield, and R. V. Pappu, J. Am. Chem. Soc. 126, 2574 (2004).
42. A. E. Garcia, Polymer 45, 669 (2004).
43. J. Henin, A. Pohorille, and C. Chipot, J. Am. Chem. Soc. 127, 8478 (2005).
44. Y. Yano, T. Takemoto, S. Kobayashi, H. Yasui, H. Sakurai, W. Ohashi, M. Niwa, S. Futaki, Y. Sugiura, and K. Matsuzaki, Biochemistry 41, 3073 (2002).
45. A. Dehner, E. Planker, G. Gemmecker, Q. B. Broxterman, W. Bisson, F. Formaggio, M. Crisma, C. Toniolo, and H. Kessler, J. Am. Chem. Soc. 123, 6678 (2001).
46. K. R. MacKenzie and D. M. Engelman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 3583 (1998).
47. S. Lee, H. Yoshitomi, M. Morikawa, S. Ando, H. Takiguchi, T. Inoue, and G. Sugihara, Biopolymers 36, 391 (1995).
48. E. Sparr, D. N. Ganchev, M. M. E. Snel, A. N. J. A. Ridder, L. M. J. Kroon-Batenburg, V. Chupin, D. T. S. Rijkers, J. A. Killian, and B. de Kruijff, Biochemistry 44, 2 (2005).